Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os01t0742200-01
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:1:30992411:30997180:1 gene:Os01g0742200 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Elongation factor EF-2 (Fragment). (Os01t0742200-01)
Sequence	ATGGTTAAGTTTACGGTTGAAGAGATGCGCAGGATTATGGACAAGAAGCATAACATCCGT AACATGTCTGTTGTCGCTCATGTGGACCATGGAAAATCTACCCTTACTGATTCCCTTGTG GCAGCTGCTGGAATTATAGCCCAGGATGTTGCTGGTGATGTTCGAATGACTGATAGTCGT TCAGATGAAGCAGAACGTGGTATTACAATAAAATCTACTGGTATCTCTCTTTACTATGAG ATGAGTGATGAGTCACTCAAAAGTTACAAGGGTGACAGAGATGGAAATGAATACCTAATC AACCTCATTGACTCACCTGGACATGTCGATTTTTCTTCGGAAGTCACAGCCGCACTTCGT ATAACTGATGGCGCTTTGGTTGTGGTTGACTGTATTGAGGGTGTCTGCGTTCAAACTGAA ACTGTGCTTCGCCAAGCCCTTGGTGAGAGGATTAGGCCTGTCCTCACTGTGAACAAGATG GATAGATGTTTTCTTGAACTTCAAGTTGGTGGTGAGGAAGCTTATCAAACTTTCTCCCGT GTCATAGAGAATGCAAATGTTATTATGGCAACATACGAAGATGCACTCCTTGGTGATGTT CAAGTCTATCCAGAAAAAGGGACTGTTGCTTTCTCTGCTGGCTTGCATGGATGGGCTTTC ACCTTGTCTAACTTTGCAAAGATGTATGCATCCAAGTTTGGAGTTGATGAATCTAAAATG ATGGAGAGGCTTTGGGGTGAGAACTACTTTGACCCTACCACAAAGAAGTGGACCATCAAA CACACCGGTTCTGATACTTGCAAGAGAGGTTTTATTCAGTTCTGCTATGAGCCCATCAGG CAAATTATCAACACCTGCATGAATGATCAGAAAGATAAGTTGTTGCCTATGCTGCAAAAG CTTGGTGTTACCATGAAGGACCTAACTGGCAAGGCTCTCATGAAGCGTGTTATGCAAACT TGGCTTCCTGCAAGTAATGCACTTCTTGAGATGATGATCTATCACCTTCCCTCTCCAGCA AAGGCTCAGAGGTACCGTGTGGAAAACTTGTATGAGGGCCCCCTTGATGATATATATGCA TCTGCCATTAGAAACTGTGATCCAGAAGGTCCTCTTATGCTGTATGTTTCAAAGATGATT CCAGCATCTGACAAGGGGAGGTTCTACGCTTTTGGTCGTGTTTTCTCAGGGAGAGTTGCA ACTGGCATGAAGGTCCGTATCATGGGCCCCAATTATGCCCCTGGCCAGAAGAAAGATCTG TACGTAAAGAATGTCCAGCGAACTGTCATCTGGATGGGCAAGAAGCAGGAGTCAGTGGAA GGTGTTCCTTGTGGCAACACTGTTGCTATGGTGGGTTTGGACCAGTTCATCACAAAGAAT GCTACCCTGACAAACGAGAAAGAAGTTGATGCCTGTCCAATCAAAGCCATGAAATTTTCA GTGTCCCCTGTTGTGCGTGTTGCTGTTCAGTGCAAGGTTGCCTCTGACCTTCCCAAGCTT GTTGAAGGTTTGAAGCGTCTGGCCAAGTCAGATCCTATGGTTCTCTGTACTGTTGAGGAA TCTGGCGAGCATATTATTGCTGGAGCTGGCGAGCTTCACCTTGAAATTTGTTTGAAGGAT CTGCAGGAAGACTTCATGGGTGGTGCTGAAATTACTGTCTCCCCTCCTGTTGTCTCATTC CGTGAGACTGTTCTTGAGAAATCTTGCCGGACTGTCATGAGCAAATCCCCGAACAAGCAC AACCGTCTGTACATGGAAGCCCGCCCAATGGAAGAGGGTCTGCCTGAAGCCATTGACGAG GGTCGTATTGGCCCGCGTGACGATCCTAAAGTACGCTCCAAAATTCTATCCGAGGAGTTT GGTTGGGACAAGGACCTCGCAAAGAAGATATGGTGTTTTGGGCCAGAGACCACAGGCCCT AACATTGTTGTGGATATGTGCAAGGGAGTGCAGTATCTTAACGAAATAAAGGATTCCGTT GTGGCTGGCTTTCAGTGGGCATCAAAAGAAGGTGCACTGGCTGAAGAGAACATGCGTGGC CGTGGCATTTGCTTTGAGGTTTGTGATGTTATCCTCCATTCTGATGCTATTCATAGAGGT GGTGGCCAGATCATTCCAACAGCCAGGAGGGTCATTTATGCTGCTCAGCTCACTGCCAAG CCAAGACTGCTTGAGCCTGTTTACTTGGTGGAGATTCAGGCCCCTGAGAATGCTCTTGGT GGAATTTACAGTGTTCTGAACCAGAAGAGAGGACATGTGTTCGAGGAGATGCAGAGGCCT GGTACCCCACTCTACAACATCAAAGCTTACCTCCCTGTTATCGAGTCATTTGGGTTCACA AGCACCCTTAGGGCAGCAACCTCTGGTCAGGCCTTCCCCCTCTTTGTATTTGATCACTGG GAAATGCTGTCAGTTGATCCTTTGGAGCCTGGCACCAGACAGCTAACCTTGTCCTGGATA TCCGCAAGAGGAAGGGTCTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Os01t0742200-01
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:1:30992411:30997180:1 gene:Os01g0742200 transcript:Os01t0742200-01 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Elongation factor EF-2 (Fragment). (Os01t0742200-01)
Sequence	MVKFTVEEMRRIMDKKHNIRNMSVVAHVDHGKSTLTDSLVAAAGIIAQDVAGDVRMTDSR SDEAERGITIKSTGISLYYEMSDESLKSYKGDRDGNEYLINLIDSPGHVDFSSEVTAALR ITDGALVVVDCIEGVCVQTETVLRQALGERIRPVLTVNKMDRCFLELQVGGEEAYQTFSR VIENANVIMATYEDALLGDVQVYPEKGTVAFSAGLHGWAFTLSNFAKMYASKFGVDESKM MERLWGENYFDPTTKKWTIKHTGSDTCKRGFIQFCYEPIRQIINTCMNDQKDKLLPMLQK LGVTMKDLTGKALMKRVMQTWLPASNALLEMMIYHLPSPAKAQRYRVENLYEGPLDDIYA SAIRNCDPEGPLMLYVSKMIPASDKGRFYAFGRVFSGRVATGMKVRIMGPNYAPGQKKDL YVKNVQRTVIWMGKKQESVEGVPCGNTVAMVGLDQFITKNATLTNEKEVDACPIKAMKFS VSPVVRVAVQCKVASDLPKLVEGLKRLAKSDPMVLCTVEESGEHIIAGAGELHLEICLKD LQEDFMGGAEITVSPPVVSFRETVLEKSCRTVMSKSPNKHNRLYMEARPMEEGLPEAIDE GRIGPRDDPKVRSKILSEEFGWDKDLAKKIWCFGPETTGPNIVVDMCKGVQYLNEIKDSV VAGFQWASKEGALAEENMRGRGICFEVCDVILHSDAIHRGGGQIIPTARRVIYAAQLTAK PRLLEPVYLVEIQAPENALGGIYSVLNQKRGHVFEEMQRPGTPLYNIKAYLPVIESFGFT STLRAATSGQAFPLFVFDHWEMLSVDPLEPGTRQLTLSWISARGRV

Transcript Sequence

Transcript ID	Os01t0742200-01
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:1:30992411:30997180:1 gene:Os01g0742200 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Similar to Elongation factor EF-2 (Fragment). (Os01t0742200-01)
Sequence	AGTTGTCCAGGAGGCGACGGATGGCGTCCGTGCGTGGCCGGCCAGCCCCAAGCGAGCGAG ATTCAGGCTGGCACCCGGTCTACAATCTACATCCATGCCTCCCGAGGCCGCGGGAGGAAA TAAGTTTGGTGTAAATTGAAAATCACTCACAATGGTTAAGTTTACGGTTGAAGAGATGCG CAGGATTATGGACAAGAAGCATAACATCCGTAACATGTCTGTTGTCGCTCATGTGGACCA TGGAAAATCTACCCTTACTGATTCCCTTGTGGCAGCTGCTGGAATTATAGCCCAGGATGT TGCTGGTGATGTTCGAATGACTGATAGTCGTTCAGATGAAGCAGAACGTGGTATTACAAT AAAATCTACTGGTATCTCTCTTTACTATGAGATGAGTGATGAGTCACTCAAAAGTTACAA GGGTGACAGAGATGGAAATGAATACCTAATCAACCTCATTGACTCACCTGGACATGTCGA TTTTTCTTCGGAAGTCACAGCCGCACTTCGTATAACTGATGGCGCTTTGGTTGTGGTTGA CTGTATTGAGGGTGTCTGCGTTCAAACTGAAACTGTGCTTCGCCAAGCCCTTGGTGAGAG GATTAGGCCTGTCCTCACTGTGAACAAGATGGATAGATGTTTTCTTGAACTTCAAGTTGG TGGTGAGGAAGCTTATCAAACTTTCTCCCGTGTCATAGAGAATGCAAATGTTATTATGGC AACATACGAAGATGCACTCCTTGGTGATGTTCAAGTCTATCCAGAAAAAGGGACTGTTGC TTTCTCTGCTGGCTTGCATGGATGGGCTTTCACCTTGTCTAACTTTGCAAAGATGTATGC ATCCAAGTTTGGAGTTGATGAATCTAAAATGATGGAGAGGCTTTGGGGTGAGAACTACTT TGACCCTACCACAAAGAAGTGGACCATCAAACACACCGGTTCTGATACTTGCAAGAGAGG TTTTATTCAGTTCTGCTATGAGCCCATCAGGCAAATTATCAACACCTGCATGAATGATCA GAAAGATAAGTTGTTGCCTATGCTGCAAAAGCTTGGTGTTACCATGAAGGACCTAACTGG CAAGGCTCTCATGAAGCGTGTTATGCAAACTTGGCTTCCTGCAAGTAATGCACTTCTTGA GATGATGATCTATCACCTTCCCTCTCCAGCAAAGGCTCAGAGGTACCGTGTGGAAAACTT GTATGAGGGCCCCCTTGATGATATATATGCATCTGCCATTAGAAACTGTGATCCAGAAGG TCCTCTTATGCTGTATGTTTCAAAGATGATTCCAGCATCTGACAAGGGGAGGTTCTACGC TTTTGGTCGTGTTTTCTCAGGGAGAGTTGCAACTGGCATGAAGGTCCGTATCATGGGCCC CAATTATGCCCCTGGCCAGAAGAAAGATCTGTACGTAAAGAATGTCCAGCGAACTGTCAT CTGGATGGGCAAGAAGCAGGAGTCAGTGGAAGGTGTTCCTTGTGGCAACACTGTTGCTAT GGTGGGTTTGGACCAGTTCATCACAAAGAATGCTACCCTGACAAACGAGAAAGAAGTTGA TGCCTGTCCAATCAAAGCCATGAAATTTTCAGTGTCCCCTGTTGTGCGTGTTGCTGTTCA GTGCAAGGTTGCCTCTGACCTTCCCAAGCTTGTTGAAGGTTTGAAGCGTCTGGCCAAGTC AGATCCTATGGTTCTCTGTACTGTTGAGGAATCTGGCGAGCATATTATTGCTGGAGCTGG CGAGCTTCACCTTGAAATTTGTTTGAAGGATCTGCAGGAAGACTTCATGGGTGGTGCTGA AATTACTGTCTCCCCTCCTGTTGTCTCATTCCGTGAGACTGTTCTTGAGAAATCTTGCCG GACTGTCATGAGCAAATCCCCGAACAAGCACAACCGTCTGTACATGGAAGCCCGCCCAAT GGAAGAGGGTCTGCCTGAAGCCATTGACGAGGGTCGTATTGGCCCGCGTGACGATCCTAA AGTACGCTCCAAAATTCTATCCGAGGAGTTTGGTTGGGACAAGGACCTCGCAAAGAAGAT ATGGTGTTTTGGGCCAGAGACCACAGGCCCTAACATTGTTGTGGATATGTGCAAGGGAGT GCAGTATCTTAACGAAATAAAGGATTCCGTTGTGGCTGGCTTTCAGTGGGCATCAAAAGA AGGTGCACTGGCTGAAGAGAACATGCGTGGCCGTGGCATTTGCTTTGAGGTTTGTGATGT TATCCTCCATTCTGATGCTATTCATAGAGGTGGTGGCCAGATCATTCCAACAGCCAGGAG GGTCATTTATGCTGCTCAGCTCACTGCCAAGCCAAGACTGCTTGAGCCTGTTTACTTGGT GGAGATTCAGGCCCCTGAGAATGCTCTTGGTGGAATTTACAGTGTTCTGAACCAGAAGAG AGGACATGTGTTCGAGGAGATGCAGAGGCCTGGTACCCCACTCTACAACATCAAAGCTTA CCTCCCTGTTATCGAGTCATTTGGGTTCACAAGCACCCTTAGGGCAGCAACCTCTGGTCA GGCCTTCCCCCTCTTTGTATTTGATCACTGGGAAATGCTGTCAGTTGATCCTTTGGAGCC TGGCACCAGACAGCTAACCTTGTCCTGGATATCCGCAAGAGGAAGGGTCTGAAGGAGCAA ATCACCCCTCTGTCTGAATACGAGGACAAACTCTAGATATTTAATCATGTTATTATGCTT ATAGTGTTATATCGCTTTATAATTGGTAGTGGCCATCTATGTGAGCAGTGAGCTGCTATT TCATGTATAATATTATGTCGAACGGTTGTACGGTAGCATGGGATGATGATCAGGCGATAT TGTTATAATTTGTTATGGTATTTACCATCATATCAT