Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc10g078880.2.1
CDS Infomation	DNA-directed RNA polymerase subunit beta (AHRD V3.3 *** K4D2C9_SOLLC)
Sequence	ATGAATATGGATTGCGATGCTACTATGTCCAGTCCGAGAAACAACTTGAACAACGGAATT GACAAGCAGTATCTTGCTTCTCCTATTAAGAATTCGGTGGACAAGTATCAACTTATTCCA GAATTTCTAAAGGTGAGAGGATTGGTGAAGCAACACTTAGCCTCGTTCAATTACTTGGTT AAGACGGATATAAGGAAGATTGTACGTGCAAATCATGAGATTAGATCAACACGGGATCCT AATATCTTTCTTAGGTACAGAGATGTCCGTATTGGTGAACCATCGATGACTTATGATGGT GTAAGGGAGAAGCTAAGTCCACAGAAATGTCGACTAGCTGACCTTACCTATGCAGCTCCA ATTTTTGTCACAGTAGATTACACAATGATAAGGAACGGGCAGATATCAATGGCAACGCAG AAAGATGTTGTCATTGGACGAATGCCTATTATGCTAAGAAGTTGTTTGTGTGTGCTGTAT GAGAAAGATGAAGAACAACTAGCAAAACTTGGAGAATGCCCACTTGATCCGGGAGGATAT TTTGTTGTCAATGGCAGAGAGAAGGTGATTTTAATTCAAGAGCAGCTCTCGAAGAACAGG ATAATCATCGATACAGATAGAAAAGGTTGTGTACAAGCATCTGTTATCTGCAGCACAGAA AAAACGAAGAGCAAAACAATTATAAAGATGGAGAAAGAAAAGGTATACTTAGAGTTGAAT ATGTTCAAAACCAAGGTCCCCATAATGGTTGTCATGAAGGCCATGGGAATGGAAAGCGAT CAAGAGGTTGTGCAAATGATAGGAAGAGATCCTCGGTATAGTGCTTTGCTTTTGCCATCA ATCGAGGAGTGTGCAGATCTCAAGTTGTATACACAACATCAAGCACTGGAGTTCCTCGAG AATGACAAGATGTTCAGAATGCCTTCGTATTCTACTGGTCCAGTTGAGAAGGGAGCCCGA GCTTTGAGTATTCTTCGTGACATGTTTCTTGCACATGTTCCAGTCAATCAACATAATTTC CGCAAAAAATGCATATATGTTGCAGTAATGATGAGGCGCATGATGGAAGCAATCTTGAAC AAGGATGCAATGGATGACAAGGACTATGTGGGGAACAAAAGACTGGAGCTCTCTGGTCAG CTACTCTCTCTCCTTTTTGAAGATTTGTTCAAGTCGATGAATGATGAAGCTAGGAGGGAA TTTGATGCTTACTCCAAACCTTCCGACCTGTTATATCATGTAAAGAGAAGCAACAGAATT ACCGTTGAATTGCAGAGAGCCCTATCTACGGGCAACTGGGATATTAAACGATTTAGGATG CACAGGAAAGGCATGACTGAGGTTCTTGCTAGGCTATCATACATCGGAACGTTGGGCTAC ATGACGAAGATCAAACCACAATTCGAGAAGTCTAGAAAAGTTAGTGGCCCTAGAGCACTG CAACCTAGCCAGTTTGGCATGATCTGCCCTTGTGATACTCCAGAAGGTGAAGCTTGTGGA TTGGTGAAAAATCTGGCCTTGATGACTCATGTTACAACAGATGAGGATGAGCGCCCTATT ATGTCTTTGTGCTACGACTTGGGTGTTGAGGACTTGGAACAACTTTCAGCAGCAGAACTT CACACGCCAAATTCTTATCTCATCATATTAAATGGACTTATCCTAGGCAAGCACAGGAGT CCCCAGCGATTTGCTAATGGAATGAGGAAGCTACGGAGGGCTGGTCAAATCAGGGAGTTT GTAAGCATCTTTGTGAATGATAAGCAGTGCTGTGTCTACATTGCTTCAGATGGTGGACGT GTCTGTCGTCCACTTGTAATTGCTGAAAAAGGTGTTTCTAGGATCAAGGAGCTCCATATG AATGAGTTGAGGGATGGTGTGCGTGACTTCAACAGCTTTCTAAGAGATGGTTTGATAGAA TATCTTGATGTCAACGAGGAGAACAACTCATTGATTGCTCTATATGAAAAGGAGGCAACA CCAGATACAACACATATTGAGATTGAGCCTTTCACAATCTTAGGTGTTTGTGCTGGTTTG ATACCTTATCCTCATCACAATCAGTCCCCTAGGAATACCTATCAGTGTGCGATGGGTAAA CAAGCTATGGGAAACATTGCATACAACCAATTGAATCGGATGGATGGTTTGCTTTACCTT TTGGTGTATCCTCAACGCCCTTTACTGACTACAAGAACAATTGAGTTGGTTGGATATGAT AAACTAGGCGCTGGACAGAACGCTACTGTTGCTGTGATGAGCTATAGTGGCTATGACATT GAGGATGCAATAGTAATGAACAAGTCTTCTTTAGATCGAGGTTTTGGGCGTTGCATAGTG ATGAAAAAACATGCCGCCATGTGTCAGAAGTATAAGAATCTCACATCAGATAGGCTAATT AAACCACAACGTCAGGGTTATGAAGCAGAAAGGATTCTGGATGATGATGGACTAGCTTCT CCAGGAGAAATTATTCGAAATGGTGATATCTATATCAACAAGGAGTCCCCTACAGTCACG GTTGCAACAGTCACATCTCCAATGGACTTGCCGGATAGTGCTTATAGGCTAAGTAGACAA ACTTATAAAGGTACTGAAGGGGAGCCAACTGTCATTGACAGAGTGGCTCTTCACTCTGAT GAAAACAACAATTTAAGCATCAAATTTATGATACGTCAGACCCGTAGGCCTGAGATTGGT GACAAGTTTAGTAGCAGACATGGGCAGAAAGGAGTCTGTGGCATCATTGTACAACAGGAA GATCTTCCGTTTTCTGAACGTGGAATTTGCCCTGATCTAATTATGAATCCTCATGGATTT CCAAGCCGAATGACAGTAGGAAAGATGATTGAGCTTCTTGGCAGTAAAGCTGGAGTTTCG TGTGGTAGGTTTCATTATGGCAGTGCTTTCGGAGAACCCAGTGGTCATGCAGATACAGTT GATGCTATCAGTGAAACTCTGGTAAAGCATGGATTTTGCTACAATGGGAAGGATTTTATT TATTCAGGCATCACTGGTATGCCACTACAAGCATACATCTTCATGGGGCCAATATATTAC CAAAAGCTGAAACACATGGTCGTAGACAAAATGCATGCTCGTGGGAGTGGGCCTCGTGTT ATGATGACAAGACAACCTACCGAAGGGAGAAGTAGAAATGGAGGTTTACGTGTGGGAGAA ATGGAACGTGATTGTTTGATTGCATATGGTGCAAGTATGTTGATACACGAGCGCCTGATG CTTTCCAGTGATCCATTCGAGGCTCAGGTTTGCAGAAAATGTGGTTTATTGGGATATTAC AACTACAAGCTGAAGATTGGCATTTGTTCCATGTGTAAGAACGGGGAAAACATGTCTACG ATGAAGTTGCCCTATGCGTGCAAGCTCCTATTCCAGGAGCTCCAATCAATGAACATTGTT CCACGATTAAAACTAACAGAAGCTGTTTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc10g078880.2.1
PEP Infomation	DNA-directed RNA polymerase subunit beta (AHRD V3.3 *** K4D2C9_SOLLC)
Sequence	MNMDCDATMSSPRNNLNNGIDKQYLASPIKNSVDKYQLIPEFLKVRGLVKQHLASFNYLV KTDIRKIVRANHEIRSTRDPNIFLRYRDVRIGEPSMTYDGVREKLSPQKCRLADLTYAAP IFVTVDYTMIRNGQISMATQKDVVIGRMPIMLRSCLCVLYEKDEEQLAKLGECPLDPGGY FVVNGREKVILIQEQLSKNRIIIDTDRKGCVQASVICSTEKTKSKTIIKMEKEKVYLELN MFKTKVPIMVVMKAMGMESDQEVVQMIGRDPRYSALLLPSIEECADLKLYTQHQALEFLE NDKMFRMPSYSTGPVEKGARALSILRDMFLAHVPVNQHNFRKKCIYVAVMMRRMMEAILN KDAMDDKDYVGNKRLELSGQLLSLLFEDLFKSMNDEARREFDAYSKPSDLLYHVKRSNRI TVELQRALSTGNWDIKRFRMHRKGMTEVLARLSYIGTLGYMTKIKPQFEKSRKVSGPRAL QPSQFGMICPCDTPEGEACGLVKNLALMTHVTTDEDERPIMSLCYDLGVEDLEQLSAAEL HTPNSYLIILNGLILGKHRSPQRFANGMRKLRRAGQIREFVSIFVNDKQCCVYIASDGGR VCRPLVIAEKGVSRIKELHMNELRDGVRDFNSFLRDGLIEYLDVNEENNSLIALYEKEAT PDTTHIEIEPFTILGVCAGLIPYPHHNQSPRNTYQCAMGKQAMGNIAYNQLNRMDGLLYL LVYPQRPLLTTRTIELVGYDKLGAGQNATVAVMSYSGYDIEDAIVMNKSSLDRGFGRCIV MKKHAAMCQKYKNLTSDRLIKPQRQGYEAERILDDDGLASPGEIIRNGDIYINKESPTVT VATVTSPMDLPDSAYRLSRQTYKGTEGEPTVIDRVALHSDENNNLSIKFMIRQTRRPEIG DKFSSRHGQKGVCGIIVQQEDLPFSERGICPDLIMNPHGFPSRMTVGKMIELLGSKAGVS CGRFHYGSAFGEPSGHADTVDAISETLVKHGFCYNGKDFIYSGITGMPLQAYIFMGPIYY QKLKHMVVDKMHARGSGPRVMMTRQPTEGRSRNGGLRVGEMERDCLIAYGASMLIHERLM LSSDPFEAQVCRKCGLLGYYNYKLKIGICSMCKNGENMSTMKLPYACKLLFQELQSMNIV PRLKLTEAV*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc10g078880.2.1
Transcript Infomation	DNA-directed RNA polymerase subunit beta (AHRD V3.3 *** K4D2C9_SOLLC)
Sequence	ATGAATATGGATTGCGATGCTACTATGTCCAGTCCGAGAAACAACTTGAACAACGGAATT GACAAGCAGTATCTTGCTTCTCCTATTAAGAATTCGGTGGACAAGTATCAACTTATTCCA GAATTTCTAAAGGTGAGAGGATTGGTGAAGCAACACTTAGCCTCGTTCAATTACTTGGTT AAGACGGATATAAGGAAGATTGTACGTGCAAATCATGAGATTAGATCAACACGGGATCCT AATATCTTTCTTAGGTACAGAGATGTCCGTATTGGTGAACCATCGATGACTTATGATGGT GTAAGGGAGAAGCTAAGTCCACAGAAATGTCGACTAGCTGACCTTACCTATGCAGCTCCA ATTTTTGTCACAGTAGATTACACAATGATAAGGAACGGGCAGATATCAATGGCAACGCAG AAAGATGTTGTCATTGGACGAATGCCTATTATGCTAAGAAGTTGTTTGTGTGTGCTGTAT GAGAAAGATGAAGAACAACTAGCAAAACTTGGAGAATGCCCACTTGATCCGGGAGGATAT TTTGTTGTCAATGGCAGAGAGAAGGTGATTTTAATTCAAGAGCAGCTCTCGAAGAACAGG ATAATCATCGATACAGATAGAAAAGGTTGTGTACAAGCATCTGTTATCTGCAGCACAGAA AAAACGAAGAGCAAAACAATTATAAAGATGGAGAAAGAAAAGGTATACTTAGAGTTGAAT ATGTTCAAAACCAAGGTCCCCATAATGGTTGTCATGAAGGCCATGGGAATGGAAAGCGAT CAAGAGGTTGTGCAAATGATAGGAAGAGATCCTCGGTATAGTGCTTTGCTTTTGCCATCA ATCGAGGAGTGTGCAGATCTCAAGTTGTATACACAACATCAAGCACTGGAGTTCCTCGAG AATGACAAGATGTTCAGAATGCCTTCGTATTCTACTGGTCCAGTTGAGAAGGGAGCCCGA GCTTTGAGTATTCTTCGTGACATGTTTCTTGCACATGTTCCAGTCAATCAACATAATTTC CGCAAAAAATGCATATATGTTGCAGTAATGATGAGGCGCATGATGGAAGCAATCTTGAAC AAGGATGCAATGGATGACAAGGACTATGTGGGGAACAAAAGACTGGAGCTCTCTGGTCAG CTACTCTCTCTCCTTTTTGAAGATTTGTTCAAGTCGATGAATGATGAAGCTAGGAGGGAA TTTGATGCTTACTCCAAACCTTCCGACCTGTTATATCATGTAAAGAGAAGCAACAGAATT ACCGTTGAATTGCAGAGAGCCCTATCTACGGGCAACTGGGATATTAAACGATTTAGGATG CACAGGAAAGGCATGACTGAGGTTCTTGCTAGGCTATCATACATCGGAACGTTGGGCTAC ATGACGAAGATCAAACCACAATTCGAGAAGTCTAGAAAAGTTAGTGGCCCTAGAGCACTG CAACCTAGCCAGTTTGGCATGATCTGCCCTTGTGATACTCCAGAAGGTGAAGCTTGTGGA TTGGTGAAAAATCTGGCCTTGATGACTCATGTTACAACAGATGAGGATGAGCGCCCTATT ATGTCTTTGTGCTACGACTTGGGTGTTGAGGACTTGGAACAACTTTCAGCAGCAGAACTT CACACGCCAAATTCTTATCTCATCATATTAAATGGACTTATCCTAGGCAAGCACAGGAGT CCCCAGCGATTTGCTAATGGAATGAGGAAGCTACGGAGGGCTGGTCAAATCAGGGAGTTT GTAAGCATCTTTGTGAATGATAAGCAGTGCTGTGTCTACATTGCTTCAGATGGTGGACGT GTCTGTCGTCCACTTGTAATTGCTGAAAAAGGTGTTTCTAGGATCAAGGAGCTCCATATG AATGAGTTGAGGGATGGTGTGCGTGACTTCAACAGCTTTCTAAGAGATGGTTTGATAGAA TATCTTGATGTCAACGAGGAGAACAACTCATTGATTGCTCTATATGAAAAGGAGGCAACA CCAGATACAACACATATTGAGATTGAGCCTTTCACAATCTTAGGTGTTTGTGCTGGTTTG ATACCTTATCCTCATCACAATCAGTCCCCTAGGAATACCTATCAGTGTGCGATGGGTAAA CAAGCTATGGGAAACATTGCATACAACCAATTGAATCGGATGGATGGTTTGCTTTACCTT TTGGTGTATCCTCAACGCCCTTTACTGACTACAAGAACAATTGAGTTGGTTGGATATGAT AAACTAGGCGCTGGACAGAACGCTACTGTTGCTGTGATGAGCTATAGTGGCTATGACATT GAGGATGCAATAGTAATGAACAAGTCTTCTTTAGATCGAGGTTTTGGGCGTTGCATAGTG ATGAAAAAACATGCCGCCATGTGTCAGAAGTATAAGAATCTCACATCAGATAGGCTAATT AAACCACAACGTCAGGGTTATGAAGCAGAAAGGATTCTGGATGATGATGGACTAGCTTCT CCAGGAGAAATTATTCGAAATGGTGATATCTATATCAACAAGGAGTCCCCTACAGTCACG GTTGCAACAGTCACATCTCCAATGGACTTGCCGGATAGTGCTTATAGGCTAAGTAGACAA ACTTATAAAGGTACTGAAGGGGAGCCAACTGTCATTGACAGAGTGGCTCTTCACTCTGAT GAAAACAACAATTTAAGCATCAAATTTATGATACGTCAGACCCGTAGGCCTGAGATTGGT GACAAGTTTAGTAGCAGACATGGGCAGAAAGGAGTCTGTGGCATCATTGTACAACAGGAA GATCTTCCGTTTTCTGAACGTGGAATTTGCCCTGATCTAATTATGAATCCTCATGGATTT CCAAGCCGAATGACAGTAGGAAAGATGATTGAGCTTCTTGGCAGTAAAGCTGGAGTTTCG TGTGGTAGGTTTCATTATGGCAGTGCTTTCGGAGAACCCAGTGGTCATGCAGATACAGTT GATGCTATCAGTGAAACTCTGGTAAAGCATGGATTTTGCTACAATGGGAAGGATTTTATT TATTCAGGCATCACTGGTATGCCACTACAAGCATACATCTTCATGGGGCCAATATATTAC CAAAAGCTGAAACACATGGTCGTAGACAAAATGCATGCTCGTGGGAGTGGGCCTCGTGTT ATGATGACAAGACAACCTACCGAAGGGAGAAGTAGAAATGGAGGTTTACGTGTGGGAGAA ATGGAACGTGATTGTTTGATTGCATATGGTGCAAGTATGTTGATACACGAGCGCCTGATG CTTTCCAGTGATCCATTCGAGGCTCAGGTTTGCAGAAAATGTGGTTTATTGGGATATTAC AACTACAAGCTGAAGATTGGCATTTGTTCCATGTGTAAGAACGGGGAAAACATGTCTACG ATGAAGTTGCCCTATGCGTGCAAGCTCCTATTCCAGGAGCTCCAATCAATGAACATTGTT CCACGATTAAAACTAACAGAAGCTGTTTGATTATACTGTCACATCTATTAGCTTCTCGCT CATTTTTGGTCGTTCCTTAACAATTGACCTTACTTTTCTAATTGCCTATGTTTCTTGTTA CTTT