Plant GARDEN
How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Species By Keywords Genes By Markers By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only) Sequences Other Tools

Data List

All Markers Trait-Related Loci
Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID

Solyc09g018230.1.1
CDS Infomation

U-box domain-containing protein 16 (AHRD V3.3 *** W9QXE8_9ROSA)
Sequence

ATGGCAGTTTCACCTGAATCTTTTCCCCCGAGAAAACGTCGGCCGTCGGCCAACTGTTTC
GTGGCTCCGAATCTCTCCGATCGCAATCTCCTTAAATCTCTTCTTCTATTATCATCAGAA
ATCTCTACTTTAAAACCTTTGTTATTTCTTCTCAAGAGAAATACATCTTCAATTATCAGG
AAATCCAAGCTTTTATCGGTATTATTTGAGGAAATTCTCGGTAGGGATTTTACATATTCA
AATACATCAAGAGGAGGAGGAGGACATGTAACTGGTTTTCCACCTTCTGCTGTTTTGTGT
TTCGATGAATTGTACATAGTTTTACAGAGAATGAAGACTTTGCTTGAAGATTGCCGTAAT
TGTAGTAAGATGTGGCTACTTATGCAAATTGATGTTTTCTGTAACGTTTTTCATGAATTA
ACTCTTGAATTGTCTACTTTATTGGATATTTTACCTTCCAAAAAGCTCAAATTAAACGAC
GATGTTCAGGAATTGCTGATTCTCATAACGAAGCAGTGCTCGGAGAAATTTACTTATGTC
GATCCTAAGGATCGAGATTTACGATCTCAAGTTGTTGAAATGCTCGATAGAATTGAAAGA
GAAATCGTACCTGATCAGTGTGAATTAGCCGAAATTTTTGAGAAATTAACTTTGCGTGAT
TCTACAAGCTGCAGGGATGAGATTGAATTATTGGAAGAAGAAATTCAAAGTCAAACAGAT
GAGAAAGCTAAATCAGATATCATCGCGTTGATTGGATTTGTTCGATATGCTAAATGTGTG
TTGTACGGCGGTTCAACACCGAGAACAAATTCACGGCGGAGACGGGCGGCGGCGGATGTT
AATGTTCCGGCTGATTTCAGGTGTCCGATTTCGCTTGACTTGATGAAAGACCCTGTGGTG
GTTTCCACGGGACAAACATACGACCGCAGTTCAATAACCCTTTGGTTCGAATCGGGTCAT
ACCACGTGTCCTAAAACGGGTCAAACACTGACCCATACAGACCTCATACAAAATTCAGCT
TTGAAGAATTTGATAGCTATGTGGTGCAGAGAGCAGAAAATACCCTTTGAATCAACGCAG
ATGAACGTTAAATCTAACGGCGTTGTTACCAACAAAACAGCGTTGGAAGCAACGAGAATG
ACTGTGTCGTTTTTGGTCAACAAGTTGAAGGCTTCCCAAGTTGTAGAATCGGCTAACAGG
CTTGTTCATGAGCTTCGAGTCTTAGCTAAGACGGATTCAGATAGCCGAGCCTGCATTGCT
GAAGCTGCAGCTTTGCCGTTAATGGTTAAGCTATTAGGTTCTGAGCATCCGGGCTTACAA
GTTAATGCAGTTACAACAATTCTCAATCTATCTATTCTTGAGGCGAACAAGACGAGGATA
ATGGAAACAGACGGAGTTTTAAACGGAGTTATAGAAGTGTTACGGTCTGGTGCAACATGG
GAGGCAAAAGGGAATGCAGCAGCAACAATTTTTAGCTTGTCAGGTGTACCTGCTTACAAG
AAGAGGTTAGCTCGAAAGACACGTGTGGTGAAGGGATTGATGGATTTGGCACGTGAGGGG
CCAACGAATTCAAAGAGGGATGCCTTAGTAGCTATTTTGAATTTGGCGGGAGATAGGGAG
GCAGTTGGGAAGTTGATTGAAGGCGGGGTAGTGGAAATGGTAGCGGAGATTATGGATGGA
TTACCTGAAGAGGCAGTTACAATTCTCGAAGTGGTGGTAAAGAAGGGTGGATTGGTGGCC
ATTGCAGCCGCATATCCATTGATGAAAAAACTGGCTATAGTATTAAGGGATGGAACAGAT
AGAGCTAGAGAGAGCGCTGCAGCAACGCTAGTAAACATGTGTCGTAAAGGGGGATCAGAG
ATGGTGGCGGAATTGGCAGGAGTTCAAGGGATTGAGAGGGTGATTTGGGAAATAATGGGA
ATGGGAACAGGGAGGGGAAGAAGAAAAGCAGCAACATTGTTGAGAGTTTTAAGGAGATGG
GCTGCTGGATTAGATGCAGAAGTGGCATCAGGGGCATATTCAGATGTGAATATGAATACT
TCAACCAGAATAGTATTGCCAGGTTAA

Peptide Sequence

PEP ID

Solyc09g018230.1.1
PEP Infomation

U-box domain-containing protein 16 (AHRD V3.3 *** W9QXE8_9ROSA)
Sequence

MAVSPESFPPRKRRPSANCFVAPNLSDRNLLKSLLLLSSEISTLKPLLFLLKRNTSSIIR
KSKLLSVLFEEILGRDFTYSNTSRGGGGHVTGFPPSAVLCFDELYIVLQRMKTLLEDCRN
CSKMWLLMQIDVFCNVFHELTLELSTLLDILPSKKLKLNDDVQELLILITKQCSEKFTYV
DPKDRDLRSQVVEMLDRIEREIVPDQCELAEIFEKLTLRDSTSCRDEIELLEEEIQSQTD
EKAKSDIIALIGFVRYAKCVLYGGSTPRTNSRRRRAAADVNVPADFRCPISLDLMKDPVV
VSTGQTYDRSSITLWFESGHTTCPKTGQTLTHTDLIQNSALKNLIAMWCREQKIPFESTQ
MNVKSNGVVTNKTALEATRMTVSFLVNKLKASQVVESANRLVHELRVLAKTDSDSRACIA
EAAALPLMVKLLGSEHPGLQVNAVTTILNLSILEANKTRIMETDGVLNGVIEVLRSGATW
EAKGNAAATIFSLSGVPAYKKRLARKTRVVKGLMDLAREGPTNSKRDALVAILNLAGDRE
AVGKLIEGGVVEMVAEIMDGLPEEAVTILEVVVKKGGLVAIAAAYPLMKKLAIVLRDGTD
RARESAAATLVNMCRKGGSEMVAELAGVQGIERVIWEIMGMGTGRGRRKAATLLRVLRRW
AAGLDAEVASGAYSDVNMNTSTRIVLPG*

Transcript Sequence

Transcript ID

Solyc09g018230.1.1
Transcript Infomation

U-box domain-containing protein 16 (AHRD V3.3 *** W9QXE8_9ROSA)
Sequence

ATGGCAGTTTCACCTGAATCTTTTCCCCCGAGAAAACGTCGGCCGTCGGCCAACTGTTTC
GTGGCTCCGAATCTCTCCGATCGCAATCTCCTTAAATCTCTTCTTCTATTATCATCAGAA
ATCTCTACTTTAAAACCTTTGTTATTTCTTCTCAAGAGAAATACATCTTCAATTATCAGG
AAATCCAAGCTTTTATCGGTATTATTTGAGGAAATTCTCGGTAGGGATTTTACATATTCA
AATACATCAAGAGGAGGAGGAGGACATGTAACTGGTTTTCCACCTTCTGCTGTTTTGTGT
TTCGATGAATTGTACATAGTTTTACAGAGAATGAAGACTTTGCTTGAAGATTGCCGTAAT
TGTAGTAAGATGTGGCTACTTATGCAAATTGATGTTTTCTGTAACGTTTTTCATGAATTA
ACTCTTGAATTGTCTACTTTATTGGATATTTTACCTTCCAAAAAGCTCAAATTAAACGAC
GATGTTCAGGAATTGCTGATTCTCATAACGAAGCAGTGCTCGGAGAAATTTACTTATGTC
GATCCTAAGGATCGAGATTTACGATCTCAAGTTGTTGAAATGCTCGATAGAATTGAAAGA
GAAATCGTACCTGATCAGTGTGAATTAGCCGAAATTTTTGAGAAATTAACTTTGCGTGAT
TCTACAAGCTGCAGGGATGAGATTGAATTATTGGAAGAAGAAATTCAAAGTCAAACAGAT
GAGAAAGCTAAATCAGATATCATCGCGTTGATTGGATTTGTTCGATATGCTAAATGTGTG
TTGTACGGCGGTTCAACACCGAGAACAAATTCACGGCGGAGACGGGCGGCGGCGGATGTT
AATGTTCCGGCTGATTTCAGGTGTCCGATTTCGCTTGACTTGATGAAAGACCCTGTGGTG
GTTTCCACGGGACAAACATACGACCGCAGTTCAATAACCCTTTGGTTCGAATCGGGTCAT
ACCACGTGTCCTAAAACGGGTCAAACACTGACCCATACAGACCTCATACAAAATTCAGCT
TTGAAGAATTTGATAGCTATGTGGTGCAGAGAGCAGAAAATACCCTTTGAATCAACGCAG
ATGAACGTTAAATCTAACGGCGTTGTTACCAACAAAACAGCGTTGGAAGCAACGAGAATG
ACTGTGTCGTTTTTGGTCAACAAGTTGAAGGCTTCCCAAGTTGTAGAATCGGCTAACAGG
CTTGTTCATGAGCTTCGAGTCTTAGCTAAGACGGATTCAGATAGCCGAGCCTGCATTGCT
GAAGCTGCAGCTTTGCCGTTAATGGTTAAGCTATTAGGTTCTGAGCATCCGGGCTTACAA
GTTAATGCAGTTACAACAATTCTCAATCTATCTATTCTTGAGGCGAACAAGACGAGGATA
ATGGAAACAGACGGAGTTTTAAACGGAGTTATAGAAGTGTTACGGTCTGGTGCAACATGG
GAGGCAAAAGGGAATGCAGCAGCAACAATTTTTAGCTTGTCAGGTGTACCTGCTTACAAG
AAGAGGTTAGCTCGAAAGACACGTGTGGTGAAGGGATTGATGGATTTGGCACGTGAGGGG
CCAACGAATTCAAAGAGGGATGCCTTAGTAGCTATTTTGAATTTGGCGGGAGATAGGGAG
GCAGTTGGGAAGTTGATTGAAGGCGGGGTAGTGGAAATGGTAGCGGAGATTATGGATGGA
TTACCTGAAGAGGCAGTTACAATTCTCGAAGTGGTGGTAAAGAAGGGTGGATTGGTGGCC
ATTGCAGCCGCATATCCATTGATGAAAAAACTGGCTATAGTATTAAGGGATGGAACAGAT
AGAGCTAGAGAGAGCGCTGCAGCAACGCTAGTAAACATGTGTCGTAAAGGGGGATCAGAG
ATGGTGGCGGAATTGGCAGGAGTTCAAGGGATTGAGAGGGTGATTTGGGAAATAATGGGA
ATGGGAACAGGGAGGGGAAGAAGAAAAGCAGCAACATTGTTGAGAGTTTTAAGGAGATGG
GCTGCTGGATTAGATGCAGAAGTGGCATCAGGGGCATATTCAGATGTGAATATGAATACT
TCAACCAGAATAGTATTGCCAGGTTAA