Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	Os01t0589900-00
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:1:23005565:23008941:-1 gene:Os01g0589900 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os01t0589900-00)
Sequence	ATGCACCGCAAGCTCCCGCCATTACCTCCCCTCACACTCCGCCGCTCCTCCTCCTCCTCC TCCTCCGCCGCCGCCGCGGCCTCTCCTCCACCGCCGCCACCTCGCCGTCTCCCTCCTCCG GTTCCGCTCCGTGACCTCCTCGCCCACCGCCTCCCGCCCACGCCCACGCCGGACCGGCCT CCCCTCTCGCGGCCGCATCCTCACGCCGACGTCCTCCTCCGCGGCCGACGCCCGGGCTGC GACGCCTCGCCGGAGAGCCTCCACCTCGAGGTCGTCAAGAGGGGCCTCACCCATGACCTC TTCCTCGCCAACCACCTCGTCAACTCGTACGCCAAGGGCGCGCGCCTGGACGCCGCGCGC AGGGTGTTCGACGGAATGCCGGGCCGGAACGCCGTTTCTTGGACCTGCCTCATCTCCGGG CACGTGCTGTCCGGGCTCCCCGAGGATGCCTTCCCGCTGTTCCGCGCCATGCTGCGGGAG GGGCCGGGGTGCAGGCCTACGTCGTTCACCTTTGGCAGCGTGCTCCGGGCGTGCCAGGAT TCCGGGCCGGACCGGCTGGGCTTCGCCGTGCAGGTCCATGGGTTGGTCTCTAAGACAGAG TTCACTTCAAACACCACGGTGTGCAATGCCCTGATCTCTATGTATGGCAGTTGCTCCGTT GGTCCGCCGATCCTGGCACAGCGTGTGTTTGATACCACTCCAGTCAGGGACTTGATCACA TGGAACGCCTTGATGTCTGTGTATGCAAAGAGAGGGGATGCAATTTGTACGTTTACTCTG TTCAGGGCTATGCAGTATGATGATTCGGGGATCGAGTTGAGGCCGACAGAGCATACTTTT GGGAGCTTAATCACCGCGACATATCTTTCCTCATGCAGCTTGGGCCTGCTTGATCAATTG TTTGTGAGGGTGCTCAAATCTGGCTGCTCAAGTGACCTGTATGTGGGCAGTGCTTTAGTA AGTGCATTTGCGAGACATGGCATGCTTGATGAAGCAAAGGACATTTATCTCGGTCTGAAA GAGAGAAATGCAGTTACTTTGAATGGTCTGATAGCTGGTTTGGTCAAGCAGCAACATGGT GAAGCGGCAGCAGAGATTTTCATGGGAGCAAGGGATTCCGCTGCTGTCAACGTGGATACA TATGTTGTGTTGCTTAGTGCAATAGCTGAGTTTTCTACAGCAGAACAAGGGTTGAGGAAA GGTAGGGAAGTCCATGCACATGTGCTCAGAGCTGGACATATTTATAGGAAAATTGCAGTT AGTAATGGTCTAGTTAATATGTATGCCAAGTGTGGTGCCATTGATAAAGCATGTAGAGTT TTTCAGCTGATGGAAGCAAGGGATCGGATTTCATGGAATACCATTATCACTGCTCTTGAT CAAAATGGATACTGTGAAGCAGCAATGATGAATTACTGTTTAATGAGACAAAATAGTATA GGTCCATCAAACTTTGCAGCAATTAGTGGCTTAAGTTCCTGTGCTGGTTTGGGACTTTTA GCTGCAGGCCAACAATTGCACTGTGATGCTGTAAAATGGGGACTATATTTAGATACCTCT GTTTCAAATGCTCTTGTTAAAATGTATGGAGAATGTGGGCGGATGTCAGAATGCTGGGAA ATTTTCAACTCTATGTCTGCACATGATGTAGTTTCTTGGAATTCTATCATGGGTGTTATG GCGAGTTCACAAGCACCTATTACTGAATCTGTACAAGTTTTCTCCAATATGATGAAGAGT GGTTTGGTCCCAAACAAAGTGACGTTTGTTAACTTTCTAGCTGCTTTGACTCCATTATCT GTTCTTGAACTTGGAAAGCAGATTCATTCTGTCATGCTGAAGCATGGAGTTACAGAAGAT AATGCAGTAGATAATGCACTCATGTCATGCTATGCAAAGTCAGGAGATGTGGATTCCTGT GAGCGGCTGTTTTCTAGAATGTCTGGCAGACGGGATGCTATCTCATGGAATTCAATGATT TCAGGGTACATCTACAATGGACATCTGCAGGAAGCTATGGACTGTGTTTGTCTTATGATG CATAGTGAACAAATGATGGATCACTGCACCTTCTCCATTGTACTGAATGCATGTGCTTCT GTGGCAGCATTGGAGCGTGGAATGGAGATGCATGCTTTTGGTTTAAGGTCACACTTGGAA TCAGATGTTGTGGTCGAGAGTGCTCTTGTTGATATGTACTCCAAGTGTGGAAGGATAGAC TATGCTTCAAAGGTATTTCATTCCATGAGTCAGAAAAATGAGTTCTCATGGAACTCCATG ATTTCTGGTTATGCGAGACATGGTCTCGGAAGGAAAGCTTTGGAGATATTTGAGGAAATG CAAGAGAGCGGAGAAAGTCCAGACCATGTCACGTTTGTGAGTGTTTTGTCTGCCTGTAGT CACGCTGGTTTAGTTGAAAGAGGCCTTGACTACTTTGAATTGATGGAGGATTATGGTATA TTACCTCGGATTGAGCATTATTCTTGTGTTATAGACCTTCTTGGTCGAGCTGGGGAGCTT GATAAGATACAGGAGTACATGAAAAGAATGCCAATGAAACCAAATACTCTCATATGGAGG ACGGTATTAGTTGCTTGTCAACAATCAAAACACAGGGCTAAGATAGATCTGGGGACAGAA GCTTCAAGGATGCTTTTGGAATTAGAACCTCAAAATCCTGTAAATTATGTTCTTTCATCT AAGTTTCATGCAGCAATAGGAAGGTGGGAAGACACAGCCAAAGCCCGGGCTGCAATGAAG GGAGCAGCAGTGAAAAAAGAGGCCGGTCGCAGTTGGGTAACCTTAACTGATGGAGTTCAT ACCTTCATTGCTGGTGACAGGTCACATCCAAACACCAAAGAAATCTATGAGAAGCTCAAC TTTTTGATTCAGAAGATAAGGAATGCAGGTTATGTTCCACTGACAGAATATGTTTTACAT GATCTTGAAGAAGAGAACAAAGAAGAACTGCTAAGATATCACAGTGAAAAGCTTGCGGTT GCTTTTGTTCTGACTCGTTCCTCCTCAGGTGGCCCCATAAGGATCATGAAGAACCTTCGG GTTTGCGGAGATTGCCATACAGCTTTCAGATACATTTCTCAGATTGTTGGTCGGCAAATC ATTTTAAGGGATTCAATCCGATTTCATCATTTCAAGGATGGGAAATGTTCTTGTGGGGAC TACTGGTACCTATCATCCCTTAACCGTTGGGTACTAATAGTTCATTTCCCTTTCTCCGAG TAA

Peptide Sequence

PEP ID	Os01t0589900-00
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:1:23005565:23008941:-1 gene:Os01g0589900 transcript:Os01t0589900-00 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os01t0589900-00)
Sequence	MHRKLPPLPPLTLRRSSSSSSSAAAAASPPPPPPRRLPPPVPLRDLLAHRLPPTPTPDRP PLSRPHPHADVLLRGRRPGCDASPESLHLEVVKRGLTHDLFLANHLVNSYAKGARLDAAR RVFDGMPGRNAVSWTCLISGHVLSGLPEDAFPLFRAMLREGPGCRPTSFTFGSVLRACQD SGPDRLGFAVQVHGLVSKTEFTSNTTVCNALISMYGSCSVGPPILAQRVFDTTPVRDLIT WNALMSVYAKRGDAICTFTLFRAMQYDDSGIELRPTEHTFGSLITATYLSSCSLGLLDQL FVRVLKSGCSSDLYVGSALVSAFARHGMLDEAKDIYLGLKERNAVTLNGLIAGLVKQQHG EAAAEIFMGARDSAAVNVDTYVVLLSAIAEFSTAEQGLRKGREVHAHVLRAGHIYRKIAV SNGLVNMYAKCGAIDKACRVFQLMEARDRISWNTIITALDQNGYCEAAMMNYCLMRQNSI GPSNFAAISGLSSCAGLGLLAAGQQLHCDAVKWGLYLDTSVSNALVKMYGECGRMSECWE IFNSMSAHDVVSWNSIMGVMASSQAPITESVQVFSNMMKSGLVPNKVTFVNFLAALTPLS VLELGKQIHSVMLKHGVTEDNAVDNALMSCYAKSGDVDSCERLFSRMSGRRDAISWNSMI SGYIYNGHLQEAMDCVCLMMHSEQMMDHCTFSIVLNACASVAALERGMEMHAFGLRSHLE SDVVVESALVDMYSKCGRIDYASKVFHSMSQKNEFSWNSMISGYARHGLGRKALEIFEEM QESGESPDHVTFVSVLSACSHAGLVERGLDYFELMEDYGILPRIEHYSCVIDLLGRAGEL DKIQEYMKRMPMKPNTLIWRTVLVACQQSKHRAKIDLGTEASRMLLELEPQNPVNYVLSS KFHAAIGRWEDTAKARAAMKGAAVKKEAGRSWVTLTDGVHTFIAGDRSHPNTKEIYEKLN FLIQKIRNAGYVPLTEYVLHDLEEENKEELLRYHSEKLAVAFVLTRSSSGGPIRIMKNLR VCGDCHTAFRYISQIVGRQIILRDSIRFHHFKDGKCSCGDYWYLSSLNRWVLIVHFPFSE

Transcript Sequence

Transcript ID	Os01t0589900-00
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:1:23005565:23008941:-1 gene:Os01g0589900 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat domain containing protein. (Os01t0589900-00)
Sequence	ATGCACCGCAAGCTCCCGCCATTACCTCCCCTCACACTCCGCCGCTCCTCCTCCTCCTCC TCCTCCGCCGCCGCCGCGGCCTCTCCTCCACCGCCGCCACCTCGCCGTCTCCCTCCTCCG GTTCCGCTCCGTGACCTCCTCGCCCACCGCCTCCCGCCCACGCCCACGCCGGACCGGCCT CCCCTCTCGCGGCCGCATCCTCACGCCGACGTCCTCCTCCGCGGCCGACGCCCGGGCTGC GACGCCTCGCCGGAGAGCCTCCACCTCGAGGTCGTCAAGAGGGGCCTCACCCATGACCTC TTCCTCGCCAACCACCTCGTCAACTCGTACGCCAAGGGCGCGCGCCTGGACGCCGCGCGC AGGGTGTTCGACGGAATGCCGGGCCGGAACGCCGTTTCTTGGACCTGCCTCATCTCCGGG CACGTGCTGTCCGGGCTCCCCGAGGATGCCTTCCCGCTGTTCCGCGCCATGCTGCGGGAG GGGCCGGGGTGCAGGCCTACGTCGTTCACCTTTGGCAGCGTGCTCCGGGCGTGCCAGGAT TCCGGGCCGGACCGGCTGGGCTTCGCCGTGCAGGTCCATGGGTTGGTCTCTAAGACAGAG TTCACTTCAAACACCACGGTGTGCAATGCCCTGATCTCTATGTATGGCAGTTGCTCCGTT GGTCCGCCGATCCTGGCACAGCGTGTGTTTGATACCACTCCAGTCAGGGACTTGATCACA TGGAACGCCTTGATGTCTGTGTATGCAAAGAGAGGGGATGCAATTTGTACGTTTACTCTG TTCAGGGCTATGCAGTATGATGATTCGGGGATCGAGTTGAGGCCGACAGAGCATACTTTT GGGAGCTTAATCACCGCGACATATCTTTCCTCATGCAGCTTGGGCCTGCTTGATCAATTG TTTGTGAGGGTGCTCAAATCTGGCTGCTCAAGTGACCTGTATGTGGGCAGTGCTTTAGTA AGTGCATTTGCGAGACATGGCATGCTTGATGAAGCAAAGGACATTTATCTCGGTCTGAAA GAGAGAAATGCAGTTACTTTGAATGGTCTGATAGCTGGTTTGGTCAAGCAGCAACATGGT GAAGCGGCAGCAGAGATTTTCATGGGAGCAAGGGATTCCGCTGCTGTCAACGTGGATACA TATGTTGTGTTGCTTAGTGCAATAGCTGAGTTTTCTACAGCAGAACAAGGGTTGAGGAAA GGTAGGGAAGTCCATGCACATGTGCTCAGAGCTGGACATATTTATAGGAAAATTGCAGTT AGTAATGGTCTAGTTAATATGTATGCCAAGTGTGGTGCCATTGATAAAGCATGTAGAGTT TTTCAGCTGATGGAAGCAAGGGATCGGATTTCATGGAATACCATTATCACTGCTCTTGAT CAAAATGGATACTGTGAAGCAGCAATGATGAATTACTGTTTAATGAGACAAAATAGTATA GGTCCATCAAACTTTGCAGCAATTAGTGGCTTAAGTTCCTGTGCTGGTTTGGGACTTTTA GCTGCAGGCCAACAATTGCACTGTGATGCTGTAAAATGGGGACTATATTTAGATACCTCT GTTTCAAATGCTCTTGTTAAAATGTATGGAGAATGTGGGCGGATGTCAGAATGCTGGGAA ATTTTCAACTCTATGTCTGCACATGATGTAGTTTCTTGGAATTCTATCATGGGTGTTATG GCGAGTTCACAAGCACCTATTACTGAATCTGTACAAGTTTTCTCCAATATGATGAAGAGT GGTTTGGTCCCAAACAAAGTGACGTTTGTTAACTTTCTAGCTGCTTTGACTCCATTATCT GTTCTTGAACTTGGAAAGCAGATTCATTCTGTCATGCTGAAGCATGGAGTTACAGAAGAT AATGCAGTAGATAATGCACTCATGTCATGCTATGCAAAGTCAGGAGATGTGGATTCCTGT GAGCGGCTGTTTTCTAGAATGTCTGGCAGACGGGATGCTATCTCATGGAATTCAATGATT TCAGGGTACATCTACAATGGACATCTGCAGGAAGCTATGGACTGTGTTTGTCTTATGATG CATAGTGAACAAATGATGGATCACTGCACCTTCTCCATTGTACTGAATGCATGTGCTTCT GTGGCAGCATTGGAGCGTGGAATGGAGATGCATGCTTTTGGTTTAAGGTCACACTTGGAA TCAGATGTTGTGGTCGAGAGTGCTCTTGTTGATATGTACTCCAAGTGTGGAAGGATAGAC TATGCTTCAAAGGTATTTCATTCCATGAGTCAGAAAAATGAGTTCTCATGGAACTCCATG ATTTCTGGTTATGCGAGACATGGTCTCGGAAGGAAAGCTTTGGAGATATTTGAGGAAATG CAAGAGAGCGGAGAAAGTCCAGACCATGTCACGTTTGTGAGTGTTTTGTCTGCCTGTAGT CACGCTGGTTTAGTTGAAAGAGGCCTTGACTACTTTGAATTGATGGAGGATTATGGTATA TTACCTCGGATTGAGCATTATTCTTGTGTTATAGACCTTCTTGGTCGAGCTGGGGAGCTT GATAAGATACAGGAGTACATGAAAAGAATGCCAATGAAACCAAATACTCTCATATGGAGG ACGGTATTAGTTGCTTGTCAACAATCAAAACACAGGGCTAAGATAGATCTGGGGACAGAA GCTTCAAGGATGCTTTTGGAATTAGAACCTCAAAATCCTGTAAATTATGTTCTTTCATCT AAGTTTCATGCAGCAATAGGAAGGTGGGAAGACACAGCCAAAGCCCGGGCTGCAATGAAG GGAGCAGCAGTGAAAAAAGAGGCCGGTCGCAGTTGGGTAACCTTAACTGATGGAGTTCAT ACCTTCATTGCTGGTGACAGGTCACATCCAAACACCAAAGAAATCTATGAGAAGCTCAAC TTTTTGATTCAGAAGATAAGGAATGCAGGTTATGTTCCACTGACAGAATATGTTTTACAT GATCTTGAAGAAGAGAACAAAGAAGAACTGCTAAGATATCACAGTGAAAAGCTTGCGGTT GCTTTTGTTCTGACTCGTTCCTCCTCAGGTGGCCCCATAAGGATCATGAAGAACCTTCGG GTTTGCGGAGATTGCCATACAGCTTTCAGATACATTTCTCAGATTGTTGGTCGGCAAATC ATTTTAAGGGATTCAATCCGATTTCATCATTTCAAGGATGGGAAATGTTCTTGTGGGGAC TACTGGTACCTATCATCCCTTAACCGTTGGGTACTAATAGTTCATTTCCCTTTCTCCGAG TAA