Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os05t0572900-01
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:5:28534213:28536925:-1 gene:Os05g0572900 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os05t0572900-01)
Sequence	ATGGCGGCCGCCCGAGCTTGCCCTATGGGAGTATCGGTCGACCAGCGGCGCGCGGCCGTT GCCGTGCTCCGCGCCGCCGCCGCCGCCGGCGAGCTTTCGTTAGGGAAGGCGGTTCACGCG AGGGTTGTCAGGGCCGCGCGCTTCGACGTCGTCCAGTACAACAACCTCATTGCCCTGTAC GTCAAGTGCGGCCGCCTAGGCCTCGCCCGCCAGGTGTTCGACGCAATGCCCTCCCGGAAC CCCGTGTCTGGGAACCTGCTCATGTCCGGGTACGCTTCTTCCGGGCGCCACAGGGACGCC CTCGCGCTCCTCAGGGTGGCTGACTTTGGTCTGAATGAGTACGTGCTGTCGTCGGCTGTG GCCGCGACTGCCCATGTCCGGAGCTATGATATGGGGAGGCAGTGCCATGGATATGCTATC AAGGCTGGACTAGCAGAGCACCCTTACGTTTGTAGTGCGGTGCTGCATATGTATTGCCAA TGTGCACACATGGACGAAGCGGTGAAGGTATTTGATAATGTTTCCAGTTTTAATGTATTC GCGTTCAACTCAATGATAAATGGGTTTCTTGATCGGGGCCAGATGGATGGTTCCACCAGT ATAGTAAGAAGCATGGTGAGAAATGTCGGGCAATGGGATCATGTGTCATATGTCGCAGTT CTTGGGCATTGTGCTAGCACGAAAGAGGTGGTGCTTGGGAGTCAGGTGCATACCCAAGCG TTGAAGAGGAGGCTTGAGCTGAATGTGTATGTGGGGAGTGCACTCGTTGATATGTATGGG AAATGTGACTTTCCCCATGAAGCTAATCGCGTGTTTGAGGTTTTGCCAGAAAAGAATATT GTTTCCTGGACAGCCATTATGACTGCTTATACACAAAATGAGCTGTTTGAAGATGCATTG CAGTTGTTCTTGGATATGGAAATGGAAGGAGTTCGGCCTAATGAGTTCACTTATGCTGTT GCTCTCAACAGTTGCGCTGGTCTTGCCACCTTGAAAAATGGTAATGCCCTTGGTGCATGT ACTATGAAAACTGGGCATTGGGGCCTTTTGCCTGTCTGTAATGCCCTCATGAACATGTAC TCAAAGAGTGGCAGTGTTGAGGATGCACGGAGAGTCTTCCTTTCTATGCCATGTCGTGAT GTGGTTTCTTGGAATTCAATCATCATTGGCTACGCTCATCATGGCCGTGCAAGAGAAGCC ATGGAAGCATTTCATGATATGTTGTTTGCAGAAGAAGTCCCATCTTATGTAACTTTCATT GGGGTGCTGTCAGCCTGTGCTCAGTTGGGTCTTGTAGATGAAGGGTTCTACTACCTGAAT ATTATGATGAAGGAAGTGGGAGTAAAACCTGGTAAGGAACATTACACTTGCATGGTCGGT TTGCTGTGCAGAGTTGGACGGCTTGACGAGGCAGAACGATTCATAGAAAGTAACTGCATT GGTACCGATGTTGTTGCATGGAGATCACTTCTAAGTTCTTGCCAAGTATATAGAAATTAT GGTCTTGGTCATCGAGTAGCTGAACAGATTTTTCAGTTAAAGCCCAAAGATGTTGGAACC TATGTTTTGCTTTCTAATATGTATGCGAAAGCAAACCGGTGGGATGGTGTCGTGAAGGTT CGGAGGCTGATGAGAGAGTTGGGCGTTAGGAAGGAGCCTGGTGTTAGTTGGATTCAAGTG GGTAGTGAGGTCCATGTTTTCACATCTGAGGACAAAAAACACCCATATATGGAGCAGATC ACCAAAAAACTCCAAGAGCTGATAGACAAGATAAAAGTGATTGGATATGTTCCAAACATT GCAGTGGCCCTACATGATGTTGAGGATGAACAAAAGGAAGAACATCTTATGTATCACAGT GAGAAATTAGCTCTTGCATTTGGCCTTATTCGCACCCCCAAGGGAGAAGCTATTCGTATA ATGAAAAACGTCAGGATATGTGATGATTGCCATGTTGCCATCAAACTCATTTCACTTGCC ACAGGCAGAAGAATAGTTGTAAGGGACACTGTTCGGTTTCATTGTATAGAAGATGGAGTC TGCTCATGTGATGACTATTGGTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Os05t0572900-01
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:5:28534213:28536925:-1 gene:Os05g0572900 transcript:Os05t0572900-01 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os05t0572900-01)
Sequence	MAAARACPMGVSVDQRRAAVAVLRAAAAAGELSLGKAVHARVVRAARFDVVQYNNLIALY VKCGRLGLARQVFDAMPSRNPVSGNLLMSGYASSGRHRDALALLRVADFGLNEYVLSSAV AATAHVRSYDMGRQCHGYAIKAGLAEHPYVCSAVLHMYCQCAHMDEAVKVFDNVSSFNVF AFNSMINGFLDRGQMDGSTSIVRSMVRNVGQWDHVSYVAVLGHCASTKEVVLGSQVHTQA LKRRLELNVYVGSALVDMYGKCDFPHEANRVFEVLPEKNIVSWTAIMTAYTQNELFEDAL QLFLDMEMEGVRPNEFTYAVALNSCAGLATLKNGNALGACTMKTGHWGLLPVCNALMNMY SKSGSVEDARRVFLSMPCRDVVSWNSIIIGYAHHGRAREAMEAFHDMLFAEEVPSYVTFI GVLSACAQLGLVDEGFYYLNIMMKEVGVKPGKEHYTCMVGLLCRVGRLDEAERFIESNCI GTDVVAWRSLLSSCQVYRNYGLGHRVAEQIFQLKPKDVGTYVLLSNMYAKANRWDGVVKV RRLMRELGVRKEPGVSWIQVGSEVHVFTSEDKKHPYMEQITKKLQELIDKIKVIGYVPNI AVALHDVEDEQKEEHLMYHSEKLALAFGLIRTPKGEAIRIMKNVRICDDCHVAIKLISLA TGRRIVVRDTVRFHCIEDGVCSCDDYW

Transcript Sequence

Transcript ID	Os05t0572900-01
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:5:28534213:28536925:-1 gene:Os05g0572900 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os05t0572900-01)
Sequence	AGAATAGGCCCATGGAAAACACTCAAACCTTCTCTCTGGCGGCTGGCGGCGGCTCTGCTT AAACCCCGCCGCCCGCGCGCCTTCTTCCCCAACTCCGGCGGCCGCGCCACCATTCCTCGC AGCTCCGGTGTTCTCTGCTGTTGTCTGGGGCTCCCCCGCGCAGGATAAGGGGACCCACCT CCGCCGCCCGCGCGCCTGCTCCCCCCCAACTCCGGCGCCCCCGCGCCTCCTTCCCAACTC CGGTGGTGCCGGCTGAGGAGCTTGAGCACGCCGGGAGGGGAGGGGTGGGGGGTTTACGGG GACGGCTGTGGCATGGCGGCCGCCCGAGCTTGCCCTATGGGAGTATCGGTCGACCAGCGG CGCGCGGCCGTTGCCGTGCTCCGCGCCGCCGCCGCCGCCGGCGAGCTTTCGTTAGGGAAG GCGGTTCACGCGAGGGTTGTCAGGGCCGCGCGCTTCGACGTCGTCCAGTACAACAACCTC ATTGCCCTGTACGTCAAGTGCGGCCGCCTAGGCCTCGCCCGCCAGGTGTTCGACGCAATG CCCTCCCGGAACCCCGTGTCTGGGAACCTGCTCATGTCCGGGTACGCTTCTTCCGGGCGC CACAGGGACGCCCTCGCGCTCCTCAGGGTGGCTGACTTTGGTCTGAATGAGTACGTGCTG TCGTCGGCTGTGGCCGCGACTGCCCATGTCCGGAGCTATGATATGGGGAGGCAGTGCCAT GGATATGCTATCAAGGCTGGACTAGCAGAGCACCCTTACGTTTGTAGTGCGGTGCTGCAT ATGTATTGCCAATGTGCACACATGGACGAAGCGGTGAAGGTATTTGATAATGTTTCCAGT TTTAATGTATTCGCGTTCAACTCAATGATAAATGGGTTTCTTGATCGGGGCCAGATGGAT GGTTCCACCAGTATAGTAAGAAGCATGGTGAGAAATGTCGGGCAATGGGATCATGTGTCA TATGTCGCAGTTCTTGGGCATTGTGCTAGCACGAAAGAGGTGGTGCTTGGGAGTCAGGTG CATACCCAAGCGTTGAAGAGGAGGCTTGAGCTGAATGTGTATGTGGGGAGTGCACTCGTT GATATGTATGGGAAATGTGACTTTCCCCATGAAGCTAATCGCGTGTTTGAGGTTTTGCCA GAAAAGAATATTGTTTCCTGGACAGCCATTATGACTGCTTATACACAAAATGAGCTGTTT GAAGATGCATTGCAGTTGTTCTTGGATATGGAAATGGAAGGAGTTCGGCCTAATGAGTTC ACTTATGCTGTTGCTCTCAACAGTTGCGCTGGTCTTGCCACCTTGAAAAATGGTAATGCC CTTGGTGCATGTACTATGAAAACTGGGCATTGGGGCCTTTTGCCTGTCTGTAATGCCCTC ATGAACATGTACTCAAAGAGTGGCAGTGTTGAGGATGCACGGAGAGTCTTCCTTTCTATG CCATGTCGTGATGTGGTTTCTTGGAATTCAATCATCATTGGCTACGCTCATCATGGCCGT GCAAGAGAAGCCATGGAAGCATTTCATGATATGTTGTTTGCAGAAGAAGTCCCATCTTAT GTAACTTTCATTGGGGTGCTGTCAGCCTGTGCTCAGTTGGGTCTTGTAGATGAAGGGTTC TACTACCTGAATATTATGATGAAGGAAGTGGGAGTAAAACCTGGTAAGGAACATTACACT TGCATGGTCGGTTTGCTGTGCAGAGTTGGACGGCTTGACGAGGCAGAACGATTCATAGAA AGTAACTGCATTGGTACCGATGTTGTTGCATGGAGATCACTTCTAAGTTCTTGCCAAGTA TATAGAAATTATGGTCTTGGTCATCGAGTAGCTGAACAGATTTTTCAGTTAAAGCCCAAA GATGTTGGAACCTATGTTTTGCTTTCTAATATGTATGCGAAAGCAAACCGGTGGGATGGT GTCGTGAAGGTTCGGAGGCTGATGAGAGAGTTGGGCGTTAGGAAGGAGCCTGGTGTTAGT TGGATTCAAGTGGGTAGTGAGGTCCATGTTTTCACATCTGAGGACAAAAAACACCCATAT ATGGAGCAGATCACCAAAAAACTCCAAGAGCTGATAGACAAGATAAAAGTGATTGGATAT GTTCCAAACATTGCAGTGGCCCTACATGATGTTGAGGATGAACAAAAGGAAGAACATCTT ATGTATCACAGTGAGAAATTAGCTCTTGCATTTGGCCTTATTCGCACCCCCAAGGGAGAA GCTATTCGTATAATGAAAAACGTCAGGATATGTGATGATTGCCATGTTGCCATCAAACTC ATTTCACTTGCCACAGGCAGAAGAATAGTTGTAAGGGACACTGTTCGGTTTCATTGTATA GAAGATGGAGTCTGCTCATGTGATGACTATTGGTGATTCAATCTATATAATATGTCAATA TAAAAGTGGCAAAGCTTTTGCCCTTTCTTAAAAAAAAACTATATAATATGTGGTTCTCAA AGGTCGATTGCATAAAGCCTCGTGAATCAGCTGAATGGAGCTGATTGGCCATATATGTGA TTCAAGAGCATTTTTGCTGAGTATAAATGTTGAGGTGGGACCAGAGAGTCATTAAAGTCG CAGCTCCAGAGGACAAGTGAAGTTAGGACATGGACATGGAAATGCAATCATTTTTTTGAA GAACAAAGTTAAAAGATGTAAATATGTGAATTATTTTAACGACTAACAAGGGAGGATATG CTATTGCTTTCCC