Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc11g012670.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JXR5_CYNCS)
Sequence	ATGGCGTCTGCTCCAAGCTCTACACTTTCTCCTCTCTATGAATCCAATATCTTCTGCAAC TTCAATTCTCCTCAAAAATTCACTTTTCCCCTTAAACTTCACTCCAAATCTTGTATTAGA ACGACCCAAGTGTCACTTCAAGAACAATCCCAGGTCTCAAATCCCAATACTTCTCAATAC CCAGATAGAAAAGCTGTTTCTTCATCAAAAAGCAAGCTTTGGGTCAACCCCAAAAGCCCC CGAGCTTCTGAGCTGAAGCGGAAGTCTTACGATTTCAGGTATGCTTCTTTAATGAAAGTG GCTGAGTCTTTGGATTCTTGTAAACCTGTAGAAGAAGATGTTTCTAATGTTTTAGCTGAA TTGGGTGACAAAATAGTAGAGCAAGATGCTGTTGTGACATTGAATAACATGACTAATGCT GAAACTGCGTTGCTGGCGATGAAGTATTTTCAACAAAGGTTGAAATTGAGCAAAGAGGTG ATTGTATATAATGTGACGTTGAAAGTTTTGAGGAAAAATAAGGATTTGGATAGAGCAGAG AAGGTGTTTGATGAAATGCTTGAGAGAGGGGTAAAGCCTGATAATGTTACTTTCTCGACT ATTATTAGTTGTGCTAGGCAGTGTAATTTGCCTGAAAAAGCTATTGAATGGTTTGAAAAG TTGCCATCTTTTGGGTGTGAACCAGATGATGTTACGTACTCTGTGATGATTGATGCTTAT GGTAAGGCTGGTAATGTAGATATGGCATTGAGTTTGTATGATCGTGCGAGAACAGAGAAA TGGCGTATAGATGCTGTAACATTTGCAACGTTGATTAGGATTTATGGGGCTGCGGGGAAT TTTGATGGGTGCTTGAATGTGTATGAGGAAATGAAAGCGCTTGGTGTAAAGCCTAACATG ACTGTGTATAACAGTTTGTTGGATGCTATGGGAAGAGCTAGGAGGCCATGGCAGGCAAAG AACATCTATGGAGAAATGCTAACCAATGGATTTCAACCAAGTTGGGGTACCTATGCTTCA CTCATTCGGGCTTATGGTAGGGCTCGTTATGGTGAAGATGCTCTTAAAATCTATAAAGAA ATGAAGGAGAAGGGATTGGAGTTGAGTGTGGTACTATATAATACACTTTTGGCAATGTGT GCTGATGTCGGACTTACAGATGAGGCTGTTAACATTTTTGAGGAGATGAAAAGCTCGGCC TCAGAGACTTGCCAACCTGACAGCTGGACATACTCTTCTCTAATCACCATATTCTCTTGT AGTGGGAAGGTCTCGGAGGCGGAATTCACATTGAATGAGATGATTGAAGCAGGGTTTGAA CCAAATATCTTTGTCTTGACCTCGCTTATTCAGTGTTATGGAAAAGCAGGTCGGACAGAT GATGTAGTAAGAACTTTCGATAGGCTGTCAGATTTGGGATTATCTGCAGATGAGCGGTTT ACCGGTTGTCTTCTTAATGTTTTGACACAAACAGCAAAGGAAGACCTTCACAAGCTAACT ATCTGCCTTGAGAAGGCAAATCCGAAGCTTGGTTACGTGGTGAAACTCCTAGTGGATGAT GAAGTTGAAGAAGAAGAAGGGGCTTTTAAGAAACATGCTGCTGAACTTTTGGATTGTGCA ACTACGGATGTCCGGAAAGCGTACTGTAACTGTTTGATTGACATATGTGTCAATCTTAAC CAGTTGGAGAGAGCTTGTGAGTTGTTAGATGTTGGACTAACTCTCAACATCTATACAGAT ATTATGTCTCGAACTGCTACTCAATGGTCTTTACATCTGAAGAGCCTCTCCCTTGGTGCA GCTTTAACAGCATTGCACATCTGGGTTAATGACTTGAACAAAGCACTTGAAAGTGGGGAA GAGTTCCCATCATTGCTTGGAATCAACACAGGACATGGAAAACATAAATATTCCGAGAAA GGTCTGGCAGGTGTATTTGAGTCGCACCTTAAGGAATTAAACGCTCCATTCCACGAGGCA CCTGATAAGGCTGGGTGGTTTTTGACCACGAAGGTTGCAGCTACATCATGGTTGGAGTCT AGATGTGCTCAAGAGGTGGTTGCTGCTTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc11g012670.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JXR5_CYNCS)
Sequence	MASAPSSTLSPLYESNIFCNFNSPQKFTFPLKLHSKSCIRTTQVSLQEQSQVSNPNTSQY PDRKAVSSSKSKLWVNPKSPRASELKRKSYDFRYASLMKVAESLDSCKPVEEDVSNVLAE LGDKIVEQDAVVTLNNMTNAETALLAMKYFQQRLKLSKEVIVYNVTLKVLRKNKDLDRAE KVFDEMLERGVKPDNVTFSTIISCARQCNLPEKAIEWFEKLPSFGCEPDDVTYSVMIDAY GKAGNVDMALSLYDRARTEKWRIDAVTFATLIRIYGAAGNFDGCLNVYEEMKALGVKPNM TVYNSLLDAMGRARRPWQAKNIYGEMLTNGFQPSWGTYASLIRAYGRARYGEDALKIYKE MKEKGLELSVVLYNTLLAMCADVGLTDEAVNIFEEMKSSASETCQPDSWTYSSLITIFSC SGKVSEAEFTLNEMIEAGFEPNIFVLTSLIQCYGKAGRTDDVVRTFDRLSDLGLSADERF TGCLLNVLTQTAKEDLHKLTICLEKANPKLGYVVKLLVDDEVEEEEGAFKKHAAELLDCA TTDVRKAYCNCLIDICVNLNQLERACELLDVGLTLNIYTDIMSRTATQWSLHLKSLSLGA ALTALHIWVNDLNKALESGEEFPSLLGINTGHGKHKYSEKGLAGVFESHLKELNAPFHEA PDKAGWFLTTKVAATSWLESRCAQEVVAA*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc11g012670.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JXR5_CYNCS)
Sequence	ATGGCGTCTGCTCCAAGCTCTACACTTTCTCCTCTCTATGAATCCAATATCTTCTGCAAC TTCAATTCTCCTCAAAAATTCACTTTTCCCCTTAAACTTCACTCCAAATCTTGTATTAGA ACGACCCAAGTGTCACTTCAAGAACAATCCCAGGTCTCAAATCCCAATACTTCTCAATAC CCAGATAGAAAAGCTGTTTCTTCATCAAAAAGCAAGCTTTGGGTCAACCCCAAAAGCCCC CGAGCTTCTGAGCTGAAGCGGAAGTCTTACGATTTCAGGTATGCTTCTTTAATGAAAGTG GCTGAGTCTTTGGATTCTTGTAAACCTGTAGAAGAAGATGTTTCTAATGTTTTAGCTGAA TTGGGTGACAAAATAGTAGAGCAAGATGCTGTTGTGACATTGAATAACATGACTAATGCT GAAACTGCGTTGCTGGCGATGAAGTATTTTCAACAAAGGTTGAAATTGAGCAAAGAGGTG ATTGTATATAATGTGACGTTGAAAGTTTTGAGGAAAAATAAGGATTTGGATAGAGCAGAG AAGGTGTTTGATGAAATGCTTGAGAGAGGGGTAAAGCCTGATAATGTTACTTTCTCGACT ATTATTAGTTGTGCTAGGCAGTGTAATTTGCCTGAAAAAGCTATTGAATGGTTTGAAAAG TTGCCATCTTTTGGGTGTGAACCAGATGATGTTACGTACTCTGTGATGATTGATGCTTAT GGTAAGGCTGGTAATGTAGATATGGCATTGAGTTTGTATGATCGTGCGAGAACAGAGAAA TGGCGTATAGATGCTGTAACATTTGCAACGTTGATTAGGATTTATGGGGCTGCGGGGAAT TTTGATGGGTGCTTGAATGTGTATGAGGAAATGAAAGCGCTTGGTGTAAAGCCTAACATG ACTGTGTATAACAGTTTGTTGGATGCTATGGGAAGAGCTAGGAGGCCATGGCAGGCAAAG AACATCTATGGAGAAATGCTAACCAATGGATTTCAACCAAGTTGGGGTACCTATGCTTCA CTCATTCGGGCTTATGGTAGGGCTCGTTATGGTGAAGATGCTCTTAAAATCTATAAAGAA ATGAAGGAGAAGGGATTGGAGTTGAGTGTGGTACTATATAATACACTTTTGGCAATGTGT GCTGATGTCGGACTTACAGATGAGGCTGTTAACATTTTTGAGGAGATGAAAAGCTCGGCC TCAGAGACTTGCCAACCTGACAGCTGGACATACTCTTCTCTAATCACCATATTCTCTTGT AGTGGGAAGGTCTCGGAGGCGGAATTCACATTGAATGAGATGATTGAAGCAGGGTTTGAA CCAAATATCTTTGTCTTGACCTCGCTTATTCAGTGTTATGGAAAAGCAGGTCGGACAGAT GATGTAGTAAGAACTTTCGATAGGCTGTCAGATTTGGGATTATCTGCAGATGAGCGGTTT ACCGGTTGTCTTCTTAATGTTTTGACACAAACAGCAAAGGAAGACCTTCACAAGCTAACT ATCTGCCTTGAGAAGGCAAATCCGAAGCTTGGTTACGTGGTGAAACTCCTAGTGGATGAT GAAGTTGAAGAAGAAGAAGGGGCTTTTAAGAAACATGCTGCTGAACTTTTGGATTGTGCA ACTACGGATGTCCGGAAAGCGTACTGTAACTGTTTGATTGACATATGTGTCAATCTTAAC CAGTTGGAGAGAGCTTGTGAGTTGTTAGATGTTGGACTAACTCTCAACATCTATACAGAT ATTATGTCTCGAACTGCTACTCAATGGTCTTTACATCTGAAGAGCCTCTCCCTTGGTGCA GCTTTAACAGCATTGCACATCTGGGTTAATGACTTGAACAAAGCACTTGAAAGTGGGGAA GAGTTCCCATCATTGCTTGGAATCAACACAGGACATGGAAAACATAAATATTCCGAGAAA GGTCTGGCAGGTGTATTTGAGTCGCACCTTAAGGAATTAAACGCTCCATTCCACGAGGCA CCTGATAAGGCTGGGTGGTTTTTGACCACGAAGGTTGCAGCTACATCATGGTTGGAGTCT AGATGTGCTCAAGAGGTGGTTGCTGCTTAG