Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc06g084580.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein family (AHRD V3.3 *** A0A151SD09_CAJCA)
Sequence	ATGCATGCCAGGATCAACACTGCCTACTTGGTGAATCTCTTACAAACCTCCATTGACACC AAAGCTTACAGTGCAGGCAAACTTCTTCATGCCCATATACTACGAATTGGCCTTTCTGCT GATACATTCCTCCTAAACCGTCTCATAGAATTGTATTCCAAATCTGGCCATATTCACACC GCACGACACCTGTTCGATCAAATGCTTGAACCAAATGTATATTCTTGGCACTCCCTCTTG ACTGCTTATTGTAAGCAAGGTCAGCTTGACAATGCCCATGAGCTATTTTCGAATATGCCT GAAAGAAACACTGTATCATGGAACACTCTCATCAGTGCATTTGCTCGAAACCATCATGAA ACAAAGGCCTTGAAGGTTTATTCTCAAATGAACGCACATGGTTTCTCGCCGACCCATATC ACATTCGCCAGCGTTTTAAGCGCCTGTGGCGGGTTAGCTGAATTGGAGTACGGCAGGGTG TCTCATGCTTCTGCTGTCAAGTATGGGCTTCACAAGAATGTGTATGTTGGGAATGCTTTG TTGAGCTTGTATGTAAAATGTAGCTGCCCTAGGGATGCATTGATAGCCTTTAGGGAGTTG GATGAGCCTAATGAGGTTTCCTTCACGGCAATGATGTGTGGATTGGTAGACAATCACCAA GTGGAAGAGGCATTTGAAATGTTTAGGTTAATCCAGAGGAGTGGAATTAGGATTGACTCT GTTACATTGTCTAGTGTACTGAGAGGTTGTGCTAAACGCAGGGGTTTGAATTTTGGTTGG AATGGTGAGACTGATAGTGATCTACCTAATACGCATGGGAAGCAAGTCCATTGTTTCACC ATTAAACTTGGATTTCAAGGAGACCTTCACGTGTGTAACTCCTTGCTTGACATGTATGCA AAAAATGGTGACATGGAAAGTGCTGTAGTATTGTTTGGAAACCTTTCTGAAACTAGTACT GTTTCTTGGAATGTTATGATAAGTGGGTTTGGACAGAATCATGATAAAGAAAGAGCGAAG GAGTACATGGAAAGGATGCGGGGTATGGGTGTTGAACCAGATGATGTTACTTACATAAAT ATGCTCGCGGCTTATGTTAAATCAGGGGATGTTGAAAATGGCCGCTTGATATTTGAGAGC ATGGCTTGCCCTAGCTTGATTTCATGGAATGCTATTCTTTCAGGCTATTCACAGAATGAG GAGCATCTCAAGGCACTAAAGCTTTTCAGAGAAATGCAATTTCAAAATCTGCGACCTGAT CGGACCACTTTGGCTATCATACTTAGTTCATGTTCTGAGATTGGGTTTCTAGAAAGTGGG GTGCAGGTCCATGCTACTTCATTGAAGTGTGTGTTTCCTGGAGACATATATATAGCTAGT GGTCTTATTGGTATGTACCTAAAATGTGGTAGAGTAGAAGCGGCTGTACGTATTTTTGAT GGGCTCACTCAAGCAGATATAGTGTGTTGGAATTCTCTAATTACTGGTTTATCCTATAAT TCATTGGATAAAGAAGCTTTTACTTTCTTTAAGCGAATGCTACAGATGGGGATGTTACCT AATGAGTTCTCATTTGCTACTACACTGAGTTGCTGTACAAAGCTATCCTCATTATCGCAA GGGAGACAACTTCATGGGCTGATAATTAAAGATGGGTATGGTAATGATGTTGTAGTCGGA AGTACTCTGATTGACATGTATTCCAAATGTGGCGATGTAGATGAGGCCAGGGTACATTTT GACATGATGCCCTATAAGAATATAATTACATGGAACGAAATGATACATGGCTATGCACAA AATGGTTGTGGAGATGAAGCTATTTTCTTGTATGAAGACATGATCTGTTCAGGAGGAATT CCTGATGTTATAACTTTTATTGCCGCTCTAACTGCTTGTAGTCACTCTGGGCTTGTCAAT CTGGGGCTTAAGATATTCAATTCAATGCAGCAACAATATGGGTTGATGCCACTTGCTGAT CATTACACTTGCATGATTGATTGTTTGGGTCGCGCTGCCCGGTTCAGTGAAATACAAGAA CTCATTGATAAGATGTCATGCAAAGATGACTCTGTTGTCTGGGAGGTTTTGCTTAGTTCT TGTAGGCTCCACGGAAATGTAACTTTAGCAAGGCGGGCAGCAGAGGAGCTAATCCGTCTT AATCCTCAGAATTCCGCCCCTTATGTACTTCTAGCAAATATGTATACATCGTTAGGGAGA TGGGATGATACAGAGGAAATTAGAGCTGCTATGTTGGAAAGGCAGGTAACTAAGGATCCT GGCTTTAGCTGGGGGTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc06g084580.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein family (AHRD V3.3 *** A0A151SD09_CAJCA)
Sequence	MHARINTAYLVNLLQTSIDTKAYSAGKLLHAHILRIGLSADTFLLNRLIELYSKSGHIHT ARHLFDQMLEPNVYSWHSLLTAYCKQGQLDNAHELFSNMPERNTVSWNTLISAFARNHHE TKALKVYSQMNAHGFSPTHITFASVLSACGGLAELEYGRVSHASAVKYGLHKNVYVGNAL LSLYVKCSCPRDALIAFRELDEPNEVSFTAMMCGLVDNHQVEEAFEMFRLIQRSGIRIDS VTLSSVLRGCAKRRGLNFGWNGETDSDLPNTHGKQVHCFTIKLGFQGDLHVCNSLLDMYA KNGDMESAVVLFGNLSETSTVSWNVMISGFGQNHDKERAKEYMERMRGMGVEPDDVTYIN MLAAYVKSGDVENGRLIFESMACPSLISWNAILSGYSQNEEHLKALKLFREMQFQNLRPD RTTLAIILSSCSEIGFLESGVQVHATSLKCVFPGDIYIASGLIGMYLKCGRVEAAVRIFD GLTQADIVCWNSLITGLSYNSLDKEAFTFFKRMLQMGMLPNEFSFATTLSCCTKLSSLSQ GRQLHGLIIKDGYGNDVVVGSTLIDMYSKCGDVDEARVHFDMMPYKNIITWNEMIHGYAQ NGCGDEAIFLYEDMICSGGIPDVITFIAALTACSHSGLVNLGLKIFNSMQQQYGLMPLAD HYTCMIDCLGRAARFSEIQELIDKMSCKDDSVVWEVLLSSCRLHGNVTLARRAAEELIRL NPQNSAPYVLLANMYTSLGRWDDTEEIRAAMLERQVTKDPGFSWG*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc06g084580.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein family (AHRD V3.3 *** A0A151SD09_CAJCA)
Sequence	ATGCATGCCAGGATCAACACTGCCTACTTGGTGAATCTCTTACAAACCTCCATTGACACC AAAGCTTACAGTGCAGGCAAACTTCTTCATGCCCATATACTACGAATTGGCCTTTCTGCT GATACATTCCTCCTAAACCGTCTCATAGAATTGTATTCCAAATCTGGCCATATTCACACC GCACGACACCTGTTCGATCAAATGCTTGAACCAAATGTATATTCTTGGCACTCCCTCTTG ACTGCTTATTGTAAGCAAGGTCAGCTTGACAATGCCCATGAGCTATTTTCGAATATGCCT GAAAGAAACACTGTATCATGGAACACTCTCATCAGTGCATTTGCTCGAAACCATCATGAA ACAAAGGCCTTGAAGGTTTATTCTCAAATGAACGCACATGGTTTCTCGCCGACCCATATC ACATTCGCCAGCGTTTTAAGCGCCTGTGGCGGGTTAGCTGAATTGGAGTACGGCAGGGTG TCTCATGCTTCTGCTGTCAAGTATGGGCTTCACAAGAATGTGTATGTTGGGAATGCTTTG TTGAGCTTGTATGTAAAATGTAGCTGCCCTAGGGATGCATTGATAGCCTTTAGGGAGTTG GATGAGCCTAATGAGGTTTCCTTCACGGCAATGATGTGTGGATTGGTAGACAATCACCAA GTGGAAGAGGCATTTGAAATGTTTAGGTTAATCCAGAGGAGTGGAATTAGGATTGACTCT GTTACATTGTCTAGTGTACTGAGAGGTTGTGCTAAACGCAGGGGTTTGAATTTTGGTTGG AATGGTGAGACTGATAGTGATCTACCTAATACGCATGGGAAGCAAGTCCATTGTTTCACC ATTAAACTTGGATTTCAAGGAGACCTTCACGTGTGTAACTCCTTGCTTGACATGTATGCA AAAAATGGTGACATGGAAAGTGCTGTAGTATTGTTTGGAAACCTTTCTGAAACTAGTACT GTTTCTTGGAATGTTATGATAAGTGGGTTTGGACAGAATCATGATAAAGAAAGAGCGAAG GAGTACATGGAAAGGATGCGGGGTATGGGTGTTGAACCAGATGATGTTACTTACATAAAT ATGCTCGCGGCTTATGTTAAATCAGGGGATGTTGAAAATGGCCGCTTGATATTTGAGAGC ATGGCTTGCCCTAGCTTGATTTCATGGAATGCTATTCTTTCAGGCTATTCACAGAATGAG GAGCATCTCAAGGCACTAAAGCTTTTCAGAGAAATGCAATTTCAAAATCTGCGACCTGAT CGGACCACTTTGGCTATCATACTTAGTTCATGTTCTGAGATTGGGTTTCTAGAAAGTGGG GTGCAGGTCCATGCTACTTCATTGAAGTGTGTGTTTCCTGGAGACATATATATAGCTAGT GGTCTTATTGGTATGTACCTAAAATGTGGTAGAGTAGAAGCGGCTGTACGTATTTTTGAT GGGCTCACTCAAGCAGATATAGTGTGTTGGAATTCTCTAATTACTGGTTTATCCTATAAT TCATTGGATAAAGAAGCTTTTACTTTCTTTAAGCGAATGCTACAGATGGGGATGTTACCT AATGAGTTCTCATTTGCTACTACACTGAGTTGCTGTACAAAGCTATCCTCATTATCGCAA GGGAGACAACTTCATGGGCTGATAATTAAAGATGGGTATGGTAATGATGTTGTAGTCGGA AGTACTCTGATTGACATGTATTCCAAATGTGGCGATGTAGATGAGGCCAGGGTACATTTT GACATGATGCCCTATAAGAATATAATTACATGGAACGAAATGATACATGGCTATGCACAA AATGGTTGTGGAGATGAAGCTATTTTCTTGTATGAAGACATGATCTGTTCAGGAGGAATT CCTGATGTTATAACTTTTATTGCCGCTCTAACTGCTTGTAGTCACTCTGGGCTTGTCAAT CTGGGGCTTAAGATATTCAATTCAATGCAGCAACAATATGGGTTGATGCCACTTGCTGAT CATTACACTTGCATGATTGATTGTTTGGGTCGCGCTGCCCGGTTCAGTGAAATACAAGAA CTCATTGATAAGATGTCATGCAAAGATGACTCTGTTGTCTGGGAGGTTTTGCTTAGTTCT TGTAGGCTCCACGGAAATGTAACTTTAGCAAGGCGGGCAGCAGAGGAGCTAATCCGTCTT AATCCTCAGAATTCCGCCCCTTATGTACTTCTAGCAAATATGTATACATCGTTAGGGAGA TGGGATGATACAGAGGAAATTAGAGCTGCTATGTTGGAAAGGCAGGTAACTAAGGATCCT GGCTTTAGCTGGGGGTGA