Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Oryza sativa subsp. japonica) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Oryza sativa

CDS Sequence

CDS ID	CAA33953
CDS Infomation	cds chromosome:IRGSP-1.0:Pt:106398:107900:-1 gene:CAA33953 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:ndhD description:NADH dehydrogenase ND4
Sequence	ATGAGTTCTTTTCCTTGGTTAACAATACTTGTTGTTTTGCCGATATTTGCGGGTTCATTA ATTTTCTTTTTACCTCATAGGGGAAACAAAATCGTTAGGTGGTATACTATGTCTATTTGT TTATTAGAATTCCTTCTAATGACTTATGCATTCTGTTATCATTTCCAATTGGAGGATCCC TTAATCCAATTAAAAGAGGATTCTAAATGGATAGATGTCTTCAATTTCCACTGGAGATTG GGAATCGATGGACTTTCATTAGGATCTATTTTATTGACAGGATTTATGACTACTTTAGCT ACTTTAGCAGCTTGGCCGGTTACCCGGAATTCCCGATTATTCTATTTCCTGATGCTAGCA ATGTATAGCGGTCAAATAGGATTATTTTCTTCGCGAGACCTTTTACTTTTTTTTATCATG TGGGAGTTAGAATTAATTCCTGTTTACTTACTTTTATCCATGTGGGGGGGGAAGAGGCGT CTCTATTCAGCTACAAAGTTTATTTTGTATACTGCAGGTGGTTCCATTTTTTTCTTAATC GGAGTTCTAGGTATGGGCTTATACGGTTCCAACGAACCAAGATTAGATTTGGAAAGATTA ATTAATCAATCATACCCTGCAACATTGGAAATACTATTTTATTTTGGCTTCCTTATTGCT TATGCTGTCAAATTGCCGATTATACCCCTACATACGTGGTTACCAGATACCCATGGGGAA GCGCATTACAGTACATGTATGCTTTTAGCGGGAATCCTATTAAAGATGGGAGCATACGGA TTGATTCGGATCAATATGGAATTGTTACCTCATGCTCATTATCTATTTTCCCCTTGGTTA GTAATAATAGGAGCGATGCAAATAATCTATGCAGCTTCAACTTCTCTTGGCCAACGCAAT TTCAAAAAAAGAATAGCCTACTCCTCCGTCTCTCACATGGGTTTCATTATTATAGGAATT GGTTCCATAACCAACATTGGACTCAATGGAGCTATTTTACAAATATTATCCCATGGATTT ATTGGGGCTACACTTTTTTTCTTAGCGGGAACGGCTTGTGATAGAATGCGCCTTGTTTAT CTCGAAGAACTGGGAGGGGCTTCTATCCCAATGCCAAAAATTTTTACCATGTTTAGTAGC TTTTCAATGGCTTCTCTTGCCTTACCAGGAATGAGTGGTTTTGTTGCGGAATTAGTAGTA TTTTTTGGACTAATTACTAGTCCAAAATTTCTGTTAATGCCAAAAATGCTAATTACTTTT GTAATGGCAATTGGAATGATATTAACTCCTATTTATTTATTATCTATGTTACGACAGATG TTCTATGGATACAAGCTATTTCATGTTCCAAACGAAAATTTTGAGGATTCCGGCCCGCGA GAACTCTTTCTTTTAATCTGTATCTTTTTACCAGTAATAGGAATCGGTATTTATCCAGAT TTTGTTCTCTCGCTATCCGTTGACAGGGTAGAGGCTCTGTTATCCAATTATTATCCTAAA TAG

Peptide Sequence

PEP ID	CAA33953
PEP Infomation	pep chromosome:IRGSP-1.0:Pt:106398:107900:-1 gene:CAA33953 transcript:CAA33953 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:ndhD description:NADH dehydrogenase ND4
Sequence	MSSFPWLTILVVLPIFAGSLIFFLPHRGNKIVRWYTMSICLLEFLLMTYAFCYHFQLEDP LIQLKEDSKWIDVFNFHWRLGIDGLSLGSILLTGFMTTLATLAAWPVTRNSRLFYFLMLA MYSGQIGLFSSRDLLLFFIMWELELIPVYLLLSMWGGKRRLYSATKFILYTAGGSIFFLI GVLGMGLYGSNEPRLDLERLINQSYPATLEILFYFGFLIAYAVKLPIIPLHTWLPDTHGE AHYSTCMLLAGILLKMGAYGLIRINMELLPHAHYLFSPWLVIIGAMQIIYAASTSLGQRN FKKRIAYSSVSHMGFIIIGIGSITNIGLNGAILQILSHGFIGATLFFLAGTACDRMRLVY LEELGGASIPMPKIFTMFSSFSMASLALPGMSGFVAELVVFFGLITSPKFLLMPKMLITF VMAIGMILTPIYLLSMLRQMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIGIYPD FVLSLSVDRVEALLSNYYPK

Transcript Sequence

Transcript ID	CAA33953
Transcript Infomation	cdna chromosome:IRGSP-1.0:Pt:106398:107900:-1 gene:CAA33953 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:ndhD description:NADH dehydrogenase ND4
Sequence	ATGAGTTCTTTTCCTTGGTTAACAATACTTGTTGTTTTGCCGATATTTGCGGGTTCATTA ATTTTCTTTTTACCTCATAGGGGAAACAAAATCGTTAGGTGGTATACTATGTCTATTTGT TTATTAGAATTCCTTCTAATGACTTATGCATTCTGTTATCATTTCCAATTGGAGGATCCC TTAATCCAATTAAAAGAGGATTCTAAATGGATAGATGTCTTCAATTTCCACTGGAGATTG GGAATCGATGGACTTTCATTAGGATCTATTTTATTGACAGGATTTATGACTACTTTAGCT ACTTTAGCAGCTTGGCCGGTTACCCGGAATTCCCGATTATTCTATTTCCTGATGCTAGCA ATGTATAGCGGTCAAATAGGATTATTTTCTTCGCGAGACCTTTTACTTTTTTTTATCATG TGGGAGTTAGAATTAATTCCTGTTTACTTACTTTTATCCATGTGGGGGGGGAAGAGGCGT CTCTATTCAGCTACAAAGTTTATTTTGTATACTGCAGGTGGTTCCATTTTTTTCTTAATC GGAGTTCTAGGTATGGGCTTATACGGTTCCAACGAACCAAGATTAGATTTGGAAAGATTA ATTAATCAATCATACCCTGCAACATTGGAAATACTATTTTATTTTGGCTTCCTTATTGCT TATGCTGTCAAATTGCCGATTATACCCCTACATACGTGGTTACCAGATACCCATGGGGAA GCGCATTACAGTACATGTATGCTTTTAGCGGGAATCCTATTAAAGATGGGAGCATACGGA TTGATTCGGATCAATATGGAATTGTTACCTCATGCTCATTATCTATTTTCCCCTTGGTTA GTAATAATAGGAGCGATGCAAATAATCTATGCAGCTTCAACTTCTCTTGGCCAACGCAAT TTCAAAAAAAGAATAGCCTACTCCTCCGTCTCTCACATGGGTTTCATTATTATAGGAATT GGTTCCATAACCAACATTGGACTCAATGGAGCTATTTTACAAATATTATCCCATGGATTT ATTGGGGCTACACTTTTTTTCTTAGCGGGAACGGCTTGTGATAGAATGCGCCTTGTTTAT CTCGAAGAACTGGGAGGGGCTTCTATCCCAATGCCAAAAATTTTTACCATGTTTAGTAGC TTTTCAATGGCTTCTCTTGCCTTACCAGGAATGAGTGGTTTTGTTGCGGAATTAGTAGTA TTTTTTGGACTAATTACTAGTCCAAAATTTCTGTTAATGCCAAAAATGCTAATTACTTTT GTAATGGCAATTGGAATGATATTAACTCCTATTTATTTATTATCTATGTTACGACAGATG TTCTATGGATACAAGCTATTTCATGTTCCAAACGAAAATTTTGAGGATTCCGGCCCGCGA GAACTCTTTCTTTTAATCTGTATCTTTTTACCAGTAATAGGAATCGGTATTTATCCAGAT TTTGTTCTCTCGCTATCCGTTGACAGGGTAGAGGCTCTGTTATCCAATTATTATCCTAAA TAG