Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc06g048900.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** A0A061FSK4_THECC)
Sequence	ATGCGTTTCCTTTGCTTCAAATCCCGTCAATTTTCCACTATTAATGCTGTCGTGATAGTT AATTCCAGAATCAAAGCCTTCATCGAACAAGGAAACCATCTTCAAGCTCTGTTAGCTTAC TCTAAAGAACCTCTTTTTCCTCTCCACACTTCAAAATTCACTTTTCCTCCTCTCCTCAAA GCTTGCGCCTTTCTTCCAAATCTTCAAACTGGGAAAATAATTCATGGCACAATCATTCAT ATGGGTCTTCACTATGATCCTTTCATTATCACTTCACTCATTAACATGTATGTAAAATGT GGCTCACTTTGTAATGCAGTCCAAGTGTTTGATTTTATTTCTCAATGTGAAGATTTCGAT GGAGATGTAACTATATGGAATGCTATGCTAGATGGGTATATTAGAAATGGACTTACTGAG GAGTGTATGGGTTTGTTTAGAAGAATGCAAGAGATTGGTGTCAAGTCTGATGAATACTCT CTTAGTATTCTTCTGGGGTTGTTCAATGGTCGAATGGGGTTATCGAAAGCAAAAGAAGTT CATGGTTATGTTATTAGAAACTCATTTGGGCATGATCCTTTTGTGGTTACTGCGTTGATT GATATCTACTCAAATTGTGGTAGGCCAAAAGATGCTTGGTGCGTTTTTGGGAGTGTACAA GACAAGGATAATATTGTCATGTGGAATGCATTGATTAGGGGCTTATCGGAGAATGGATTA TGGAGAAACAGCATGAGACTCTATTCTTTAGCTAAGGATAGGGGCTGCAAACTTATGTCG ACGACTTTTTCTTGCACTTTAAAGGCTTGTGCTGAGGGTGAAGATATAGATTTCGGCAGT CAAGTTCATTCGGATGTTGTCAAGATGGATTTTGAGAATGATCCATATGTCTGTACTTCA GTGTTGTCCATGTACGCAAGGGTTGGACTGTTGGAAGAAGCAGACAGGGCTTTTAGTTCT GCATTAGATAAAGAAGTTGAGGTGTGGAATTCTATGATCTCAGCTTATGTTGGCAAGGGC AGAGGGGATGATGCCTTCTGTGTGTATAATGTGATGCGATCAAGAGGCATCCTTTCTGAT TCTTTCACCTTGTCAAATATTCTTATATCATGTAGTATGACCGAATCTTATGATTTAGGT ATTGCAATTCATGGTGAAGTGATAAAGAAACCAATACAGAATAACGTTGCGTTGCAAAGT GCACTAGTGACTATGTACTCAAAATGTGGAATGCTAAAGGATGCTCTTGACGTTTTCAAT AGAATGGAGGAGAAGGATGTGGTCGCATGGGGTTCAATGATCTCAGGTCTCTGCCAAAAT AAGAACTTCAATTTGGCACTGGAAATATACAAGGAGATGGAGACGCATAAGGTCAATCCA GACGCTAATATAATGGCAATGTTGATAAATGCTAGCGCAGGACTAGAAAGCTTAGAATTG GGTTGCAGTATCCATGCAATCACTGTTAAGAGCGGGGAGGAAGTAGATAGTTCAGTGAGC TGTTCTCTTGTAGATATGTATTCTAATTGTGGCAAGCCAGAAATGGCTGAAAAGATTTTT TCGGGTGTCCCCCATAAGAATTTAGTGGCTTGGAATTCCCTGATCTCTTGTTATTCAAAA AATGACTCACCAGAGCTCTCTTTAAATCTTCTTCCTCAACTTGTCCAACATGGATTGTAT CCAGACGCTGTTACACTTACTAGTGCCCTTGCTGCTGTTTCATCCTTAGCAATACTGATT AAAGGAAAGGCAATTCATTGTTACCAAATAAGGCATCAAATTCTTGAAGACAACCAAGTG GAAAATGCTCTTATTGATATGTACATAAAAAGTGGATGCCTAAAGTATGCAGAGCGTATA TTCCAGCACATGTCTAAAAGGAACTTAGTAACTTGGAATACAATGGTTGCAGGGTATGGA TCTCACAGTGAGTGTATGAAAGCTATCAACTTTTTTAATGAAATGAGGAAATCCGGAGTG ACGCCTGATGCTGTAACTTTCCTATCCTTAATTTCCTCTTGTAACCATGCTGGTTTCATT GATGAAGGCCTTAAACTATTTCACTTAATGAAATTAGAGTATGGAATTAAACCACAAATG GACCACTACATAAACGTGGTGGACCTTCTAGGCCGTGCTGGACGCTTGGATGATGCTTAC AACTTCATACAAAATTTGGACGTGGAACCTGAGAGAGGGGTGTGGCTATGTCTTCTGTCA GCCTGTCGGGTCCATCAGAACGTGAAGCTTGGAGAAATAGCAGCCAATAACCTTCTGAAG ATGGAACCAAACAGAGGAAGCAATTACGTTCAACTTTTAAATCTCTATGTGGAAGGTGGT ATGAGGGAAGAAGCAGCAAGTTTGAGGGCTCTGATGAGGCAGAAAGGGTTGAAGAAGAAC CCTGGATGTAGCTGGATTGAGGTGAAAAATGAACTTGAGGTTTTCTACTCAAGTGATTCA TCCTCTACCAAGACAATTGAGATCTATGAGACACTCCAAGGTCTCAGAAGTATTATGAAA AAGAAAGGAGATTATGAGACTCAGGCAATATGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc06g048900.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** A0A061FSK4_THECC)
Sequence	MRFLCFKSRQFSTINAVVIVNSRIKAFIEQGNHLQALLAYSKEPLFPLHTSKFTFPPLLK ACAFLPNLQTGKIIHGTIIHMGLHYDPFIITSLINMYVKCGSLCNAVQVFDFISQCEDFD GDVTIWNAMLDGYIRNGLTEECMGLFRRMQEIGVKSDEYSLSILLGLFNGRMGLSKAKEV HGYVIRNSFGHDPFVVTALIDIYSNCGRPKDAWCVFGSVQDKDNIVMWNALIRGLSENGL WRNSMRLYSLAKDRGCKLMSTTFSCTLKACAEGEDIDFGSQVHSDVVKMDFENDPYVCTS VLSMYARVGLLEEADRAFSSALDKEVEVWNSMISAYVGKGRGDDAFCVYNVMRSRGILSD SFTLSNILISCSMTESYDLGIAIHGEVIKKPIQNNVALQSALVTMYSKCGMLKDALDVFN RMEEKDVVAWGSMISGLCQNKNFNLALEIYKEMETHKVNPDANIMAMLINASAGLESLEL GCSIHAITVKSGEEVDSSVSCSLVDMYSNCGKPEMAEKIFSGVPHKNLVAWNSLISCYSK NDSPELSLNLLPQLVQHGLYPDAVTLTSALAAVSSLAILIKGKAIHCYQIRHQILEDNQV ENALIDMYIKSGCLKYAERIFQHMSKRNLVTWNTMVAGYGSHSECMKAINFFNEMRKSGV TPDAVTFLSLISSCNHAGFIDEGLKLFHLMKLEYGIKPQMDHYINVVDLLGRAGRLDDAY NFIQNLDVEPERGVWLCLLSACRVHQNVKLGEIAANNLLKMEPNRGSNYVQLLNLYVEGG MREEAASLRALMRQKGLKKNPGCSWIEVKNELEVFYSSDSSSTKTIEIYETLQGLRSIMK KKGDYETQAI*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc06g048900.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** A0A061FSK4_THECC)
Sequence	ATGCGTTTCCTTTGCTTCAAATCCCGTCAATTTTCCACTATTAATGCTGTCGTGATAGTT AATTCCAGAATCAAAGCCTTCATCGAACAAGGAAACCATCTTCAAGCTCTGTTAGCTTAC TCTAAAGAACCTCTTTTTCCTCTCCACACTTCAAAATTCACTTTTCCTCCTCTCCTCAAA GCTTGCGCCTTTCTTCCAAATCTTCAAACTGGGAAAATAATTCATGGCACAATCATTCAT ATGGGTCTTCACTATGATCCTTTCATTATCACTTCACTCATTAACATGTATGTAAAATGT GGCTCACTTTGTAATGCAGTCCAAGTGTTTGATTTTATTTCTCAATGTGAAGATTTCGAT GGAGATGTAACTATATGGAATGCTATGCTAGATGGGTATATTAGAAATGGACTTACTGAG GAGTGTATGGGTTTGTTTAGAAGAATGCAAGAGATTGGTGTCAAGTCTGATGAATACTCT CTTAGTATTCTTCTGGGGTTGTTCAATGGTCGAATGGGGTTATCGAAAGCAAAAGAAGTT CATGGTTATGTTATTAGAAACTCATTTGGGCATGATCCTTTTGTGGTTACTGCGTTGATT GATATCTACTCAAATTGTGGTAGGCCAAAAGATGCTTGGTGCGTTTTTGGGAGTGTACAA GACAAGGATAATATTGTCATGTGGAATGCATTGATTAGGGGCTTATCGGAGAATGGATTA TGGAGAAACAGCATGAGACTCTATTCTTTAGCTAAGGATAGGGGCTGCAAACTTATGTCG ACGACTTTTTCTTGCACTTTAAAGGCTTGTGCTGAGGGTGAAGATATAGATTTCGGCAGT CAAGTTCATTCGGATGTTGTCAAGATGGATTTTGAGAATGATCCATATGTCTGTACTTCA GTGTTGTCCATGTACGCAAGGGTTGGACTGTTGGAAGAAGCAGACAGGGCTTTTAGTTCT GCATTAGATAAAGAAGTTGAGGTGTGGAATTCTATGATCTCAGCTTATGTTGGCAAGGGC AGAGGGGATGATGCCTTCTGTGTGTATAATGTGATGCGATCAAGAGGCATCCTTTCTGAT TCTTTCACCTTGTCAAATATTCTTATATCATGTAGTATGACCGAATCTTATGATTTAGGT ATTGCAATTCATGGTGAAGTGATAAAGAAACCAATACAGAATAACGTTGCGTTGCAAAGT GCACTAGTGACTATGTACTCAAAATGTGGAATGCTAAAGGATGCTCTTGACGTTTTCAAT AGAATGGAGGAGAAGGATGTGGTCGCATGGGGTTCAATGATCTCAGGTCTCTGCCAAAAT AAGAACTTCAATTTGGCACTGGAAATATACAAGGAGATGGAGACGCATAAGGTCAATCCA GACGCTAATATAATGGCAATGTTGATAAATGCTAGCGCAGGACTAGAAAGCTTAGAATTG GGTTGCAGTATCCATGCAATCACTGTTAAGAGCGGGGAGGAAGTAGATAGTTCAGTGAGC TGTTCTCTTGTAGATATGTATTCTAATTGTGGCAAGCCAGAAATGGCTGAAAAGATTTTT TCGGGTGTCCCCCATAAGAATTTAGTGGCTTGGAATTCCCTGATCTCTTGTTATTCAAAA AATGACTCACCAGAGCTCTCTTTAAATCTTCTTCCTCAACTTGTCCAACATGGATTGTAT CCAGACGCTGTTACACTTACTAGTGCCCTTGCTGCTGTTTCATCCTTAGCAATACTGATT AAAGGAAAGGCAATTCATTGTTACCAAATAAGGCATCAAATTCTTGAAGACAACCAAGTG GAAAATGCTCTTATTGATATGTACATAAAAAGTGGATGCCTAAAGTATGCAGAGCGTATA TTCCAGCACATGTCTAAAAGGAACTTAGTAACTTGGAATACAATGGTTGCAGGGTATGGA TCTCACAGTGAGTGTATGAAAGCTATCAACTTTTTTAATGAAATGAGGAAATCCGGAGTG ACGCCTGATGCTGTAACTTTCCTATCCTTAATTTCCTCTTGTAACCATGCTGGTTTCATT GATGAAGGCCTTAAACTATTTCACTTAATGAAATTAGAGTATGGAATTAAACCACAAATG GACCACTACATAAACGTGGTGGACCTTCTAGGCCGTGCTGGACGCTTGGATGATGCTTAC AACTTCATACAAAATTTGGACGTGGAACCTGAGAGAGGGGTGTGGCTATGTCTTCTGTCA GCCTGTCGGGTCCATCAGAACGTGAAGCTTGGAGAAATAGCAGCCAATAACCTTCTGAAG ATGGAACCAAACAGAGGAAGCAATTACGTTCAACTTTTAAATCTCTATGTGGAAGGTGGT ATGAGGGAAGAAGCAGCAAGTTTGAGGGCTCTGATGAGGCAGAAAGGGTTGAAGAAGAAC CCTGGATGTAGCTGGATTGAGGTGAAAAATGAACTTGAGGTTTTCTACTCAAGTGATTCA TCCTCTACCAAGACAATTGAGATCTATGAGACACTCCAAGGTCTCAGAAGTATTATGAAA AAGAAAGGAGATTATGAGACTCAGGCAATATGA