Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc06g009520.3.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9RNC1_RICCO)
Sequence	ATGCATTTTGGCCGGGCTAAGATATCGGGTAACGGAAGGCACTCTTCATTTGCTCAGGAG GCTCTTGAAGAAGCTATTCGTTGTTGTAACAACGAAGCTGGTTTAGACCAAGTGTTGTTG ACTTTCGGCTCTAAGCTTGTAGGGTCCGATGATTATACTTTTTTGTTCCGTGAGCTTGGG AATAGAGGGGAATGGCTAGCTGCTATGCGTTGCTTTCAATTCGCTGTTGGTCGTGAAAGG AAGCGAAATGAGCAAGGTAAATTAGCTAGTTCAATGATTAGTATACTTGGTAGATCAGGG AAGGTTGATTTAGCTGAGAAAGTGTTTGAGAATGCTGTCAGTGACGGGTATGGTAGTACT GTTTATGCTTATTCTGCCTTGATTAGTGCTTATGCAAAGAGTGGGTATTGTAATGAAGCT ATTAGAGTCTTTGAGACCATGAAAGATTCCGGCTTGAAGCCTAATTTAGTGACTTATAAT GCGTTGATTGATGCTTGTGGGAAAGGGGGTGCTGATTTTAAGAGGGCGTCGGAGATTTTT GACGAAATGCTGAGAAATGGGGTTCAACCGGATAGGATTACCTTTAATTCGTTGCTTGCT GTTTGTAGTGGTGCAGGATTGTGGGAGACTGCGAGGGGTTTGTTTAACGAGATGATTTAT AGAGGAATTGATCAGGATATATACACGTATAATACATTTTTGGATGTAGCATGTAATGGG GGACAGATAGATGTTGCTTTTGATATTATGTCTGAGATGCATGCAAAGAATATTTTGCCC AACCAAGTCACCTACAGTACTGTGATTCGTGGGTGTGCAAAAGCTGGGAGATTAGACAAA GCGTTGAGTTTATTTAATGAGATGAAGTGTGCTGGCATAAAACTAGACAGGGTTTCATAC AATACTTTACTTGCTATATATGCAAGCCTGGGAAAATTTGAGGAGGCCCTTAATGTTAGC AAGGAGATGGAGGGTATGGGAATTAAGAAAGATGTTGTCACTTACAATGCTCTTCTGGAT GGGTTTGGCAAACAAGGAATGTATACCAAGGTTAAGCAGTTGTTTGCAGAAATGAAAGCT GAAAAGCTTTCACCTAACTTATTGACGTACTCCACATTGATTAGTGTGTACTTGAAAGGA GCCTTGTATCATGATGCGGTAGAGGTCTATAAGGAGTTCAAGAAGCAAGGTCTGAAGGCA GATGTTGTTTTTTATAGCAAACTTATTGATGCCTTGTGTAAAAAAGGCCTTGTGGAGTAT TCGTCGTTGTTGCTTAATGAGATGACGAAGGAAGGGATACAACCAAATGTTGTTACATAT AACTCTATAATCAATGCTTTTGGTGAATCGGCAAACAATGAATGTGGATCAGACAATGTC ACACATATTGTATCCGCTATTTCTCAAAGTAAGTGGGAAAACACTGAAGAGGATAATATC GTTAAGATTTTCGAGCAATTAGCTGCTCAAAAGTCAGCTAGTGGGAAGAAAACTAATGCT GAAAGACAGGACATGCTCTGCATTCTAGGTGTTTTCCATAAGATGCATGAATTACAAATA AAGCCTAATGTAGTCACGTTTTCAGCAATCTTGAATGCTTGCAGCCGATGCAGTTCATTT GATGAAGCTTCACTCTTACTCGAAGAACTCCGTCTATTTGATAACCAAGTTTATGGGGTG GCACATGGACTTCTCATGGGGCAGAGGGAAGGTGTATGGTCACAAGCTCTATCTCTTTTC AATGAAGTGAAGCAGATGGACTCTTCAACTGCATCTGCCTTTTACAATGCTTTGACTGAC ATGCTGTGGCATTTTGACCAGAAACAAGGTGCTCAATTGGTTGTACTTGAAGGAAAACGT TCAGAAGTGTGGGAAAATACATGGTCCACTTCTTGTTTGGATCTGCATTTGATGTCTTCA GGGGCTGCATGTGCAATGGTCCACGCATGGTTGCTTAGTATACGGTCTATAGTGTTTGAA GGCCACGAGTTACCAAAGATGCTGAGCATTTTGACTGGCTGGGGCAAGCACAGCAAGATA ACAGGTGATGGCGCCTTAAAACGAGCCATTGAAGGCTTGCTCACCAGCATAGGTGCACCA TTCCAGATAGCAAAGTGCAACATTGGGAGGTTCATATCCACTGGTGCTGTGGTAACTGCT TGGTTGAGAGAATCAGGTACACTGGAAGTGCTTGTTCTTCAAGATGATACAAGTCACTTG CGTGCCACAAGGTTTGATCAAATTTCTAATTTACAACAACTAACATTGTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc06g009520.3.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9RNC1_RICCO)
Sequence	MHFGRAKISGNGRHSSFAQEALEEAIRCCNNEAGLDQVLLTFGSKLVGSDDYTFLFRELG NRGEWLAAMRCFQFAVGRERKRNEQGKLASSMISILGRSGKVDLAEKVFENAVSDGYGST VYAYSALISAYAKSGYCNEAIRVFETMKDSGLKPNLVTYNALIDACGKGGADFKRASEIF DEMLRNGVQPDRITFNSLLAVCSGAGLWETARGLFNEMIYRGIDQDIYTYNTFLDVACNG GQIDVAFDIMSEMHAKNILPNQVTYSTVIRGCAKAGRLDKALSLFNEMKCAGIKLDRVSY NTLLAIYASLGKFEEALNVSKEMEGMGIKKDVVTYNALLDGFGKQGMYTKVKQLFAEMKA EKLSPNLLTYSTLISVYLKGALYHDAVEVYKEFKKQGLKADVVFYSKLIDALCKKGLVEY SSLLLNEMTKEGIQPNVVTYNSIINAFGESANNECGSDNVTHIVSAISQSKWENTEEDNI VKIFEQLAAQKSASGKKTNAERQDMLCILGVFHKMHELQIKPNVVTFSAILNACSRCSSF DEASLLLEELRLFDNQVYGVAHGLLMGQREGVWSQALSLFNEVKQMDSSTASAFYNALTD MLWHFDQKQGAQLVVLEGKRSEVWENTWSTSCLDLHLMSSGAACAMVHAWLLSIRSIVFE GHELPKMLSILTGWGKHSKITGDGALKRAIEGLLTSIGAPFQIAKCNIGRFISTGAVVTA WLRESGTLEVLVLQDDTSHLRATRFDQISNLQQLTL*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc06g009520.3.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9RNC1_RICCO)
Sequence	CACGAAGCAGTACAGCCGCCGGCGGTCAAAACAGAGTAAAAGAGTGTCTGAAAATGTGGC AACAGTCAATATATCAGCTCAACACTTTCTCTCTCTAGAATTCAATCTTCTCTCCTAAAA CCCTATCCTTTCTCTTACAATCTTCAATCAACAATGGCCTCCTCCACTCCCCCACCCCAC TGTGCACTCACTACCTCTAAACCTTATCAACCCCAAACCCACTCCCATCCCCACCCCAAC CACCGGAACAATCATCAACGCCATTGGTCCTCTCAAAAAGTCTCTCTGAATCCACCTCGC AATCCTAACCATCCTTCCCAAACCCCTAATTTTCTCTCTCTATCTTCATCAAAATCGGAT TTTTCAGCTGATTTCTCGGGTAGACGGTCGACCCGATTCGTTTCCAAGATGCATTTTGGC CGGGCTAAGATATCGGGTAACGGAAGGCACTCTTCATTTGCTCAGGAGGCTCTTGAAGAA GCTATTCGTTGTTGTAACAACGAAGCTGGTTTAGACCAAGTGTTGTTGACTTTCGGCTCT AAGCTTGTAGGGTCCGATGATTATACTTTTTTGTTCCGTGAGCTTGGGAATAGAGGGGAA TGGCTAGCTGCTATGCGTTGCTTTCAATTCGCTGTTGGTCGTGAAAGGAAGCGAAATGAG CAAGGTAAATTAGCTAGTTCAATGATTAGTATACTTGGTAGATCAGGGAAGGTTGATTTA GCTGAGAAAGTGTTTGAGAATGCTGTCAGTGACGGGTATGGTAGTACTGTTTATGCTTAT TCTGCCTTGATTAGTGCTTATGCAAAGAGTGGGTATTGTAATGAAGCTATTAGAGTCTTT GAGACCATGAAAGATTCCGGCTTGAAGCCTAATTTAGTGACTTATAATGCGTTGATTGAT GCTTGTGGGAAAGGGGGTGCTGATTTTAAGAGGGCGTCGGAGATTTTTGACGAAATGCTG AGAAATGGGGTTCAACCGGATAGGATTACCTTTAATTCGTTGCTTGCTGTTTGTAGTGGT GCAGGATTGTGGGAGACTGCGAGGGGTTTGTTTAACGAGATGATTTATAGAGGAATTGAT CAGGATATATACACGTATAATACATTTTTGGATGTAGCATGTAATGGGGGACAGATAGAT GTTGCTTTTGATATTATGTCTGAGATGCATGCAAAGAATATTTTGCCCAACCAAGTCACC TACAGTACTGTGATTCGTGGGTGTGCAAAAGCTGGGAGATTAGACAAAGCGTTGAGTTTA TTTAATGAGATGAAGTGTGCTGGCATAAAACTAGACAGGGTTTCATACAATACTTTACTT GCTATATATGCAAGCCTGGGAAAATTTGAGGAGGCCCTTAATGTTAGCAAGGAGATGGAG GGTATGGGAATTAAGAAAGATGTTGTCACTTACAATGCTCTTCTGGATGGGTTTGGCAAA CAAGGAATGTATACCAAGGTTAAGCAGTTGTTTGCAGAAATGAAAGCTGAAAAGCTTTCA CCTAACTTATTGACGTACTCCACATTGATTAGTGTGTACTTGAAAGGAGCCTTGTATCAT GATGCGGTAGAGGTCTATAAGGAGTTCAAGAAGCAAGGTCTGAAGGCAGATGTTGTTTTT TATAGCAAACTTATTGATGCCTTGTGTAAAAAAGGCCTTGTGGAGTATTCGTCGTTGTTG CTTAATGAGATGACGAAGGAAGGGATACAACCAAATGTTGTTACATATAACTCTATAATC AATGCTTTTGGTGAATCGGCAAACAATGAATGTGGATCAGACAATGTCACACATATTGTA TCCGCTATTTCTCAAAGTAAGTGGGAAAACACTGAAGAGGATAATATCGTTAAGATTTTC GAGCAATTAGCTGCTCAAAAGTCAGCTAGTGGGAAGAAAACTAATGCTGAAAGACAGGAC ATGCTCTGCATTCTAGGTGTTTTCCATAAGATGCATGAATTACAAATAAAGCCTAATGTA GTCACGTTTTCAGCAATCTTGAATGCTTGCAGCCGATGCAGTTCATTTGATGAAGCTTCA CTCTTACTCGAAGAACTCCGTCTATTTGATAACCAAGTTTATGGGGTGGCACATGGACTT CTCATGGGGCAGAGGGAAGGTGTATGGTCACAAGCTCTATCTCTTTTCAATGAAGTGAAG CAGATGGACTCTTCAACTGCATCTGCCTTTTACAATGCTTTGACTGACATGCTGTGGCAT TTTGACCAGAAACAAGGTGCTCAATTGGTTGTACTTGAAGGAAAACGTTCAGAAGTGTGG GAAAATACATGGTCCACTTCTTGTTTGGATCTGCATTTGATGTCTTCAGGGGCTGCATGT GCAATGGTCCACGCATGGTTGCTTAGTATACGGTCTATAGTGTTTGAAGGCCACGAGTTA CCAAAGATGCTGAGCATTTTGACTGGCTGGGGCAAGCACAGCAAGATAACAGGTGATGGC GCCTTAAAACGAGCCATTGAAGGCTTGCTCACCAGCATAGGTGCACCATTCCAGATAGCA AAGTGCAACATTGGGAGGTTCATATCCACTGGTGCTGTGGTAACTGCTTGGTTGAGAGAA TCAGGTACACTGGAAGTGCTTGTTCTTCAAGATGATACAAGTCACTTGCGTGCCACAAGG TTTGATCAAATTTCTAATTTACAACAACTAACATTGTAGTCGTTTCTGTATAATTTTGAC AGGGGAATATAAAATTTTTCCAGTGTAAATTAGTATATAAATATATATATTCCTTTGTTA TGTGAATGTCCTATTCTACCGTCACTTTAAACTGAACCAGCAACCTGTTCGAATGGCAAG ACGACAAGATAATAATCTAACTTTATAAATGCTGATAAAATAGAAACAATAATAACAAAT ATAAAAGGAACTATACAAGTGTGACATCAAGAGAAATTAAGTGAAATAAAGTTCTTGCTT TAAGTTTTGACGTTTTGTATAATGTGAAGTTGTGAAATGTGAATTGAAGACTTAAAAGGA CAA