Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os01t0888500-01
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:1:38618768:38621877:-1 gene:Os01g0888500 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Phosphoribosylformylglycinamidine synthase. (Os01t0888500-01)
Sequence	CCTAAGGGTGCTGAAATTGATATACGATCAATTGTTGTCGGTGATCATACATTGTCTGTC TTGGAGATATGGGGTGCTGAGTACCAGGAACAAGATGCACTTCTGGTGAAGCCTGAGAGC AGAAGCCTGTTAGAGTCACTTTGTGAAAGGGAAAGGGTTTCAATGGCTGTCATTGGTACA ATTGATGGATGTGGAAAGATTGTTTTGATTGACAGTGCTGCTATGGAGCATGCCAAGATA AATGGCCTTCCTCCTCCAACCCCTGTTGAGGATCTTGAACTTGAAAAGGTTCTAGGAGAT ATGCCCCAAAAGACCTTTGAATTCAAGCGAGTGTCTCTAGTCAGCGAGCCCTTAGACATT GCCCCTGGAGTAACAATCATGGATGCTCTGAAGCGAGTATTGAGTCTTCCGTCCATATGT TCTAAGCGTTTCTTAACCACAAAAGTTGACAGGTGTGTGACAGGTCTTGTTGCACAACAG CAGACAGTTGGACCTCTCCAACTTCCTCTCGCAGATGTGGCTGTGATTGCACAGACATAT ACTGACTTGACAGGTGGTGCCTGTGCCATTGGAGAACAACCAGCAAAAGGTTTACTTAAT CCCAAGGCCATGGCAAGACTTGCTGTTGGGGAGGCCTTGACTAATCTGGTCTGGGCTAAA GTTTCATCACTTTCTGATGTCAAAGCAAGTGGTAACTGGATGTATGCTGCAAAGCTTGAT GGAGAAGGTGCAGATATGTATGATGCTGCTGTTGCATTGGCTGACTGCATGATTCAACTT GGTATTGCAATCGATGGGGGAAAGGACAGTCTTTCCATGGCAGCTCAATGTGATGGTGAG GTTGTCAAGGCTCCTGGAAATCTGGTCATCAGTGCTTATGTGACATGTCCTGATATAACA TTGACAGTAACTCCTGATTTGAAGCTTGGCAATGATGGAGTTTTGCTGCACATTGACCTG GGCAAAGGAAAGCGCAGGCTTGGTGGTTCTGCTCTTGCACAGGCTTTTGATCAAATTGGA AATGACTGCCCAGACATTGATGATGTTCCCTACTTAAAGAAAGCTTTTGAGGCCGTTCAG GAATTGCTTAGTCAGCGCCTTATCTCAGCTGGCCATGACATTAGTGATGGGGGTCTTATT GTGAGTGTTCTTGAGATGGCATTTGCTGGTAATTGCGGTGTTAAGCTGAACATTGACTCA GAAGATTCGGGCCTTCTTCAAGCACTCTTTGCCGAGGAGCTTGGCCTTCTTCTTGAAGTG CACTTGAAAGATCTCAGTGTTGTGAAGCAAAAGCTTGAAGCAGGAGGCATTTCCGCTAAT GTAATTGGACAAGTTACAGCATCACCAGATATTGAGCTAGTTGTTGATGGCAGGCTGCAT CTCAAGGAAAAAACTTCAGATCTCAGGGATATCTGGGAGGAAACAAGCTTCCAGCTTGAG GGGCTACAACGCCTGAAATCTTGTGTCAGACTTGAGAAAGAAGGACTAAAGCACAGAACA TCACCATCGTGGTCTTTGTCTTTCACTCCCAAATTTACAGATGAAAAACTGCTGACTGCT TCCTCAAAGCCAAAAGTTGCCATCATTCGTGAAGAAGGGAGCAATGGTGATAGGGAGATG GCTGCTGCATTCTATGCTGCTGGATTTGAACCATGGGATATCACAATGTCAGACCTCTTA GCTGGGAAGTCTTCTCTAGAGGAGTACCGTGGGATTGCATTTGTTGGTGGTTTTAGCTAT GCAGATGTTCTTGATTCAGCTAAAGGGTGGGCTGCATCAATCAGGTTTAATCAGCCCCTC ATACAGCAGTTCCAGAATTTCTATAATAGGCCAGATACTTTCAGCCTTGGAGTGTGCAAT GGTTGTCAGCTAATGGCTCTTCTTGGCTGGGTACCAGGATCAGATGTCGGAAGTTCTCTT GGTTCAGGTGGGGACATGTCCCAGCCAAGATTTATTCACAATGAATCTGGTCGTTTTGAG TGTCGGTTTACAAGTGTCTCTATAGGGACCTCTCCTGCTATCATGTTCAAAGGAATGGAA GGTTCTACACTGGGCATTTGGAGTGCTCATGGTGAGGGGAGAGCTTTCTTCCCAGATGAA AATGTTCTAGCTAGTGTTGTGAACTCTAACCTGGCTCCTGTGCGGTACTGTGACGATGCT AATAACATTACCGAAGTCTACCCGTTCAATCCCAATGGCTCTCCCCTTGGCATTGCAGCC CTTTGCTCCCCTGATGGAAGACATCTTGCTATGATGCCACACCCAGAGCGTTGCTTCATG ATGTGGCAATATCCATGGTATCCCAAGGAATGGCAGCTTGAGAAGTGTGGTCCCAGTCCC TGGCTGCGCATGTTCCAGAATGCCAGAGAATGGTGTTTGTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Os01t0888500-01
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:1:38618768:38621877:-1 gene:Os01g0888500 transcript:Os01t0888500-01 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Phosphoribosylformylglycinamidine synthase. (Os01t0888500-01)
Sequence	PKGAEIDIRSIVVGDHTLSVLEIWGAEYQEQDALLVKPESRSLLESLCERERVSMAVIGT IDGCGKIVLIDSAAMEHAKINGLPPPTPVEDLELEKVLGDMPQKTFEFKRVSLVSEPLDI APGVTIMDALKRVLSLPSICSKRFLTTKVDRCVTGLVAQQQTVGPLQLPLADVAVIAQTY TDLTGGACAIGEQPAKGLLNPKAMARLAVGEALTNLVWAKVSSLSDVKASGNWMYAAKLD GEGADMYDAAVALADCMIQLGIAIDGGKDSLSMAAQCDGEVVKAPGNLVISAYVTCPDIT LTVTPDLKLGNDGVLLHIDLGKGKRRLGGSALAQAFDQIGNDCPDIDDVPYLKKAFEAVQ ELLSQRLISAGHDISDGGLIVSVLEMAFAGNCGVKLNIDSEDSGLLQALFAEELGLLLEV HLKDLSVVKQKLEAGGISANVIGQVTASPDIELVVDGRLHLKEKTSDLRDIWEETSFQLE GLQRLKSCVRLEKEGLKHRTSPSWSLSFTPKFTDEKLLTASSKPKVAIIREEGSNGDREM AAAFYAAGFEPWDITMSDLLAGKSSLEEYRGIAFVGGFSYADVLDSAKGWAASIRFNQPL IQQFQNFYNRPDTFSLGVCNGCQLMALLGWVPGSDVGSSLGSGGDMSQPRFIHNESGRFE CRFTSVSIGTSPAIMFKGMEGSTLGIWSAHGEGRAFFPDENVLASVVNSNLAPVRYCDDA NNITEVYPFNPNGSPLGIAALCSPDGRHLAMMPHPERCFMMWQYPWYPKEWQLEKCGPSP WLRMFQNAREWCL

Transcript Sequence

Transcript ID	Os01t0888500-01
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:1:38618768:38621877:-1 gene:Os01g0888500 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Phosphoribosylformylglycinamidine synthase. (Os01t0888500-01)
Sequence	TCCTAAGGGTGCTGAAATTGATATACGATCAATTGTTGTCGGTGATCATACATTGTCTGT CTTGGAGATATGGGGTGCTGAGTACCAGGAACAAGATGCACTTCTGGTGAAGCCTGAGAG CAGAAGCCTGTTAGAGTCACTTTGTGAAAGGGAAAGGGTTTCAATGGCTGTCATTGGTAC AATTGATGGATGTGGAAAGATTGTTTTGATTGACAGTGCTGCTATGGAGCATGCCAAGAT AAATGGCCTTCCTCCTCCAACCCCTGTTGAGGATCTTGAACTTGAAAAGGTTCTAGGAGA TATGCCCCAAAAGACCTTTGAATTCAAGCGAGTGTCTCTAGTCAGCGAGCCCTTAGACAT TGCCCCTGGAGTAACAATCATGGATGCTCTGAAGCGAGTATTGAGTCTTCCGTCCATATG TTCTAAGCGTTTCTTAACCACAAAAGTTGACAGGTGTGTGACAGGTCTTGTTGCACAACA GCAGACAGTTGGACCTCTCCAACTTCCTCTCGCAGATGTGGCTGTGATTGCACAGACATA TACTGACTTGACAGGTGGTGCCTGTGCCATTGGAGAACAACCAGCAAAAGGTTTACTTAA TCCCAAGGCCATGGCAAGACTTGCTGTTGGGGAGGCCTTGACTAATCTGGTCTGGGCTAA AGTTTCATCACTTTCTGATGTCAAAGCAAGTGGTAACTGGATGTATGCTGCAAAGCTTGA TGGAGAAGGTGCAGATATGTATGATGCTGCTGTTGCATTGGCTGACTGCATGATTCAACT TGGTATTGCAATCGATGGGGGAAAGGACAGTCTTTCCATGGCAGCTCAATGTGATGGTGA GGTTGTCAAGGCTCCTGGAAATCTGGTCATCAGTGCTTATGTGACATGTCCTGATATAAC ATTGACAGTAACTCCTGATTTGAAGCTTGGCAATGATGGAGTTTTGCTGCACATTGACCT GGGCAAAGGAAAGCGCAGGCTTGGTGGTTCTGCTCTTGCACAGGCTTTTGATCAAATTGG AAATGACTGCCCAGACATTGATGATGTTCCCTACTTAAAGAAAGCTTTTGAGGCCGTTCA GGAATTGCTTAGTCAGCGCCTTATCTCAGCTGGCCATGACATTAGTGATGGGGGTCTTAT TGTGAGTGTTCTTGAGATGGCATTTGCTGGTAATTGCGGTGTTAAGCTGAACATTGACTC AGAAGATTCGGGCCTTCTTCAAGCACTCTTTGCCGAGGAGCTTGGCCTTCTTCTTGAAGT GCACTTGAAAGATCTCAGTGTTGTGAAGCAAAAGCTTGAAGCAGGAGGCATTTCCGCTAA TGTAATTGGACAAGTTACAGCATCACCAGATATTGAGCTAGTTGTTGATGGCAGGCTGCA TCTCAAGGAAAAAACTTCAGATCTCAGGGATATCTGGGAGGAAACAAGCTTCCAGCTTGA GGGGCTACAACGCCTGAAATCTTGTGTCAGACTTGAGAAAGAAGGACTAAAGCACAGAAC ATCACCATCGTGGTCTTTGTCTTTCACTCCCAAATTTACAGATGAAAAACTGCTGACTGC TTCCTCAAAGCCAAAAGTTGCCATCATTCGTGAAGAAGGGAGCAATGGTGATAGGGAGAT GGCTGCTGCATTCTATGCTGCTGGATTTGAACCATGGGATATCACAATGTCAGACCTCTT AGCTGGGAAGTCTTCTCTAGAGGAGTACCGTGGGATTGCATTTGTTGGTGGTTTTAGCTA TGCAGATGTTCTTGATTCAGCTAAAGGGTGGGCTGCATCAATCAGGTTTAATCAGCCCCT CATACAGCAGTTCCAGAATTTCTATAATAGGCCAGATACTTTCAGCCTTGGAGTGTGCAA TGGTTGTCAGCTAATGGCTCTTCTTGGCTGGGTACCAGGATCAGATGTCGGAAGTTCTCT TGGTTCAGGTGGGGACATGTCCCAGCCAAGATTTATTCACAATGAATCTGGTCGTTTTGA GTGTCGGTTTACAAGTGTCTCTATAGGGACCTCTCCTGCTATCATGTTCAAAGGAATGGA AGGTTCTACACTGGGCATTTGGAGTGCTCATGGTGAGGGGAGAGCTTTCTTCCCAGATGA AAATGTTCTAGCTAGTGTTGTGAACTCTAACCTGGCTCCTGTGCGGTACTGTGACGATGC TAATAACATTACCGAAGTCTACCCGTTCAATCCCAATGGCTCTCCCCTTGGCATTGCAGC CCTTTGCTCCCCTGATGGAAGACATCTTGCTATGATGCCACACCCAGAGCGTTGCTTCAT GATGTGGCAATATCCATGGTATCCCAAGGAATGGCAGCTTGAGAAGTGTGGTCCCAGTCC CTGGCTGCGCATGTTCCAGAATGCCAGAGAATGGTGTTTGTAGTGCAGGTACCTAATTGA TGGCCATATGATGAATATAAAAGCTTGGAGCTGTGGACTCATTTGGATACCGAAACGTGG TGATATCAGATGCTGGTGCGATGCGCTCAGCAGTCAGCATTGTTGTTACTGAGGATCGAA TAAATGGGTTCAGCGAAATAATTAAAAGCAGATTTTATGATTCTTTCTTGCAGCTCTGAA TCTTGCTGCTGGTTTGAAACTAGGAATCCTGTAAGGCTAGTAGTGTTTTATTAGGCAGAG GTGAGGAGGCCTCAGGCCTGCAATGCTGTTAATGAGAATAATCCTGTTGGCCCTGCAGTG CTGCTTTGAGAATACTATAGCAGAACAGGACACATGCCCATAATGTGTTGTTCGATTGTC CCATGATACTGTC