Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os09t0327200-00
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:9:9647717:9650347:-1 gene:Os09g0327200 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0327200-00)
Sequence	ATGCTCCCTTCCCGCCACCTCCGTTCCGCGGCGCGGCAGCGGAGCCACCGGCCGCCGCCG GCCGCCGGGGACGCCTCCTCCTCTTCCTCCTCGGGGAGGCTCGAACCGGAGGTGATCCGG AGCAACAAGGCCATCACGGCGCACATGCGCGCCGGCCGCGTCGCCGACGCCGAGCGCCTC TTCGCCGCGATGCCCCGGCGCTCCACCTCCACCTACAACGCCATGCTCGCCGGGTACTCC GCCAACGGCCGCCTCCCGCTGGCGGCGTCCCTCTTCCGCGCCATCCCGCGGCCGGACAAC TACTCCTACAACACCCTCCTCCACGCGCTGGCGGTCTCCTCGTCCCTCGCCGACGCGCGC GGCCTGTTCGACGAAATGCCCGTGAGGGATTCGGTCACCTACAACGTCATGATCTCGTCC CATGCCAACCACGGACTTGTGTCGCTCGCGCGGCACTACTTTGATCTTGCCCCCGAGAAG GACGCCGTCTCATGGAATGGGATGCTTGCGGCGTATGTCAGGAATGGACGGGTTGAGGAA GCGAGGGGTTTGTTTAATTCGAGGACAGAGTGGGATGTGATCTCTTGGAACGCACTGATG TCGGGGTATGTGCAGTGGGGTAAGATGTCAGAGGCAAGGGAGCTATTTGATAGGATGCCT GGGAGGGATGTCGTATCCTGGAATATTATGGTCTCGGGTTATGCAAGAAGAGGGGATATG GTGGAGGCAAGAAGGTTGTTTGATGCAGCTCCAGTGAGGGATGTATTCACATGGACAGCA GTCGTGTCTGGGTATGCACAAAATGGAATGTTGGAGGAGGCCAGGAGGGTGTTTGATGCC ATGCCAGAGAGGAATGCGGTGTCTTGGAATGCAATGGTGGCAGCCTACATTCAGCGGAGG ATGATGGATGAAGCAAAGGAACTGTTCAATATGATGCCCTGCAGGAATGTGGCATCATGG AACACAATGTTGACAGGGTATGCTCAGGCAGGGATGTTGGAGGAGGCAAAGGCAGTTTTT GACACGATGCCACAAAAAGATGCAGTCTCCTGGGCTGCAATGCTGGCTGCATATTCTCAG GGTGGTTGCAGTGAGGAAACCCTGCAGTTGTTCATTGAAATGGGGAGGTGTGGTGAATGG GTGAATAGATCAGCATTCGCTTGTGTGTTGAGCACATGTGCTGACATTGCTGCACTTGAA TGTGGAATGCAGCTTCATGGGAGATTGATTAGGGCTGGTTATGGGGTGGGATGTTTTGTT GGGAATGCACTCCTAGCTATGTACTTTAAATGTGGGAACATGGAGGATGCTCGGAATGCA TTCGAGGAAATGGAAGAGAGGGATGTAGTTTCATGGAATACTATGATTGCTGGTTACGCA CGACATGGTTTTGGAAAGGAAGCACTTGAAATTTTTGACATGATGAGGACAACATCCACC AAGCCAGATGATATTACTCTGGTCGGAGTGCTTGCAGCATGTAGTCATTCTGGCTTAGTT GAGAAAGGCATTTCATACTTCTACTCAATGCACCACGATTTTGGTGTGACGGCAAAACCT GAGCACTATACGTGTATGATAGACCTCCTTGGGCGCGCTGGACGATTGGCTGAAGCACAT GATCTTATGAAGGACATGCCATTTGAGCCAGATTCTACCATGTGGGGTGCATTGCTCGGT GCAAGTCGGATCCACCGCAATCCTGAACTTGGCAGGAGTGCAGCTGAGAAAATATTTGAG TTGGAGCCTGAAAATGCTGGCATGTATGTCTTGCTTTCAAATATATATGCATCTTCTGGG AAATGGCGAGATGCGAGGAAAATGAGAGTTATGATGGAAGAGCGGGGTGTGAAGAAGGTG CCTGGATTCAGTTGGATTGAAGTACAGAATAAAGTCCACACTTTCTCAGCTGGTGATTGT GTGCATCCTGAGAAAGAAAAGATATATGCTTTCTTAGAAGACCTTGACATGAGAATGAAG AAAGCTGGCTATGTATCAGCTACAGATATGGTTTTGCATGATGTGGAGGAGGAAGAGAAG GAGCACATGCTCAAGTACCACAGCGAAAAGCTTGCTGTTGCTTATGGAATTTTAAATATT CCTCCTGGGAGGCCTATCCGAGTTATAAAAAACCTCAGGGTATGTGGAGACTGTCACAAT GCTTTCAAGTATATCTCCGCAATTGAGGGCAGGCTGATCCTATTGCGTGATTCTAACCGA TTTCACCACTTTAGAGGAGGGTCTTGTTCCTGTGGGGATTACTGGTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Os09t0327200-00
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:9:9647717:9650347:-1 gene:Os09g0327200 transcript:Os09t0327200-00 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0327200-00)
Sequence	MLPSRHLRSAARQRSHRPPPAAGDASSSSSSGRLEPEVIRSNKAITAHMRAGRVADAERL FAAMPRRSTSTYNAMLAGYSANGRLPLAASLFRAIPRPDNYSYNTLLHALAVSSSLADAR GLFDEMPVRDSVTYNVMISSHANHGLVSLARHYFDLAPEKDAVSWNGMLAAYVRNGRVEE ARGLFNSRTEWDVISWNALMSGYVQWGKMSEARELFDRMPGRDVVSWNIMVSGYARRGDM VEARRLFDAAPVRDVFTWTAVVSGYAQNGMLEEARRVFDAMPERNAVSWNAMVAAYIQRR MMDEAKELFNMMPCRNVASWNTMLTGYAQAGMLEEAKAVFDTMPQKDAVSWAAMLAAYSQ GGCSEETLQLFIEMGRCGEWVNRSAFACVLSTCADIAALECGMQLHGRLIRAGYGVGCFV GNALLAMYFKCGNMEDARNAFEEMEERDVVSWNTMIAGYARHGFGKEALEIFDMMRTTST KPDDITLVGVLAACSHSGLVEKGISYFYSMHHDFGVTAKPEHYTCMIDLLGRAGRLAEAH DLMKDMPFEPDSTMWGALLGASRIHRNPELGRSAAEKIFELEPENAGMYVLLSNIYASSG KWRDARKMRVMMEERGVKKVPGFSWIEVQNKVHTFSAGDCVHPEKEKIYAFLEDLDMRMK KAGYVSATDMVLHDVEEEEKEHMLKYHSEKLAVAYGILNIPPGRPIRVIKNLRVCGDCHN AFKYISAIEGRLILLRDSNRFHHFRGGSCSCGDYW

Transcript Sequence

Transcript ID	Os09t0327200-00
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:9:9647717:9650347:-1 gene:Os09g0327200 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0327200-00)
Sequence	ATGCTCCCTTCCCGCCACCTCCGTTCCGCGGCGCGGCAGCGGAGCCACCGGCCGCCGCCG GCCGCCGGGGACGCCTCCTCCTCTTCCTCCTCGGGGAGGCTCGAACCGGAGGTGATCCGG AGCAACAAGGCCATCACGGCGCACATGCGCGCCGGCCGCGTCGCCGACGCCGAGCGCCTC TTCGCCGCGATGCCCCGGCGCTCCACCTCCACCTACAACGCCATGCTCGCCGGGTACTCC GCCAACGGCCGCCTCCCGCTGGCGGCGTCCCTCTTCCGCGCCATCCCGCGGCCGGACAAC TACTCCTACAACACCCTCCTCCACGCGCTGGCGGTCTCCTCGTCCCTCGCCGACGCGCGC GGCCTGTTCGACGAAATGCCCGTGAGGGATTCGGTCACCTACAACGTCATGATCTCGTCC CATGCCAACCACGGACTTGTGTCGCTCGCGCGGCACTACTTTGATCTTGCCCCCGAGAAG GACGCCGTCTCATGGAATGGGATGCTTGCGGCGTATGTCAGGAATGGACGGGTTGAGGAA GCGAGGGGTTTGTTTAATTCGAGGACAGAGTGGGATGTGATCTCTTGGAACGCACTGATG TCGGGGTATGTGCAGTGGGGTAAGATGTCAGAGGCAAGGGAGCTATTTGATAGGATGCCT GGGAGGGATGTCGTATCCTGGAATATTATGGTCTCGGGTTATGCAAGAAGAGGGGATATG GTGGAGGCAAGAAGGTTGTTTGATGCAGCTCCAGTGAGGGATGTATTCACATGGACAGCA GTCGTGTCTGGGTATGCACAAAATGGAATGTTGGAGGAGGCCAGGAGGGTGTTTGATGCC ATGCCAGAGAGGAATGCGGTGTCTTGGAATGCAATGGTGGCAGCCTACATTCAGCGGAGG ATGATGGATGAAGCAAAGGAACTGTTCAATATGATGCCCTGCAGGAATGTGGCATCATGG AACACAATGTTGACAGGGTATGCTCAGGCAGGGATGTTGGAGGAGGCAAAGGCAGTTTTT GACACGATGCCACAAAAAGATGCAGTCTCCTGGGCTGCAATGCTGGCTGCATATTCTCAG GGTGGTTGCAGTGAGGAAACCCTGCAGTTGTTCATTGAAATGGGGAGGTGTGGTGAATGG GTGAATAGATCAGCATTCGCTTGTGTGTTGAGCACATGTGCTGACATTGCTGCACTTGAA TGTGGAATGCAGCTTCATGGGAGATTGATTAGGGCTGGTTATGGGGTGGGATGTTTTGTT GGGAATGCACTCCTAGCTATGTACTTTAAATGTGGGAACATGGAGGATGCTCGGAATGCA TTCGAGGAAATGGAAGAGAGGGATGTAGTTTCATGGAATACTATGATTGCTGGTTACGCA CGACATGGTTTTGGAAAGGAAGCACTTGAAATTTTTGACATGATGAGGACAACATCCACC AAGCCAGATGATATTACTCTGGTCGGAGTGCTTGCAGCATGTAGTCATTCTGGCTTAGTT GAGAAAGGCATTTCATACTTCTACTCAATGCACCACGATTTTGGTGTGACGGCAAAACCT GAGCACTATACGTGTATGATAGACCTCCTTGGGCGCGCTGGACGATTGGCTGAAGCACAT GATCTTATGAAGGACATGCCATTTGAGCCAGATTCTACCATGTGGGGTGCATTGCTCGGT GCAAGTCGGATCCACCGCAATCCTGAACTTGGCAGGAGTGCAGCTGAGAAAATATTTGAG TTGGAGCCTGAAAATGCTGGCATGTATGTCTTGCTTTCAAATATATATGCATCTTCTGGG AAATGGCGAGATGCGAGGAAAATGAGAGTTATGATGGAAGAGCGGGGTGTGAAGAAGGTG CCTGGATTCAGTTGGATTGAAGTACAGAATAAAGTCCACACTTTCTCAGCTGGTGATTGT GTGCATCCTGAGAAAGAAAAGATATATGCTTTCTTAGAAGACCTTGACATGAGAATGAAG AAAGCTGGCTATGTATCAGCTACAGATATGGTTTTGCATGATGTGGAGGAGGAAGAGAAG GAGCACATGCTCAAGTACCACAGCGAAAAGCTTGCTGTTGCTTATGGAATTTTAAATATT CCTCCTGGGAGGCCTATCCGAGTTATAAAAAACCTCAGGGTATGTGGAGACTGTCACAAT GCTTTCAAGTATATCTCCGCAATTGAGGGCAGGCTGATCCTATTGCGTGATTCTAACCGA TTTCACCACTTTAGAGGAGGGTCTTGTTCCTGTGGGGATTACTGGTGA