Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc11g062250.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XHJ0_CYNCS)
Sequence	ATGATGCATATCATTTCTCAATCCTTCAACTCTTCATCACTTCACCATTGTACACTAAAA CTTTTCTCCAAAACCATTTCTTCTTCCTCTAAATTACCCCATTACAAAACCAAATCCCCA TTCAAATGGAGGACAAATCATGTTTTTGTACAAACCAATCCACTACTTTCTCTTTTAGAG ACCAAATGCAAATACATGAACCAACTCAAACAAATCCACTCACAAATGATTCTCACTGGC ATATTCTCAAATGGGTTTGCTTCAAGTCGTTTAATAGCCTTTTGTGCACTCTCAGAAAAG GGTAATCTTGATTATTGTAAAAAAATATTGTATAATATGGAAAACCCAAATACATTTTCT TGGAATATGGCTATAAGGGGTTGTTGTGAAAGTGAAACCCCAATTGATGCATTCTTTTTG TATAAACAAATGCTTATGACAGTAGAGAATGAATTTAGTTGTTTGAAGCCTGATAATCAT ACTTTCCCTTTGTTATTTAAGATATGTTCTAGATTGGGTTTGTATTATATGGGTCAAGAG ATTCTTGTACATGTTTTGAGGATTGGTTATGATGGAGATGTGTTTGTGCATAATGCACTG ATTCATTTTTTGGTTTCTTGTGGTTTCTTGGAGGATGCATATAAGGTGTTTGATGATAGT TCTGTGAGGGACCTAGTTTCTTGGAATTCAATGATTAATGGTTATGTTAGGAGTGGGAGA TCGAGGGAAGCGTTGATGGTATTTGAGAAGATGAAAATGGAGTCTGTGGAGCCTGATGAA GTTACTATCATTGGGATGGTAGGGGCATGTGCTCAGCTTGAGGATTTGGAGCTTGGGAGG AAGTTACATAGATACTTTAGGGACAAGTGTTTATATTTTAGCGTACCACTTTGCAATGCA TTCATGGACATGTATATGAAGAATGGGAGTCTAAATGAAGCAAAAGCTTTGTTTGATAGT ATGGATGAGAGAACTGTGGTAAGTTGGACTGTAATGATTAGCGGGTTTGCTAAATTTGGG TGTTTGGATGAAGCAAGGAGGCTTTTCAATGAGATGCAGGAGAAAAATATTGTACAATGG AATGCCTTGATTGGAGGTTATGTCCAAGCTAAGCATGGTAAAGAGGCATTGGTTTTGTTT CAGGAAATGCAAACGATGAACATAAAACCCGATGAAGTGACAATGGTTAGTTGTCTATCC GCTTGTGCACAACTTGGAGCACTTGATATTGGGATTTGGATTCACCACTACATCAAAAAA CATAAGCTTTGTTCAACTGTTTCTCTGGGAACAGCACTTGTTGATATGTATGCCAAATGC GGCAACATTGAAAAAATGCTTCAGGTTTTTCACGCGATGCCCATCAGAAACTCATTGACT TGGACAGCTGCAATTGGCGCCTTAGCGCATCATGGAAATGGGCATGATGCTCTATCATAT TTTTTAAAGATGGTTGACAGTGGTCTGAGACCAGATGATGTCACATTTCTTGGGGTCTTG TCAGCTTGTTGTCATGGAGGTTTGGTTGAAGAAGGGAGAAAGTTTTTTACTCAAATGACC ACAAAGTTCAACATTCTGCCTAAATCTAAACATTACGCTTGCATGGTGGACCTTTTGGGC AGGGCAGGGCTTCTGGAAGAAGCTTATGAGCTTGTCCGTGGAGTGCCAAATGAGGCTGAT GCTTCGGTATGGGGAGCATTGTTTTTCGCTTGTCGAGTTCACAGGAACATTGAGATGGGG GAAAAGGCAGCTCTGAAACTTCTTGAATTGGATCCTGGTGATAGTGGAACTTATGTCTTA CTTGCTAACATGTATGTTGAAGCAAATATGCAACATAAGGCACGAGATGTGAGGAAGATG ATGGGTGAAAGAGGATTACAAAAAACACCTGGTTGCAGCTCTGTTGAAGTAAATGGAAAT ATTTTTGAGTTTTTTGTTACAGACAAGACACATCCTCAGTCCGATCAGATTTATGAATGT TTGATTCAGTTAACAGGACACATTGAAATAGCTGAATATCTGCCATATATCAGATACGAC CTGTTATTTAATTCTGATGTTTACAGTGCAATGTAA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc11g062250.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XHJ0_CYNCS)
Sequence	MMHIISQSFNSSSLHHCTLKLFSKTISSSSKLPHYKTKSPFKWRTNHVFVQTNPLLSLLE TKCKYMNQLKQIHSQMILTGIFSNGFASSRLIAFCALSEKGNLDYCKKILYNMENPNTFS WNMAIRGCCESETPIDAFFLYKQMLMTVENEFSCLKPDNHTFPLLFKICSRLGLYYMGQE ILVHVLRIGYDGDVFVHNALIHFLVSCGFLEDAYKVFDDSSVRDLVSWNSMINGYVRSGR SREALMVFEKMKMESVEPDEVTIIGMVGACAQLEDLELGRKLHRYFRDKCLYFSVPLCNA FMDMYMKNGSLNEAKALFDSMDERTVVSWTVMISGFAKFGCLDEARRLFNEMQEKNIVQW NALIGGYVQAKHGKEALVLFQEMQTMNIKPDEVTMVSCLSACAQLGALDIGIWIHHYIKK HKLCSTVSLGTALVDMYAKCGNIEKMLQVFHAMPIRNSLTWTAAIGALAHHGNGHDALSY FLKMVDSGLRPDDVTFLGVLSACCHGGLVEEGRKFFTQMTTKFNILPKSKHYACMVDLLG RAGLLEEAYELVRGVPNEADASVWGALFFACRVHRNIEMGEKAALKLLELDPGDSGTYVL LANMYVEANMQHKARDVRKMMGERGLQKTPGCSSVEVNGNIFEFFVTDKTHPQSDQIYEC LIQLTGHIEIAEYLPYIRYDLLFNSDVYSAM*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc11g062250.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XHJ0_CYNCS)
Sequence	ATGATGCATATCATTTCTCAATCCTTCAACTCTTCATCACTTCACCATTGTACACTAAAA CTTTTCTCCAAAACCATTTCTTCTTCCTCTAAATTACCCCATTACAAAACCAAATCCCCA TTCAAATGGAGGACAAATCATGTTTTTGTACAAACCAATCCACTACTTTCTCTTTTAGAG ACCAAATGCAAATACATGAACCAACTCAAACAAATCCACTCACAAATGATTCTCACTGGC ATATTCTCAAATGGGTTTGCTTCAAGTCGTTTAATAGCCTTTTGTGCACTCTCAGAAAAG GGTAATCTTGATTATTGTAAAAAAATATTGTATAATATGGAAAACCCAAATACATTTTCT TGGAATATGGCTATAAGGGGTTGTTGTGAAAGTGAAACCCCAATTGATGCATTCTTTTTG TATAAACAAATGCTTATGACAGTAGAGAATGAATTTAGTTGTTTGAAGCCTGATAATCAT ACTTTCCCTTTGTTATTTAAGATATGTTCTAGATTGGGTTTGTATTATATGGGTCAAGAG ATTCTTGTACATGTTTTGAGGATTGGTTATGATGGAGATGTGTTTGTGCATAATGCACTG ATTCATTTTTTGGTTTCTTGTGGTTTCTTGGAGGATGCATATAAGGTGTTTGATGATAGT TCTGTGAGGGACCTAGTTTCTTGGAATTCAATGATTAATGGTTATGTTAGGAGTGGGAGA TCGAGGGAAGCGTTGATGGTATTTGAGAAGATGAAAATGGAGTCTGTGGAGCCTGATGAA GTTACTATCATTGGGATGGTAGGGGCATGTGCTCAGCTTGAGGATTTGGAGCTTGGGAGG AAGTTACATAGATACTTTAGGGACAAGTGTTTATATTTTAGCGTACCACTTTGCAATGCA TTCATGGACATGTATATGAAGAATGGGAGTCTAAATGAAGCAAAAGCTTTGTTTGATAGT ATGGATGAGAGAACTGTGGTAAGTTGGACTGTAATGATTAGCGGGTTTGCTAAATTTGGG TGTTTGGATGAAGCAAGGAGGCTTTTCAATGAGATGCAGGAGAAAAATATTGTACAATGG AATGCCTTGATTGGAGGTTATGTCCAAGCTAAGCATGGTAAAGAGGCATTGGTTTTGTTT CAGGAAATGCAAACGATGAACATAAAACCCGATGAAGTGACAATGGTTAGTTGTCTATCC GCTTGTGCACAACTTGGAGCACTTGATATTGGGATTTGGATTCACCACTACATCAAAAAA CATAAGCTTTGTTCAACTGTTTCTCTGGGAACAGCACTTGTTGATATGTATGCCAAATGC GGCAACATTGAAAAAATGCTTCAGGTTTTTCACGCGATGCCCATCAGAAACTCATTGACT TGGACAGCTGCAATTGGCGCCTTAGCGCATCATGGAAATGGGCATGATGCTCTATCATAT TTTTTAAAGATGGTTGACAGTGGTCTGAGACCAGATGATGTCACATTTCTTGGGGTCTTG TCAGCTTGTTGTCATGGAGGTTTGGTTGAAGAAGGGAGAAAGTTTTTTACTCAAATGACC ACAAAGTTCAACATTCTGCCTAAATCTAAACATTACGCTTGCATGGTGGACCTTTTGGGC AGGGCAGGGCTTCTGGAAGAAGCTTATGAGCTTGTCCGTGGAGTGCCAAATGAGGCTGAT GCTTCGGTATGGGGAGCATTGTTTTTCGCTTGTCGAGTTCACAGGAACATTGAGATGGGG GAAAAGGCAGCTCTGAAACTTCTTGAATTGGATCCTGGTGATAGTGGAACTTATGTCTTA CTTGCTAACATGTATGTTGAAGCAAATATGCAACATAAGGCACGAGATGTGAGGAAGATG ATGGGTGAAAGAGGATTACAAAAAACACCTGGTTGCAGCTCTGTTGAAGTAAATGGAAAT ATTTTTGAGTTTTTTGTTACAGACAAGACACATCCTCAGTCCGATCAGATTTATGAATGT TTGATTCAGTTAACAGGACACATTGAAATAGCTGAATATCTGCCATATATCAGATACGAC CTGTTATTTAATTCTGATGTTTACAGTGCAATGTAA