Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os09t0533100-01
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:9:20929628:20938388:1 gene:Os09g0533100 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Pantothenate kinase 4 (Fragment). (Os09t0533100-01)
Sequence	TGTTTAGACTTCATTTCTTCCAAACAACTACATCGTGGCGGGGTTGATTCACCTTCGTGG CGCTCAGGAGCTCAGCCTGACAACATTGTAATCAAGGCAACAGGTGGTGGAGCATTCAAA TATGCTGATCTCTTCAAGGAGAGATTGGGAGTCAGTCTTGAAAAGGAAGATGAAATGGAC TGCCTTGTAGCTGGAGCAAATTTTTTGCTGAAGTCTATACGCCATGAAGCCTTTACGCAC ATGGATGGCCAAAAGGAATACGTGCAGATTGACCAGAATGATCTGTTTCCATTCCTTCTT GTTAATGTGGGGTCTGGTGTTAGCATAATCAAGGTTGATGGGCATGGAAAGTTTCAACGA GTAAGTGGAACAAATGTTGGTGGTGGTACATACTGGGGTTTGGGGAGGTTAATGACAAAG TGCAAGAGTTTCGATGAGTTACTAGAGCTGAGCCAGCGTGGAGACAACAGCACAATCGAC ATGCTTGTTGGAGATATATATGGTGGTCTGGACTACTCCAAGATTGGCCTTTCAGCATCA ACAATTGCCTCTAGTTTTGGGAAGACAATTTCAGATGACAAGGAACTGTCAGATTATAGA CCAGAGGATATTTCACTCTCTCTGCTGCGGATGATTTCTTATAACATTGGTCAGATTTCC TATCTTAACGCACTCCGATATGGACTTAAGAGGATATTTTTTGGTGGATTCTTCATTCGT GGTCATGCCTACACTATGGACACAATTTCTTTCGCTGTAAATTTTTGGTCAAAAGGAGAG GCAAAAGCCATGTTTCTGCGTCACGAGGGTTTTCTAGGAGCACTTGGTGCATTTATGAGT TATGAGAAGCATGGTCTTGATGACTTGAGAATACATCACTTGGTTGAACGCTTCCCAATG GGTGCTCCATATGTTGGTGGAAAAATTCATGGGCCTCCTCTTGGGGATCTCAATGAGAAG ATATCATGGATGGAGAAGTTTGTGCAGAAGGGTACTCAGATTACAGCACCCGTACCTGTT GGATTTCCTGTGACAACAGGTATGGGAGGTTTTGAGAGGCCTACCGCCAAGGGAGACATT TTGCGGTCAGATGCAAGTGCAGCTCTGAATGTTGGTGTTCTCCATCTTGTACCCACATTG GATGTATTTCCGCTGTTAGAAGATCCAAAGATGTATGAACCAAACACGATTGATCTCGAC CTGAATGAGTACAAGTACTGGTTCAAGATTTTGTCAGACCATTTGCCTGACCTTGTGGAC AAGGCGGTTGCTAGTGAAGGTGGGACTGATGATGCCAAAAGGAGGGGTGACGCATTCGCA CATGCTTTTTCTGCTCATTTGGCAAGGTTGATGGAGGAGCCTGCTGCTTATGGGAAGTTT GGTTTAGCCAACCTGTTGGAGCTGAGAGAAGAATGCCTGAGAGAATTCCAGTTTGTCGAT GCATATGTTAGCATTAAGCAAAGGGAAAATGAAGCTTCACTGGCTGTTTTACCTGATCTT CTGATGGAACTTGATAGTATGAATGAGGAAGCTAGATTGCTTGCACTAATCGAGGGTGTC CTTGCTGCAAACATATTTGATTGGGGCTCTCGAGCTTGTGTGGACCTTTATCACAAGGGA ACTATAATAGAAATTTATCGCATGAGCCGCAAGAAGATGCAACGTCCTTGGCGGATTGAT GACTTTGATATGTTTAAAAAGAGAATGCTTGCTGATAAGAAGGGCCAACCATACAAAAGA GCACTGCTTTTTGTTGATAACTCGGGTGCTGATGTGGTCCTTGGAATGATTCCTTTAGCA CGGGAATTATTACGCAATGGAACTGAGGTGGTTTTGGTTGCAAATTCATTGCCTGCTTTG AATGATGTTACCGCTAATGAGCTTCCAGGAATTGTGGCTGAAGCTGCGAAGCATTGTGGT ATACTTCGGAAAGCTGCAGAGGCAGGTGGATTGATCTTTGATGCCATGGCTGGCATCCAA GATGATCTGAAAGATGAACCAGTATCAGTTCCCCTTATGGTTGTTGAGAATGGATGTGGC AGTCCGTGTATTGATTTCCGGCAGGTTAGCTCAGAACTTGCTGCTGCAGCGAAAGATGCA GATTTGTTAATCTTAGAGGGCATGGGGCGATCTCTGCATACCAACCTCAATGCCCGTTTT AAGTGCGATACTCTGAAGCTGGCGATGGTCAAGAATCAGAGATTGGCAGAAAAACTTTTC AATGGAAATATATATGACTGCATCTGTAAATTTGAACCTGTTCCTTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Os09t0533100-01
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:9:20929628:20938388:1 gene:Os09g0533100 transcript:Os09t0533100-01 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Pantothenate kinase 4 (Fragment). (Os09t0533100-01)
Sequence	CLDFISSKQLHRGGVDSPSWRSGAQPDNIVIKATGGGAFKYADLFKERLGVSLEKEDEMD CLVAGANFLLKSIRHEAFTHMDGQKEYVQIDQNDLFPFLLVNVGSGVSIIKVDGHGKFQR VSGTNVGGGTYWGLGRLMTKCKSFDELLELSQRGDNSTIDMLVGDIYGGLDYSKIGLSAS TIASSFGKTISDDKELSDYRPEDISLSLLRMISYNIGQISYLNALRYGLKRIFFGGFFIR GHAYTMDTISFAVNFWSKGEAKAMFLRHEGFLGALGAFMSYEKHGLDDLRIHHLVERFPM GAPYVGGKIHGPPLGDLNEKISWMEKFVQKGTQITAPVPVGFPVTTGMGGFERPTAKGDI LRSDASAALNVGVLHLVPTLDVFPLLEDPKMYEPNTIDLDLNEYKYWFKILSDHLPDLVD KAVASEGGTDDAKRRGDAFAHAFSAHLARLMEEPAAYGKFGLANLLELREECLREFQFVD AYVSIKQRENEASLAVLPDLLMELDSMNEEARLLALIEGVLAANIFDWGSRACVDLYHKG TIIEIYRMSRKKMQRPWRIDDFDMFKKRMLADKKGQPYKRALLFVDNSGADVVLGMIPLA RELLRNGTEVVLVANSLPALNDVTANELPGIVAEAAKHCGILRKAAEAGGLIFDAMAGIQ DDLKDEPVSVPLMVVENGCGSPCIDFRQVSSELAAAAKDADLLILEGMGRSLHTNLNARF KCDTLKLAMVKNQRLAEKLFNGNIYDCICKFEPVP

Transcript Sequence

Transcript ID	Os09t0533100-01
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:9:20929628:20938388:1 gene:Os09g0533100 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Pantothenate kinase 4 (Fragment). (Os09t0533100-01)
Sequence	TGTTTAGACTTCATTTCTTCCAAACAACTACATCGTGGCGGGGTTGATTCACCTTCGTGG CGCTCAGGAGCTCAGCCTGACAACATTGTAATCAAGGCAACAGGTGGTGGAGCATTCAAA TATGCTGATCTCTTCAAGGAGAGATTGGGAGTCAGTCTTGAAAAGGAAGATGAAATGGAC TGCCTTGTAGCTGGAGCAAATTTTTTGCTGAAGTCTATACGCCATGAAGCCTTTACGCAC ATGGATGGCCAAAAGGAATACGTGCAGATTGACCAGAATGATCTGTTTCCATTCCTTCTT GTTAATGTGGGGTCTGGTGTTAGCATAATCAAGGTTGATGGGCATGGAAAGTTTCAACGA GTAAGTGGAACAAATGTTGGTGGTGGTACATACTGGGGTTTGGGGAGGTTAATGACAAAG TGCAAGAGTTTCGATGAGTTACTAGAGCTGAGCCAGCGTGGAGACAACAGCACAATCGAC ATGCTTGTTGGAGATATATATGGTGGTCTGGACTACTCCAAGATTGGCCTTTCAGCATCA ACAATTGCCTCTAGTTTTGGGAAGACAATTTCAGATGACAAGGAACTGTCAGATTATAGA CCAGAGGATATTTCACTCTCTCTGCTGCGGATGATTTCTTATAACATTGGTCAGATTTCC TATCTTAACGCACTCCGATATGGACTTAAGAGGATATTTTTTGGTGGATTCTTCATTCGT GGTCATGCCTACACTATGGACACAATTTCTTTCGCTGTAAATTTTTGGTCAAAAGGAGAG GCAAAAGCCATGTTTCTGCGTCACGAGGGTTTTCTAGGAGCACTTGGTGCATTTATGAGT TATGAGAAGCATGGTCTTGATGACTTGAGAATACATCACTTGGTTGAACGCTTCCCAATG GGTGCTCCATATGTTGGTGGAAAAATTCATGGGCCTCCTCTTGGGGATCTCAATGAGAAG ATATCATGGATGGAGAAGTTTGTGCAGAAGGGTACTCAGATTACAGCACCCGTACCTGTT GGATTTCCTGTGACAACAGGTATGGGAGGTTTTGAGAGGCCTACCGCCAAGGGAGACATT TTGCGGTCAGATGCAAGTGCAGCTCTGAATGTTGGTGTTCTCCATCTTGTACCCACATTG GATGTATTTCCGCTGTTAGAAGATCCAAAGATGTATGAACCAAACACGATTGATCTCGAC CTGAATGAGTACAAGTACTGGTTCAAGATTTTGTCAGACCATTTGCCTGACCTTGTGGAC AAGGCGGTTGCTAGTGAAGGTGGGACTGATGATGCCAAAAGGAGGGGTGACGCATTCGCA CATGCTTTTTCTGCTCATTTGGCAAGGTTGATGGAGGAGCCTGCTGCTTATGGGAAGTTT GGTTTAGCCAACCTGTTGGAGCTGAGAGAAGAATGCCTGAGAGAATTCCAGTTTGTCGAT GCATATGTTAGCATTAAGCAAAGGGAAAATGAAGCTTCACTGGCTGTTTTACCTGATCTT CTGATGGAACTTGATAGTATGAATGAGGAAGCTAGATTGCTTGCACTAATCGAGGGTGTC CTTGCTGCAAACATATTTGATTGGGGCTCTCGAGCTTGTGTGGACCTTTATCACAAGGGA ACTATAATAGAAATTTATCGCATGAGCCGCAAGAAGATGCAACGTCCTTGGCGGATTGAT GACTTTGATATGTTTAAAAAGAGAATGCTTGCTGATAAGAAGGGCCAACCATACAAAAGA GCACTGCTTTTTGTTGATAACTCGGGTGCTGATGTGGTCCTTGGAATGATTCCTTTAGCA CGGGAATTATTACGCAATGGAACTGAGGTGGTTTTGGTTGCAAATTCATTGCCTGCTTTG AATGATGTTACCGCTAATGAGCTTCCAGGAATTGTGGCTGAAGCTGCGAAGCATTGTGGT ATACTTCGGAAAGCTGCAGAGGCAGGTGGATTGATCTTTGATGCCATGGCTGGCATCCAA GATGATCTGAAAGATGAACCAGTATCAGTTCCCCTTATGGTTGTTGAGAATGGATGTGGC AGTCCGTGTATTGATTTCCGGCAGGTTAGCTCAGAACTTGCTGCTGCAGCGAAAGATGCA GATTTGTTAATCTTAGAGGGCATGGGGCGATCTCTGCATACCAACCTCAATGCCCGTTTT AAGTGCGATACTCTGAAGCTGGCGATGGTCAAGAATCAGAGATTGGCAGAAAAACTTTTC AATGGAAATATATATGACTGCATCTGTAAATTTGAACCTGTTCCTTGAACAATGCGGAAG AATGTGCCGTGGATTTGGTTTGCTCTAGCACAGAAGCAGCTAATAACAGGTACATCTCAC TTAATCTGTAACCAGTGGGGTCATGGTATTAGCAGTGTCACATATCCAAGCAAAAAGCCA TAAGAACAAATTTCTTATATAAGAACTAAAAGATCCTCTCAATGTACTAAATGCTCCTTT AGATGGTAAAGAATCAAAGAAGTGTTGTTGACTTGTTGTGAATATTGTTATCAAAACAAT TTTTCTGAACATGGAGTAGCGACATAATAAAGGTTTTTAAAGAATTTGTAGAAAGC