Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc06g072140.3.1
CDS Infomation	phytochrome-associated serine/threonine-protein phosphatase 3-like
Sequence	ATGGATTTGGACCAGTGGATAACGAAGGTTAAAGAGGGACAGCATCTGGCGGAGGACGAG CTTCAGCTCCTCTGTGAATACGTTAAGGAGATTTTAATTGAGGAGTCAAATGTGCAACCA GTTAATAGTCCAGTTACTGTTTGTGGGGATATACACGGCCAATTTCATGATCTAATGAAA CTTTTCCACACTGGTGGTCATGTGCCAGAGACAAATTACATCTTTATGGGAGATTTTGTT GATCGTGGATACAATAGTCTCGAAGTTTTCACAATTTTATTGCTCCTTAAAGCAAGATAT CCAGCAAACATTACACTTTTACGCGGGAACCATGAAAGCAGGCAGCTAACTCAGGTCTAT GGATTCTATGATGAATGCCAAAGGAAGTATGGAAATGCAAATGCTTGGCGGTATTGCACT GACGTATTTGACTATCTGACTCTCTCGGCAATTATAGATGGAACAGTACTATGTGTCCAT GGTGGCCTTTCTCCGGATGTTAGGACTATTGATCAGATCAGGGTCATTGATCGTAATTGT GAAATTCCGCATGAAGGGCCTTTTTGTGATCTTATGTGGAGTGATCCTGAAGAGATTGAA ACATGGGCAGTAAGTCCTCGAGGAGCAGGTTGGCTGTTTGGATCCAGGGTTACCACTGAG TTTAATCACATCAATAAGTTGGATCTAGTTTGTCGGGCTCATCAACTTGTCCAGGAAGGT CTGAAGTACATGTTCCAGGACAAAGGACTCGTTACTGTTTGGTCTGCTCCCAACTACTGT TATCGCTGTGGAAATGTTGCTTCAATATTGAGCTTCAATGAGAATATGGAGAGAGAGGTG AAGTTCTTCACTGAAACTGAAGAAAACAACCAGATGCGAGGACCCAGGACAGGATTCCCG TATGCTCCTTTCCACCATTCATGGAAGCAAGGAGTACGTAAGGAACTTCTCGTCTCATTA ATTGAATCACCATTTGTTAACTACAACTTCCAGCAGGTTGGCTTTGAAATTGTTTACTCT GGTGGGATGATTGGTAAACATATTTATGCCATGGTGAAGGGAAAGCTTATTTTAATTTGT CAGTCTGGTGGTGAATTTGTGAATGATGTCGATGGAAACTTGTCATATAAAGGAGGAGAG GCAAATGCTGTCAATATAAACCAAGATACTCCATATGATGATCTCAAGATAAAATTGGCA GAGCTGTGTAATCTGGAGCTTACGACAGTGTCAATTAAGTATTTTCTTCCAAAAAATAGG AAAACTCTTATTAATTTAAGGAGTGAAAAGGACTTCAAGAGAATGGTTGAATTTCATGCT AATTCTGTTACAGCTGAGATTTTTGTCAGCGGAAAAGAAGGTTTTGATCACGATGCATTG AACACGTACAATGAGAGGACAATTGCCTTAAAACTGGCTGAGAACGTAAATCATCATGGC ACACCTGCAGGTGCTGCTGATTCTGGCGGTCTGAGTACAACACCTTCTAAGGCTAGCCTG CTAAGGACTGTTCGAACAGCTGCTGTCTCTCCTATAGCTATTCAAAACGATTGTCTGGTC GATGTACATATCAGCTGCCAGGAACCTGCTATTAATATGGCAGCTGAAAGCCTCAGTCAA ACCACTACTTCGTCAAACCCTTCTTCTGGCCATGTTGCTGAGGAGGATTCTGACTATGCT CCACGTTCACGTGCTGCTGTTAGTAGTACTGCCCAGAGCCCAATTAGCTTTGACTACGAT GCTACCCCTGCTGATACCGTGAAGAAGCGCAGGCGCACTGCTTCCTGGAAAATTGGTGCC AATGGTCCAACCATTGTTGTGACTGATAATGATTCTAAGGAGAAATCGCGAAAGAAGAAG AGTCGAAGTTCAACTGGCGTAATGGTGGGAAATGACATGGAGGATGAAGATGGTGTTGAA TTACCTGATAATTTTGACAGTTCCTCTCCAATTACTTTGCGGGATGAAGATCTGCCAGAG AAGCTAGTTGCCACTTGGAAAGAGGGTATTACTGGTGTTGATCAGGATTTTAAGAGTGTG AAAGAGTTCCGGGCTGCACTGCAAAAGTATGCTGTTGCTCATCGCTTTGTCTACAAGTTG AAGAAAAATGATGCTACCCGTGTAAGTGGCAGATGTGTGGTAGAGGGTTGTTCTTGGAAA ATTCATGCATCTAGGGTCCCTGATGCTCAAACATTTAGGATCAGAAAGTATAATGATTTG CATACATGTGAAGGCAAATCCTGGAAGTCTTCTCATCGTACAAGGAATTGGTTGGTAAGT ATCATCAAGGAAAGGTTACGAGATTCTCCAAATGACAAACCCAGGGAAATCGCTAAAAGC ATTTTGCGTGACTTTGGGATTAAATTGAGATACTCACAAGTATGGCGAGGAATGGAAGAT GCCAAGGAGCAGCTTCAAGGTTCATACTCAAAGTCATATAACAGGCTGTCTTGGTTCTGC GAAAAGGTAGTAAATACTAATCCTGGAACTGTTGTTAAGCTTGTGCTAGACGATGAAAAA AGACTTCAGCGCTTCTTTTTTTCACTTCATGCCTCCATTCATGGTTTCAAGCACGGTTGC CGACCCCTTATTTTCCTTGAAGCCACATCTCTAAGATCAAAGTACAAGGAGACTTTAATA ACAGCAACTGCGGTTGATGCAGATGATTGTTTCTTTCCTGTTGCTTTTGCAGTAATAGAT ATTGAAAATGATGATAGTTGGCGTTGGTTTTTGGAGCAACTAAAATCTGCATTGTCAACT TCTCATTCTATAACTTTTATTTCAGATCGAGAGAAGAATTTAAAGAACTCTGTGTTTGAG GTGTTTGAGAATTCTTCTCATGGCTATTCCATTTTTCATCTTCTGGAAAGCTTCAAAAGA AATATGAAGGGTCCATTCCATGGTGATGGGAGAGCTGTTCTACCTGAAATTTTCCTTGCT GCAGCTCATGCAGTTCGACTTAATGGTTTTAAAAGTTTGACTGAGCAAATTAAACAGATT TGTTCACACGCATATGATTGGTTGAACCAGATTGAGCCCGAGTGTTGGACGAGTTTGTCA TTTAAAGGTCAGCACTATAACTATATCACAGAGAATGTTGCAGAACCATACTCCAAGTTG ATTGAGGATTCTCGAGGATCAACAATAATGCAAAAGATAGAAGCCCTAATATGTATGCTC AGTGATCTAATAGATCATCGTAAATTGGAGTCAAGTACTTGGTCCACCAAACTTACTCCA TCAAAAGAGAAAAAGATGCAGAAAGAAGCTGCTAAAGCCCACGGTCTAAAAGTTCTAATC TCTTCTGATGTCTTATTTGAAGTTCATGATGAGATGACTCACGTTGTGAATATTGAAAAC CGTGAGTGCACGTGCTTTGAGTGGAAACAAAGTGGTCTGCCTTGCTGCCACGCTGTGGCT GTGTTCAACTCTATTGGTAAATCTGTGTATGATTACTGCTCGAGTTACTTCACGGTTGAA AGTTACCATTTTACATACTCTGCATCTGTAAACCCGATACCTGGGATTGGAACAGCAGAT GAAGAAGATGGCGAGTCAGATACTGCAGATGTGCTACCCCCTTGCCCTCCAGAATTGCCG ATAGAGGAAAAACCAGAGCAGACCAAAACTATGGACCCAGATAAGAGGACAGTAACTTGC AGCAAGTGCAAGGAACCAGGACATAATAAAGCTTCATGCAAGGCCACTTTATAG

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc06g072140.3.1
PEP Infomation	phytochrome-associated serine/threonine-protein phosphatase 3-like
Sequence	MDLDQWITKVKEGQHLAEDELQLLCEYVKEILIEESNVQPVNSPVTVCGDIHGQFHDLMK LFHTGGHVPETNYIFMGDFVDRGYNSLEVFTILLLLKARYPANITLLRGNHESRQLTQVY GFYDECQRKYGNANAWRYCTDVFDYLTLSAIIDGTVLCVHGGLSPDVRTIDQIRVIDRNC EIPHEGPFCDLMWSDPEEIETWAVSPRGAGWLFGSRVTTEFNHINKLDLVCRAHQLVQEG LKYMFQDKGLVTVWSAPNYCYRCGNVASILSFNENMEREVKFFTETEENNQMRGPRTGFP YAPFHHSWKQGVRKELLVSLIESPFVNYNFQQVGFEIVYSGGMIGKHIYAMVKGKLILIC QSGGEFVNDVDGNLSYKGGEANAVNINQDTPYDDLKIKLAELCNLELTTVSIKYFLPKNR KTLINLRSEKDFKRMVEFHANSVTAEIFVSGKEGFDHDALNTYNERTIALKLAENVNHHG TPAGAADSGGLSTTPSKASLLRTVRTAAVSPIAIQNDCLVDVHISCQEPAINMAAESLSQ TTTSSNPSSGHVAEEDSDYAPRSRAAVSSTAQSPISFDYDATPADTVKKRRRTASWKIGA NGPTIVVTDNDSKEKSRKKKSRSSTGVMVGNDMEDEDGVELPDNFDSSSPITLRDEDLPE KLVATWKEGITGVDQDFKSVKEFRAALQKYAVAHRFVYKLKKNDATRVSGRCVVEGCSWK IHASRVPDAQTFRIRKYNDLHTCEGKSWKSSHRTRNWLVSIIKERLRDSPNDKPREIAKS ILRDFGIKLRYSQVWRGMEDAKEQLQGSYSKSYNRLSWFCEKVVNTNPGTVVKLVLDDEK RLQRFFFSLHASIHGFKHGCRPLIFLEATSLRSKYKETLITATAVDADDCFFPVAFAVID IENDDSWRWFLEQLKSALSTSHSITFISDREKNLKNSVFEVFENSSHGYSIFHLLESFKR NMKGPFHGDGRAVLPEIFLAAAHAVRLNGFKSLTEQIKQICSHAYDWLNQIEPECWTSLS FKGQHYNYITENVAEPYSKLIEDSRGSTIMQKIEALICMLSDLIDHRKLESSTWSTKLTP SKEKKMQKEAAKAHGLKVLISSDVLFEVHDEMTHVVNIENRECTCFEWKQSGLPCCHAVA VFNSIGKSVYDYCSSYFTVESYHFTYSASVNPIPGIGTADEEDGESDTADVLPPCPPELP IEEKPEQTKTMDPDKRTVTCSKCKEPGHNKASCKATL*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc06g072140.3.1
Transcript Infomation	phytochrome-associated serine/threonine-protein phosphatase 3-like
Sequence	AATGAATATATATCTTAGGGTGTTCATGTATTAATTTTATATAGAAAGAGGTGCAATCAT TGATCTGAGAATGCAAGAAATATATTTGAAATGAAACATATTATCAGAGTATTCAATTTA ATTAACTTTTGAATTTTATTATTCTATACACATAATATGTGAAGATGTTTATTATCTATC AAATATTTTTATGTAGTTTATATGAATCTTTTATCTTTATATTTAATATAAAAGATATAG ATTAAAATAAGTAAACGAGTTAATAATTTTTTTGAAAAAACATATTCTCATTCGAGGTTG ATTATATTGAAATTTAATAATAGCGTAACATTTTGGATAACATCCTTAAAAAACAAATTT GACAAATGATAACAATTATCTTTGATATAGGTGCAGCTAAAGAATCTAAAATACCAATAG ATGTGATTCATGCAAAAATCATACAAATTTAAATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGATAATATTACGTTTGAAAATAAAGAGAGCTA TAGAATTAATTAAAAAAAGTAATCCTTTAATATTTATTTTAAAGACTGCGCGAAGCGCAG CCAAATTCCCTAGTGTCTAATATTTGTAAAGGATAATTAAATAGCTAATAGTAATGATTA ACTATTAGTACTATATTTTATGGTTGTTATAGTAATATAAGGTTAATATAGATGATTATA AATGATTGTTCGGTAATGGTGGTTAGTGACTACTAATTTACCATAATTAATACTTAAAAA AGTATAATTTATAAAGAAAATTGATAGTGCTAAATTCATTGAGATTTAAATTCTAGTAAT ATAATGTAATAAAAAGTATATGTTTTTATTACCCCACTCAAGGTTGCAGTGAGATGATGA CAATCCCTTTTTAATTAGATTTTCAGTTTTAAAATATTAGATTGAAAAGCAGGTTCGAAA CTAACTTTGATAAGTATAATATATGTCAAAAACGTTGATTAACTATATTTTTATTTATCT TTTTATATAATATATACAAATTATCTCGACTCCTATCTTTAATAACATATATTTCAAAAT TAATAAATAAAATTATGATTTGAATCCTATCTTTAATAACATACATTTTAAAATTAATAG ATAAATAAAATTATGATTCAAAATATATGAATTAAAAACAAAAAAGTCTTAATACACCAA CTTTAATAACTATATGAAATACTTTACCCTAAAATGAAACTTTTCAAATGCATATCTTCT ACATTAATAGTTACCCCAAAGAGGAAAATAATAGTCTCTTTATATTTTGGCCACAAGTAA AAAACAACTAATCGCACTCGTGGGGGTTGCCAAAAATGTGAGCTAGGGATGAAAGGGTAA AATAGTCCAATCAATTTCTGGCCAAAATACCACTGTACGTAAAGTCTCACTTGGCCAGGG TTTCAAAATTCACTCCATCCGAAGGGATCGGAAACTCTGTTTTCTCCGATTGGGGTTTTG GGCAGTATCCGATCGAGCGACTTTCCGGCATCAATTCATCGGAAACGGCAGCTGAATCAA TCGGCTCTTCTACATTACCCTTCAGATAAATCCGTACATTTCTATACAACTGGTAGGTTT AATTGCAACGAAGAAGGAACACTAGATTTAGAAGAAGGGCGATGGATTTGGACCAGTGGA TAACGAAGGTTAAAGAGGGACAGCATCTGGCGGAGGACGAGCTTCAGCTCCTCTGTGAAT ACGTTAAGGAGATTTTAATTGAGGAGTCAAATGTGCAACCAGTTAATAGTCCAGTTACTG TTTGTGGGGATATACACGGCCAATTTCATGATCTAATGAAACTTTTCCACACTGGTGGTC ATGTGCCAGAGACAAATTACATCTTTATGGGAGATTTTGTTGATCGTGGATACAATAGTC TCGAAGTTTTCACAATTTTATTGCTCCTTAAAGCAAGATATCCAGCAAACATTACACTTT TACGCGGGAACCATGAAAGCAGGCAGCTAACTCAGGTCTATGGATTCTATGATGAATGCC AAAGGAAGTATGGAAATGCAAATGCTTGGCGGTATTGCACTGACGTATTTGACTATCTGA CTCTCTCGGCAATTATAGATGGAACAGTACTATGTGTCCATGGTGGCCTTTCTCCGGATG TTAGGACTATTGATCAGATCAGGGTCATTGATCGTAATTGTGAAATTCCGCATGAAGGGC CTTTTTGTGATCTTATGTGGAGTGATCCTGAAGAGATTGAAACATGGGCAGTAAGTCCTC GAGGAGCAGGTTGGCTGTTTGGATCCAGGGTTACCACTGAGTTTAATCACATCAATAAGT TGGATCTAGTTTGTCGGGCTCATCAACTTGTCCAGGAAGGTCTGAAGTACATGTTCCAGG ACAAAGGACTCGTTACTGTTTGGTCTGCTCCCAACTACTGTTATCGCTGTGGAAATGTTG CTTCAATATTGAGCTTCAATGAGAATATGGAGAGAGAGGTGAAGTTCTTCACTGAAACTG AAGAAAACAACCAGATGCGAGGACCCAGGACAGGATTCCCGTATGCTCCTTTCCACCATT CATGGAAGCAAGGAGTACGTAAGGAACTTCTCGTCTCATTAATTGAATCACCATTTGTTA ACTACAACTTCCAGCAGGTTGGCTTTGAAATTGTTTACTCTGGTGGGATGATTGGTAAAC ATATTTATGCCATGGTGAAGGGAAAGCTTATTTTAATTTGTCAGTCTGGTGGTGAATTTG TGAATGATGTCGATGGAAACTTGTCATATAAAGGAGGAGAGGCAAATGCTGTCAATATAA ACCAAGATACTCCATATGATGATCTCAAGATAAAATTGGCAGAGCTGTGTAATCTGGAGC TTACGACAGTGTCAATTAAGTATTTTCTTCCAAAAAATAGGAAAACTCTTATTAATTTAA GGAGTGAAAAGGACTTCAAGAGAATGGTTGAATTTCATGCTAATTCTGTTACAGCTGAGA TTTTTGTCAGCGGAAAAGAAGGTTTTGATCACGATGCATTGAACACGTACAATGAGAGGA CAATTGCCTTAAAACTGGCTGAGAACGTAAATCATCATGGCACACCTGCAGGTGCTGCTG ATTCTGGCGGTCTGAGTACAACACCTTCTAAGGCTAGCCTGCTAAGGACTGTTCGAACAG CTGCTGTCTCTCCTATAGCTATTCAAAACGATTGTCTGGTCGATGTACATATCAGCTGCC AGGAACCTGCTATTAATATGGCAGCTGAAAGCCTCAGTCAAACCACTACTTCGTCAAACC CTTCTTCTGGCCATGTTGCTGAGGAGGATTCTGACTATGCTCCACGTTCACGTGCTGCTG TTAGTAGTACTGCCCAGAGCCCAATTAGCTTTGACTACGATGCTACCCCTGCTGATACCG TGAAGAAGCGCAGGCGCACTGCTTCCTGGAAAATTGGTGCCAATGGTCCAACCATTGTTG TGACTGATAATGATTCTAAGGAGAAATCGCGAAAGAAGAAGAGTCGAAGTTCAACTGGCG TAATGGTGGGAAATGACATGGAGGATGAAGATGGTGTTGAATTACCTGATAATTTTGACA GTTCCTCTCCAATTACTTTGCGGGATGAAGATCTGCCAGAGAAGCTAGTTGCCACTTGGA AAGAGGGTATTACTGGTGTTGATCAGGATTTTAAGAGTGTGAAAGAGTTCCGGGCTGCAC TGCAAAAGTATGCTGTTGCTCATCGCTTTGTCTACAAGTTGAAGAAAAATGATGCTACCC GTGTAAGTGGCAGATGTGTGGTAGAGGGTTGTTCTTGGAAAATTCATGCATCTAGGGTCC CTGATGCTCAAACATTTAGGATCAGAAAGTATAATGATTTGCATACATGTGAAGGCAAAT CCTGGAAGTCTTCTCATCGTACAAGGAATTGGTTGGTAAGTATCATCAAGGAAAGGTTAC GAGATTCTCCAAATGACAAACCCAGGGAAATCGCTAAAAGCATTTTGCGTGACTTTGGGA TTAAATTGAGATACTCACAAGTATGGCGAGGAATGGAAGATGCCAAGGAGCAGCTTCAAG GTTCATACTCAAAGTCATATAACAGGCTGTCTTGGTTCTGCGAAAAGGTAGTAAATACTA ATCCTGGAACTGTTGTTAAGCTTGTGCTAGACGATGAAAAAAGACTTCAGCGCTTCTTTT TTTCACTTCATGCCTCCATTCATGGTTTCAAGCACGGTTGCCGACCCCTTATTTTCCTTG AAGCCACATCTCTAAGATCAAAGTACAAGGAGACTTTAATAACAGCAACTGCGGTTGATG CAGATGATTGTTTCTTTCCTGTTGCTTTTGCAGTAATAGATATTGAAAATGATGATAGTT GGCGTTGGTTTTTGGAGCAACTAAAATCTGCATTGTCAACTTCTCATTCTATAACTTTTA TTTCAGATCGAGAGAAGAATTTAAAGAACTCTGTGTTTGAGGTGTTTGAGAATTCTTCTC ATGGCTATTCCATTTTTCATCTTCTGGAAAGCTTCAAAAGAAATATGAAGGGTCCATTCC ATGGTGATGGGAGAGCTGTTCTACCTGAAATTTTCCTTGCTGCAGCTCATGCAGTTCGAC TTAATGGTTTTAAAAGTTTGACTGAGCAAATTAAACAGATTTGTTCACACGCATATGATT GGTTGAACCAGATTGAGCCCGAGTGTTGGACGAGTTTGTCATTTAAAGGTCAGCACTATA ACTATATCACAGAGAATGTTGCAGAACCATACTCCAAGTTGATTGAGGATTCTCGAGGAT CAACAATAATGCAAAAGATAGAAGCCCTAATATGTATGCTCAGTGATCTAATAGATCATC GTAAATTGGAGTCAAGTACTTGGTCCACCAAACTTACTCCATCAAAAGAGAAAAAGATGC AGAAAGAAGCTGCTAAAGCCCACGGTCTAAAAGTTCTAATCTCTTCTGATGTCTTATTTG AAGTTCATGATGAGATGACTCACGTTGTGAATATTGAAAACCGTGAGTGCACGTGCTTTG AGTGGAAACAAAGTGGTCTGCCTTGCTGCCACGCTGTGGCTGTGTTCAACTCTATTGGTA AATCTGTGTATGATTACTGCTCGAGTTACTTCACGGTTGAAAGTTACCATTTTACATACT CTGCATCTGTAAACCCGATACCTGGGATTGGAACAGCAGATGAAGAAGATGGCGAGTCAG ATACTGCAGATGTGCTACCCCCTTGCCCTCCAGAATTGCCGATAGAGGAAAAACCAGAGC AGACCAAAACTATGGACCCAGATAAGAGGACAGTAACTTGCAGCAAGTGCAAGGAACCAG GACATAATAAAGCTTCATGCAAGGCCACTTTATAGATCCTTTGCTCCCCCCATTGTTTGC ATCTTGTACAGCTCTTATAGTTACATGGTAGTGACTTGTGATGTATTGCTCATCGTCGCG CTCTGAATTTCTACAGTACCATTATCGATTTATTTTCATTTGAAAAAACATAATTTCTGG GTTATTGAACTCAGAAAGCAAGGTGTAAGATAAGACGATGGTAGTACTATTTTTGGTCTC AAAAGGGTATGAAAGCTCTTCTCATAGCTTGCAAAAATGAATTTTATATTCAGACGATGA GTTTGCGAATTGTTGTGTTACACGGCATGTAATAAATTCTCATTTTTTTTTACTAGAAGT GGGAATTGTTTTGCTCCATTCACAACG