Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os02t0167200-01
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:2:3614133:3616333:-1 gene:Os02g0167200 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os02t0167200-01)
Sequence	AGAAAAGGGTTTGGATCAGACCAACATGTGGGGAACTCGTTGATCGATATGTACACGAAG TGCGTGGAGATGGATGAGGCTGTCAAGGTTTTCGAGTCGTTGCCCAGTGTCACTATTGTG TCTTGGAACATCCTTATAACTGGATTTGGTCAAGAGGGTAGCTGTGCAAAGGCAGTGGAG GTACTTAGCCTGATGCAAGAGGCTGGCTTTGAGCCCAATGAGGTCACTTACAGTAACTTG CTTGCTTCCTGTATTAAGGCAAGGGATGTTCATTCTGCTCGTGCAATGTTCGACAAGATA TCAAGGCCAAGTGTGACGACATGGAACACACTTTTGTCAGGATACTGCCAGGAGGAACAG CATCAAGATACAATTGAGTTGTTTAGAAGGATGCAGCATCAAAATGTGCAGCCTGACCGG ACTACTTTGGCCGTGATCCTCAGCTCATGCTCTAAATTAGGAATTTTGGATTTTGGCAGG CAGGTGCATTCTGCTTCAGTAAGATTCCTGCTTCACAACGACATGTTTGTTGCTAGTGGT CTGGTCGATATGTATTCGAAATGTGGTCAGATTGGTATTGCTAGGAGCATTTTCAATAAG ATGACCGAGAGAGATGTGGTTTGCTGGAATTCCATCATCTCAGGCTTGACTATCCATTCC TTGAATAAAGAGGCCTTCGATTTCTTCAAGCAGATGAGGGAAAATGGGATCATGCCAACA GAATCTTCATATGCTAGTATGATAAACTCGTGTTCTAGATTGTCTTCTATACCTCACGGC AGGCAGATACATGCTCAGGTTATGAAAGATGGTTATGATCAGAATGTCTATGTGGGCAGT GCGCTTATCGATATGTATGCTAAATGTGGTAACATGGATGATGCGCGTCTTTTCTTTGAC ACCATGATGATGAAAAACATAGTTGCTTGGAATGAGATGATACATGGATATGCTCAGAAT GGTCTTGGAGACAAAGCAGTTGAATTATTTGAGTATATGCTAACTACAGAGCAGAAGCCA GACGCTGTCACTTTCATCGCCGTCTTAACAGGATGTAGTCACTCCGGGCTCGTAGACAAA GCAATGGCATTCTTTAATTCCATGGAGAACAGTTATGGGATTATACCATTGGCTGAGCAC TACACTTGTCTCATAGATGCACTGGGAAGAGCTGGCCGCTTTGTAGAAGTGGAGGCCCTG ATACATAAAATGCCATGCAAAGATGATCCTATAATCTGGGAAGTTCTACTTGCTGCATGT GTTGTACATCACAATGCTGAATTGGGGAAATGTGCTGCGGAGCACCTGTTCCGAATTGAT CCTAAAAACCCATCTCCTTATGTACTTCTGTCAAATATATATGCGTCTTTGGGCCGACAT GGGGATGCATCGGCTGTTAGGGCATTGATGAGTAATCGTGGAGTTGTCAAAGGTCGTGGA TATAGCTGGATAGATCAGAAGGATGGTGTTCGTGCCTTTATGGTTGCTGATGATCTTGGA GCAGATGGTGGAGAACTCACCATGTTTAGCAACGAAGATAGCATTCCTCAGGTACACCAA GATGAGAATTGTGTCGGCTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Os02t0167200-01
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:2:3614133:3616333:-1 gene:Os02g0167200 transcript:Os02t0167200-01 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os02t0167200-01)
Sequence	RKGFGSDQHVGNSLIDMYTKCVEMDEAVKVFESLPSVTIVSWNILITGFGQEGSCAKAVE VLSLMQEAGFEPNEVTYSNLLASCIKARDVHSARAMFDKISRPSVTTWNTLLSGYCQEEQ HQDTIELFRRMQHQNVQPDRTTLAVILSSCSKLGILDFGRQVHSASVRFLLHNDMFVASG LVDMYSKCGQIGIARSIFNKMTERDVVCWNSIISGLTIHSLNKEAFDFFKQMRENGIMPT ESSYASMINSCSRLSSIPHGRQIHAQVMKDGYDQNVYVGSALIDMYAKCGNMDDARLFFD TMMMKNIVAWNEMIHGYAQNGLGDKAVELFEYMLTTEQKPDAVTFIAVLTGCSHSGLVDK AMAFFNSMENSYGIIPLAEHYTCLIDALGRAGRFVEVEALIHKMPCKDDPIIWEVLLAAC VVHHNAELGKCAAEHLFRIDPKNPSPYVLLSNIYASLGRHGDASAVRALMSNRGVVKGRG YSWIDQKDGVRAFMVADDLGADGGELTMFSNEDSIPQVHQDENCVG

Transcript Sequence

Transcript ID	Os02t0167200-01
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:2:3614133:3616333:-1 gene:Os02g0167200 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os02t0167200-01)
Sequence	AGAAAAGGGTTTGGATCAGACCAACATGTGGGGAACTCGTTGATCGATATGTACACGAAG TGCGTGGAGATGGATGAGGCTGTCAAGGTTTTCGAGTCGTTGCCCAGTGTCACTATTGTG TCTTGGAACATCCTTATAACTGGATTTGGTCAAGAGGGTAGCTGTGCAAAGGCAGTGGAG GTACTTAGCCTGATGCAAGAGGCTGGCTTTGAGCCCAATGAGGTCACTTACAGTAACTTG CTTGCTTCCTGTATTAAGGCAAGGGATGTTCATTCTGCTCGTGCAATGTTCGACAAGATA TCAAGGCCAAGTGTGACGACATGGAACACACTTTTGTCAGGATACTGCCAGGAGGAACAG CATCAAGATACAATTGAGTTGTTTAGAAGGATGCAGCATCAAAATGTGCAGCCTGACCGG ACTACTTTGGCCGTGATCCTCAGCTCATGCTCTAAATTAGGAATTTTGGATTTTGGCAGG CAGGTGCATTCTGCTTCAGTAAGATTCCTGCTTCACAACGACATGTTTGTTGCTAGTGGT CTGGTCGATATGTATTCGAAATGTGGTCAGATTGGTATTGCTAGGAGCATTTTCAATAAG ATGACCGAGAGAGATGTGGTTTGCTGGAATTCCATCATCTCAGGCTTGACTATCCATTCC TTGAATAAAGAGGCCTTCGATTTCTTCAAGCAGATGAGGGAAAATGGGATCATGCCAACA GAATCTTCATATGCTAGTATGATAAACTCGTGTTCTAGATTGTCTTCTATACCTCACGGC AGGCAGATACATGCTCAGGTTATGAAAGATGGTTATGATCAGAATGTCTATGTGGGCAGT GCGCTTATCGATATGTATGCTAAATGTGGTAACATGGATGATGCGCGTCTTTTCTTTGAC ACCATGATGATGAAAAACATAGTTGCTTGGAATGAGATGATACATGGATATGCTCAGAAT GGTCTTGGAGACAAAGCAGTTGAATTATTTGAGTATATGCTAACTACAGAGCAGAAGCCA GACGCTGTCACTTTCATCGCCGTCTTAACAGGATGTAGTCACTCCGGGCTCGTAGACAAA GCAATGGCATTCTTTAATTCCATGGAGAACAGTTATGGGATTATACCATTGGCTGAGCAC TACACTTGTCTCATAGATGCACTGGGAAGAGCTGGCCGCTTTGTAGAAGTGGAGGCCCTG ATACATAAAATGCCATGCAAAGATGATCCTATAATCTGGGAAGTTCTACTTGCTGCATGT GTTGTACATCACAATGCTGAATTGGGGAAATGTGCTGCGGAGCACCTGTTCCGAATTGAT CCTAAAAACCCATCTCCTTATGTACTTCTGTCAAATATATATGCGTCTTTGGGCCGACAT GGGGATGCATCGGCTGTTAGGGCATTGATGAGTAATCGTGGAGTTGTCAAAGGTCGTGGA TATAGCTGGATAGATCAGAAGGATGGTGTTCGTGCCTTTATGGTTGCTGATGATCTTGGA GCAGATGGTGGAGAACTCACCATGTTTAGCAACGAAGATAGCATTCCTCAGGTACACCAA GATGAGAATTGTGTCGGCTGATTCAACATGTGGATTTTCTGCTGTCAAATACTCAAAATG CACTGATAAATCTAAGCAAATGGTTGCTGAATCCAGTTGTGCCACTTTGGTGCCATTTGC TTGAGAGCCTTCGAGGATTCATTCTTGTAATGTGGTCAGGGGGGCGTCTGAATGATCTGT GGAAGAATCTGGAAGGCAAAATGATATATGTTGCAGATTAGGCGCAAAGGGACATTACAT GATCTGTTCATGTTTGTCATATGGCTGCTAAGTGTTGAATCCTGATGGGTGGAGAGCCTC TGGATTTTGGAAATGCAAAGAGATTCCAGCCCCAATATATGACAGTAAAGCTAAATTTAT CTGGATGGGCCATTGGATGAAATGAAATAGCTTGTCAGTTCAAAACTTCAATTGAAGAAT AAATAAAAGGGTCTAGAATTGAGCCATTTTTCTTTGCATCCATGAGCATGGGCTGACTAA TAATTAGCCAAAAACTTGCTGAGTAGAGAGTATTTGTCTTATAGCAAAGGACGATAACTT TGTACTGCCACTCAACTTGTACTGGGGAGCAGAGATTTTTATCTTCTGTACCTAGTACAA ATATCATTTGCTCAGTTGAGCAATTATTAATCATTTTATTT