Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc09g065710.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9S4P3_RICCO)
Sequence	ATGACTGCCAATGCGATACTCCAAATTATGTCTTCGTTTTCCTCATCACCACCTACTTTA GCAATGTATTCTCAGAAAGTTCCAACATTCAAAATCTCACCCAATTCTCAAAAATCCGCC ATTATCCCTTCTCTCAAACAAATTTGCCGGCAAGACAACTTCAAAGAATCAGTTTTTACC CTCTCTAATTTAATTGAGACTAGTGCATTTGAAAAAGCGTTAATACAAGGCCAACAAATC CATGCCCATGTCCTCAAACTGGGTTTATCCGGTGATGATGCAGTTTTCTTGAACACCAAG ATTGTTTTCATGTATGGTAAGTGTGGGTCGATTGGTGATGCACAGAAGGTGTTTGATAGA ATGACTAAAAGAACTGTCTTTACTTGGAATGCTATGATTGGTGCTTGTGTTGTAAATGGG GTGCCTATTAGAGCAATTCAGTTGTATAGGGACATGCGTTTCTTGGGTGTTGTGTTAGAT GCTCATACTCTTTCTAGTACATTGAAGGCAACTAGTCAGCTTGAAATTTTGTACTGTGGA AGTGAAATACATGGGGTCACTATAAAACTTGGTCTTATTTCTAATGTTTTTGTGGTGAAC TCACTAGTGACTATGTACACCAAGTGCAATGATATCAGGGCAGCATCATTGTTGTTTAAT GGAATGAGTGAAAAAGAGGACGCTGTTTCATGGAATTCTATGATTTCTGCTTATACTATA AATAGGATGAATCGGGAAGCTTTAAGTCTCTTCATTGAAATGCTGAATGCCAGTGTTGAA CCTACCACATATACCTTTGTTGCTGCAATTCAAGCATGTGAGGAGACAAATTTTGGAAAA TTTGGGATTGAGATTCATGCTGTTGTTATGAAATTGGGTTATTCTTTTGATACATATGTA GTGAATGCTTTGTTAATGATGTACATTAAAAACAATAGATTAGATGAAGCTGCTAAAATA TTCTTCCATATGCAAGAAAAGAACAACATTTCTTGGAATTCCATGATATCAGGTTATGTA CAGAACGGACTTTATGATGAAGCGAATAATTTGTTTCATGAGATGAAGAATGCAGGTCAG AAACCTGACCACGTCTCACTTATGAGTATGCTTGTCGCATCTGGAAGACAGGGAAATTTG TTAATTGGGATGGAAATTCATGCCTTCTCACTGCGAAATGATTTGGATAGTGATTTGCAG GTTGGTAATACTCTTGTAGATATGTATGCCAAGTGTGGTAAGTTAGATTACATGGACTAT GTCTTTGGTAGGATGCTGCATAGAGATAGTGTCTCTTGGACTACAATTATTGCTGCTTAT GCTCAGAATAGTTCTCCCTGGAAGGCGGTGCAATTATTTCGCGAGGTACTGGCAGAAGGA AACAATGTTGATGCACTTATGATTGGAAGCGTCCTCCTTGCTTGTACTGAGTTGAGGTGC AACTTACTTGCAAAGGAAATTCACTGCTATGTGATTAAAAGAGGAATATATGATCCTTTT ATGCAGAAAACTCTTGTGAGTGTTTATGGAGATTGTGGGAACGTGGACTATGCAAATAGT ATTTTCAGGTTGAGTGAAGTTAAAGATGTTGTGTCATTTACTAGCATGATGTGCAGTTAT GTTCAAAATGGACTTGCAAATGAGGCTCTTGGTCTCATGCTCTGTATGAACGAAATGGCA ATTGAGGCAGATTTTGTTGCAGTCCTAAGCATGCTCACTGCTGCTGCTGATCTATCTTCC TTAAGGAAAGGAAAAGAGATTCATGGATTTTTGGTTAGAAAAGACCTCCTTCTGCAAGAT TCTATTAAAAGCTCTCTAATAGATATGTATGCCAGCTGTGGGACTCTGGAGAACTCATAT AAGGTGTTTAATTATTTAAAGAGCAAAGATCCAGTTTGTTGGACGAGCATGATAAATGCT TTTGGATTACATGGTTGTGGTAGGAAAGCAATTGATATATTCATGAGGATGGAGAAGGAA AATATTCACCCAGATCACATAACCTTCTTGGCTGTTCTTCGTGCATGTAGCCATGCCGCG CTAATAGAAGATGGCAAAAGAATTTTCAAGTTAATGCAAAGCAAGTACGCGTTGGAGCCT TGGCCAGAACACTATGCTTGTTTTGTTGATTTGCTTGGACGTGCAAATCACTTGGAAGAG GCATTCCAAATTGTAAAAACAATGAACTTGGAGGATATACCTGCCGTCTGGTGTGCTCTC CTTGGTGCTTGTCAGGTATACGCCAATAAAGAGTTAGGAGAAATTGCTGCAACGAAGCTT CTTGAACTAGAGCCCAAGAATCCAGGAAATTATGTTCTTGTATCTAATCTGTATGCTGCG ACTAATAGATGGGACGATGTTGAAGAAGTCAGAGTTACAATGAAAGGAAAAGGGCTAAAC AAAGATCCTGCATGTAGCTGGATAGAGGTAGGAGATAAGGTTCATACATTTGTTGCTCAA GATAAGTCGCACCCAGAGTGTGATAAGATTTATGAAAAATTAGCTCATCTTACTGAGAAA TTGGAGAAGGAAGCAGGTTATGTGGCCCAAACCAAATATGTTTTGCACAAGGTGGAGGAG AAAGAAAAAGTTAAGTTGCTTAAAGGACACAGTGAAAGACTAGCTATTGCATATAGTTTA CTTGCTAGTACTGATAGAAGCCCCATTCGAATCTCAAAAAATCTCCGTGTCTGTAGTGAT TGCCATACTTTCAGTAAGCTAGCTTCAAAGTTCCTAGAGCGAGAAATTATAGTTAGAGAT GCCAAAAGATTTCACCATTTCAGGGATGGGATATGTTCCTGTGGAGATTTCTGGTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc09g065710.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9S4P3_RICCO)
Sequence	MTANAILQIMSSFSSSPPTLAMYSQKVPTFKISPNSQKSAIIPSLKQICRQDNFKESVFT LSNLIETSAFEKALIQGQQIHAHVLKLGLSGDDAVFLNTKIVFMYGKCGSIGDAQKVFDR MTKRTVFTWNAMIGACVVNGVPIRAIQLYRDMRFLGVVLDAHTLSSTLKATSQLEILYCG SEIHGVTIKLGLISNVFVVNSLVTMYTKCNDIRAASLLFNGMSEKEDAVSWNSMISAYTI NRMNREALSLFIEMLNASVEPTTYTFVAAIQACEETNFGKFGIEIHAVVMKLGYSFDTYV VNALLMMYIKNNRLDEAAKIFFHMQEKNNISWNSMISGYVQNGLYDEANNLFHEMKNAGQ KPDHVSLMSMLVASGRQGNLLIGMEIHAFSLRNDLDSDLQVGNTLVDMYAKCGKLDYMDY VFGRMLHRDSVSWTTIIAAYAQNSSPWKAVQLFREVLAEGNNVDALMIGSVLLACTELRC NLLAKEIHCYVIKRGIYDPFMQKTLVSVYGDCGNVDYANSIFRLSEVKDVVSFTSMMCSY VQNGLANEALGLMLCMNEMAIEADFVAVLSMLTAAADLSSLRKGKEIHGFLVRKDLLLQD SIKSSLIDMYASCGTLENSYKVFNYLKSKDPVCWTSMINAFGLHGCGRKAIDIFMRMEKE NIHPDHITFLAVLRACSHAALIEDGKRIFKLMQSKYALEPWPEHYACFVDLLGRANHLEE AFQIVKTMNLEDIPAVWCALLGACQVYANKELGEIAATKLLELEPKNPGNYVLVSNLYAA TNRWDDVEEVRVTMKGKGLNKDPACSWIEVGDKVHTFVAQDKSHPECDKIYEKLAHLTEK LEKEAGYVAQTKYVLHKVEEKEKVKLLKGHSERLAIAYSLLASTDRSPIRISKNLRVCSD CHTFSKLASKFLEREIIVRDAKRFHHFRDGICSCGDFW*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc09g065710.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9S4P3_RICCO)
Sequence	ATGACTGCCAATGCGATACTCCAAATTATGTCTTCGTTTTCCTCATCACCACCTACTTTA GCAATGTATTCTCAGAAAGTTCCAACATTCAAAATCTCACCCAATTCTCAAAAATCCGCC ATTATCCCTTCTCTCAAACAAATTTGCCGGCAAGACAACTTCAAAGAATCAGTTTTTACC CTCTCTAATTTAATTGAGACTAGTGCATTTGAAAAAGCGTTAATACAAGGCCAACAAATC CATGCCCATGTCCTCAAACTGGGTTTATCCGGTGATGATGCAGTTTTCTTGAACACCAAG ATTGTTTTCATGTATGGTAAGTGTGGGTCGATTGGTGATGCACAGAAGGTGTTTGATAGA ATGACTAAAAGAACTGTCTTTACTTGGAATGCTATGATTGGTGCTTGTGTTGTAAATGGG GTGCCTATTAGAGCAATTCAGTTGTATAGGGACATGCGTTTCTTGGGTGTTGTGTTAGAT GCTCATACTCTTTCTAGTACATTGAAGGCAACTAGTCAGCTTGAAATTTTGTACTGTGGA AGTGAAATACATGGGGTCACTATAAAACTTGGTCTTATTTCTAATGTTTTTGTGGTGAAC TCACTAGTGACTATGTACACCAAGTGCAATGATATCAGGGCAGCATCATTGTTGTTTAAT GGAATGAGTGAAAAAGAGGACGCTGTTTCATGGAATTCTATGATTTCTGCTTATACTATA AATAGGATGAATCGGGAAGCTTTAAGTCTCTTCATTGAAATGCTGAATGCCAGTGTTGAA CCTACCACATATACCTTTGTTGCTGCAATTCAAGCATGTGAGGAGACAAATTTTGGAAAA TTTGGGATTGAGATTCATGCTGTTGTTATGAAATTGGGTTATTCTTTTGATACATATGTA GTGAATGCTTTGTTAATGATGTACATTAAAAACAATAGATTAGATGAAGCTGCTAAAATA TTCTTCCATATGCAAGAAAAGAACAACATTTCTTGGAATTCCATGATATCAGGTTATGTA CAGAACGGACTTTATGATGAAGCGAATAATTTGTTTCATGAGATGAAGAATGCAGGTCAG AAACCTGACCACGTCTCACTTATGAGTATGCTTGTCGCATCTGGAAGACAGGGAAATTTG TTAATTGGGATGGAAATTCATGCCTTCTCACTGCGAAATGATTTGGATAGTGATTTGCAG GTTGGTAATACTCTTGTAGATATGTATGCCAAGTGTGGTAAGTTAGATTACATGGACTAT GTCTTTGGTAGGATGCTGCATAGAGATAGTGTCTCTTGGACTACAATTATTGCTGCTTAT GCTCAGAATAGTTCTCCCTGGAAGGCGGTGCAATTATTTCGCGAGGTACTGGCAGAAGGA AACAATGTTGATGCACTTATGATTGGAAGCGTCCTCCTTGCTTGTACTGAGTTGAGGTGC AACTTACTTGCAAAGGAAATTCACTGCTATGTGATTAAAAGAGGAATATATGATCCTTTT ATGCAGAAAACTCTTGTGAGTGTTTATGGAGATTGTGGGAACGTGGACTATGCAAATAGT ATTTTCAGGTTGAGTGAAGTTAAAGATGTTGTGTCATTTACTAGCATGATGTGCAGTTAT GTTCAAAATGGACTTGCAAATGAGGCTCTTGGTCTCATGCTCTGTATGAACGAAATGGCA ATTGAGGCAGATTTTGTTGCAGTCCTAAGCATGCTCACTGCTGCTGCTGATCTATCTTCC TTAAGGAAAGGAAAAGAGATTCATGGATTTTTGGTTAGAAAAGACCTCCTTCTGCAAGAT TCTATTAAAAGCTCTCTAATAGATATGTATGCCAGCTGTGGGACTCTGGAGAACTCATAT AAGGTGTTTAATTATTTAAAGAGCAAAGATCCAGTTTGTTGGACGAGCATGATAAATGCT TTTGGATTACATGGTTGTGGTAGGAAAGCAATTGATATATTCATGAGGATGGAGAAGGAA AATATTCACCCAGATCACATAACCTTCTTGGCTGTTCTTCGTGCATGTAGCCATGCCGCG CTAATAGAAGATGGCAAAAGAATTTTCAAGTTAATGCAAAGCAAGTACGCGTTGGAGCCT TGGCCAGAACACTATGCTTGTTTTGTTGATTTGCTTGGACGTGCAAATCACTTGGAAGAG GCATTCCAAATTGTAAAAACAATGAACTTGGAGGATATACCTGCCGTCTGGTGTGCTCTC CTTGGTGCTTGTCAGGTATACGCCAATAAAGAGTTAGGAGAAATTGCTGCAACGAAGCTT CTTGAACTAGAGCCCAAGAATCCAGGAAATTATGTTCTTGTATCTAATCTGTATGCTGCG ACTAATAGATGGGACGATGTTGAAGAAGTCAGAGTTACAATGAAAGGAAAAGGGCTAAAC AAAGATCCTGCATGTAGCTGGATAGAGGTAGGAGATAAGGTTCATACATTTGTTGCTCAA GATAAGTCGCACCCAGAGTGTGATAAGATTTATGAAAAATTAGCTCATCTTACTGAGAAA TTGGAGAAGGAAGCAGGTTATGTGGCCCAAACCAAATATGTTTTGCACAAGGTGGAGGAG AAAGAAAAAGTTAAGTTGCTTAAAGGACACAGTGAAAGACTAGCTATTGCATATAGTTTA CTTGCTAGTACTGATAGAAGCCCCATTCGAATCTCAAAAAATCTCCGTGTCTGTAGTGAT TGCCATACTTTCAGTAAGCTAGCTTCAAAGTTCCTAGAGCGAGAAATTATAGTTAGAGAT GCCAAAAGATTTCACCATTTCAGGGATGGGATATGTTCCTGTGGAGATTTCTGGTGA