Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os04t0488200-00
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:4:24389666:24390928:1 gene:Os04g0488200 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os04t0488200-00)
Sequence	ATGGCAGAGCGGGACGTTGTGTCATGGACCGCGCTGTTGTCTGCGTTCACCAGGGGAGGT ATGTTCATGGAGGCTCTCGGGGTCCTTGCTGAGATGGACGTTACACCGAACGAGGTAACA CTGGCAAGCGTGCTTGTCGCTTGTGGAAATCTGGGGACGGCACGGGCTGGGAAGGCCGTG CATGGATGGTACTTCAGGCGGGAGAAGGAGCTGAACCTAATTGTTGGCAATGCTCTGTTA GATATGTATGTCAAGTGCGAGAAACTGGATCTTGCAAGGAGGGTATTTGACATGCTTTTG GCGAGGGACATTGTTTCATGGACGGTTATGATAAGTGGCTTGGTGCAGTGCAAGCGTCCT AGTGAAGCATTGGAGGTGTTCAATGCGATGCAGATATCGGGAGTGAAGCCAGACAAGGTT GTTCTTTCCACTGTCCTCTCAGCTTGTGCAAGCTTGGGCGCACTGGAGTCTGGTAGGTGG GTTCATGAGTACATAGAACGGAAGGGCATCGAGTGGGATGTGCATGTGGGGACTTCAGTT GTTGATATGTACGTCAAGTGTGGATGCTTGGACACCGCTGTTTCCATCTTCCAAGAGATG CCCCTCAAGAATGTATCTTCCTGGAATGCGTTGATCAATGGGTTTGCATTGCATGGTCGT GGCAGGGAGGCTCTTGACTGCTTTGACAGGATGGTTGCATCAGGTTTGCACCCCAATGAG GTCACTTTTATAACTGTCCTTGGTGCATGTTGCCACTCTGGTTTAGTGCAAGAAGGCCGT CAGTTGTTTGAGTTGATGACAAAGTCCTACAAGCTCTCACCTTGGGAAGATCATTATGGT TGCATGGTTGATCTTCTTGGAAGAGCTGGGCTCATCCAGGAAGCATATGATGTAATTAAA GCCATGCCTATGAGACCCGGTGTGTTCACATGGGTAACCCTACTAAGTGCATGCCAAGCT CATGGACGAATGGATTTCTCGCAGCAGATTCTTATGCATATCCATGAGTTGGAGTCCTCT GGGAATGGGATTTATGTCCTTCTCTCCAACATGTATGCAGTGAGTGATAGATGGGCAGAT GTAGGGAAGGCGAGAGGGTTCATGAATGAGAAAGGCATGCAGAAGGAACCAGGATCCAGT GTGATTGAGGTGAATGGGAAGACCTGTGAATTCTTAGTTGGGCAACAGAACCATCTGTAT ATGGATGATGTACGTGCAATGCTTTCCATACTTATGAAGCAAATACATCTGGATGGTCTC TAG

Peptide Sequence

PEP ID	Os04t0488200-00
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:4:24389666:24390928:1 gene:Os04g0488200 transcript:Os04t0488200-00 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os04t0488200-00)
Sequence	MAERDVVSWTALLSAFTRGGMFMEALGVLAEMDVTPNEVTLASVLVACGNLGTARAGKAV HGWYFRREKELNLIVGNALLDMYVKCEKLDLARRVFDMLLARDIVSWTVMISGLVQCKRP SEALEVFNAMQISGVKPDKVVLSTVLSACASLGALESGRWVHEYIERKGIEWDVHVGTSV VDMYVKCGCLDTAVSIFQEMPLKNVSSWNALINGFALHGRGREALDCFDRMVASGLHPNE VTFITVLGACCHSGLVQEGRQLFELMTKSYKLSPWEDHYGCMVDLLGRAGLIQEAYDVIK AMPMRPGVFTWVTLLSACQAHGRMDFSQQILMHIHELESSGNGIYVLLSNMYAVSDRWAD VGKARGFMNEKGMQKEPGSSVIEVNGKTCEFLVGQQNHLYMDDVRAMLSILMKQIHLDGL

Transcript Sequence

Transcript ID	Os04t0488200-00
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:4:24389666:24390928:1 gene:Os04g0488200 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os04t0488200-00)
Sequence	ATGGCAGAGCGGGACGTTGTGTCATGGACCGCGCTGTTGTCTGCGTTCACCAGGGGAGGT ATGTTCATGGAGGCTCTCGGGGTCCTTGCTGAGATGGACGTTACACCGAACGAGGTAACA CTGGCAAGCGTGCTTGTCGCTTGTGGAAATCTGGGGACGGCACGGGCTGGGAAGGCCGTG CATGGATGGTACTTCAGGCGGGAGAAGGAGCTGAACCTAATTGTTGGCAATGCTCTGTTA GATATGTATGTCAAGTGCGAGAAACTGGATCTTGCAAGGAGGGTATTTGACATGCTTTTG GCGAGGGACATTGTTTCATGGACGGTTATGATAAGTGGCTTGGTGCAGTGCAAGCGTCCT AGTGAAGCATTGGAGGTGTTCAATGCGATGCAGATATCGGGAGTGAAGCCAGACAAGGTT GTTCTTTCCACTGTCCTCTCAGCTTGTGCAAGCTTGGGCGCACTGGAGTCTGGTAGGTGG GTTCATGAGTACATAGAACGGAAGGGCATCGAGTGGGATGTGCATGTGGGGACTTCAGTT GTTGATATGTACGTCAAGTGTGGATGCTTGGACACCGCTGTTTCCATCTTCCAAGAGATG CCCCTCAAGAATGTATCTTCCTGGAATGCGTTGATCAATGGGTTTGCATTGCATGGTCGT GGCAGGGAGGCTCTTGACTGCTTTGACAGGATGGTTGCATCAGGTTTGCACCCCAATGAG GTCACTTTTATAACTGTCCTTGGTGCATGTTGCCACTCTGGTTTAGTGCAAGAAGGCCGT CAGTTGTTTGAGTTGATGACAAAGTCCTACAAGCTCTCACCTTGGGAAGATCATTATGGT TGCATGGTTGATCTTCTTGGAAGAGCTGGGCTCATCCAGGAAGCATATGATGTAATTAAA GCCATGCCTATGAGACCCGGTGTGTTCACATGGGTAACCCTACTAAGTGCATGCCAAGCT CATGGACGAATGGATTTCTCGCAGCAGATTCTTATGCATATCCATGAGTTGGAGTCCTCT GGGAATGGGATTTATGTCCTTCTCTCCAACATGTATGCAGTGAGTGATAGATGGGCAGAT GTAGGGAAGGCGAGAGGGTTCATGAATGAGAAAGGCATGCAGAAGGAACCAGGATCCAGT GTGATTGAGGTGAATGGGAAGACCTGTGAATTCTTAGTTGGGCAACAGAACCATCTGTAT ATGGATGATGTACGTGCAATGCTTTCCATACTTATGAAGCAAATACATCTGGATGGTCTC TAG