Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os09t0251500-01
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:9:3935206:3938411:-1 gene:Os09g0251500 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0251500-01)
Sequence	ATGAGAAGCGCCGGGACCATCAGCCAGCAGCTCACCCGCTACGCCGCGGCGCAGGCGCTG CTCCCGGGGGCGCACCTCCACGCCAACCTCCTCAAGTCCGGCTTCCTCGCCTCACTCCGC AACCACCTCATCTCCTTCTACTCCAAGTGCCGCCGCCCCTGCTGCGCCCGCAGGGTGTTC GACGAAATCCCTGACCCGTGCCACGTCTCATGGTCATCCCTCGTCACAGCCTACTCCAAC AACGGCCTGCCCCGGAGCGCAATCCAGGCCTTCCACGGCATGCGCGCGGAGGGTGTATGC TGCAATGAGTTCGCTCTCCCTGTTGTGCTCAAGTGCGTGCCGGACGCCCAGCTCGGTGCG CAGGTGCACGCCATGGCGATGGCTACGGGGTTTGGCAGTGATGTCTTCGTGGCGAACGCG CTTGTGGCCATGTACGGTGGATTTGGCTTCATGGATGATGCGAGGAGGGTGTTCGATGAG GCCGGCAGCGAGAGGAATGCCGTCTCCTGGAATGGCCTGATGTCAGCGTATGTCAAGAAT GACCAGTGCGGCGATGCCATCCAGGTGTTTGGTGAGATGGTGTGGAGTGGGATTCAGCCT ACTGAATTTGGGTTCTCTTGTGTGGTGAACGCCTGCACGGGTTCCAGGAATATAGACGCT GGAAGACAAGTGCATGCTATGGTGGTACGGATGGGCTATGAAAAGGATGTGTTCACGGCC AATGCATTGGTTGACATGTATGTGAAAATGGGGCGTGTTGATATTGCTTCTGTTATTTTT GAGAAAATGCCTGATTCGGATGTGGTCTCCTGGAATGCTTTAATTTCTGGGTGCGTACTT AATGGTCACGATCACCGTGCGATAGAGTTGTTACTGCAGATGAAGTCTTCAGGGCTGGTT CCCAACGTGTTTATGTTGTCTAGCATCCTGAAGGCTTGTGCTGGTGCTGGTGCATTTGAT TTGGGTCGGCAAATCCACGGGTTCATGATCAAAGCCAATGCAGATTCAGATGATTATATA GGTGTTGGTCTTGTGGATATGTATGCAAAGAACCATTTTTTGGACGATGCAATGAAGGTT TTTGATTGGATGTCCCATAGGGATTTGATTCTGTGGAATGCACTGATATCAGGTTGTTCT CATGGAGGACGACATGATGAGGCTTTCTCTATCTTTTACGGGTTGAGAAAGGAGGGTCTC GGCGTGAATAGGACAACATTGGCTGCTGTTCTCAAGTCCACAGCAAGCTTGGAGGCAGCC AGCGCCACAAGACAAGTTCATGCTCTTGCAGAGAAGATAGGTTTCATATTTGACGCTCAT GTTGTCAATGGGCTTATTGATTCCTATTGGAAGTGCAGTTGTCTCAGTGATGCAATCAGA GTGTTTGAAGAATGTTCTTCTGGTGACATTATAGCTGTTACATCCATGATCACAGCACTC TCACAGTGTGACCATGGTGAGGGTGCAATAAAGCTGTTCATGGAAATGCTAAGGAAGGGG CTTGAGCCAGATCCTTTCGTGCTAAGTAGCCTACTGAATGCTTGTGCTAGCTTATCAGCT TATGAGCAAGGGAAGCAAGTCCATGCTCATCTGATCAAGCGACAGTTCATGTCAGATGCG TTTGCAGGGAATGCTCTTGTGTACACTTATGCTAAGTGTGGTAGCATAGAAGATGCAGAG TTGGCTTTCTCCAGCCTGCCAGAGAGGGGAGTTGTCTCATGGTCTGCAATGATCGGAGGG CTAGCACAGCATGGGCATGGGAAGAGAGCATTGGAATTGTTTGGCAGGATGGTTGATGAA GGCATTAATCCAAACCACATCACCATGACTAGCGTTCTCTGTGCCTGCAACCATGCAGGG CTTGTTGATGAGGCCAAGCGGTACTTCAATTCAATGAAGGAGATGTTTGGCATTGACAGG ACTGAGGAACATTACTCATGTATGATTGATTTGCTTGGCCGTGCTGGTAAACTAGACGAT GCAATGGAGCTTGTTAACAGCATGCCATTCCAAGCAAATGCCTCAGTTTGGGGGGCACTA CTAGGAGCCTCAAGAGTCCACAAAGACCCAGAACTGGGAAAGCTGGCAGCTGAAAAGCTC TTCATCCTAGAGCCTGAGAAATCCGGTACACATGTTCTGCTTGCAAACACTTATGCATCT TCAGGCATGTGGAATGAGGTGGCTAAGGTGCGAAAGCTAATGAAAGATAGTAACATCAAG AAGGAGCCTGCCATGAGCTGGGTTGAGGTTAAGGACAAGGTGCATACTTTCATTGTTGGT GACAAGAGCCACCCGATGACAAAAGAGATATACTCAAAGCTAGATGAATTGGGAGATCTG ATGAGCAAAGCTGGTTATATTCCAAATGTAGATGTTGATCTCCATGATTTAGACAGGAGT GAAAAGGAGTTACTTCTTTCTCATCATAGTGAAAGGCTGGCTGTCGCATTCGCTTTGCTC AGCACTCCACCTGGAGCACCCATTAGGGTCAAGAAAAATCTGCGCATATGTAGAGATTGC CATATGGCATTTAAGTTCATTTCAAATATTGTTTCGAGGGAAATTATCATCAGAGACATA AACCGATTCCATCATTTCAGAGATGGGACATGTTCTTGTGGTGATTACTGGTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Os09t0251500-01
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:9:3935206:3938411:-1 gene:Os09g0251500 transcript:Os09t0251500-01 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0251500-01)
Sequence	MRSAGTISQQLTRYAAAQALLPGAHLHANLLKSGFLASLRNHLISFYSKCRRPCCARRVF DEIPDPCHVSWSSLVTAYSNNGLPRSAIQAFHGMRAEGVCCNEFALPVVLKCVPDAQLGA QVHAMAMATGFGSDVFVANALVAMYGGFGFMDDARRVFDEAGSERNAVSWNGLMSAYVKN DQCGDAIQVFGEMVWSGIQPTEFGFSCVVNACTGSRNIDAGRQVHAMVVRMGYEKDVFTA NALVDMYVKMGRVDIASVIFEKMPDSDVVSWNALISGCVLNGHDHRAIELLLQMKSSGLV PNVFMLSSILKACAGAGAFDLGRQIHGFMIKANADSDDYIGVGLVDMYAKNHFLDDAMKV FDWMSHRDLILWNALISGCSHGGRHDEAFSIFYGLRKEGLGVNRTTLAAVLKSTASLEAA SATRQVHALAEKIGFIFDAHVVNGLIDSYWKCSCLSDAIRVFEECSSGDIIAVTSMITAL SQCDHGEGAIKLFMEMLRKGLEPDPFVLSSLLNACASLSAYEQGKQVHAHLIKRQFMSDA FAGNALVYTYAKCGSIEDAELAFSSLPERGVVSWSAMIGGLAQHGHGKRALELFGRMVDE GINPNHITMTSVLCACNHAGLVDEAKRYFNSMKEMFGIDRTEEHYSCMIDLLGRAGKLDD AMELVNSMPFQANASVWGALLGASRVHKDPELGKLAAEKLFILEPEKSGTHVLLANTYAS SGMWNEVAKVRKLMKDSNIKKEPAMSWVEVKDKVHTFIVGDKSHPMTKEIYSKLDELGDL MSKAGYIPNVDVDLHDLDRSEKELLLSHHSERLAVAFALLSTPPGAPIRVKKNLRICRDC HMAFKFISNIVSREIIIRDINRFHHFRDGTCSCGDYW

Transcript Sequence

Transcript ID	Os09t0251500-01
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:9:3935206:3938411:-1 gene:Os09g0251500 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os09t0251500-01)
Sequence	TTTTTCCTTCTCGATATCGACGTCGTCGCCGTCTGCTTCGCCCAAATCGCCGCCGCTGCC GCCAAACCGTCGGTGGAGAAGGCCTACCGGGTTCCTGTGGCCCGACGGTGAACTTCACGG GCATGGCCGCGATGGAGCCGAAGGCGAGTTCCGGTGGATTTTCCTCGGCGGTTGTCGGCG ACGGGGGCGCAGTCCCGCCGGGGCTCGCCCCCGTTGCCATCCTTAGAGCCGTGTGAAGGG CAGCAAAGGCCCTCCACCCTAGAGCATTCTCTCCGGCGGCGCCGCTCGTGCCGGAACGCC TTTTCCGATGAGAAGCGCCGGGACCATCAGCCAGCAGCTCACCCGCTACGCCGCGGCGCA GGCGCTGCTCCCGGGGGCGCACCTCCACGCCAACCTCCTCAAGTCCGGCTTCCTCGCCTC ACTCCGCAACCACCTCATCTCCTTCTACTCCAAGTGCCGCCGCCCCTGCTGCGCCCGCAG GGTGTTCGACGAAATCCCTGACCCGTGCCACGTCTCATGGTCATCCCTCGTCACAGCCTA CTCCAACAACGGCCTGCCCCGGAGCGCAATCCAGGCCTTCCACGGCATGCGCGCGGAGGG TGTATGCTGCAATGAGTTCGCTCTCCCTGTTGTGCTCAAGTGCGTGCCGGACGCCCAGCT CGGTGCGCAGGTGCACGCCATGGCGATGGCTACGGGGTTTGGCAGTGATGTCTTCGTGGC GAACGCGCTTGTGGCCATGTACGGTGGATTTGGCTTCATGGATGATGCGAGGAGGGTGTT CGATGAGGCCGGCAGCGAGAGGAATGCCGTCTCCTGGAATGGCCTGATGTCAGCGTATGT CAAGAATGACCAGTGCGGCGATGCCATCCAGGTGTTTGGTGAGATGGTGTGGAGTGGGAT TCAGCCTACTGAATTTGGGTTCTCTTGTGTGGTGAACGCCTGCACGGGTTCCAGGAATAT AGACGCTGGAAGACAAGTGCATGCTATGGTGGTACGGATGGGCTATGAAAAGGATGTGTT CACGGCCAATGCATTGGTTGACATGTATGTGAAAATGGGGCGTGTTGATATTGCTTCTGT TATTTTTGAGAAAATGCCTGATTCGGATGTGGTCTCCTGGAATGCTTTAATTTCTGGGTG CGTACTTAATGGTCACGATCACCGTGCGATAGAGTTGTTACTGCAGATGAAGTCTTCAGG GCTGGTTCCCAACGTGTTTATGTTGTCTAGCATCCTGAAGGCTTGTGCTGGTGCTGGTGC ATTTGATTTGGGTCGGCAAATCCACGGGTTCATGATCAAAGCCAATGCAGATTCAGATGA TTATATAGGTGTTGGTCTTGTGGATATGTATGCAAAGAACCATTTTTTGGACGATGCAAT GAAGGTTTTTGATTGGATGTCCCATAGGGATTTGATTCTGTGGAATGCACTGATATCAGG TTGTTCTCATGGAGGACGACATGATGAGGCTTTCTCTATCTTTTACGGGTTGAGAAAGGA GGGTCTCGGCGTGAATAGGACAACATTGGCTGCTGTTCTCAAGTCCACAGCAAGCTTGGA GGCAGCCAGCGCCACAAGACAAGTTCATGCTCTTGCAGAGAAGATAGGTTTCATATTTGA CGCTCATGTTGTCAATGGGCTTATTGATTCCTATTGGAAGTGCAGTTGTCTCAGTGATGC AATCAGAGTGTTTGAAGAATGTTCTTCTGGTGACATTATAGCTGTTACATCCATGATCAC AGCACTCTCACAGTGTGACCATGGTGAGGGTGCAATAAAGCTGTTCATGGAAATGCTAAG GAAGGGGCTTGAGCCAGATCCTTTCGTGCTAAGTAGCCTACTGAATGCTTGTGCTAGCTT ATCAGCTTATGAGCAAGGGAAGCAAGTCCATGCTCATCTGATCAAGCGACAGTTCATGTC AGATGCGTTTGCAGGGAATGCTCTTGTGTACACTTATGCTAAGTGTGGTAGCATAGAAGA TGCAGAGTTGGCTTTCTCCAGCCTGCCAGAGAGGGGAGTTGTCTCATGGTCTGCAATGAT CGGAGGGCTAGCACAGCATGGGCATGGGAAGAGAGCATTGGAATTGTTTGGCAGGATGGT TGATGAAGGCATTAATCCAAACCACATCACCATGACTAGCGTTCTCTGTGCCTGCAACCA TGCAGGGCTTGTTGATGAGGCCAAGCGGTACTTCAATTCAATGAAGGAGATGTTTGGCAT TGACAGGACTGAGGAACATTACTCATGTATGATTGATTTGCTTGGCCGTGCTGGTAAACT AGACGATGCAATGGAGCTTGTTAACAGCATGCCATTCCAAGCAAATGCCTCAGTTTGGGG GGCACTACTAGGAGCCTCAAGAGTCCACAAAGACCCAGAACTGGGAAAGCTGGCAGCTGA AAAGCTCTTCATCCTAGAGCCTGAGAAATCCGGTACACATGTTCTGCTTGCAAACACTTA TGCATCTTCAGGCATGTGGAATGAGGTGGCTAAGGTGCGAAAGCTAATGAAAGATAGTAA CATCAAGAAGGAGCCTGCCATGAGCTGGGTTGAGGTTAAGGACAAGGTGCATACTTTCAT TGTTGGTGACAAGAGCCACCCGATGACAAAAGAGATATACTCAAAGCTAGATGAATTGGG AGATCTGATGAGCAAAGCTGGTTATATTCCAAATGTAGATGTTGATCTCCATGATTTAGA CAGGAGTGAAAAGGAGTTACTTCTTTCTCATCATAGTGAAAGGCTGGCTGTCGCATTCGC TTTGCTCAGCACTCCACCTGGAGCACCCATTAGGGTCAAGAAAAATCTGCGCATATGTAG AGATTGCCATATGGCATTTAAGTTCATTTCAAATATTGTTTCGAGGGAAATTATCATCAG AGACATAAACCGATTCCATCATTTCAGAGATGGGACATGTTCTTGTGGTGATTACTGGTA GAAACATCGGAACAGGATTTTTTGTAGCTTTTTGAGAATTGTGGTGGTCAGAAAAGTATA CACACGCTCAGAGAGGCTTAACAATTTAGAAAATTTTGTACCCACTGTAGCAACCATTTT AGACAGTTGTTGGAGTATTCAATAAGCTATGTGGTTTCTGTAGCTCAATCTACAACACAC TCCACACTAAGCCAGAAAGGTCCAAAATTTTGTTTTTTCTGTTGTGTTAACGAAGGAGCA GTCCTCATGTACATGATTTTTTAAAC