Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc11g017290.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JW06_CYNCS)
Sequence	ATGTCTTCCATAAGGTCAATTGACACTAAAACTTGCTTTGAGCTTCTTAAGACTTGCAAA TCCATTACAAAACTCAAACAAATCCATGCCCAAGTTATCATTCTCAATTTCCACAAACAC ATTGGCATTTTACACAAGCTATTAGCTTTTACAACTCATGATGATACAGACTTTAATTAT GCCAAGAAAATCTTCAGTTGCTGTGAGAACCGAACATTGTTTATGTACAATGTAATGATT AAAGGGTATGTGAAAACGGGTCAATTCAAGAAACCCCTTTACTTGTTTAATGAATTAAAA ATACATGGCTTGTTTCCTGATAATTTTACTTACCCATTTGTGTTTAAAGCTATTGGTGAG TTGAAAATGGTGAAAGGAGGTGAAAAGATTCATGGGTATGTCTTGAAATCTGGTGTTTTG TTTGATAACTATGTGGGTAATTCTGTTATGGATATGTATGGTTTGTTTGGTTATGTGGAG AGTTTGAACAAGGTGTTTGATGAAATGCCTAACAGAGATTCGGTGGCGTGGAATATATTG ATTTCTGGATTTGTTAGATGTGGTAGGTTTCAGGATGCTGTTGTGGTTTACAAGAAGATG AGGGAGGAAAATGCTGTTAAGCCTGATGAAGCTACGGTTGTGAGTACTTTGTCAGCTTGC ACTGCGTTGAAAAGCTTGGAAATTGGTAGAGAAATTCATGGATATGTTGTGGAAGAGCTT GAGTTCAGCCTTATTATTGGGAATGCGTTGGTCGATATGTATTGTAAGTGTGGATGCTTG ATAGTGGCTAGGGAGATATTTGATGATATGCCAATGAAAAATGTGATATGTTGGACTAGT ATGGTATTGGGGTATGTTAATAATGGTCAATTGGATGAAGCTAGAAAACTTTTTGAGAGG AGTCCAGTTAGGGATCTAGTTCTGTGGACAACTATGATTAATGGGTATGTGCAATTCAAT TGTGTTGATGATGCAATGGACCTGTTCCGTTCGATGCAAATTCAGGGGATTAAACCTGAC AAATACACACTGGTTGCTCTTCTCACTGGTTGTGCTCAGTTAGGAGCCCTGCAACAAGGG GAATGGATTCATGATTACATGAAAGAAAACAGAATAACTGTTACTGCCGTTGTTGGTACG GCCCTTATAGAGATGTATGCAAAGTGTGGTTGTATAGAAAAATCGAAGGAAATATTTGAT GAATTAGAAGAGAAAGATACTGCATCTTGGACTTCAATTATTTGTGCTCTAGCCATGAGC GGGAACACTAGGAAGGCACTGGAACTGTTCTCAGAAATGGAACAGGCTGGATTTCACCCT GATGATATCACTTATATTGGAGTGTTAAGTGCATGTAGCCATGGGGGCTTGGTAGAAGAA GGCCGCAAGTATTTCCATGCAATGAGTAGGATTCATGCGATTCAGCCAAAGTTAGAACAT TATGGTTGTTTGATAGACCTACTTGGTCGTGCTGGGCTCCTAAGTGAAGCTGAAGTAATG ATATCTCAGATACCCAATAAAGACAATAAGATTATAGTTCCAATATACGGGGCTTTGCTC AGTGCCTGCAGAATTTACGGCAATGTTGATGTTGGTGAACGTGTGGCTGAACTGCTCATG GAGATTGAATCTTATGATTCTAGCACTCATACACTTCTGGCGAACACCTATGCATCTTCT GGCAGATGGGAAGATGCATCAAAGGTCAGAGGAACTATGAGGGATTTAGGTGTTAAGAAG TCACCTGGATGCAGTTCAATTAATATCAATGGAAATGTGCACGAGTTCATTGTTGGACAT TAA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc11g017290.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JW06_CYNCS)
Sequence	MSSIRSIDTKTCFELLKTCKSITKLKQIHAQVIILNFHKHIGILHKLLAFTTHDDTDFNY AKKIFSCCENRTLFMYNVMIKGYVKTGQFKKPLYLFNELKIHGLFPDNFTYPFVFKAIGE LKMVKGGEKIHGYVLKSGVLFDNYVGNSVMDMYGLFGYVESLNKVFDEMPNRDSVAWNIL ISGFVRCGRFQDAVVVYKKMREENAVKPDEATVVSTLSACTALKSLEIGREIHGYVVEEL EFSLIIGNALVDMYCKCGCLIVAREIFDDMPMKNVICWTSMVLGYVNNGQLDEARKLFER SPVRDLVLWTTMINGYVQFNCVDDAMDLFRSMQIQGIKPDKYTLVALLTGCAQLGALQQG EWIHDYMKENRITVTAVVGTALIEMYAKCGCIEKSKEIFDELEEKDTASWTSIICALAMS GNTRKALELFSEMEQAGFHPDDITYIGVLSACSHGGLVEEGRKYFHAMSRIHAIQPKLEH YGCLIDLLGRAGLLSEAEVMISQIPNKDNKIIVPIYGALLSACRIYGNVDVGERVAELLM EIESYDSSTHTLLANTYASSGRWEDASKVRGTMRDLGVKKSPGCSSININGNVHEFIVGH *

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc11g017290.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JW06_CYNCS)
Sequence	ATGTCTTCCATAAGGTCAATTGACACTAAAACTTGCTTTGAGCTTCTTAAGACTTGCAAA TCCATTACAAAACTCAAACAAATCCATGCCCAAGTTATCATTCTCAATTTCCACAAACAC ATTGGCATTTTACACAAGCTATTAGCTTTTACAACTCATGATGATACAGACTTTAATTAT GCCAAGAAAATCTTCAGTTGCTGTGAGAACCGAACATTGTTTATGTACAATGTAATGATT AAAGGGTATGTGAAAACGGGTCAATTCAAGAAACCCCTTTACTTGTTTAATGAATTAAAA ATACATGGCTTGTTTCCTGATAATTTTACTTACCCATTTGTGTTTAAAGCTATTGGTGAG TTGAAAATGGTGAAAGGAGGTGAAAAGATTCATGGGTATGTCTTGAAATCTGGTGTTTTG TTTGATAACTATGTGGGTAATTCTGTTATGGATATGTATGGTTTGTTTGGTTATGTGGAG AGTTTGAACAAGGTGTTTGATGAAATGCCTAACAGAGATTCGGTGGCGTGGAATATATTG ATTTCTGGATTTGTTAGATGTGGTAGGTTTCAGGATGCTGTTGTGGTTTACAAGAAGATG AGGGAGGAAAATGCTGTTAAGCCTGATGAAGCTACGGTTGTGAGTACTTTGTCAGCTTGC ACTGCGTTGAAAAGCTTGGAAATTGGTAGAGAAATTCATGGATATGTTGTGGAAGAGCTT GAGTTCAGCCTTATTATTGGGAATGCGTTGGTCGATATGTATTGTAAGTGTGGATGCTTG ATAGTGGCTAGGGAGATATTTGATGATATGCCAATGAAAAATGTGATATGTTGGACTAGT ATGGTATTGGGGTATGTTAATAATGGTCAATTGGATGAAGCTAGAAAACTTTTTGAGAGG AGTCCAGTTAGGGATCTAGTTCTGTGGACAACTATGATTAATGGGTATGTGCAATTCAAT TGTGTTGATGATGCAATGGACCTGTTCCGTTCGATGCAAATTCAGGGGATTAAACCTGAC AAATACACACTGGTTGCTCTTCTCACTGGTTGTGCTCAGTTAGGAGCCCTGCAACAAGGG GAATGGATTCATGATTACATGAAAGAAAACAGAATAACTGTTACTGCCGTTGTTGGTACG GCCCTTATAGAGATGTATGCAAAGTGTGGTTGTATAGAAAAATCGAAGGAAATATTTGAT GAATTAGAAGAGAAAGATACTGCATCTTGGACTTCAATTATTTGTGCTCTAGCCATGAGC GGGAACACTAGGAAGGCACTGGAACTGTTCTCAGAAATGGAACAGGCTGGATTTCACCCT GATGATATCACTTATATTGGAGTGTTAAGTGCATGTAGCCATGGGGGCTTGGTAGAAGAA GGCCGCAAGTATTTCCATGCAATGAGTAGGATTCATGCGATTCAGCCAAAGTTAGAACAT TATGGTTGTTTGATAGACCTACTTGGTCGTGCTGGGCTCCTAAGTGAAGCTGAAGTAATG ATATCTCAGATACCCAATAAAGACAATAAGATTATAGTTCCAATATACGGGGCTTTGCTC AGTGCCTGCAGAATTTACGGCAATGTTGATGTTGGTGAACGTGTGGCTGAACTGCTCATG GAGATTGAATCTTATGATTCTAGCACTCATACACTTCTGGCGAACACCTATGCATCTTCT GGCAGATGGGAAGATGCATCAAAGGTCAGAGGAACTATGAGGGATTTAGGTGTTAAGAAG TCACCTGGATGCAGTTCAATTAATATCAATGGAAATGTGCACGAGTTCATTGTTGGACAT TAA