Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc08g082100.3.1
CDS Infomation	WD40 repeat nucleoporin similar to SEH1 (AHRD V3.3 *** D7UPM8_LOTJA)
Sequence	ATGGATAAAGCAATTATTAAGCTTGAAGAAGGTACAACATGTACTGCGTGGAATTATTCG GGTCACAGATTAGCTGCTGGTTCAACTGATGGTACTTTGTTTGTTTTTGATTCTACTGAT CCGGCTTCATCTGTTTTCAGTGGTTCTTCTAAATTCAAGGTGCATGAATCCAGCATTGTA AAAGTTGTTTGGGCTCCACCAGAATATGGAGATGTAGTTGCATGCATTTGTGCTGATGGA AGTTTGTTGTTGTGGGAGGAGGTAGTTGAAGATTCAGAGCTGCTTCAGTGGAAGCTGTGC AAATGCTTTGACAGAATCTCATCCCTAGTTCTGGATGTTCAGTTTGGAGTCTCCCAGACA AGTCTGAAATTGGTTGCTGCTTATTCGGATGGCCAAGTGAAAGTGTTTGAGCTCCTAGAT CCATTTGAATTGAAGAATTGGCAGCTGCAGGCTGAATTTCAGAATGTTATTGAATCTGTA TCTAAATTTGGAAATGTTTCATGCCGATCGGCTTCTATTGCTTGGAATCCCTTGAAAGGA GAAATCCAGCAATCAAGCTTCGTTTTGGGTTTTGATTCCGATACGCCACACCTAAACTCC TCCAAGGTTTGGGAATTCGATCAGGATCATCAGAGATGGCTTCCAGTTGCAGAATTAGCT TTACCTGCAGATAAAGCTGATCCAGTCTCTACTGTTGCATGGGCACCAAATATTGGAAGG CCGTATGAATTAATAGCAGTTGCCACTTGCAAGGAAATTGCATTATGGCATGTTGGATCA AATCCAGACTCTGATGGAAGGCTCTCGGTGGAGAAGGTTGCAATGCTCTCTACTCATGAC AGTGAGGTATGGCAGATGGAATGGGACATGAGTGGAATGACACTTGCTACTACTGGAAGC GATGGTGTAGTTCGCTTGTGGCAGTGCAACTTGAACGGAGTTTGGCATGAGCAAGCAACA TTACAGCCCACTAGCTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc08g082100.3.1
PEP Infomation	WD40 repeat nucleoporin similar to SEH1 (AHRD V3.3 *** D7UPM8_LOTJA)
Sequence	MDKAIIKLEEGTTCTAWNYSGHRLAAGSTDGTLFVFDSTDPASSVFSGSSKFKVHESSIV KVVWAPPEYGDVVACICADGSLLLWEEVVEDSELLQWKLCKCFDRISSLVLDVQFGVSQT SLKLVAAYSDGQVKVFELLDPFELKNWQLQAEFQNVIESVSKFGNVSCRSASIAWNPLKG EIQQSSFVLGFDSDTPHLNSSKVWEFDQDHQRWLPVAELALPADKADPVSTVAWAPNIGR PYELIAVATCKEIALWHVGSNPDSDGRLSVEKVAMLSTHDSEVWQMEWDMSGMTLATTGS DGVVRLWQCNLNGVWHEQATLQPTS*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc08g082100.3.1
Transcript Infomation	WD40 repeat nucleoporin similar to SEH1 (AHRD V3.3 *** D7UPM8_LOTJA)
Sequence	AAGGTAGTTTATGTAATACTTGAAACTACAGGGTAGGTTTTTGTAATAAAAAAAGTTAAA GAAGCAACTGTGTCGAGAGCCAAAAACCCTAGAAGAGAAAAGGGGTTTTTAGAACCAGCA AAATCTGCAGATTTAGGGTTTAAGATTTGTTACATTTGGTGAAGAAGGAAGAATGGATAA AGCAATTATTAAGCTTGAAGAAGGTACAACATGTACTGCGTGGAATTATTCGGGTCACAG ATTAGCTGCTGGTTCAACTGATGGTACTTTGTTTGTTTTTGATTCTACTGATCCGGCTTC ATCTGTTTTCAGTGGTTCTTCTAAATTCAAGGTGCATGAATCCAGCATTGTAAAAGTTGT TTGGGCTCCACCAGAATATGGAGATGTAGTTGCATGCATTTGTGCTGATGGAAGTTTGTT GTTGTGGGAGGAGGTAGTTGAAGATTCAGAGCTGCTTCAGTGGAAGCTGTGCAAATGCTT TGACAGAATCTCATCCCTAGTTCTGGATGTTCAGTTTGGAGTCTCCCAGACAAGTCTGAA ATTGGTTGCTGCTTATTCGGATGGCCAAGTGAAAGTGTTTGAGCTCCTAGATCCATTTGA ATTGAAGAATTGGCAGCTGCAGGCTGAATTTCAGAATGTTATTGAATCTGTATCTAAATT TGGAAATGTTTCATGCCGATCGGCTTCTATTGCTTGGAATCCCTTGAAAGGAGAAATCCA GCAATCAAGCTTCGTTTTGGGTTTTGATTCCGATACGCCACACCTAAACTCCTCCAAGGT TTGGGAATTCGATCAGGATCATCAGAGATGGCTTCCAGTTGCAGAATTAGCTTTACCTGC AGATAAAGCTGATCCAGTCTCTACTGTTGCATGGGCACCAAATATTGGAAGGCCGTATGA ATTAATAGCAGTTGCCACTTGCAAGGAAATTGCATTATGGCATGTTGGATCAAATCCAGA CTCTGATGGAAGGCTCTCGGTGGAGAAGGTTGCAATGCTCTCTACTCATGACAGTGAGGT ATGGCAGATGGAATGGGACATGAGTGGAATGACACTTGCTACTACTGGAAGCGATGGTGT AGTTCGCTTGTGGCAGTGCAACTTGAACGGAGTTTGGCATGAGCAAGCAACATTACAGCC CACTAGCTAGCCTGCTTATATGATTTTCACATTCAAGCTTGAACAAGATTGCAAGAACCC AGTGAAACACAAGATTCTGTGGTTTATCCATGTGACCGATTTGTCGTCAGGCATTTCATT TTGTAAAGCTAAGTGACCTTTGCATTGTAAGTGGTGGAATATGAAAAATTCCCAAAATGA ATATGTTCATCTGATATACTGGAACTTGTTTGCATGTATGGAGAATTGTGGGGATACAGA GTTTTGATTGAATATGAAAAAAAACTCGTATTCGTTGTAAGATTATTGAAAAGTATGCTG AAATGTGAGCATCACTTTTGCTTTGAAGCAGTTGCTTGGTACTTGCATTTTGTAGTCGTG GTTTGGTTATTCCCATGGAACATACAATTTCATCAAATTTATCAACATTCAGGCAGTTTT TTGCAAGAATGTGGTTGAATTTAAAAAAAAATAAAAATACTAGGCTATTGATACAAAATA TTATAGCTTGTTCCTGCTCTTGGCTAGTTTTCTTGTTAATTTATGTACTACAAAAATAGA ATTGAGTGATCAAAATCCAAGCTACTCGTTTTTATTGTCCTTGACATTATTTATCTGAAA AAATCAGAGAAATTTGGATCAAGCTCTACATGTTCAAGTGGAAACTCCAAGCCTATAATT GGAGAACTTGTTGATGAAGTGTTGGCTGAGAACAAGTCAGGGAGGTCTGATTCTGAATGG TACGCGTTATACATTCTTCGCGAATCATTCATCTGGCAGGTTGGTAATGAGAAGTAACTT GATTCAGGAGTTGTAGGAGAGACAAAAGATGGTGAATAACCCCCAACCAAACTGTCATCA ACTTGTGACATCTGGAAATGCAGATTTTCGTCTACGAAACCAGAGAATGTAGGTGAAAAT GGGAAAGAACATGTTGCTTCTTTCTTGTCCAAATCATCTGTATTCACTCTCAGATTTGCT TGTAAGTTCGCGAGCATTTGATTCGATGGTGTTGTTCTTGAATTGTTGGCTTGTTTCTTG TGTTTATGTTTCTGTGGTGATTTTGGTTGTGTAGCAGCAGCACAGTTATAAGTTTGGTTA CAAGTATGTGTCCCTTTGTATGTGATTTCAAATAGTGCAGGATCATCATCAGACCTCTGC ACTTGCTTTGTTGCCCAACAGTTCTGCATTAGTCTGTATGTGCATCTGTAGTAACTCCTG CAAACATAATGAAATCTCATCGTTACGACAAAGGACGATGTTCGATTAAATTATATACTA TCAAGAAAGTAGAGCCGTCAAAATAAGCTTGATCCATAATACTACTTGAGCAGGATAAGG CTTAGTTCCATTGAGCTAATATCAACCCCACCCAAATAACCTTGTTGGGTCCATATACTG GGCCGGGCTGGCCAAGCCGTTTAAAACGAATGGCCCATCCTAGCCCGTTACTTCCATAAA CGGCCTTGAGCCAGGCCCAGCCAGGCTAACATTTTAAATGTCGGGCTTGTCTTAAACCTT CAGATTCATAGCCTTTGTGGACATAGCTGGGCTAGACTGAATTAACCCGTTTTGACAACT TTACATGACAAAATTACTAAAAGGGTACTAAAAATCTTGAAAATTTCACTTAAATTTTTC ATTTTTTCCCTAAAAATATTTCAGAAGTTGGGTACCCTTTTTTAGTAAAATTCTTGAATA TATTCACCTTGGATATTTAGCACCAAGAATGTCTTTTTGCCCATATTTTCTCCAACTATA TCCATCATCAGTAGGCCCTTCATATCCATTTTCTGAACTCACTCTCACTTGTTCACTCCA TGTAGGCATCTGTTTTCTGCAACAACCATTAAAAAAACAAAAAAAATTAACTCAAAAAAG AAAAAAAAATTAATAATCATTAAAATTAGTC