Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc08g013850.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JW03_CYNCS)
Sequence	ATGGCTTCACTGCCCATCAACCCAACCTTCAATCCTTACACCCCTGGCCCTGGCACCTCT AAACCCAGTTCATTTCAGAAATCCCCACAGACCCATTTAGATGGCACAAACGAGAAATTT CTCAATAAATCTCACTACTTCAAGCTCCTTGGGTCTCTGTGCAAAGAGAGTAAACTTCAA GAAGCTGTGGACTTTCTTAAGGAAATGGAGTATGGGAATTTATATGTTGGACCTGAGTTC TATGGTGAACTCCTCCAAGGCTGTGTCTATGAGAGAAACCAGAAATTGGGTAAGCAAATT CATGCCAAGATTCTAAAAAGGGGTGATTTTTTTGCCAAGAATGAGTACATTGAGACAAAG CTTGTGATTTTTTATGCAAAATGTGATGTTTTTGATGTTTCCAATCATTTGTTTTGCAGA CTGAGAAAACAGAATGTGTTTTCTTGGGCTGCAATTATTGGACTGCATTGTAGGATGAAT TTGTCTAAAGAGGCGTTGTTGAAATACATTGAGATGCTTGAAAATGGGATTCTTGGTGAC AATTTTGTCCTCCCAAATGTATTGAAAGCTTGTGGTGCTTTGAATGTTGTTGAATTTGGG AAATGTGTACATGGGCATGTCCTGAAATTGAGTTATGAAGATTGTGTATTTGTGGCTAGT AGTCTTATTGATATGTATGGGAAATGTGGGGTTTTGGATGATGCACGGAAGGTGTTTGAT TGTATGTGTGAAAGAAATGTAGTTGCATGGAATTCGCTTATCGTGAGTTATATGCAAAAT GGATTCAATGAGGAAGCTATTGGAGTCTTCTATGATATGAGAACTGAAGAAATTGAACCA ACTCATGTAACTCTGTCGAGTTTTCTTTCAGCTTCAGCCAATTTATGTGCTCTACAAGAA GGTAAGCAAGGCCATGCTATATCTATAGTAAGTGGTTTAGATTTGAATAACATATTGGGA AGCTCACTTATAAACTTTTATGCTAAAGTTGGTTTGGTTAATGATGCTGAACTAATATTT GATAGGCTGTTTGAGAAAGATGTAGTAACGTGGAACTTGCTAATGTCTTGTTATGTACAA TCTGGTAAAATTGACAAAGCTCTCAACTTGTCCCGTTGGATGAGACTAAAGGGTTTTAGA TTTGACTCCGTGACACTATCAACAATATTATCTGCCTCAGCAGAATTAAGAGATTTGAAA CTTGGCAGAGAAGGGCATTGTTTTTGTATCAGAAACAATTTTGAGAATGACATAGTTGTA GCAAGTGGTATTATAAATATGTACTCCAAATGTGATAAAATCCCAGATGCAAGACGGGTT TTTGACTACACATTGGAGAAAGATCTAGTCTTGTGGAATACATTATTGGCTGCTTATGCA GAAGTGGGTTTAAGTGGTGAGTCATTAAGATTATTTTACCAAATGCAGCTTTATGGTTTA CAACAAAATACCATATCTTGGAATTCTGTAATTCTTGGATTCTTAAGAAATGGACAGATA AATGAGGCCATAGACATGTTTACACAAATGAAAACTGTTGGTTTAGACCCTAACACGGTT ACTTATACTACTCTTGTCAGTGGTCTATCACAAAATGGTCACAACAGTGAGGCACTTGCA TATTTTAAACAACTGCTTCAAGCAGGGTATCGACCAAATAATGCAAGTATTGTTGCTGCC CTCTCAGCTTCTACAAATATGGCGTCACTGCACGACGGAAGAGCCATTCATGGATACATT TTAAGGCAAAAGATTCCATTATCTCTTCCAGTAGCAACTTCATTAGTTGATATGTATACT AAATGTGGAAGTGTAAATTGTGCAAAATGCATTTTCGATTTGATTCCAGAAAAGGAGTTG GCCTTGTATAATGCTATGATATCTGGTTATGCTTTACATGGCCGTGCTATTGAAGCACTT GCATTGTTCAAACGTCTCTGCAAGGAAGGCGTGGAACCAGACAACATAACCTTCACCAGT GTGCTATCCTCTTGTTGTCATGCTGGACTGGTAAAAGAAGGCTTAGACGTTTTTTATGAC ATGCTCTCTCTGTATCATATGGAGCCGAGAGTGGAACATTATGGTTGTATGATCTCTCTT CTCTCTAGGTGTGGTGATCTCGATGAAGCTATGCAGCTCATTCAAAGTATGCCTTTCAAA CCTGATGCAAATGTTTTTGAATCACTGCTCGTTGCTTGTAGAGAACTCAGAGAGACAGAA CTCGAGGAGCATATCGCTAATTGTTTAATTAAGATGGAACCGGACAATTCAGGACACTAT GTGTCACTTTCAAATGCATATGCAACAACTGGAAGATGGGATGAAGTCTCAAAACTGAGG GATTTGATGAAGAAAAAGGGTCTTAGGAAGAGACCTGGATGTAGTTGGATTCAGGTTGGA ACAGAATTTCATATGTTTGTTTCAGGAGACAAGTGGCATCCACACACAGAGGAAATAAGT ACAATATTGGCTTTGCTGGATATGGAAATGCAGCTTCCTAGATTCTTTTTCAACAATTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc08g013850.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JW03_CYNCS)
Sequence	MASLPINPTFNPYTPGPGTSKPSSFQKSPQTHLDGTNEKFLNKSHYFKLLGSLCKESKLQ EAVDFLKEMEYGNLYVGPEFYGELLQGCVYERNQKLGKQIHAKILKRGDFFAKNEYIETK LVIFYAKCDVFDVSNHLFCRLRKQNVFSWAAIIGLHCRMNLSKEALLKYIEMLENGILGD NFVLPNVLKACGALNVVEFGKCVHGHVLKLSYEDCVFVASSLIDMYGKCGVLDDARKVFD CMCERNVVAWNSLIVSYMQNGFNEEAIGVFYDMRTEEIEPTHVTLSSFLSASANLCALQE GKQGHAISIVSGLDLNNILGSSLINFYAKVGLVNDAELIFDRLFEKDVVTWNLLMSCYVQ SGKIDKALNLSRWMRLKGFRFDSVTLSTILSASAELRDLKLGREGHCFCIRNNFENDIVV ASGIINMYSKCDKIPDARRVFDYTLEKDLVLWNTLLAAYAEVGLSGESLRLFYQMQLYGL QQNTISWNSVILGFLRNGQINEAIDMFTQMKTVGLDPNTVTYTTLVSGLSQNGHNSEALA YFKQLLQAGYRPNNASIVAALSASTNMASLHDGRAIHGYILRQKIPLSLPVATSLVDMYT KCGSVNCAKCIFDLIPEKELALYNAMISGYALHGRAIEALALFKRLCKEGVEPDNITFTS VLSSCCHAGLVKEGLDVFYDMLSLYHMEPRVEHYGCMISLLSRCGDLDEAMQLIQSMPFK PDANVFESLLVACRELRETELEEHIANCLIKMEPDNSGHYVSLSNAYATTGRWDEVSKLR DLMKKKGLRKRPGCSWIQVGTEFHMFVSGDKWHPHTEEISTILALLDMEMQLPRFFFNN*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc08g013850.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JW03_CYNCS)
Sequence	ATGGCTTCACTGCCCATCAACCCAACCTTCAATCCTTACACCCCTGGCCCTGGCACCTCT AAACCCAGTTCATTTCAGAAATCCCCACAGACCCATTTAGATGGCACAAACGAGAAATTT CTCAATAAATCTCACTACTTCAAGCTCCTTGGGTCTCTGTGCAAAGAGAGTAAACTTCAA GAAGCTGTGGACTTTCTTAAGGAAATGGAGTATGGGAATTTATATGTTGGACCTGAGTTC TATGGTGAACTCCTCCAAGGCTGTGTCTATGAGAGAAACCAGAAATTGGGTAAGCAAATT CATGCCAAGATTCTAAAAAGGGGTGATTTTTTTGCCAAGAATGAGTACATTGAGACAAAG CTTGTGATTTTTTATGCAAAATGTGATGTTTTTGATGTTTCCAATCATTTGTTTTGCAGA CTGAGAAAACAGAATGTGTTTTCTTGGGCTGCAATTATTGGACTGCATTGTAGGATGAAT TTGTCTAAAGAGGCGTTGTTGAAATACATTGAGATGCTTGAAAATGGGATTCTTGGTGAC AATTTTGTCCTCCCAAATGTATTGAAAGCTTGTGGTGCTTTGAATGTTGTTGAATTTGGG AAATGTGTACATGGGCATGTCCTGAAATTGAGTTATGAAGATTGTGTATTTGTGGCTAGT AGTCTTATTGATATGTATGGGAAATGTGGGGTTTTGGATGATGCACGGAAGGTGTTTGAT TGTATGTGTGAAAGAAATGTAGTTGCATGGAATTCGCTTATCGTGAGTTATATGCAAAAT GGATTCAATGAGGAAGCTATTGGAGTCTTCTATGATATGAGAACTGAAGAAATTGAACCA ACTCATGTAACTCTGTCGAGTTTTCTTTCAGCTTCAGCCAATTTATGTGCTCTACAAGAA GGTAAGCAAGGCCATGCTATATCTATAGTAAGTGGTTTAGATTTGAATAACATATTGGGA AGCTCACTTATAAACTTTTATGCTAAAGTTGGTTTGGTTAATGATGCTGAACTAATATTT GATAGGCTGTTTGAGAAAGATGTAGTAACGTGGAACTTGCTAATGTCTTGTTATGTACAA TCTGGTAAAATTGACAAAGCTCTCAACTTGTCCCGTTGGATGAGACTAAAGGGTTTTAGA TTTGACTCCGTGACACTATCAACAATATTATCTGCCTCAGCAGAATTAAGAGATTTGAAA CTTGGCAGAGAAGGGCATTGTTTTTGTATCAGAAACAATTTTGAGAATGACATAGTTGTA GCAAGTGGTATTATAAATATGTACTCCAAATGTGATAAAATCCCAGATGCAAGACGGGTT TTTGACTACACATTGGAGAAAGATCTAGTCTTGTGGAATACATTATTGGCTGCTTATGCA GAAGTGGGTTTAAGTGGTGAGTCATTAAGATTATTTTACCAAATGCAGCTTTATGGTTTA CAACAAAATACCATATCTTGGAATTCTGTAATTCTTGGATTCTTAAGAAATGGACAGATA AATGAGGCCATAGACATGTTTACACAAATGAAAACTGTTGGTTTAGACCCTAACACGGTT ACTTATACTACTCTTGTCAGTGGTCTATCACAAAATGGTCACAACAGTGAGGCACTTGCA TATTTTAAACAACTGCTTCAAGCAGGGTATCGACCAAATAATGCAAGTATTGTTGCTGCC CTCTCAGCTTCTACAAATATGGCGTCACTGCACGACGGAAGAGCCATTCATGGATACATT TTAAGGCAAAAGATTCCATTATCTCTTCCAGTAGCAACTTCATTAGTTGATATGTATACT AAATGTGGAAGTGTAAATTGTGCAAAATGCATTTTCGATTTGATTCCAGAAAAGGAGTTG GCCTTGTATAATGCTATGATATCTGGTTATGCTTTACATGGCCGTGCTATTGAAGCACTT GCATTGTTCAAACGTCTCTGCAAGGAAGGCGTGGAACCAGACAACATAACCTTCACCAGT GTGCTATCCTCTTGTTGTCATGCTGGACTGGTAAAAGAAGGCTTAGACGTTTTTTATGAC ATGCTCTCTCTGTATCATATGGAGCCGAGAGTGGAACATTATGGTTGTATGATCTCTCTT CTCTCTAGGTGTGGTGATCTCGATGAAGCTATGCAGCTCATTCAAAGTATGCCTTTCAAA CCTGATGCAAATGTTTTTGAATCACTGCTCGTTGCTTGTAGAGAACTCAGAGAGACAGAA CTCGAGGAGCATATCGCTAATTGTTTAATTAAGATGGAACCGGACAATTCAGGACACTAT GTGTCACTTTCAAATGCATATGCAACAACTGGAAGATGGGATGAAGTCTCAAAACTGAGG GATTTGATGAAGAAAAAGGGTCTTAGGAAGAGACCTGGATGTAGTTGGATTCAGGTTGGA ACAGAATTTCATATGTTTGTTTCAGGAGACAAGTGGCATCCACACACAGAGGAAATAAGT ACAATATTGGCTTTGCTGGATATGGAAATGCAGCTTCCTAGATTCTTTTTCAACAATTGA