Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os03t0719800-01
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:3:29168197:29176006:-1 gene:Os03g0719800 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:PHYTOCHROME A description:Phytochrome A, Photoreceptor (Os03t0719800-01)
Sequence	ATGTCTTCTTCAAGACCTACTCAATGTTCCAGTTCATCCAGCAGGACCCGCCAAAGCTCC CGGGCAAGGATATTAGCACAAACAACTCTTGATGCTGAACTCAATGCTGAATATGAAGAA TATGGCGACTCCTTTGATTACTCCAAATTGGTTGAAGCACAGAGAACTACTGGACCTGAG CAGCAAGCTCGTTCTGAGAAGGTCATAGCTTACTTGCATCACATTCAGAGAGCAAAGCTA ATCCAACCATTTGGTTGCTTGTTGGCCCTTGATGAGAAGACCTTCAATGTTATAGCGCTC AGCGAGAATGCACCAGAGATGCTTACAACTGTCAGCCATGCAGTGCCAAGTGTTGATGAT CCCCCAAAGCTACGCATTGGCACCAATGTATGGTCTCTTTTCACTGACCCAGGTGCCACA GCACTGCAGAAGGCACTGGGATTTGCTGATGTTTCCTTGCTGAACCCTATCCTAGTTCAA TGCAAGACCTCAGGCAAGCCTTTCTATGCCATTGTTCATCGGGCAACTGGTTGTTTGGTG GTAGACTTTGAGCCTGTGAAACCTACAGAATTTCCAGCAACTGCCGCTGGGGCTTTGCAA TCTTACAAACTTGCTGCCAAGGCAATCTCTAAGATCCAGTCACTGCCAGGTGGAAGCATG GAGGTGCTATGCAATACGGTGGTCAAGGAACTCTTTGACCTCACAGGATATGATAGAGTT ATGGCTTATAAGTTCCATGAAGATGACCATGGTGAAGTCTTTGCTGAGATCACAAAGCCT GGTCTTGAACCTTATCTTGGCCTGCATTATCCAGCTACTGATATCCCTCAGGCAGCCAGG TTTCTTTTCATGAAGAACAAAGTCCGGATGATTTGTGATTGCCGTGCAAGATCTATCAAG ATTATCGAAGATGAGTCGCTCCACTTGGATATTAGCTTATGTGGTTCAACACTGAGGGCA CCACACAGTTGTCATCTTCAGTATATGGAGAACATGAACTCGATTGCATCCCTTGTCATG GCTGTTGTGGTTAATGAGAATGAGGATGATGATGAAGTTGGGGCTGATCAACCTGCACAA CAGCAGAAGAGGAAGAAACTATGGGGACTCCTTGTTTGCCACCATGAGAGCCCCAGATAT GTTCCTTTCCCATTGCGGTATGCCTGTGAGTTCTTAGCACAAGTGTTTGCTGTCCATGTT AACAAGGAGTTTGAATTAGAGAGGCAAGTACGCGAGAAAAGCATATTGAGGATGCAAACA ATGCTCTCTGACATGCTTCTCAGGGAATCCTCTCCTCTGAGTATAGTATCAGGGACTCCC AACATCATGGACCTTGTGAAATGTGATGGTGCTGCTCTTTTGTATGGGGGAAAAGTGTGG CGGCTACAGAATGCTCCAACTGAGTCTCAGATACGTGATATTGCCTTCTGGCTGTCAGAT GTCCACAGGGATTCCACTGGCCTGAGTACTGATAGCCTACATGATGCTGGATATCCAGGA GCTGCTGCTCTTGGTGATATGATTTGTGGAATGGCAGTAGCTAAAATAAATTCCAAGGAT ATCCTGTTCTGGTTCAGGTCACATACAGCTGCTGAAATCAGATGGGGAGGTGCAAAACAT GATCCATCAGACAAGGATGACAGCAGAAGAATGCACCCTAGGCTGTCCTTCAAGGCATTC CTTGAGGTTGTCAAGATGAAGAGCTTGCCTTGGAATGACTATGAGATGGATGCTATTCAC TCATTACAACTTATACTTAGAGGGACACTGAATGATGACATCAAGCCAACAAGGGCCGCT AGTTTAGATAATCAGGTTGGTGATCTCAAGCTTGATGGGCTTGCTGAATTGCAGGCAGTT ACAAGTGAAATGGTTCGTCTCATGGAAACAGCAACTGTCCCAATCTTGGCTGTAGATAGC AATGGATTGGTCAATGGATGGAATCAGAAGGTTGCTGAGTTGACAGGGTTGAGAGTAGAT GAGGCTATTGGAAGACACATACTTACCGTTGTAGAGGAATCTTCTGTACCAGTTGTCCAG AGGATGCTGTATTTAGCTTTGCAAGGCAAAGAAGAGAAGGAAGTGAAATTTGAGGTGAAA ACTCATGGCTCCAAGAGAGATGATGGCCCTGTTATCTTGGTTGTGAATGCCTGTGCCAGC CGGGACCTTCACGACCATGTTGTTGGTGTGTGCTTTGTTGCACAAGATATGACTGTTCAT AAGTTGGTCATGGACAAATTTACTCGGGTTGAGGGAGACTACAAAGCAATTATTCACAAT CCAAGCCCGCTTATTCCTCCCATATTTGGTGCTGACGAATTTGGATGGTGCTCTGAGTGG AATGCTGCCATGACGAAATTGACCGGGTGGCATAGAGATGAGGTGATCAATAAGATGCTT CTTGGTGAGGTGTTTGATAGCACCAACGCCTCCTGTCTTGTGAAGAATAAAGATGCATTT GTAAGTCTCTGCATTCTTATCAACAGTGCATTAGCTGGTGATGAAACAGAAAAGGCTCCA TTCAGCTTCTTCGACCGGAACGGGAAGTATATCGAGTGCCTTCTTTCTGTTAACAGAAAA GTAAATGCAGATGGTGTCATCACTGGAGTATTTTGTTTCATTCAAGTTCCTAGTCATGAG CTGCAACATGCACTACATGTGCAGCAAGCCTCACAGCAGAATGCACTAACAAAGTTGAAA GCTTACTCCTACATGAGACATGCAATCAACAACCCTCTCTCAGGTATGCTTTACTCTAGG AAAGCACTGAAGAACACAGGTCTGAATGAAGAGCAGATGAAGGAGGTCAATGTTGCAGAT AGTTGTCACCGCCAGCTGAATAAAATACTTTCTGACTTGGATCAAGATAGCGTCATGAAC AAGTCTAGTTGCTTGGATTTGGAGATGGTTGAGTTTGTATTGCAAGATGTGTTTGTGGCT GCTGTAAGTCAAGTACTCATAACTTGCCAGGGAAAAGGGATTAGAGTCTCTTGCAACCTA CCGGAGAGATATATGAAGCAAACAGTCTACGGGGATGGTGTTCGACTACAGCAGATTCTC TCTGACTTCCTATTCGTCTCAGTGAAGTTCTCTCCTGTTGGGGGTTCTGTTGAGATCTCT TGTAGCCTGACCAAGAACAGCATTGGGGAAAACCTTCATCTCATAGACCTAGAACTTAGG ATCAAGCACCAGGGCAAAGGAGTCCCAGCAGATCTGCTGTCACAAATGTACGAGGATGAC AATAAGGAGCAGTCGGATGAAGGCATGAGTCTTGCGGTTTCTAGAAACCTGCTGAGGCTC ATGAATGGCGATGTCCGACATATGAGGGAAGCTGGCATGTCAACCTTCATCCTCAGCGTC GAACTTGCTTCTGCTCCAGCAAAATAA

Peptide Sequence

PEP ID	Os03t0719800-01
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:3:29168197:29176006:-1 gene:Os03g0719800 transcript:Os03t0719800-01 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:PHYTOCHROME A description:Phytochrome A, Photoreceptor (Os03t0719800-01)
Sequence	MSSSRPTQCSSSSSRTRQSSRARILAQTTLDAELNAEYEEYGDSFDYSKLVEAQRTTGPE QQARSEKVIAYLHHIQRAKLIQPFGCLLALDEKTFNVIALSENAPEMLTTVSHAVPSVDD PPKLRIGTNVWSLFTDPGATALQKALGFADVSLLNPILVQCKTSGKPFYAIVHRATGCLV VDFEPVKPTEFPATAAGALQSYKLAAKAISKIQSLPGGSMEVLCNTVVKELFDLTGYDRV MAYKFHEDDHGEVFAEITKPGLEPYLGLHYPATDIPQAARFLFMKNKVRMICDCRARSIK IIEDESLHLDISLCGSTLRAPHSCHLQYMENMNSIASLVMAVVVNENEDDDEVGADQPAQ QQKRKKLWGLLVCHHESPRYVPFPLRYACEFLAQVFAVHVNKEFELERQVREKSILRMQT MLSDMLLRESSPLSIVSGTPNIMDLVKCDGAALLYGGKVWRLQNAPTESQIRDIAFWLSD VHRDSTGLSTDSLHDAGYPGAAALGDMICGMAVAKINSKDILFWFRSHTAAEIRWGGAKH DPSDKDDSRRMHPRLSFKAFLEVVKMKSLPWNDYEMDAIHSLQLILRGTLNDDIKPTRAA SLDNQVGDLKLDGLAELQAVTSEMVRLMETATVPILAVDSNGLVNGWNQKVAELTGLRVD EAIGRHILTVVEESSVPVVQRMLYLALQGKEEKEVKFEVKTHGSKRDDGPVILVVNACAS RDLHDHVVGVCFVAQDMTVHKLVMDKFTRVEGDYKAIIHNPSPLIPPIFGADEFGWCSEW NAAMTKLTGWHRDEVINKMLLGEVFDSTNASCLVKNKDAFVSLCILINSALAGDETEKAP FSFFDRNGKYIECLLSVNRKVNADGVITGVFCFIQVPSHELQHALHVQQASQQNALTKLK AYSYMRHAINNPLSGMLYSRKALKNTGLNEEQMKEVNVADSCHRQLNKILSDLDQDSVMN KSSCLDLEMVEFVLQDVFVAAVSQVLITCQGKGIRVSCNLPERYMKQTVYGDGVRLQQIL SDFLFVSVKFSPVGGSVEISCSLTKNSIGENLHLIDLELRIKHQGKGVPADLLSQMYEDD NKEQSDEGMSLAVSRNLLRLMNGDVRHMREAGMSTFILSVELASAPAK

Transcript Sequence

Transcript ID	Os03t0719800-01
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:3:29168197:29176006:-1 gene:Os03g0719800 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:PHYTOCHROME A description:Phytochrome A, Photoreceptor (Os03t0719800-01)
Sequence	GCTATTTATTTATTCAGCTCGCCACTGCCACCCGAGTGCGGCTGCCTTGGCTTTGTCTCG TCTGCCTCCTCCTCTTCTTCCCGCACAGTCCACAGCTCCGCCACTACTGGAGCAGAGCTG AGCTGAGCCGAGCAGGAGTGGTATACAGCAGATAAGACTCTTGAGTGATTCAGGTAATCA AGGCAGAAGATGTCTTCTTCAAGACCTACTCAATGTTCCAGTTCATCCAGCAGGACCCGC CAAAGCTCCCGGGCAAGGATATTAGCACAAACAACTCTTGATGCTGAACTCAATGCTGAA TATGAAGAATATGGCGACTCCTTTGATTACTCCAAATTGGTTGAAGCACAGAGAACTACT GGACCTGAGCAGCAAGCTCGTTCTGAGAAGGTCATAGCTTACTTGCATCACATTCAGAGA GCAAAGCTAATCCAACCATTTGGTTGCTTGTTGGCCCTTGATGAGAAGACCTTCAATGTT ATAGCGCTCAGCGAGAATGCACCAGAGATGCTTACAACTGTCAGCCATGCAGTGCCAAGT GTTGATGATCCCCCAAAGCTACGCATTGGCACCAATGTATGGTCTCTTTTCACTGACCCA GGTGCCACAGCACTGCAGAAGGCACTGGGATTTGCTGATGTTTCCTTGCTGAACCCTATC CTAGTTCAATGCAAGACCTCAGGCAAGCCTTTCTATGCCATTGTTCATCGGGCAACTGGT TGTTTGGTGGTAGACTTTGAGCCTGTGAAACCTACAGAATTTCCAGCAACTGCCGCTGGG GCTTTGCAATCTTACAAACTTGCTGCCAAGGCAATCTCTAAGATCCAGTCACTGCCAGGT GGAAGCATGGAGGTGCTATGCAATACGGTGGTCAAGGAACTCTTTGACCTCACAGGATAT GATAGAGTTATGGCTTATAAGTTCCATGAAGATGACCATGGTGAAGTCTTTGCTGAGATC ACAAAGCCTGGTCTTGAACCTTATCTTGGCCTGCATTATCCAGCTACTGATATCCCTCAG GCAGCCAGGTTTCTTTTCATGAAGAACAAAGTCCGGATGATTTGTGATTGCCGTGCAAGA TCTATCAAGATTATCGAAGATGAGTCGCTCCACTTGGATATTAGCTTATGTGGTTCAACA CTGAGGGCACCACACAGTTGTCATCTTCAGTATATGGAGAACATGAACTCGATTGCATCC CTTGTCATGGCTGTTGTGGTTAATGAGAATGAGGATGATGATGAAGTTGGGGCTGATCAA CCTGCACAACAGCAGAAGAGGAAGAAACTATGGGGACTCCTTGTTTGCCACCATGAGAGC CCCAGATATGTTCCTTTCCCATTGCGGTATGCCTGTGAGTTCTTAGCACAAGTGTTTGCT GTCCATGTTAACAAGGAGTTTGAATTAGAGAGGCAAGTACGCGAGAAAAGCATATTGAGG ATGCAAACAATGCTCTCTGACATGCTTCTCAGGGAATCCTCTCCTCTGAGTATAGTATCA GGGACTCCCAACATCATGGACCTTGTGAAATGTGATGGTGCTGCTCTTTTGTATGGGGGA AAAGTGTGGCGGCTACAGAATGCTCCAACTGAGTCTCAGATACGTGATATTGCCTTCTGG CTGTCAGATGTCCACAGGGATTCCACTGGCCTGAGTACTGATAGCCTACATGATGCTGGA TATCCAGGAGCTGCTGCTCTTGGTGATATGATTTGTGGAATGGCAGTAGCTAAAATAAAT TCCAAGGATATCCTGTTCTGGTTCAGGTCACATACAGCTGCTGAAATCAGATGGGGAGGT GCAAAACATGATCCATCAGACAAGGATGACAGCAGAAGAATGCACCCTAGGCTGTCCTTC AAGGCATTCCTTGAGGTTGTCAAGATGAAGAGCTTGCCTTGGAATGACTATGAGATGGAT GCTATTCACTCATTACAACTTATACTTAGAGGGACACTGAATGATGACATCAAGCCAACA AGGGCCGCTAGTTTAGATAATCAGGTTGGTGATCTCAAGCTTGATGGGCTTGCTGAATTG CAGGCAGTTACAAGTGAAATGGTTCGTCTCATGGAAACAGCAACTGTCCCAATCTTGGCT GTAGATAGCAATGGATTGGTCAATGGATGGAATCAGAAGGTTGCTGAGTTGACAGGGTTG AGAGTAGATGAGGCTATTGGAAGACACATACTTACCGTTGTAGAGGAATCTTCTGTACCA GTTGTCCAGAGGATGCTGTATTTAGCTTTGCAAGGCAAAGAAGAGAAGGAAGTGAAATTT GAGGTGAAAACTCATGGCTCCAAGAGAGATGATGGCCCTGTTATCTTGGTTGTGAATGCC TGTGCCAGCCGGGACCTTCACGACCATGTTGTTGGTGTGTGCTTTGTTGCACAAGATATG ACTGTTCATAAGTTGGTCATGGACAAATTTACTCGGGTTGAGGGAGACTACAAAGCAATT ATTCACAATCCAAGCCCGCTTATTCCTCCCATATTTGGTGCTGACGAATTTGGATGGTGC TCTGAGTGGAATGCTGCCATGACGAAATTGACCGGGTGGCATAGAGATGAGGTGATCAAT AAGATGCTTCTTGGTGAGGTGTTTGATAGCACCAACGCCTCCTGTCTTGTGAAGAATAAA GATGCATTTGTAAGTCTCTGCATTCTTATCAACAGTGCATTAGCTGGTGATGAAACAGAA AAGGCTCCATTCAGCTTCTTCGACCGGAACGGGAAGTATATCGAGTGCCTTCTTTCTGTT AACAGAAAAGTAAATGCAGATGGTGTCATCACTGGAGTATTTTGTTTCATTCAAGTTCCT AGTCATGAGCTGCAACATGCACTACATGTGCAGCAAGCCTCACAGCAGAATGCACTAACA AAGTTGAAAGCTTACTCCTACATGAGACATGCAATCAACAACCCTCTCTCAGGTATGCTT TACTCTAGGAAAGCACTGAAGAACACAGGTCTGAATGAAGAGCAGATGAAGGAGGTCAAT GTTGCAGATAGTTGTCACCGCCAGCTGAATAAAATACTTTCTGACTTGGATCAAGATAGC GTCATGAACAAGTCTAGTTGCTTGGATTTGGAGATGGTTGAGTTTGTATTGCAAGATGTG TTTGTGGCTGCTGTAAGTCAAGTACTCATAACTTGCCAGGGAAAAGGGATTAGAGTCTCT TGCAACCTACCGGAGAGATATATGAAGCAAACAGTCTACGGGGATGGTGTTCGACTACAG CAGATTCTCTCTGACTTCCTATTCGTCTCAGTGAAGTTCTCTCCTGTTGGGGGTTCTGTT GAGATCTCTTGTAGCCTGACCAAGAACAGCATTGGGGAAAACCTTCATCTCATAGACCTA GAACTTAGGATCAAGCACCAGGGCAAAGGAGTCCCAGCAGATCTGCTGTCACAAATGTAC GAGGATGACAATAAGGAGCAGTCGGATGAAGGCATGAGTCTTGCGGTTTCTAGAAACCTG CTGAGGCTCATGAATGGCGATGTCCGACATATGAGGGAAGCTGGCATGTCAACCTTCATC CTCAGCGTCGAACTTGCTTCTGCTCCAGCAAAATAATCATGAAATGTTCGTTCGTATAGC CACGACGGTGGCTTGTGCTTAGGATTGGACGTACTTGCAGACTGAAGATTCACTGGCTGC AGATAAATGGTTGACTTTACAGATAAATGGTCGTATGGCACATTTGGTTATGTACTGTCG TCTTCTTCACCATGCTAATGTCAGTATGTGTAATCTTCTAAGTTGCAAATGCGTGCTGTT GCTCGCCTGAACTCATTAAGATTGGAAGTGAAAACACCAATCTGTAATATGCTGTATCTT GATGCTGAGAGCATTCAAGTTACTACTACATGAATAAAATATGGTTTGACTTTACTCACT