Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc10g079480.1.1
CDS Infomation	Lycopene beta-cyclase (AHRD V3.3 *** A0A0U2DBC9_LYCCN)
Sequence	ATGGATACATTGTTGAAAACCCCAAATAAGCTTGAATTTCTACAACCCTTTCATGGATTT GCTGTTAAAGGTAGCTCCTTTAGCTCTGTAAAGCCTCTGAAGCTTGGTTTTAGAAAATTT TGTGAGAATTGGGGAAGAGGGGTTTGTGTTAAAGCTAGGAGTAGTACTCTTTTGGAGCTT GTACCTGAGATAAAGAAGGAAAATCTTGATTTTGAGCTTCCTATGTATGACCCTTCAAAA GGGCTTGTTGTAGATCTAGCTGTGGTTGGTGGTGGACCTGCTGGGCTTGCTGTTGCACAG CAGGTTTCGGAGGCTGGGTTATCGGTTTGCTCGATTGACCCGTCCCCTAAATTGATATGG CCTAACAACTATGGTGTTTGGGTGGATGAATTTGAGGCCATGGATTTGTTGGATTGCCTT GATGCGACATGGTCAGGTGCTGTTGTTTATGTCGATGATGATAAAACTAAGAATCTTGAT AGACCTTATGGAAGGGTTAATAGGAAACAGCTTAAGTCGAAAATGATGCAGAAATGCATA CTAAATGGTGTTAAATTTCACCAAGCAAAAGTTATAAAGGTAATTCATGAGGAAGCTAAA TCTATGCTGATTTGCAGTGATGGTGTGACTATTCAGGCAACAGTGGTTCTTGATGCGACG GGATTCTCTAGATGTCTTGTTCAGTATGATAAGCCATATAATCCTGGGTATCAAGTCGCT TATGGCATATTGGCACAAGTGGAGGAACATCCCTTCGATACAAGTAAGATGCTTTTTATG GATTGGCGAGATTCCCATCTTAATAACAATGTGAAGCTGAAAGAGAGGAACAGAAAAGTT CCAACTTTTCTCTATGCCATGCCATTTTCATCAAACAGAATATTTCTTGAAGAAACCTCC CTTGTAGCTCGTCCTGGATTACGTATGGATGATATACAAGAACGAATGGTGGCTCGTTTG AGTCACTTGGGTATAAAAGTTACGAGCATTGAAGAAGATGAGCAGTGTGTGATCCCAATG GGAGGCCCCCTTCCAGTAATACCTCAGAGGGTAGTTGGAATTGGTGGTACTGCTGGTATG GTTCATCCTTCTACGGGTTATATGGTAGCAAGGACACTAGCTGCAGCTCCTGTCGTTGCT AATGCAATAGTTCAGTACCTTGGTTCTGATAAGGACCATCTAGGTAATGAGTTATCGGCA TCTGTTTGGAAAGATTTGTGGCCCATAGAAAGGAGACGTCAAAGAGAATTCTTTTGCTTT GGTATGGATATTCTTCTGAAGCTTGATTTATCCGCTACAAGAAGGTTTTTCGATGCCTTT TTTGATCTAGAACCTCGTTATTGGCATGGTTTCTTGTCATCTCGGCTGTTTCTTCCTGAA CTCATGTTTTTCGGTCTATCCCTTTTCTCTCATGCTTCAAATACTTCTAGATTAGAGATA ATGACCAAAGGAACTTTTCCTTTGGTTACTATGATTAACAATTTGTTAAAGGATACAGAA TGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc10g079480.1.1
PEP Infomation	Lycopene beta-cyclase (AHRD V3.3 *** A0A0U2DBC9_LYCCN)
Sequence	MDTLLKTPNKLEFLQPFHGFAVKGSSFSSVKPLKLGFRKFCENWGRGVCVKARSSTLLEL VPEIKKENLDFELPMYDPSKGLVVDLAVVGGGPAGLAVAQQVSEAGLSVCSIDPSPKLIW PNNYGVWVDEFEAMDLLDCLDATWSGAVVYVDDDKTKNLDRPYGRVNRKQLKSKMMQKCI LNGVKFHQAKVIKVIHEEAKSMLICSDGVTIQATVVLDATGFSRCLVQYDKPYNPGYQVA YGILAQVEEHPFDTSKMLFMDWRDSHLNNNVKLKERNRKVPTFLYAMPFSSNRIFLEETS LVARPGLRMDDIQERMVARLSHLGIKVTSIEEDEQCVIPMGGPLPVIPQRVVGIGGTAGM VHPSTGYMVARTLAAAPVVANAIVQYLGSDKDHLGNELSASVWKDLWPIERRRQREFFCF GMDILLKLDLSATRRFFDAFFDLEPRYWHGFLSSRLFLPELMFFGLSLFSHASNTSRLEI MTKGTFPLVTMINNLLKDTE*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc10g079480.1.1
Transcript Infomation	Lycopene beta-cyclase (AHRD V3.3 *** A0A0U2DBC9_LYCCN)
Sequence	ATGGATACATTGTTGAAAACCCCAAATAAGCTTGAATTTCTACAACCCTTTCATGGATTT GCTGTTAAAGGTAGCTCCTTTAGCTCTGTAAAGCCTCTGAAGCTTGGTTTTAGAAAATTT TGTGAGAATTGGGGAAGAGGGGTTTGTGTTAAAGCTAGGAGTAGTACTCTTTTGGAGCTT GTACCTGAGATAAAGAAGGAAAATCTTGATTTTGAGCTTCCTATGTATGACCCTTCAAAA GGGCTTGTTGTAGATCTAGCTGTGGTTGGTGGTGGACCTGCTGGGCTTGCTGTTGCACAG CAGGTTTCGGAGGCTGGGTTATCGGTTTGCTCGATTGACCCGTCCCCTAAATTGATATGG CCTAACAACTATGGTGTTTGGGTGGATGAATTTGAGGCCATGGATTTGTTGGATTGCCTT GATGCGACATGGTCAGGTGCTGTTGTTTATGTCGATGATGATAAAACTAAGAATCTTGAT AGACCTTATGGAAGGGTTAATAGGAAACAGCTTAAGTCGAAAATGATGCAGAAATGCATA CTAAATGGTGTTAAATTTCACCAAGCAAAAGTTATAAAGGTAATTCATGAGGAAGCTAAA TCTATGCTGATTTGCAGTGATGGTGTGACTATTCAGGCAACAGTGGTTCTTGATGCGACG GGATTCTCTAGATGTCTTGTTCAGTATGATAAGCCATATAATCCTGGGTATCAAGTCGCT TATGGCATATTGGCACAAGTGGAGGAACATCCCTTCGATACAAGTAAGATGCTTTTTATG GATTGGCGAGATTCCCATCTTAATAACAATGTGAAGCTGAAAGAGAGGAACAGAAAAGTT CCAACTTTTCTCTATGCCATGCCATTTTCATCAAACAGAATATTTCTTGAAGAAACCTCC CTTGTAGCTCGTCCTGGATTACGTATGGATGATATACAAGAACGAATGGTGGCTCGTTTG AGTCACTTGGGTATAAAAGTTACGAGCATTGAAGAAGATGAGCAGTGTGTGATCCCAATG GGAGGCCCCCTTCCAGTAATACCTCAGAGGGTAGTTGGAATTGGTGGTACTGCTGGTATG GTTCATCCTTCTACGGGTTATATGGTAGCAAGGACACTAGCTGCAGCTCCTGTCGTTGCT AATGCAATAGTTCAGTACCTTGGTTCTGATAAGGACCATCTAGGTAATGAGTTATCGGCA TCTGTTTGGAAAGATTTGTGGCCCATAGAAAGGAGACGTCAAAGAGAATTCTTTTGCTTT GGTATGGATATTCTTCTGAAGCTTGATTTATCCGCTACAAGAAGGTTTTTCGATGCCTTT TTTGATCTAGAACCTCGTTATTGGCATGGTTTCTTGTCATCTCGGCTGTTTCTTCCTGAA CTCATGTTTTTCGGTCTATCCCTTTTCTCTCATGCTTCAAATACTTCTAGATTAGAGATA ATGACCAAAGGAACTTTTCCTTTGGTTACTATGATTAACAATTTGTTAAAGGATACAGAA TGA