Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os09t0555400-01
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:9:22036959:22040673:-1 gene:Os09g0555400 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0555400-01)
Sequence	ATGCTCGCGCCATCGGCCGGCGGCGCCTCCTCCGCCCGCCATGTTCGGGAGCTCCTGCGG CGGTGCGGCTCCGTGCACCGTCTCAACCAGCTCCACGCCCACCTCGTCGTCCACGGCGTG GACGACGTCACCTCTCAGATCCTCGCGTCCTACTGCGCGCTACCGGCTGGTGGTGGGGTG TGGTATGCCCGCCAACTGTTCGACAGAATTCCTGATCCGGACAGGTTCGTTTACAACAGT CTTATCAGAGCCTACTGCAATAGCCATTGCCCCCAAGAAGCGCTGCCTCTTCTTCGTGGC ATGATCCGGCGAGGCATCCTGCCGAACGAGTTCACGCTGCCATTCCTCCTCAAGGCGTGC GCGAGGGTACAGGCGTGGGAGCATGTGATGGTCACCCATGGCGTGGTTGTTAAGCTGGGA TTTGTGGGGCAGGTGTTTGTGGGGAATGCTCTTCTGCATTCTTATGCTTCGGCCGGGTCA CTGGGGGATTCTCGCCGGTTCTTTGATGAGATGGTGGACAGGAATGTGGTGTCATGGAAC TCAATGATCAACGGATATGCGCAGGCTGGAAATACTAGGGAGGCGTGCTCCTTGTTTGAG GGGATGAGACGTCAGGGACTCTTGGCTGATGAGTTCACGCTGGTCAGCCTGCTTTTTGCC TGCTCAGCGGAGGGAAATCTTGAATTTGGTAAGCTTGTGCACTCTCATTTGCTGGTTAGA GGATGTCGGATTGATTTGATCCTTGCCAATGCTTTGGTGGACATGTATGGTAAGTGTGGG GATTTGTTGATGGCTCATACATGCTTTGACATGATGCCCTTCAAGAATGCTGTTTCATGG ACATCTATGCTTTGTGCTCTGGCCAAACGTGCGTCTATTGATGCCGCAAGAGATTGGTTT GAACAGATACCAGAGAAGAGCATAATATCTTGGAATGCCATGATCTCTTGCTATGTTCAA GGTGGCCGATTCCATGAAGCGCTGGATCTTTATAACCGTATGAAATTGCTAGGCCTCGCT CCAGACGAGTTTACCTTGGCTGCTGTCCTCTCTGCCTGTGGGCAACTTGGCGATTTGGCT TCTGGAAAGATGATACATGACTGTATCAGAGATAACTTCCATAATCCAGGTGTTGCTCTA TTTAATTCACTTCTTGACATGTATGCAAGGTGTGGTCAGGTAGACACTGCCATAAGCTTG TTCAGTGAAATGCCTAGTAAAAATGTTATCTCATGGAATGCGATTATTGGGGCGCTAGCG ATGCATGGACGTGCACAGGATGCACTAATGTTCTTCAGATCTATGGTATTTGATGCCTTC CCCCCTGATGAGATAACCTTTGTTGCTCTTCTTTCTGCATGTAACCATGGGGGCCTACTG GAAGCTGGACAATATTACTTTCAAGCTATGAGACATGTTTACAATGTTAAGCCTGGCGTT GAGCATTATGCCTGCATGGTTGATCTGCTTGGCCGTGGTGGCCAGCTAGCAAAGGCTGTT GATCTGATCAAAGACATGCCAATGAGGCCTGATGTTGTGGTTTGGGGTGCGTTACTAGGA GCCTGCAGGATCCATGGACATATACAGATCGGCAAGCAAGTAATCAAACAATTACTTGAG CTGGAGGGAATGAGTGGAGGCCTGTTCGTCCTAATTTCAAACATGCTTTATGAAACTCAC CAGTGGGAAGACATGAAAAGGCTCAGGAAGCTAATGAGAGAGTGGGGCATGAAAAAGAAT ATGGGTGTTAGTTCAATTGAAACAAACAGTAACATTCATGAATCTGGAGCTGAAGGCATT GGACATGAGAGCTCAGACGACATGTATGTAGGGGATGATAGGTTGCCACATCATTTGGTC TTTCCAAATGCCTTGGCTGTGCCACCAGACCAACTAAATGTGGAAGAAAGAAAATCTATT CTAAAGACCTCCTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Os09t0555400-01
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:9:22036959:22040673:-1 gene:Os09g0555400 transcript:Os09t0555400-01 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0555400-01)
Sequence	MLAPSAGGASSARHVRELLRRCGSVHRLNQLHAHLVVHGVDDVTSQILASYCALPAGGGV WYARQLFDRIPDPDRFVYNSLIRAYCNSHCPQEALPLLRGMIRRGILPNEFTLPFLLKAC ARVQAWEHVMVTHGVVVKLGFVGQVFVGNALLHSYASAGSLGDSRRFFDEMVDRNVVSWN SMINGYAQAGNTREACSLFEGMRRQGLLADEFTLVSLLFACSAEGNLEFGKLVHSHLLVR GCRIDLILANALVDMYGKCGDLLMAHTCFDMMPFKNAVSWTSMLCALAKRASIDAARDWF EQIPEKSIISWNAMISCYVQGGRFHEALDLYNRMKLLGLAPDEFTLAAVLSACGQLGDLA SGKMIHDCIRDNFHNPGVALFNSLLDMYARCGQVDTAISLFSEMPSKNVISWNAIIGALA MHGRAQDALMFFRSMVFDAFPPDEITFVALLSACNHGGLLEAGQYYFQAMRHVYNVKPGV EHYACMVDLLGRGGQLAKAVDLIKDMPMRPDVVVWGALLGACRIHGHIQIGKQVIKQLLE LEGMSGGLFVLISNMLYETHQWEDMKRLRKLMREWGMKKNMGVSSIETNSNIHESGAEGI GHESSDDMYVGDDRLPHHLVFPNALAVPPDQLNVEERKSILKTS

Transcript Sequence

Transcript ID	Os09t0555400-01
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:9:22036959:22040673:-1 gene:Os09g0555400 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0555400-01)
Sequence	AGCTTGGCCCGGCCCGTTGGGAGGTTGCGCTTCGAGTCTCCTCTCCGATGCTCGCGCCAT CGGCCGGCGGCGCCTCCTCCGCCCGCCATGTTCGGGAGCTCCTGCGGCGGTGCGGCTCCG TGCACCGTCTCAACCAGCTCCACGCCCACCTCGTCGTCCACGGCGTGGACGACGTCACCT CTCAGATCCTCGCGTCCTACTGCGCGCTACCGGCTGGTGGTGGGGTGTGGTATGCCCGCC AACTGTTCGACAGAATTCCTGATCCGGACAGGTTCGTTTACAACAGTCTTATCAGAGCCT ACTGCAATAGCCATTGCCCCCAAGAAGCGCTGCCTCTTCTTCGTGGCATGATCCGGCGAG GCATCCTGCCGAACGAGTTCACGCTGCCATTCCTCCTCAAGGCGTGCGCGAGGGTACAGG CGTGGGAGCATGTGATGGTCACCCATGGCGTGGTTGTTAAGCTGGGATTTGTGGGGCAGG TGTTTGTGGGGAATGCTCTTCTGCATTCTTATGCTTCGGCCGGGTCACTGGGGGATTCTC GCCGGTTCTTTGATGAGATGGTGGACAGGAATGTGGTGTCATGGAACTCAATGATCAACG GATATGCGCAGGCTGGAAATACTAGGGAGGCGTGCTCCTTGTTTGAGGGGATGAGACGTC AGGGACTCTTGGCTGATGAGTTCACGCTGGTCAGCCTGCTTTTTGCCTGCTCAGCGGAGG GAAATCTTGAATTTGGTAAGCTTGTGCACTCTCATTTGCTGGTTAGAGGATGTCGGATTG ATTTGATCCTTGCCAATGCTTTGGTGGACATGTATGGTAAGTGTGGGGATTTGTTGATGG CTCATACATGCTTTGACATGATGCCCTTCAAGAATGCTGTTTCATGGACATCTATGCTTT GTGCTCTGGCCAAACGTGCGTCTATTGATGCCGCAAGAGATTGGTTTGAACAGATACCAG AGAAGAGCATAATATCTTGGAATGCCATGATCTCTTGCTATGTTCAAGGTGGCCGATTCC ATGAAGCGCTGGATCTTTATAACCGTATGAAATTGCTAGGCCTCGCTCCAGACGAGTTTA CCTTGGCTGCTGTCCTCTCTGCCTGTGGGCAACTTGGCGATTTGGCTTCTGGAAAGATGA TACATGACTGTATCAGAGATAACTTCCATAATCCAGGTGTTGCTCTATTTAATTCACTTC TTGACATGTATGCAAGGTGTGGTCAGGTAGACACTGCCATAAGCTTGTTCAGTGAAATGC CTAGTAAAAATGTTATCTCATGGAATGCGATTATTGGGGCGCTAGCGATGCATGGACGTG CACAGGATGCACTAATGTTCTTCAGATCTATGGTATTTGATGCCTTCCCCCCTGATGAGA TAACCTTTGTTGCTCTTCTTTCTGCATGTAACCATGGGGGCCTACTGGAAGCTGGACAAT ATTACTTTCAAGCTATGAGACATGTTTACAATGTTAAGCCTGGCGTTGAGCATTATGCCT GCATGGTTGATCTGCTTGGCCGTGGTGGCCAGCTAGCAAAGGCTGTTGATCTGATCAAAG ACATGCCAATGAGGCCTGATGTTGTGGTTTGGGGTGCGTTACTAGGAGCCTGCAGGATCC ATGGACATATACAGATCGGCAAGCAAGTAATCAAACAATTACTTGAGCTGGAGGGAATGA GTGGAGGCCTGTTCGTCCTAATTTCAAACATGCTTTATGAAACTCACCAGTGGGAAGACA TGAAAAGGCTCAGGAAGCTAATGAGAGAGTGGGGCATGAAAAAGAATATGGGTGTTAGTT CAATTGAAACAAACAGTAACATTCATGAATCTGGAGCTGAAGGCATTGGACATGAGAGCT CAGACGACATGTATGTAGGGGATGATAGGTTGCCACATCATTTGGTCTTTCCAAATGCCT TGGCTGTGCCACCAGACCAACTAAATGTGGAAGAAAGAAAATCTATTCTAAAGACCTCCT AGAATCAATTAGAACCTTATGATGTAGAGTAAAGCACTATACCGAATCAAGATTGGTACT GTGAATGGTCTATGTCTTCTCAGGCAAACGTTCACCATCAAGTAGCTTGACTGTTGAAGC CTGAAGGTGTTCTGCAGATATCATGGTTTCATGGTTCACTGGACAGTCCACTCAACCATC ATCAGTACAGATAGTTAGGTGAGTAGCATTACATCTAAAACCCTCAGTAGTCGCTGCCTT CGCTGTGATGTCTCAACAGTACTGTGATTTGCGGGAAACTCAAGCTTGGAAACAGTCGAT TCATCAGATTGAACAACTGCAGGATGAGATCATAATCAAGCCTAGTACATTGATCAGCTC GTGATGCTTGTCACATCTCACATGGATTCCTACTGGTACATCAGTTAACCGGGTCCCTTC ACTTCACAGCTTGCCGGTTTGAAGTGCAATAAAAGAGTGCCCCATGTGTTGTGCTTCGGC AGTTAAGCGCCGAGTCGACATGAGTTGCCACTGGAGCCACACCGCCGCATTATTATTGGT TATTGACCTCCACTGTGCTCAGTGTCCACGTCAAGCCAGCAGATCTTGGTTTCACAGGCA TGTGGAGATAAACAAAGGGAGCAGCCAGCACCAACCAGAATGATCAAGATTCCGTTTTAT TAATTTTCAAGTTTCATGGACAAACTACTACAGTGGTTCAGAGATATAAAAAGAACAAAA CAGGCAGACAGATCTATACTGCCGTACACTTTGGCATGAGTGACAGGTCTGTCTTTTCCC TCCCTCACCTTTTCTTTTCTAAATACAGATATGCACGGACAATTCTTTTTTCGATCATAA CACCAAAATGAGCACAGTTGCTCATTGAAAAGACGAAGCATCCAAATTTGTCCAAATCAA CATTCACTTGTTAAATGGTGATTTTTAGACATG