Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc11g006700.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A124SG91_CYNCS)
Sequence	ATGAAAGCCTTACAAAGATACAATTTTTTCAATCTCTGTAATGCTCGCCGGAGAAATTTA TCCTCCGTCGCCGATGCTACACTTCATAAATCCGACGATGAAGAACACAGCGTTAAAGGG GAATCCAAAAATTCAATTATTCTACCATATTTGCACCGGGCAGTACAAGAATGTGCGAAA CAGAAGACTGCGATGAATGGAAAATCGGTGCATACCCAGATTATAAAATGTGGATATGAA GCTGATATATTGACAACAAACATGCTTATGAATATGTATGCAAAGTGCGGCATTGTTGAT TTTGCTCGCAAGGTGTTCGACGAAATGTCTCAGAGAAGTCTTGTTTCGTGGAACACTCTA ATGGGTTCGTGTATACAGAGCAGAGATGAAGATGAAGCTTTGCGTCTTTTCGTTCGAATG CAAAGGGAAGGTAGTCAGGTTAGTGGGTTTACTGTTTCAGGTGTTCTTTGTGCTTGTGCT GCTAAGTTTGCTGTTTTAGAAAGTAAACAATTGCATGGTTTTGCTATTAAGGTATCAGCG GAATCTAATGTTTTTGTGTCAACTGCTTTGCTTGATGTTTATGCTAAATGTGGGTTGATG AAAGATGCTTTTCGTGTTTTTGATTCTATGAATGAGAGAAATGAGGTTACTTGGAGTTCA ATGGTTGCTGGATATGTTCAAAATGAGTTATATGAGGAGGCTATAATGTTTTTTCATAGG CTACAAAAGTCCGGGATAGAGCATAATCAGTTTATTCTTTCTTCGGTTATATCTGCTTGT GCTGCGATGGCTGCTTTGTTAGAAGGGAACGAAACGCATGCTATAGTATGGAAAACGGGT TTTGGTGCCAATGTTTATGTGGCTTCATCTCTTGTGGATTTATATGCAAGATGTGGAAGT GTTGACGAAGCGTATATTGTTTTCTCAAATGCTGAGGTGAAGAATGATGTAATATGGAAT TCAATGATTTCTGGCTTTGCTAGAAATGCACGGTCTTTAGATTCTATGACGTTGTTTGAG AAAATGCAGTTAGCGGGATTTTTCCCGAATGAAAGGACATACGTCTCTGTGTTATCTGCT TGTAGTCATATGGGTCTTGTTGACAAGGGGCGGATATATTTTGACAAGATGAAGAAAGAA CATAACTTGTCTCCCAATTTATATCATTATTCATGTATGGTTGACATTCTTGGTAGAAAA GGTTTGGTTGAAGAAGCTAAGGATTTAATAGAAACTATGCCGTTTGCTGCAACTGCTTCC ATGTGGGGTTCTGTCTTGGCCTCTTGCAGGGTGTGTGGAAATGTTGAGGTGGCTGAAATT GCTGCTAAGCATTTGTTCGAGCTCGAGCCTAATAATGCTGGGAACCACGTCTTGCTTTCA AACATATATGCTTCCAAGAAAAGGTGGGGTGACGTTGCATCAACAAGAAAACTTCTTAAA GACAGTGAAGCGAAGAAAGAAAGAGGCAAGAGTTGGATACAGATAAAAGACAAGGTTCAC ACGTTCATGGTCGGGGAAAGAAATCATCCAAGCATTACAGAGGTTTATTCAAGATTGGAT GAATTGTTGGTAGGTATGGAGAAGTTAGGTTACAAAGGTGAAACCGAACACGATCTGCAT GATGTGGAAGTGAGCAGAAAACATGAGTTTCTGAGACATCATAGTGAGAAGCTTGCTTTT ACATATGGATTGATGTGTTTGCCCTTAAATGCTCCTATAAGAATTATGAAGAACCTCAGG ATCTGCGGGGACTGTCATTCCTTCATGAAGTTTGCTTCAAAAGTAACACGGAGGGAAATC ATCGTTAGAGATGTTAATCGTTTTCATCACTTTACTAATGGATCATGTTCATGTGGAGAA TTTTGGTAA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc11g006700.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A124SG91_CYNCS)
Sequence	MKALQRYNFFNLCNARRRNLSSVADATLHKSDDEEHSVKGESKNSIILPYLHRAVQECAK QKTAMNGKSVHTQIIKCGYEADILTTNMLMNMYAKCGIVDFARKVFDEMSQRSLVSWNTL MGSCIQSRDEDEALRLFVRMQREGSQVSGFTVSGVLCACAAKFAVLESKQLHGFAIKVSA ESNVFVSTALLDVYAKCGLMKDAFRVFDSMNERNEVTWSSMVAGYVQNELYEEAIMFFHR LQKSGIEHNQFILSSVISACAAMAALLEGNETHAIVWKTGFGANVYVASSLVDLYARCGS VDEAYIVFSNAEVKNDVIWNSMISGFARNARSLDSMTLFEKMQLAGFFPNERTYVSVLSA CSHMGLVDKGRIYFDKMKKEHNLSPNLYHYSCMVDILGRKGLVEEAKDLIETMPFAATAS MWGSVLASCRVCGNVEVAEIAAKHLFELEPNNAGNHVLLSNIYASKKRWGDVASTRKLLK DSEAKKERGKSWIQIKDKVHTFMVGERNHPSITEVYSRLDELLVGMEKLGYKGETEHDLH DVEVSRKHEFLRHHSEKLAFTYGLMCLPLNAPIRIMKNLRICGDCHSFMKFASKVTRREI IVRDVNRFHHFTNGSCSCGEFW*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc11g006700.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A124SG91_CYNCS)
Sequence	ATGAAAGCCTTACAAAGATACAATTTTTTCAATCTCTGTAATGCTCGCCGGAGAAATTTA TCCTCCGTCGCCGATGCTACACTTCATAAATCCGACGATGAAGAACACAGCGTTAAAGGG GAATCCAAAAATTCAATTATTCTACCATATTTGCACCGGGCAGTACAAGAATGTGCGAAA CAGAAGACTGCGATGAATGGAAAATCGGTGCATACCCAGATTATAAAATGTGGATATGAA GCTGATATATTGACAACAAACATGCTTATGAATATGTATGCAAAGTGCGGCATTGTTGAT TTTGCTCGCAAGGTGTTCGACGAAATGTCTCAGAGAAGTCTTGTTTCGTGGAACACTCTA ATGGGTTCGTGTATACAGAGCAGAGATGAAGATGAAGCTTTGCGTCTTTTCGTTCGAATG CAAAGGGAAGGTAGTCAGGTTAGTGGGTTTACTGTTTCAGGTGTTCTTTGTGCTTGTGCT GCTAAGTTTGCTGTTTTAGAAAGTAAACAATTGCATGGTTTTGCTATTAAGGTATCAGCG GAATCTAATGTTTTTGTGTCAACTGCTTTGCTTGATGTTTATGCTAAATGTGGGTTGATG AAAGATGCTTTTCGTGTTTTTGATTCTATGAATGAGAGAAATGAGGTTACTTGGAGTTCA ATGGTTGCTGGATATGTTCAAAATGAGTTATATGAGGAGGCTATAATGTTTTTTCATAGG CTACAAAAGTCCGGGATAGAGCATAATCAGTTTATTCTTTCTTCGGTTATATCTGCTTGT GCTGCGATGGCTGCTTTGTTAGAAGGGAACGAAACGCATGCTATAGTATGGAAAACGGGT TTTGGTGCCAATGTTTATGTGGCTTCATCTCTTGTGGATTTATATGCAAGATGTGGAAGT GTTGACGAAGCGTATATTGTTTTCTCAAATGCTGAGGTGAAGAATGATGTAATATGGAAT TCAATGATTTCTGGCTTTGCTAGAAATGCACGGTCTTTAGATTCTATGACGTTGTTTGAG AAAATGCAGTTAGCGGGATTTTTCCCGAATGAAAGGACATACGTCTCTGTGTTATCTGCT TGTAGTCATATGGGTCTTGTTGACAAGGGGCGGATATATTTTGACAAGATGAAGAAAGAA CATAACTTGTCTCCCAATTTATATCATTATTCATGTATGGTTGACATTCTTGGTAGAAAA GGTTTGGTTGAAGAAGCTAAGGATTTAATAGAAACTATGCCGTTTGCTGCAACTGCTTCC ATGTGGGGTTCTGTCTTGGCCTCTTGCAGGGTGTGTGGAAATGTTGAGGTGGCTGAAATT GCTGCTAAGCATTTGTTCGAGCTCGAGCCTAATAATGCTGGGAACCACGTCTTGCTTTCA AACATATATGCTTCCAAGAAAAGGTGGGGTGACGTTGCATCAACAAGAAAACTTCTTAAA GACAGTGAAGCGAAGAAAGAAAGAGGCAAGAGTTGGATACAGATAAAAGACAAGGTTCAC ACGTTCATGGTCGGGGAAAGAAATCATCCAAGCATTACAGAGGTTTATTCAAGATTGGAT GAATTGTTGGTAGGTATGGAGAAGTTAGGTTACAAAGGTGAAACCGAACACGATCTGCAT GATGTGGAAGTGAGCAGAAAACATGAGTTTCTGAGACATCATAGTGAGAAGCTTGCTTTT ACATATGGATTGATGTGTTTGCCCTTAAATGCTCCTATAAGAATTATGAAGAACCTCAGG ATCTGCGGGGACTGTCATTCCTTCATGAAGTTTGCTTCAAAAGTAACACGGAGGGAAATC ATCGTTAGAGATGTTAATCGTTTTCATCACTTTACTAATGGATCATGTTCATGTGGAGAA TTTTGGTAA