Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc08g077320.2.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A0B2QIA0_GLYSO)
Sequence	ATGGCGGTTAGATTCAAACATATGAAGCAGTATGTCTCCCTTTCTTCAGAATACGTTAAC AAGTTCATCAAAACCCAAATTAACCTTTCAAAACCCACTCCAAAACTCTGGTCTGATCAT GATGATGTTCAATCTTTTGACCCATACAACAATGGTGTACATAGTACATTGACATTGAGC CACCCCATTTTGCGAATTTTAGATTCTTGCACCCCGAAATTGAGACAATTTAATCAAGTT CATGCGCAGCTCATTGTTTCAGGTATCTTTCAACACCCTTTAGCTGCAGGTAGAGTTATG ATGAAGCTCTGTTCTTCACAATCCACTTTTCCTCATGCTGTAAAGATTTTTGAGAATCTT GAATACCCTGATGCTTTTATTTGTAATACAGTTATGAAATGTTATGTGAATTTCGATGAC CCGGAAAAGGGTTTGGTGTTTTATTCTGATCAGATGGTTAAAAATGGGATCTTTCAGAAT CATTATACGTTTCCTATATTGGTTAAGGCTTGTGCTGATTTGGGTAGGGTGAGAGAAGGG GAAATGGTTCATGCCAATGTAGTGAAATGTGGGTTTGAGTTGGATTTATATACTAGGAAT GTTTTGATTCATATGTATTCAGTGTGTTGTCGTATTCATGATGCAAGGAAGGTGTTTGAT TTAAGTTCTGACTCAGATTTGGTGACTTGGAACACAATGATTGACGGGTACGTGAAAAAT GGAGAAGTGAATCTTGCGCGTTATGTTTTTGATGTAATGCCTGAAAGGGATGTTTTTAGC TGGAATTCCATGTTATCTGGATATGTGGGGATCGGAGATATGGAGGCTGCAAAGTTGCTG TTCCAGGAGATGCCTTTGAGGGATACTGTTTCTTGGAATTGTTTGCTTGATGGATATTCT AGGTCTGGAAATGTAGTAGCTGCCCATGCTCTGTTTGATCAGATGGAAAATCGGAATGTA GTTTCTTGGACTACTTTAATGGCTCTTTATGTGCGGTTGAAGGACTATACAGGATGTTTG GGATTGTTTGATATAATGATGCAAGGAAGAGATATTCAGCCAAATGAGGCTATCCTCATG AGTGTTTTGACTGCTTGTGCACATTTAGGGAGACTTGATCGAGGAAAGTGGATACATTCC TATATAAGGTACAGTGGGAGGATTAAGCCTGACATGTTGCTTTCGACTGCCCTATTGACA ATGTATGCTAAGTGCGGTGAGATGGATTTGGCGAAGGAGGTATTTGCTGGGATGCCAGAG AAAAGTGTTGTCTCGTGGAACTCTATGATCATGGGTTATGGAACCCACGGGTACGGCGAG GAAGCACTTGAAACATTCTTGGAGATGGAAAAAAGTGGAGTGAGGCCTAATGGTGCTACA TTCATTTGTGTTTTAAGTGCATGTACTCATTCAGGGATGGTATTAGAAGGATGGTGGTAT TTTGATGTGATGACTAGAGTTTATAGAATAGAGCCTAAGGTTGAGCACTACGGCTGCATG ATTGATCTTCTTGGGCGGGCTGGTTTGATGAGAGATTCTGAAGACCTCATCAAGAATATG CCTATGGACTCCGGACCTGCATTATGGGGAGCTTTGCTTTCAGCTTGCAAGACCCACTCA AATCTGGAACTTGGTGAGATCGTTGCCAAGAGATTAATTGAGAGGGATCCAGAGGATATT GGATCCTATGTGCTTTTATCCAACATATATGCTGCACAAGAGAGATGGGATGATGTGGAG CAGGTAAGAAAAATAATGGTTGTAAAAGGGATTAGAAAGGAAGCAGGATCTAGCCTAGTT CAATTTGCAAACTCAGACATGTCGTGTTATCCAGAAAATATTTCAGTTCACAAGAGAATT ATGATGTCTTCCATGTTGAGTGAGATGGAAGCTCAGATCAAATGTCAGAGTGAAACGTTG AAGAAAAAACCACTAGTGGACAACTTACATATTGCAGTGAAATCTCAAAGTTGGCAGGAA AGGCATCTGAATAAGCTGAGTACTCTTAAGATTTCCTACTTCGGTTTCCTTTTTTCCATA ATATCTCAGAAGATTCTTCAGTTTGAGATAGATGCTGTTCAGGAAGATTATGGCCTCAAA GTAAAATTCAAATCAAATAGCAACAGAGTCCTTTGTGTTTATGCATCCGCTTGTATTCCT GAGTCGTATGTGTCACCAGCTTTCCAGTTTTCAGGATCAACCCATGTCTCATCTTCATCA TCAACACTCAATAGCATTCTGATTTGCAGAGGTCCCCTTGGAGGTGAAGTAGTAGTCCAC ACTGCTCCACGTGTCCTATCCAGCAGCTTACATACAAAATTTTGTGTCTGCATATTGAAA AGAAGGTGCATGAGACCCTGTTCAATGGAGAAATTGGCAAATTGCTTATTGAGTTCTGAT GCTGCTGAGACATCTCCACCATTGATTGTTGCTCCAAAAGTACCAAATCCACAACTCCCA GCTGCATGCAACCAAACAGAAGAGTGGGCTGCACGAGAACGAGTGAAACAATCCGGGCAT GTTTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc08g077320.2.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A0B2QIA0_GLYSO)
Sequence	MAVRFKHMKQYVSLSSEYVNKFIKTQINLSKPTPKLWSDHDDVQSFDPYNNGVHSTLTLS HPILRILDSCTPKLRQFNQVHAQLIVSGIFQHPLAAGRVMMKLCSSQSTFPHAVKIFENL EYPDAFICNTVMKCYVNFDDPEKGLVFYSDQMVKNGIFQNHYTFPILVKACADLGRVREG EMVHANVVKCGFELDLYTRNVLIHMYSVCCRIHDARKVFDLSSDSDLVTWNTMIDGYVKN GEVNLARYVFDVMPERDVFSWNSMLSGYVGIGDMEAAKLLFQEMPLRDTVSWNCLLDGYS RSGNVVAAHALFDQMENRNVVSWTTLMALYVRLKDYTGCLGLFDIMMQGRDIQPNEAILM SVLTACAHLGRLDRGKWIHSYIRYSGRIKPDMLLSTALLTMYAKCGEMDLAKEVFAGMPE KSVVSWNSMIMGYGTHGYGEEALETFLEMEKSGVRPNGATFICVLSACTHSGMVLEGWWY FDVMTRVYRIEPKVEHYGCMIDLLGRAGLMRDSEDLIKNMPMDSGPALWGALLSACKTHS NLELGEIVAKRLIERDPEDIGSYVLLSNIYAAQERWDDVEQVRKIMVVKGIRKEAGSSLV QFANSDMSCYPENISVHKRIMMSSMLSEMEAQIKCQSETLKKKPLVDNLHIAVKSQSWQE RHLNKLSTLKISYFGFLFSIISQKILQFEIDAVQEDYGLKVKFKSNSNRVLCVYASACIP ESYVSPAFQFSGSTHVSSSSSTLNSILICRGPLGGEVVVHTAPRVLSSSLHTKFCVCILK RRCMRPCSMEKLANCLLSSDAAETSPPLIVAPKVPNPQLPAACNQTEEWAARERVKQSGH V*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc08g077320.2.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A0B2QIA0_GLYSO)
Sequence	ATGGCGGTTAGATTCAAACATATGAAGCAGTATGTCTCCCTTTCTTCAGAATACGTTAAC AAGTTCATCAAAACCCAAATTAACCTTTCAAAACCCACTCCAAAACTCTGGTCTGATCAT GATGATGTTCAATCTTTTGACCCATACAACAATGGTGTACATAGTACATTGACATTGAGC CACCCCATTTTGCGAATTTTAGATTCTTGCACCCCGAAATTGAGACAATTTAATCAAGTT CATGCGCAGCTCATTGTTTCAGGTATCTTTCAACACCCTTTAGCTGCAGGTAGAGTTATG ATGAAGCTCTGTTCTTCACAATCCACTTTTCCTCATGCTGTAAAGATTTTTGAGAATCTT GAATACCCTGATGCTTTTATTTGTAATACAGTTATGAAATGTTATGTGAATTTCGATGAC CCGGAAAAGGGTTTGGTGTTTTATTCTGATCAGATGGTTAAAAATGGGATCTTTCAGAAT CATTATACGTTTCCTATATTGGTTAAGGCTTGTGCTGATTTGGGTAGGGTGAGAGAAGGG GAAATGGTTCATGCCAATGTAGTGAAATGTGGGTTTGAGTTGGATTTATATACTAGGAAT GTTTTGATTCATATGTATTCAGTGTGTTGTCGTATTCATGATGCAAGGAAGGTGTTTGAT TTAAGTTCTGACTCAGATTTGGTGACTTGGAACACAATGATTGACGGGTACGTGAAAAAT GGAGAAGTGAATCTTGCGCGTTATGTTTTTGATGTAATGCCTGAAAGGGATGTTTTTAGC TGGAATTCCATGTTATCTGGATATGTGGGGATCGGAGATATGGAGGCTGCAAAGTTGCTG TTCCAGGAGATGCCTTTGAGGGATACTGTTTCTTGGAATTGTTTGCTTGATGGATATTCT AGGTCTGGAAATGTAGTAGCTGCCCATGCTCTGTTTGATCAGATGGAAAATCGGAATGTA GTTTCTTGGACTACTTTAATGGCTCTTTATGTGCGGTTGAAGGACTATACAGGATGTTTG GGATTGTTTGATATAATGATGCAAGGAAGAGATATTCAGCCAAATGAGGCTATCCTCATG AGTGTTTTGACTGCTTGTGCACATTTAGGGAGACTTGATCGAGGAAAGTGGATACATTCC TATATAAGGTACAGTGGGAGGATTAAGCCTGACATGTTGCTTTCGACTGCCCTATTGACA ATGTATGCTAAGTGCGGTGAGATGGATTTGGCGAAGGAGGTATTTGCTGGGATGCCAGAG AAAAGTGTTGTCTCGTGGAACTCTATGATCATGGGTTATGGAACCCACGGGTACGGCGAG GAAGCACTTGAAACATTCTTGGAGATGGAAAAAAGTGGAGTGAGGCCTAATGGTGCTACA TTCATTTGTGTTTTAAGTGCATGTACTCATTCAGGGATGGTATTAGAAGGATGGTGGTAT TTTGATGTGATGACTAGAGTTTATAGAATAGAGCCTAAGGTTGAGCACTACGGCTGCATG ATTGATCTTCTTGGGCGGGCTGGTTTGATGAGAGATTCTGAAGACCTCATCAAGAATATG CCTATGGACTCCGGACCTGCATTATGGGGAGCTTTGCTTTCAGCTTGCAAGACCCACTCA AATCTGGAACTTGGTGAGATCGTTGCCAAGAGATTAATTGAGAGGGATCCAGAGGATATT GGATCCTATGTGCTTTTATCCAACATATATGCTGCACAAGAGAGATGGGATGATGTGGAG CAGGTAAGAAAAATAATGGTTGTAAAAGGGATTAGAAAGGAAGCAGGATCTAGCCTAGTT CAATTTGCAAACTCAGACATGTCGTGTTATCCAGAAAATATTTCAGTTCACAAGAGAATT ATGATGTCTTCCATGTTGAGTGAGATGGAAGCTCAGATCAAATGTCAGAGTGAAACGTTG AAGAAAAAACCACTAGTGGACAACTTACATATTGCAGTGAAATCTCAAAGTTGGCAGGAA AGGCATCTGAATAAGCTGAGTACTCTTAAGATTTCCTACTTCGGTTTCCTTTTTTCCATA ATATCTCAGAAGATTCTTCAGTTTGAGATAGATGCTGTTCAGGAAGATTATGGCCTCAAA GTAAAATTCAAATCAAATAGCAACAGAGTCCTTTGTGTTTATGCATCCGCTTGTATTCCT GAGTCGTATGTGTCACCAGCTTTCCAGTTTTCAGGATCAACCCATGTCTCATCTTCATCA TCAACACTCAATAGCATTCTGATTTGCAGAGGTCCCCTTGGAGGTGAAGTAGTAGTCCAC ACTGCTCCACGTGTCCTATCCAGCAGCTTACATACAAAATTTTGTGTCTGCATATTGAAA AGAAGGTGCATGAGACCCTGTTCAATGGAGAAATTGGCAAATTGCTTATTGAGTTCTGAT GCTGCTGAGACATCTCCACCATTGATTGTTGCTCCAAAAGTACCAAATCCACAACTCCCA GCTGCATGCAACCAAACAGAAGAGTGGGCTGCACGAGAACGAGTGAAACAATCCGGGCAT GTTTGAGAGTTCCCCAGAGTTTGCATGAAGATAAAAGATGCTACAAAGACAGAGACAACT TGAA