Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc07g054480.2.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JXH0_CYNCS)
Sequence	ATGGTGCTTCAAACTTCAACTTCCATGGTGATTGGAACATCTTATGAAACTCCACTTCAT TCTCAACCTATTTCTTCACCTCAAAACCTTAATTCTCATTTCAATTTTAGGGTTTTTCTA GGGTTTAACTTGCACAGTTTTACCCAAAAACATATCTGTAAATCTCAACCTTCATCCAAA ACTGACCACCCATTACACATAAACATCAAGGTTCTGCAACCCCACAAGCTAAAACTTAAA GGAGATGATAAAGATAGGGTTCTTATAGGGTTTAAGCTACAGTGTCATTCAAAGGCTGAA GCTTTACCTTCAAGAACGGTTATTAATGGTAAAAAGAAGGGATATGGAGGTATTTTGCCT TCAATTTTGCGTTCTTTACGCACAGAAAGTGATGTTGAGAAAACCCTTAATTTGTATTAT GGTAAGCTTAGTCCTAAAGAGCAAACTGTGATTCTTAAAGAGCAGAGTAATTGGGAAAAA GCTCTTCGGGTATTCGAGTGGATGAAATCGCAGAAAGATTATGTTCCGAATGTAATTCAC TATAATGTTATACTTAGGGCACTAGGTAGAGCTAAGAAATGGGATGAGTTGAGACTTTGT TGGATTGAAATGGCAAAGAATGGTGTTTTTCCAACGAATAATACTTATGGAATGCTTGTT GATGTGTATGGGAAAGCAGGGTTGGTGAAGGAGGCTCTTTTATGGATTAAACATATGAAG TTGAGGGGAATTTTCCCGGATGAGGTTACGATGAATACAGTTGTTAAAGTTTTAAAGGAT GCAGGGGAATATGATAGAGCAGATAGGTTTTATAAGGATTGGTGTACTGGGAAGATTGAA TTGGATGATTTTGATTTGGATTCTATAGATAACTCTGAACCTTTTAGTTTGAAGCAGTTT TTGTTGACTGAGCTTTTCAGGACCGGAGGGAGGAACCCGTCTAGAGTTTTAGAAATGGAG AAAACTTGTAGGAAACCTCAAATGACTGCCACCTACAATACTCTGATTGATTTGTATGGA AAGGCTGGTCGCTTGAAGGACGCTGCGAATGTGTTTAATGAGATGTTGAAATCCGGTGTG GCTTTGGACGCTGTAACATTCAACACTATGATCTTTATTTGTGGAAGTCATGGCTACTTG GAAGAGGCGGAAGCATTGCTGAATAAGATGGAGGAAAGAGGAATATCTCCTGATACTAAA ACATACAACATCTTCCTATCTCTTTATGCTAATGCAGCTAAGATTGATAGGGCTCTTCAG TGGTATAGAAAGATAAGGAGGACGGGACTTTTCCCTGATGCTGTGACTTGTAGGGCTATT ATTCGAACACTATGCAAGCAAAATATGGTCCAGGAGGTTGAAAATGTGATTAGTGAAATT GAAAGTTTAGGTATGTATATAGACGAACACTCTCTTCCTGTTATTATGAGAATGTATATC AATGAAGGGTTGATCGATCGTGCAAAGACAATTTATGAGAAGTGTCAACTGAATGGTGGG TTCTCATCGCCAGCTTATGCTGCCATCATCGATGCGTATGCTAATAAGGGACTCTGGGAA GAAGCCGAGGATGTGTTCTTTGGTAGAAGAGACAAGGTTATTCAGAAGAAAGCAATTGCA GAATATAATGTCATGATCAAGGCATATGGAATCGCAAAGCTATATGATAAAGCTTTCTCA CTCTTCAAGGGAATGAAAAGCCAAGGGACTTGGCCAGATGAGTGCACTTATAACTCTCTA ATCCAAATGTTCTGTGGGGGTGATTTAGTTGACCAAGCCAAAGAGCTCTTAGCCGAAATG CAAGGATTGAGATTTAAACCTTCATGTTCTACCTTCTCTGCACTAATTGCTAGTTATGTG CGCATGAGTAGGCTTTCTGATGCTGTTGATGTCTTTGATGAAATGTCCAAAGCAGGTGTA AAACCGAATGAGGTTGTTTATGGTACTTTGATTGATGGATTTGCTGAAGCTGGTAAATTT GAAGAAGCTATGCATTATTTCCGTTTCATGAATGACTCTGGGATTCAAGCTAATCAGATA ATCTTGACTTCAATGATTAAGGCTTATAGTAAGCTTGGATCAGTAGAGGGAGCGAAAAAA CTGTATGAGCAGATGAAAAACCTGCATGGAGGTCCTGATATCATTGCATCTAATTGTATG CTCAATCTGTATGCAGACTTTGGAATGGTCTCGGAAGCAAAAATGTTATTTAATCATTTG AGGGAGAAAGGTCAGGCTGATGGTGTTACGTTTGCAACCTTGATTTATGCATACAAGAAT ATGGGTATGCTTGATGAAGCCATTGAGATAGCAGAGGAGATGAAGCAGTCTGGACTTTTA AGAGATTGTATGACATTCAATAAGGTAATGGCATGTTATGCCACGAATGGGCAGCTTGTT GAATGTGGGGAATTGCTGCATGAAATGATTAACCGGAAACTTCTGCCAGATGGGGGCACA TTTAAGGTTTTATTCACAATATTGAAAAAGGGAGGTTTTTCGGTAGAGGCAGTTAGACAG CTCGAGTTGTCTTACCGAGAAGGTAAACCTTATGCCAGACAGGCAGTGATAAGTGCTGTT TACTCTGCAGTAGGCTTGCACACATTTGCAATTGAATCCTGCAGCGTTATCACACAACCA GGATTGGGACTCCATCTCTTTGCTTACAATGTTGCAATATATGTGTATGGAGCTTCATCC CAAATTGATGAGGCACTAAAAATATTTATGCGAATTCAAGATGAAGGACTGGAACCAGAT ATTGTCACATTTATTAATCTTGTAGGTTGCTACGGGAAAGCTGGCATGGTTGAAGGTATA AAGCGGATATATGGCCAGTTAAAATATGGACATATCGAGCCGAATGAGTCATTATACAAC GCAATTATAGATGCCTATAGTGATGCAGGCAGATTTGACCTTGCTGATTTGGTTAGTCAG GAAATGGAACTCGATTTAGATGTGAAGAAGCTTACAGAATCTGAATCTGAAGGTGTTGTG GATGAAGTTTCTGAAGGTGGTGGCCTTGCTTGTTATATAATTCGAGTTGAGCCTTTTGGG TTGAGTCAGAAGAATTGGAAGAATGAGCATGACCATGACCATGTTTGGTGTGAAGGTGGA AGAAGGAAAAGAAGGCAAAAATGGACAACCATCTATTTGTCTTGTTTATCGACATCCAAT ATCTAA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc07g054480.2.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JXH0_CYNCS)
Sequence	MVLQTSTSMVIGTSYETPLHSQPISSPQNLNSHFNFRVFLGFNLHSFTQKHICKSQPSSK TDHPLHINIKVLQPHKLKLKGDDKDRVLIGFKLQCHSKAEALPSRTVINGKKKGYGGILP SILRSLRTESDVEKTLNLYYGKLSPKEQTVILKEQSNWEKALRVFEWMKSQKDYVPNVIH YNVILRALGRAKKWDELRLCWIEMAKNGVFPTNNTYGMLVDVYGKAGLVKEALLWIKHMK LRGIFPDEVTMNTVVKVLKDAGEYDRADRFYKDWCTGKIELDDFDLDSIDNSEPFSLKQF LLTELFRTGGRNPSRVLEMEKTCRKPQMTATYNTLIDLYGKAGRLKDAANVFNEMLKSGV ALDAVTFNTMIFICGSHGYLEEAEALLNKMEERGISPDTKTYNIFLSLYANAAKIDRALQ WYRKIRRTGLFPDAVTCRAIIRTLCKQNMVQEVENVISEIESLGMYIDEHSLPVIMRMYI NEGLIDRAKTIYEKCQLNGGFSSPAYAAIIDAYANKGLWEEAEDVFFGRRDKVIQKKAIA EYNVMIKAYGIAKLYDKAFSLFKGMKSQGTWPDECTYNSLIQMFCGGDLVDQAKELLAEM QGLRFKPSCSTFSALIASYVRMSRLSDAVDVFDEMSKAGVKPNEVVYGTLIDGFAEAGKF EEAMHYFRFMNDSGIQANQIILTSMIKAYSKLGSVEGAKKLYEQMKNLHGGPDIIASNCM LNLYADFGMVSEAKMLFNHLREKGQADGVTFATLIYAYKNMGMLDEAIEIAEEMKQSGLL RDCMTFNKVMACYATNGQLVECGELLHEMINRKLLPDGGTFKVLFTILKKGGFSVEAVRQ LELSYREGKPYARQAVISAVYSAVGLHTFAIESCSVITQPGLGLHLFAYNVAIYVYGASS QIDEALKIFMRIQDEGLEPDIVTFINLVGCYGKAGMVEGIKRIYGQLKYGHIEPNESLYN AIIDAYSDAGRFDLADLVSQEMELDLDVKKLTESESEGVVDEVSEGGGLACYIIRVEPFG LSQKNWKNEHDHDHVWCEGGRRKRRQKWTTIYLSCLSTSNI*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc07g054480.2.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A118JXH0_CYNCS)
Sequence	TTTGCTTATTTTCTTGTTTTCATCTGTAAAGAAGCAAAAAAAATGGTGCTTCAAACTTCA ACTTCCATGGTGATTGGAACATCTTATGAAACTCCACTTCATTCTCAACCTATTTCTTCA CCTCAAAACCTTAATTCTCATTTCAATTTTAGGGTTTTTCTAGGGTTTAACTTGCACAGT TTTACCCAAAAACATATCTGTAAATCTCAACCTTCATCCAAAACTGACCACCCATTACAC ATAAACATCAAGGTTCTGCAACCCCACAAGCTAAAACTTAAAGGAGATGATAAAGATAGG GTTCTTATAGGGTTTAAGCTACAGTGTCATTCAAAGGCTGAAGCTTTACCTTCAAGAACG GTTATTAATGGTAAAAAGAAGGGATATGGAGGTATTTTGCCTTCAATTTTGCGTTCTTTA CGCACAGAAAGTGATGTTGAGAAAACCCTTAATTTGTATTATGGTAAGCTTAGTCCTAAA GAGCAAACTGTGATTCTTAAAGAGCAGAGTAATTGGGAAAAAGCTCTTCGGGTATTCGAG TGGATGAAATCGCAGAAAGATTATGTTCCGAATGTAATTCACTATAATGTTATACTTAGG GCACTAGGTAGAGCTAAGAAATGGGATGAGTTGAGACTTTGTTGGATTGAAATGGCAAAG AATGGTGTTTTTCCAACGAATAATACTTATGGAATGCTTGTTGATGTGTATGGGAAAGCA GGGTTGGTGAAGGAGGCTCTTTTATGGATTAAACATATGAAGTTGAGGGGAATTTTCCCG GATGAGGTTACGATGAATACAGTTGTTAAAGTTTTAAAGGATGCAGGGGAATATGATAGA GCAGATAGGTTTTATAAGGATTGGTGTACTGGGAAGATTGAATTGGATGATTTTGATTTG GATTCTATAGATAACTCTGAACCTTTTAGTTTGAAGCAGTTTTTGTTGACTGAGCTTTTC AGGACCGGAGGGAGGAACCCGTCTAGAGTTTTAGAAATGGAGAAAACTTGTAGGAAACCT CAAATGACTGCCACCTACAATACTCTGATTGATTTGTATGGAAAGGCTGGTCGCTTGAAG GACGCTGCGAATGTGTTTAATGAGATGTTGAAATCCGGTGTGGCTTTGGACGCTGTAACA TTCAACACTATGATCTTTATTTGTGGAAGTCATGGCTACTTGGAAGAGGCGGAAGCATTG CTGAATAAGATGGAGGAAAGAGGAATATCTCCTGATACTAAAACATACAACATCTTCCTA TCTCTTTATGCTAATGCAGCTAAGATTGATAGGGCTCTTCAGTGGTATAGAAAGATAAGG AGGACGGGACTTTTCCCTGATGCTGTGACTTGTAGGGCTATTATTCGAACACTATGCAAG CAAAATATGGTCCAGGAGGTTGAAAATGTGATTAGTGAAATTGAAAGTTTAGGTATGTAT ATAGACGAACACTCTCTTCCTGTTATTATGAGAATGTATATCAATGAAGGGTTGATCGAT CGTGCAAAGACAATTTATGAGAAGTGTCAACTGAATGGTGGGTTCTCATCGCCAGCTTAT GCTGCCATCATCGATGCGTATGCTAATAAGGGACTCTGGGAAGAAGCCGAGGATGTGTTC TTTGGTAGAAGAGACAAGGTTATTCAGAAGAAAGCAATTGCAGAATATAATGTCATGATC AAGGCATATGGAATCGCAAAGCTATATGATAAAGCTTTCTCACTCTTCAAGGGAATGAAA AGCCAAGGGACTTGGCCAGATGAGTGCACTTATAACTCTCTAATCCAAATGTTCTGTGGG GGTGATTTAGTTGACCAAGCCAAAGAGCTCTTAGCCGAAATGCAAGGATTGAGATTTAAA CCTTCATGTTCTACCTTCTCTGCACTAATTGCTAGTTATGTGCGCATGAGTAGGCTTTCT GATGCTGTTGATGTCTTTGATGAAATGTCCAAAGCAGGTGTAAAACCGAATGAGGTTGTT TATGGTACTTTGATTGATGGATTTGCTGAAGCTGGTAAATTTGAAGAAGCTATGCATTAT TTCCGTTTCATGAATGACTCTGGGATTCAAGCTAATCAGATAATCTTGACTTCAATGATT AAGGCTTATAGTAAGCTTGGATCAGTAGAGGGAGCGAAAAAACTGTATGAGCAGATGAAA AACCTGCATGGAGGTCCTGATATCATTGCATCTAATTGTATGCTCAATCTGTATGCAGAC TTTGGAATGGTCTCGGAAGCAAAAATGTTATTTAATCATTTGAGGGAGAAAGGTCAGGCT GATGGTGTTACGTTTGCAACCTTGATTTATGCATACAAGAATATGGGTATGCTTGATGAA GCCATTGAGATAGCAGAGGAGATGAAGCAGTCTGGACTTTTAAGAGATTGTATGACATTC AATAAGGTAATGGCATGTTATGCCACGAATGGGCAGCTTGTTGAATGTGGGGAATTGCTG CATGAAATGATTAACCGGAAACTTCTGCCAGATGGGGGCACATTTAAGGTTTTATTCACA ATATTGAAAAAGGGAGGTTTTTCGGTAGAGGCAGTTAGACAGCTCGAGTTGTCTTACCGA GAAGGTAAACCTTATGCCAGACAGGCAGTGATAAGTGCTGTTTACTCTGCAGTAGGCTTG CACACATTTGCAATTGAATCCTGCAGCGTTATCACACAACCAGGATTGGGACTCCATCTC TTTGCTTACAATGTTGCAATATATGTGTATGGAGCTTCATCCCAAATTGATGAGGCACTA AAAATATTTATGCGAATTCAAGATGAAGGACTGGAACCAGATATTGTCACATTTATTAAT CTTGTAGGTTGCTACGGGAAAGCTGGCATGGTTGAAGGTATAAAGCGGATATATGGCCAG TTAAAATATGGACATATCGAGCCGAATGAGTCATTATACAACGCAATTATAGATGCCTAT AGTGATGCAGGCAGATTTGACCTTGCTGATTTGGTTAGTCAGGAAATGGAACTCGATTTA GATGTGAAGAAGCTTACAGAATCTGAATCTGAAGGTGTTGTGGATGAAGTTTCTGAAGGT GGTGGCCTTGCTTGTTATATAATTCGAGTTGAGCCTTTTGGGTTGAGTCAGAAGAATTGG AAGAATGAGCATGACCATGACCATGTTTGGTGTGAAGGTGGAAGAAGGAAAAGAAGGCAA AAATGGACAACCATCTATTTGTCTTGTTTATCGACATCCAATATCTAAAATTGGTTTACT CCAGCTTATCCTGATTTGTGTACAGCTTGGCGACTCCTTAGTGGAGTCCTTATAACTGGA AAACACCTACGAAGAAGCTTATGAAGTGACTTTGCAGACTGGTTCTGCATTAGGGGCTCA CGGTATTAAACACGATGCTCAAATTGGAATTTATGGAGCCAGTTTTCCTTAATGGATAGT AGCGACAGAGTTTCACATTGGTTTCTGCACTGTTGCTGCTGCGGCACCTCCAATTTTCTT CAAGGGGAAATTCTTGACGTAAGTTGATTTATTATTTGTTAGAATGAGCAATGGTTGTTG GTACAAGACATTTCTTGTATTCGCAACCAATTGCATCCCCTTCCTTGTTTAACACTGGTA TCTTTTAGGCTAACATTCTTTGGTTGGTGTACGCTTTTACATATGAGTTCATATTCAGTA TGTTTGGCCAAACTTTAGTTATTACAAATGGTTATCGAAAAAAATATATATTTTTCTTAA GAGTGTTAAGTTTATGTTTGACTAATCAATTCGAAAAATATTTGTTGTATTGTATTT