Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc09g014210.2.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9IG54_POPTR)
Sequence	ATGGCGATGTTACCCAAGAAGCTTTCCCCAAAATCCCTCTTAAAGCTTCTCAAATCCGAG AAGAATCCCAACGCTGCACTCTCCTTATTCGATATAGCTTCTCAACACCCAAATTACACT CACGACTCCATTATCTTCCACCATATTCTCAGGAAACTCTCCGACCAAAGATTCATCCCT CACATGACCCGAATAGTTCATATGATTCAAACCCAGAAATGTTTATGCTCTGAGGATGTT GCATTGACTGTAATTAAAGGGTATGCGAAGAATTCCATGGTTGATAAAGCTATGGAAATT TTTCAGAATATGAAGAATATTTTTGGTTGTATACCTGGGGTTAGGTCTTTTAATACATTG CTTAATGCTTTCGTTGTTTCGAATCAGTTGAGTAGAGCTGAGTTGTTTTTTAAGTATTTT GGAACAATGGGTGTGTCTCCAAATTTGGAAACTTATAATGTTTTGATTAAACTTGCTTGT AAAAAGAGGCAATTTGATAAGGCAAAAGAGTTGTTGGATTGGATGTGGGAAAGTAAGTTG ATGCCAGATGTGTATACTTATGGAACTTTGATCAATGGACTTGCCAAGAATGGACATTTG GGTAAGGCCTTAGAGGTGTTTGATGAAATGTTTGAAAGAGGGTTGTATCCAGATGTGACC TGTTATAATATTTTAATTGATGGATTTTTGAAAAGTGGTGATTATGATAGTGGTAAGAAA ATTTGGGCGCGGTTGAATAGTGGGTCGAATGTTTACCCTAACGTGGTTAGCTATAATGTC ATGATTAATGGTTTATGTAGATGTGGTAAGTTTAATGAGGGATTGGAACTCTGGGACAGG ATGAAGAAAAATGCACAAAAAATGGACTTGTTTACGTGTAGTACATTGATTCATGGTTTG TGTGAATTGGGCAATGTCAATGGGGCTGAGAGGATTTTTAAGGAAATGATTGAGACTGGA CTATCACCTGATGTTGTGGTATATGGTGCTTTGCTTAATGGTTATTGTAAGGTCGGGGAG ATTGTAAAGTGTTTTGAGTTGTGGGAGCTGATGGGGAAGGAAGATTGTCGCAACGTTACT AGTTATAATATATTGATGAGAGGTTTGTTTGAGAATCGAATGGTGGATGAAGCGGTTTCT GTTTGGAAGCTTATGAATGAGAATGGCGTTGTTGCTGATTCAACATCTTACGGAATACTA ATTCAAGGGTTGTGTGACAATGGGTATGTGAACAAGGCTTTGAAGGTCTTGCAAGCTGAA AATCAAGGAGAAAGATGCATGGATTCATATGCGTACTCATCTATTGTTAAGGGGTTGTGC AGAGAAGGAAGATTGGAAGAAGCAAATGCTATACTTGATTTGATGGCTAAACAGGGATGT ACACTAAGTTCTCATGTTTGCAATGCACTAATCAATGGCTTCATCAAAGCATCTAAAATT GCAGAAGCACTCAGATTTTTTGGTGAAATGAGTAGTCGGAATTGTTCGCCAACAGTAGTA ACCTATAATGTGCTGATTGATGGATTATGCAAAGCTGAAAGATTTGGTGATGCCTATAAG CTTGTGGAGGACATGCTGCAGAAAGGGTGGACGCCGGACATGATAACATATAGCTTATTG ATGGATGGCCTTTGCCAAAGCAAAAAGGTAGACCTGGCCCTGAAATTATTGAGTCAAATT GTTAGCAAGGGATTCAAGCCTGATGTGACCATGGTTAACATTATAATTCACGGCCTTTGC TCTGCTGGAAACCTTGATAACGCATTGCAGCTCTTTTTGAGCATGAGCCAATGGGAATGT CTCCCGAATCTCGTCACATATAACACCCTTATGGAGGGATTTTATAAAGCTAGAGACTGC AAAAATGCTTCAGCTGTTTGGGCTTTCATTTTAAAAGGTGGGTTTCAGCCGGATATTATT TCTTATAATATTACTCTTAAGGGGCTTTGTTCTTGCCATAGAATGTCGGATGCTATATTA TTCTTTAGTGATGCCCTTAATAGGAAAATCCGTCCAACGGCAATTACATGGAATATACTT GAAGTACACACCCGGTTGTTTCTGATACTAATTTCTGACCCGAGCATGAAGTTCAGCTGC AGGTCTAATCTCCTTTCTGTTGCTCTTCAGTATCCTAGATTTGTGTTCCTGCATTTGGCT GTCATTATTACTCTCACTATCATGCCAAGTTTGTCGGACATGTTTATGATATTTCTTGTT TTAAGTTGTAAGTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc09g014210.2.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9IG54_POPTR)
Sequence	MAMLPKKLSPKSLLKLLKSEKNPNAALSLFDIASQHPNYTHDSIIFHHILRKLSDQRFIP HMTRIVHMIQTQKCLCSEDVALTVIKGYAKNSMVDKAMEIFQNMKNIFGCIPGVRSFNTL LNAFVVSNQLSRAELFFKYFGTMGVSPNLETYNVLIKLACKKRQFDKAKELLDWMWESKL MPDVYTYGTLINGLAKNGHLGKALEVFDEMFERGLYPDVTCYNILIDGFLKSGDYDSGKK IWARLNSGSNVYPNVVSYNVMINGLCRCGKFNEGLELWDRMKKNAQKMDLFTCSTLIHGL CELGNVNGAERIFKEMIETGLSPDVVVYGALLNGYCKVGEIVKCFELWELMGKEDCRNVT SYNILMRGLFENRMVDEAVSVWKLMNENGVVADSTSYGILIQGLCDNGYVNKALKVLQAE NQGERCMDSYAYSSIVKGLCREGRLEEANAILDLMAKQGCTLSSHVCNALINGFIKASKI AEALRFFGEMSSRNCSPTVVTYNVLIDGLCKAERFGDAYKLVEDMLQKGWTPDMITYSLL MDGLCQSKKVDLALKLLSQIVSKGFKPDVTMVNIIIHGLCSAGNLDNALQLFLSMSQWEC LPNLVTYNTLMEGFYKARDCKNASAVWAFILKGGFQPDIISYNITLKGLCSCHRMSDAIL FFSDALNRKIRPTAITWNILEVHTRLFLILISDPSMKFSCRSNLLSVALQYPRFVFLHLA VIITLTIMPSLSDMFMIFLVLSCK*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc09g014210.2.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9IG54_POPTR)
Sequence	AAAGAGAACTCTTTCACCTCATGGCGATGTTACCCAAGAAGCTTTCCCCAAAATCCCTCT TAAAGCTTCTCAAATCCGAGAAGAATCCCAACGCTGCACTCTCCTTATTCGATATAGCTT CTCAACACCCAAATTACACTCACGACTCCATTATCTTCCACCATATTCTCAGGAAACTCT CCGACCAAAGATTCATCCCTCACATGACCCGAATAGTTCATATGATTCAAACCCAGAAAT GTTTATGCTCTGAGGATGTTGCATTGACTGTAATTAAAGGGTATGCGAAGAATTCCATGG TTGATAAAGCTATGGAAATTTTTCAGAATATGAAGAATATTTTTGGTTGTATACCTGGGG TTAGGTCTTTTAATACATTGCTTAATGCTTTCGTTGTTTCGAATCAGTTGAGTAGAGCTG AGTTGTTTTTTAAGTATTTTGGAACAATGGGTGTGTCTCCAAATTTGGAAACTTATAATG TTTTGATTAAACTTGCTTGTAAAAAGAGGCAATTTGATAAGGCAAAAGAGTTGTTGGATT GGATGTGGGAAAGTAAGTTGATGCCAGATGTGTATACTTATGGAACTTTGATCAATGGAC TTGCCAAGAATGGACATTTGGGTAAGGCCTTAGAGGTGTTTGATGAAATGTTTGAAAGAG GGTTGTATCCAGATGTGACCTGTTATAATATTTTAATTGATGGATTTTTGAAAAGTGGTG ATTATGATAGTGGTAAGAAAATTTGGGCGCGGTTGAATAGTGGGTCGAATGTTTACCCTA ACGTGGTTAGCTATAATGTCATGATTAATGGTTTATGTAGATGTGGTAAGTTTAATGAGG GATTGGAACTCTGGGACAGGATGAAGAAAAATGCACAAAAAATGGACTTGTTTACGTGTA GTACATTGATTCATGGTTTGTGTGAATTGGGCAATGTCAATGGGGCTGAGAGGATTTTTA AGGAAATGATTGAGACTGGACTATCACCTGATGTTGTGGTATATGGTGCTTTGCTTAATG GTTATTGTAAGGTCGGGGAGATTGTAAAGTGTTTTGAGTTGTGGGAGCTGATGGGGAAGG AAGATTGTCGCAACGTTACTAGTTATAATATATTGATGAGAGGTTTGTTTGAGAATCGAA TGGTGGATGAAGCGGTTTCTGTTTGGAAGCTTATGAATGAGAATGGCGTTGTTGCTGATT CAACATCTTACGGAATACTAATTCAAGGGTTGTGTGACAATGGGTATGTGAACAAGGCTT TGAAGGTCTTGCAAGCTGAAAATCAAGGAGAAAGATGCATGGATTCATATGCGTACTCAT CTATTGTTAAGGGGTTGTGCAGAGAAGGAAGATTGGAAGAAGCAAATGCTATACTTGATT TGATGGCTAAACAGGGATGTACACTAAGTTCTCATGTTTGCAATGCACTAATCAATGGCT TCATCAAAGCATCTAAAATTGCAGAAGCACTCAGATTTTTTGGTGAAATGAGTAGTCGGA ATTGTTCGCCAACAGTAGTAACCTATAATGTGCTGATTGATGGATTATGCAAAGCTGAAA GATTTGGTGATGCCTATAAGCTTGTGGAGGACATGCTGCAGAAAGGGTGGACGCCGGACA TGATAACATATAGCTTATTGATGGATGGCCTTTGCCAAAGCAAAAAGGTAGACCTGGCCC TGAAATTATTGAGTCAAATTGTTAGCAAGGGATTCAAGCCTGATGTGACCATGGTTAACA TTATAATTCACGGCCTTTGCTCTGCTGGAAACCTTGATAACGCATTGCAGCTCTTTTTGA GCATGAGCCAATGGGAATGTCTCCCGAATCTCGTCACATATAACACCCTTATGGAGGGAT TTTATAAAGCTAGAGACTGCAAAAATGCTTCAGCTGTTTGGGCTTTCATTTTAAAAGGTG GGTTTCAGCCGGATATTATTTCTTATAATATTACTCTTAAGGGGCTTTGTTCTTGCCATA GAATGTCGGATGCTATATTATTCTTTAGTGATGCCCTTAATAGGAAAATCCGTCCAACGG CAATTACATGGAATATACTTGAAGTACACACCCGGTTGTTTCTGATACTAATTTCTGACC CGAGCATGAAGTTCAGCTGCAGGTCTAATCTCCTTTCTGTTGCTCTTCAGTATCCTAGAT TTGTGTTCCTGCATTTGGCTGTCATTATTACTCTCACTATCATGCCAAGTTTGTCGGACA TGTTTATGATATTTCTTGTTTTAAGTTGTAAGTGAGCTCTCTACTCAAGTCAGGTGAGTA GATGATTTTGCATTTTGGCAAAATGGGATAACCAACCAGAAGCACAATGCTCCTTTACTC AGAAAAATGAAAAGGGAAAGCAGAGGCAATCAAGATGTTTGTGCAACAAATTTGGGCTGT TTGTTGGGATGAGATATTCTTAATGTTAAGATGACTTGAGAAAGCAAACCCACCAAGATC ACTCCAAGAACTGCACTCTTTCCCAGGTCAGACGGTGAAGAGATCAAGGCATTCGTAATC CCAACTACCACGAGGCCCATAAGTGCAAGACCCTTTCACCAGCTTCATCAAGCTCTTTGA GGGCATTTTCACCAATTTGGTCAATCTCAGTATTGGCATCTTCAGCAAACTGTGATAGAT AAGCCGATCTTTCGTCTAAATAATCAGTAAGACGGACTTTCTGTGTTTGAAGCTGTGCTA TCATTGCAAGCAGTTCCTGCTGACGGGAGTCTCCTTGAGGAGGCGGCGTAGGTGGAGGTG GAGTTGCTTCTGAGTCTGAATTTGAATCATTTGGTTTGCAGAGGCAGCGAACGAGGTCTT TCCTTTGGAAATGACTTGTTCTGTTAAAAAATACATGTTGATTTGGTGTCATAGAATAGT GAATTGGTTTTAGATGAATCATCCTTCGAATTTGTGTTGTGAGAATAGCTAGTGAGTGTT AACTATGAAAAGTTCAAGTGTTTGTGTACCTCTGATTGAATTACCTTATCCATTGAAAAC GGGTCAGTTTATAT