Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc09g005160.2.1
CDS Infomation	E3 ubiquitin-protein ligase-like protein (AHRD V3.3 *** A0A1B1LUK2_VITPS)
Sequence	ATGGCGTACCGTAATACCAGACGCAAGTTAGATGATTATGCCGCCGCAGATGCCTGGATG AGATACGACGAAACTCTCCCTATTTCTCTGTCATACCCCATTCAGTTCTTCGTCCGTATG TTTTCCGGAGGCAAAACATTAGTTCTTCAAGCTGATTCCTCAGACTCAGTTGCATCAGTT CACCGGAAAATCCAGTCGATCACAGGAATTCGATCAATTCAATCGACCTCAGGTGTACCA CGAATGGAACAGCGATTAATCTACCGAGGGAAACAGCTTCAGTTGCAACAAAGGTTATCC GAATGTGGTGTACAAAACGATGACACTCTACAACTCGTTGGAAGAATGAGAAGCACGCGC CATCCTCACACGTGGAAGCTGATGAATGACTTAAATTCACTTATTAATGACCTCTGCAAT TGCGATGACAACACGGATGTTAATGCTAATGTCACCTGTATGATGAAGATGCTTACAGAT TTTCTCATAATGACCCCAAAGGATGGCGCAGATGGATCCGAGCAATATCTACAAATATTT ATTCACTCCTCTGTTCCTGCAGCACTGGTAAAACTTTATGTATCTCCTTCTCTAACTACC AAACAAGCGGCTCGTGAATGTATTTGTCAATTTATTGATTCATTTAAGACACTTTTCGCC AGTCCTGTATATAAGCAGTTTTCTCCTATATTGTTCGAGTTTTGTAAGATTTTAAGAGGG GCTGTGAGTGTTGATGATGCTTTATATATATTTTGCCGGAGTAGTTTAGCTTCAATGATG GAGTGGTATGTCTGTGATGTCAAGTGTGTGCCAAGATTGCAGGATGTTTTTCCTTTTTTT CGTGAGTTGGCAACAAGGTTATCACGTGCTTTAGAATTGAGTGTGCAATCAGCTGAGTTT ATACCGTTATCGGACAGTGATGTGTGTGAGTTTATTAAGTTTATGCACCCGGTGAAGTGT GCAATATGGCGTCCAGAAGCATTTGGCAGTCCGGTTAGTTTCCGTTCCTTGATGCAACGG GAAACAGGAAATGAATGTTTTGAGATTGAAGGTGTGCGTCGTGTTTTTTGTGACTTGCTG GAAAAATTGGAGTTGTGTCTAAAGAAACTGGGTTTGATAAACGAAGAAAGAGGTGAGGCT ATTGTAAGCTGTTGGTCGCAATATCTTTTAATTCTAAAGGAGTTAGAAAGCATTTCAAAG TTGTACAAGGGTATGGAGGAAATGTTTTGGGAGAAGATAAGGCAAAGAAGAGTTGAATTG TGCTTTCTGATAGTTAGACTTTCAAAAAAGTCTACGGATTATCAGTGGATTCTTGAGCAC AAGGAGGTAACAAATTTTAAGATAAGGCAGCAATTTGCCTTGAAGATGCTTCAAGAAGGG AGGCCCAAGAATGAGAAGTTGTACGAGATGCTCATTTGCAGGTCTCGTTTGTTTGAACAA TCATTTGAGTACATTGGACGTGCGAGTCCTAAGTCGCTGCAAGGCCAGTTATTTATTCAG TTTGAGAATGAAGAAGCCACCGGGCCTGGTGTGTTGAGGGAGTGGTTTTCCTTGGTATGT GAAGCAATTTTCAACCCTCAGAATGCTCTATTTGTTTCATGCCCAAATGACGGGAGAAGG TTTTTCCCAAATCCAGCATCTAAAGTGGATCCCTTGCACCTTGAGTATTTTACCTTCTCC GGCAGGATGATTGCGTTGGCCTTGTTGCATAGAGTACAAATAAGCATTACGTTTGATCGT GTGTTCTTTTTGCAATTAGCCGGAGAGGATATTTCGTTTGAAGACATTAGGGATGCAGAT CCCTACTTGTACAGTGGCTGCAAGAAGATACTGGAGATGGATACGAATATGGTGGATGAA GATGTCCTAGGCCTAACATTTGTTTGTGAAGATGAAGAATTGGGATCCAGGAAAGTGGTG GAGCTTTGCCCTGATGGAAAAAATACGTTAGTTAACAGTGAGAATAGGGATAACTATGTT AATCTTCTTGTTAAACACCGTTTTGTCACATCAATTGCTCAGCAGGTAGCCCATTTTGCT CAAGGTTTTGCTGACATAATTACTGACCAGCAGCTCCGGAAATCCTTTTACCAGATATTA GATCATGAAGACCTTAACAGGATGCTACATGGGAGTAAAACTGTTGTTTCTGTAAAAGAC TGGAAAGAACATACAAATTACAATGGCTACAAAATAGATGATCCTCAAATATCCTGGTTC TGGGAGATAGTTGGAAGTATGTCGGCTGAGCAGAGAAATGTGCTTCTCTTCTTCTGGACT TCAATCAAGTCTCTGCCTGTTGAGGGCTTTGGTGGTCTAGATTCGAAACTTCACATCTAC CGAACTTCAGTCTCTCATGATTGCTTGCCTTCCTCGCGGACATGCTTTTACTACCTGTGT TTTCCTCCTTATCCGTCTATGGATGTCATGCAAAATCGTCTTAACATAATCACTCAAAAT TATGTTGGTTGCAGCTTTGGTGCAGAGTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc09g005160.2.1
PEP Infomation	E3 ubiquitin-protein ligase-like protein (AHRD V3.3 *** A0A1B1LUK2_VITPS)
Sequence	MAYRNTRRKLDDYAAADAWMRYDETLPISLSYPIQFFVRMFSGGKTLVLQADSSDSVASV HRKIQSITGIRSIQSTSGVPRMEQRLIYRGKQLQLQQRLSECGVQNDDTLQLVGRMRSTR HPHTWKLMNDLNSLINDLCNCDDNTDVNANVTCMMKMLTDFLIMTPKDGADGSEQYLQIF IHSSVPAALVKLYVSPSLTTKQAARECICQFIDSFKTLFASPVYKQFSPILFEFCKILRG AVSVDDALYIFCRSSLASMMEWYVCDVKCVPRLQDVFPFFRELATRLSRALELSVQSAEF IPLSDSDVCEFIKFMHPVKCAIWRPEAFGSPVSFRSLMQRETGNECFEIEGVRRVFCDLL EKLELCLKKLGLINEERGEAIVSCWSQYLLILKELESISKLYKGMEEMFWEKIRQRRVEL CFLIVRLSKKSTDYQWILEHKEVTNFKIRQQFALKMLQEGRPKNEKLYEMLICRSRLFEQ SFEYIGRASPKSLQGQLFIQFENEEATGPGVLREWFSLVCEAIFNPQNALFVSCPNDGRR FFPNPASKVDPLHLEYFTFSGRMIALALLHRVQISITFDRVFFLQLAGEDISFEDIRDAD PYLYSGCKKILEMDTNMVDEDVLGLTFVCEDEELGSRKVVELCPDGKNTLVNSENRDNYV NLLVKHRFVTSIAQQVAHFAQGFADIITDQQLRKSFYQILDHEDLNRMLHGSKTVVSVKD WKEHTNYNGYKIDDPQISWFWEIVGSMSAEQRNVLLFFWTSIKSLPVEGFGGLDSKLHIY RTSVSHDCLPSSRTCFYYLCFPPYPSMDVMQNRLNIITQNYVGCSFGAE*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc09g005160.2.1
Transcript Infomation	E3 ubiquitin-protein ligase-like protein (AHRD V3.3 *** A0A1B1LUK2_VITPS)
Sequence	CACTGAATTCATTTTTTTTTTGTAATTATGTACACTTTTTATCTTACGTGACTCTAGGCG CGTGAAAAAATATTTATATTCATGATTAGCTAAAAAGGTATAAAAAAAAAATTAAAAAAT AATAAAGTCTAAAATTTCGGTTAGGATTACCTTTTCCTACTTGGATAGAGGAAGAATGAG CGTTTATAGGTAAGACAAACTCTTCCTTATTTGTGCGAGTCGTTTAACTAAACACTCGTG AGCTTAAAGTCTTCCTTGCTTCCTCCTGCTGCTGATCAAACTTCCAATGGCGTACCGTAA TACCAGACGCAAGTTAGATGATTATGCCGCCGCAGATGCCTGGATGAGATACGACGAAAC TCTCCCTATTTCTCTGTCATACCCCATTCAGTTCTTCGTCCGTATGTTTTCCGGAGGCAA AACATTAGTTCTTCAAGCTGATTCCTCAGACTCAGTTGCATCAGTTCACCGGAAAATCCA GTCGATCACAGGAATTCGATCAATTCAATCGACCTCAGGTGTACCACGAATGGAACAGCG ATTAATCTACCGAGGGAAACAGCTTCAGTTGCAACAAAGGTTATCCGAATGTGGTGTACA AAACGATGACACTCTACAACTCGTTGGAAGAATGAGAAGCACGCGCCATCCTCACACGTG GAAGCTGATGAATGACTTAAATTCACTTATTAATGACCTCTGCAATTGCGATGACAACAC GGATGTTAATGCTAATGTCACCTGTATGATGAAGATGCTTACAGATTTTCTCATAATGAC CCCAAAGGATGGCGCAGATGGATCCGAGCAATATCTACAAATATTTATTCACTCCTCTGT TCCTGCAGCACTGGTAAAACTTTATGTATCTCCTTCTCTAACTACCAAACAAGCGGCTCG TGAATGTATTTGTCAATTTATTGATTCATTTAAGACACTTTTCGCCAGTCCTGTATATAA GCAGTTTTCTCCTATATTGTTCGAGTTTTGTAAGATTTTAAGAGGGGCTGTGAGTGTTGA TGATGCTTTATATATATTTTGCCGGAGTAGTTTAGCTTCAATGATGGAGTGGTATGTCTG TGATGTCAAGTGTGTGCCAAGATTGCAGGATGTTTTTCCTTTTTTTCGTGAGTTGGCAAC AAGGTTATCACGTGCTTTAGAATTGAGTGTGCAATCAGCTGAGTTTATACCGTTATCGGA CAGTGATGTGTGTGAGTTTATTAAGTTTATGCACCCGGTGAAGTGTGCAATATGGCGTCC AGAAGCATTTGGCAGTCCGGTTAGTTTCCGTTCCTTGATGCAACGGGAAACAGGAAATGA ATGTTTTGAGATTGAAGGTGTGCGTCGTGTTTTTTGTGACTTGCTGGAAAAATTGGAGTT GTGTCTAAAGAAACTGGGTTTGATAAACGAAGAAAGAGGTGAGGCTATTGTAAGCTGTTG GTCGCAATATCTTTTAATTCTAAAGGAGTTAGAAAGCATTTCAAAGTTGTACAAGGGTAT GGAGGAAATGTTTTGGGAGAAGATAAGGCAAAGAAGAGTTGAATTGTGCTTTCTGATAGT TAGACTTTCAAAAAAGTCTACGGATTATCAGTGGATTCTTGAGCACAAGGAGGTAACAAA TTTTAAGATAAGGCAGCAATTTGCCTTGAAGATGCTTCAAGAAGGGAGGCCCAAGAATGA GAAGTTGTACGAGATGCTCATTTGCAGGTCTCGTTTGTTTGAACAATCATTTGAGTACAT TGGACGTGCGAGTCCTAAGTCGCTGCAAGGCCAGTTATTTATTCAGTTTGAGAATGAAGA AGCCACCGGGCCTGGTGTGTTGAGGGAGTGGTTTTCCTTGGTATGTGAAGCAATTTTCAA CCCTCAGAATGCTCTATTTGTTTCATGCCCAAATGACGGGAGAAGGTTTTTCCCAAATCC AGCATCTAAAGTGGATCCCTTGCACCTTGAGTATTTTACCTTCTCCGGCAGGATGATTGC GTTGGCCTTGTTGCATAGAGTACAAATAAGCATTACGTTTGATCGTGTGTTCTTTTTGCA ATTAGCCGGAGAGGATATTTCGTTTGAAGACATTAGGGATGCAGATCCCTACTTGTACAG TGGCTGCAAGAAGATACTGGAGATGGATACGAATATGGTGGATGAAGATGTCCTAGGCCT AACATTTGTTTGTGAAGATGAAGAATTGGGATCCAGGAAAGTGGTGGAGCTTTGCCCTGA TGGAAAAAATACGTTAGTTAACAGTGAGAATAGGGATAACTATGTTAATCTTCTTGTTAA ACACCGTTTTGTCACATCAATTGCTCAGCAGGTAGCCCATTTTGCTCAAGGTTTTGCTGA CATAATTACTGACCAGCAGCTCCGGAAATCCTTTTACCAGATATTAGATCATGAAGACCT TAACAGGATGCTACATGGGAGTAAAACTGTTGTTTCTGTAAAAGACTGGAAAGAACATAC AAATTACAATGGCTACAAAATAGATGATCCTCAAATATCCTGGTTCTGGGAGATAGTTGG AAGTATGTCGGCTGAGCAGAGAAATGTGCTTCTCTTCTTCTGGACTTCAATCAAGTCTCT GCCTGTTGAGGGCTTTGGTGGTCTAGATTCGAAACTTCACATCTACCGAACTTCAGTCTC TCATGATTGCTTGCCTTCCTCGCGGACATGCTTTTACTACCTGTGTTTTCCTCCTTATCC GTCTATGGATGTCATGCAAAATCGTCTTAACATAATCACTCAAAATTATGTTGGTTGCAG CTTTGGTGCAGAGTGATGTGCAAATGTTTTTGGTGAACTTGTACATGTGATATGTAATAT TCTTTTGAATAGATGTAAGAAATTTACATCAGTAAATATTAGTAGGTATCTTTTGAAACT TTATTAGGTATATTATGTTTTTTGGTCCTAGTAAGTATTCGCTGTGCGGCTTAATCACAC TAGTTGCCTCAAGCTAAATTAAATTCAAATAAAGTCCTTAAACTTTTTTTCCCTAAGTAT ATTTTTATTATGATGTGTATTCTTCTAGCTTTTCAAGATCTCATAATCAATTTTTTTTAT CTTCTAAT