Plant GARDEN
How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Species By Keywords Genes By Markers By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only) Sequences Other Tools

Data List

All Markers Trait-Related Loci
Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID

Solyc06g007300.2.1
CDS Infomation

Pentatricopeptide repeat protein (AHRD V3.3 *** A0A1B3IPW0_CAPAN)
Sequence

ATGAGGAGAATTTCTCTGCGAAATGGCAATGGCAATGGTATTTCCTTTATCTCTTTCTCT
GCTGATTCAGTAATTACTGGAAGAAGTTGTTCTTCATGCGATTACAGTAAAGAATCAATT
TCAGTTAAGGATAAAATTGGTGTAAATAGTAGCAATTTAGATGATGCTGTTACTCTCTTC
CATCAAATGGTTACAATGAAGCCTCTTCCTTCAGTTGTCGATTTCTCTAAATTGTTTAAG
ACTATGATAAAGATGAAACATTACTCTGCTGCCATTTCTCTTTTTCGACAAATGCTGAAA
TTGGGTATCCCAATTAATAATTTCATCTTGAGTATCATGATTAATAGTTATTGCCTGATG
TGTCGTGTTGATTGTGCATTTTCGGTGTTACCCATTTACTTGAAAAATGGCATTCCGTTT
AATGCTGTCACCTTTAACACCTTATTAAGGGGACTCTTTAGTGAAAATAAGGTCAAAGAT
GCAGTTGAATTGTTCAAGAAGTTGGTAAGAGAGAAGATTTGTGAGCCTGATGTAGTAACG
TATGCAACTGTAATGAATGGGCTAAGCAAAAGGGGTCATACTCAGAAGACTTTAAGTTTG
CTCCGGTTAATGGAACAAGGTAATACTGAGCCCAACATATACATCTACAACATTGTTATA
GATGCTCTTTGCAAAGATGGAAACTTAGATGCTGCTATCAACATTCTGAACGAGATGAAG
CAGAAAGACATTCATCCAGACGTATTAACGTATAATTCATTGATTGATGGTTTATGTAAG
CTCGGTCAGTGGGAAAAGGTTACGTCTTTGTTCTCTGAGATGGTGAACCTTAATATTTAT
CCAGATGTGTGCATCTTCAATACACTAATAGATGGACTATGCAAAGAAGGGAAAGTTGAA
GATGCTGAGGAAGTAATGAAACACATGGTCAGAAAAGCTGTAGAGCCTGATATAATTACA
TACAATGCGATAATGGATGGATATTGTTTGCGTGGTCAAGTCGATAGAGCAAAGAGAATT
TTCGATATCATGATCGATAAGGGCATCAAGCCTAACATTTTTAGCTATAACATACTAATA
AATGGATACTGTATGACAAAGGAAGTGGATGATGCTATGCAATTGTTTTGTGAAATTTCT
CAAAAGGGAACAAAACCTGATGTCGTCACCTACAATACTATCTTGCAAGGTCTTTTTAAA
GTTGGAAAAATAGTCCATGCTAGAAAATTCTTTGCTGAGATGCTATCTGCAGGATTCATA
CCTGATTTTTACACTCATGGCATTGTGATAAATGGTTATTTTAAGAATGGACTTGTTGAA
GAGGCTTTGTCACTCTTTAATAAGTTAGAAGGAAAGAGAGAAATTACTGATATTGAATTT
TACAATGTTGTCATCAATGGATTGTGCAACATTGGTAAACTCGATGAAGCTCGTGCTATT
TTTGAGAAGCTTTCTTTAATTGGATTGCTTCCGAATGTGAGAACATACAATAAGATGATA
CATGGATTTTGTCTTGAAGGTTTGTTAGATGAAGCTAATGATATGCTAAGAAAAATGGTG
GAGAATGGTTATCTGCCAAACGTCTTCACTTACAATGCCCTTGTGCAGGGATTTCTCAGG
TGTAGAAAAATTACTGAAATGACAACTTTTATGAAGGAAATGACGGGTAGGGGGTTCTCA
TTTGATGCAACTACAACTGAGTTATTGGTAAACGTTCTAAGGGAGAGTCCATCCGTCCTT
GACATGATACTAGATCTTCATTCAAAAATTATGAAGTGA

Peptide Sequence

PEP ID

Solyc06g007300.2.1
PEP Infomation

Pentatricopeptide repeat protein (AHRD V3.3 *** A0A1B3IPW0_CAPAN)
Sequence

MRRISLRNGNGNGISFISFSADSVITGRSCSSCDYSKESISVKDKIGVNSSNLDDAVTLF
HQMVTMKPLPSVVDFSKLFKTMIKMKHYSAAISLFRQMLKLGIPINNFILSIMINSYCLM
CRVDCAFSVLPIYLKNGIPFNAVTFNTLLRGLFSENKVKDAVELFKKLVREKICEPDVVT
YATVMNGLSKRGHTQKTLSLLRLMEQGNTEPNIYIYNIVIDALCKDGNLDAAINILNEMK
QKDIHPDVLTYNSLIDGLCKLGQWEKVTSLFSEMVNLNIYPDVCIFNTLIDGLCKEGKVE
DAEEVMKHMVRKAVEPDIITYNAIMDGYCLRGQVDRAKRIFDIMIDKGIKPNIFSYNILI
NGYCMTKEVDDAMQLFCEISQKGTKPDVVTYNTILQGLFKVGKIVHARKFFAEMLSAGFI
PDFYTHGIVINGYFKNGLVEEALSLFNKLEGKREITDIEFYNVVINGLCNIGKLDEARAI
FEKLSLIGLLPNVRTYNKMIHGFCLEGLLDEANDMLRKMVENGYLPNVFTYNALVQGFLR
CRKITEMTTFMKEMTGRGFSFDATTTELLVNVLRESPSVLDMILDLHSKIMK*

Transcript Sequence

Transcript ID

Solyc06g007300.2.1
Transcript Infomation

Pentatricopeptide repeat protein (AHRD V3.3 *** A0A1B3IPW0_CAPAN)
Sequence

ATATCATATTTACTAATTAAAATAAATATTTTTTAAATATTTAAAAATTATATAAAAGAA
AAAATATCGAAAATTAAATGTAAACGGAGTTAATGTATATTAGGTTATTTTTCTAATACC
CTTCACCCACAGAGAAATAGCCATTGAAGAAGATGAGGAGAATTTCTCTGCGAAATGGCA
ATGGCAATGGTATTTCCTTTATCTCTTTCTCTGCTGATTCAGTAATTACTGGAAGAAGTT
GTTCTTCATGCGATTACAGTAAAGAATCAATTTCAGTTAAGGATAAAATTGGTGTAAATA
GTAGCAATTTAGATGATGCTGTTACTCTCTTCCATCAAATGGTTACAATGAAGCCTCTTC
CTTCAGTTGTCGATTTCTCTAAATTGTTTAAGACTATGATAAAGATGAAACATTACTCTG
CTGCCATTTCTCTTTTTCGACAAATGCTGAAATTGGGTATCCCAATTAATAATTTCATCT
TGAGTATCATGATTAATAGTTATTGCCTGATGTGTCGTGTTGATTGTGCATTTTCGGTGT
TACCCATTTACTTGAAAAATGGCATTCCGTTTAATGCTGTCACCTTTAACACCTTATTAA
GGGGACTCTTTAGTGAAAATAAGGTCAAAGATGCAGTTGAATTGTTCAAGAAGTTGGTAA
GAGAGAAGATTTGTGAGCCTGATGTAGTAACGTATGCAACTGTAATGAATGGGCTAAGCA
AAAGGGGTCATACTCAGAAGACTTTAAGTTTGCTCCGGTTAATGGAACAAGGTAATACTG
AGCCCAACATATACATCTACAACATTGTTATAGATGCTCTTTGCAAAGATGGAAACTTAG
ATGCTGCTATCAACATTCTGAACGAGATGAAGCAGAAAGACATTCATCCAGACGTATTAA
CGTATAATTCATTGATTGATGGTTTATGTAAGCTCGGTCAGTGGGAAAAGGTTACGTCTT
TGTTCTCTGAGATGGTGAACCTTAATATTTATCCAGATGTGTGCATCTTCAATACACTAA
TAGATGGACTATGCAAAGAAGGGAAAGTTGAAGATGCTGAGGAAGTAATGAAACACATGG
TCAGAAAAGCTGTAGAGCCTGATATAATTACATACAATGCGATAATGGATGGATATTGTT
TGCGTGGTCAAGTCGATAGAGCAAAGAGAATTTTCGATATCATGATCGATAAGGGCATCA
AGCCTAACATTTTTAGCTATAACATACTAATAAATGGATACTGTATGACAAAGGAAGTGG
ATGATGCTATGCAATTGTTTTGTGAAATTTCTCAAAAGGGAACAAAACCTGATGTCGTCA
CCTACAATACTATCTTGCAAGGTCTTTTTAAAGTTGGAAAAATAGTCCATGCTAGAAAAT
TCTTTGCTGAGATGCTATCTGCAGGATTCATACCTGATTTTTACACTCATGGCATTGTGA
TAAATGGTTATTTTAAGAATGGACTTGTTGAAGAGGCTTTGTCACTCTTTAATAAGTTAG
AAGGAAAGAGAGAAATTACTGATATTGAATTTTACAATGTTGTCATCAATGGATTGTGCA
ACATTGGTAAACTCGATGAAGCTCGTGCTATTTTTGAGAAGCTTTCTTTAATTGGATTGC
TTCCGAATGTGAGAACATACAATAAGATGATACATGGATTTTGTCTTGAAGGTTTGTTAG
ATGAAGCTAATGATATGCTAAGAAAAATGGTGGAGAATGGTTATCTGCCAAACGTCTTCA
CTTACAATGCCCTTGTGCAGGGATTTCTCAGGTGTAGAAAAATTACTGAAATGACAACTT
TTATGAAGGAAATGACGGGTAGGGGGTTCTCATTTGATGCAACTACAACTGAGTTATTGG
TAAACGTTCTAAGGGAGAGTCCATCCGTCCTTGACATGATACTAGATCTTCATTCAAAAA
TTATGAAGTGATTCTTTCGCCTGATTTATTTGGCTACACTATCATTGTGATGCAATTTCC
TCTAAGCACTGCAAAACAAATGCTTTCTATTGTAGTTGTTGAAGCAGAAAAGCCAATTAG
AACGTCGCTTGGGCTTTGCAGGCAGGCTTATTGAAAAGGTGCAACAAAATTAGTGAAATG
GCATCTTTCATGAAGGAAATAGCTGGAAGGGGCTTCTCATTTGATGCAACTACAACTGTT
ATAAATTACGTCAGGAAAGTCATAGAACTGGGAAGATTATCCAAGCAAGAGAATTTGGGA
ACTTTTTGACAGAAGAGGCAAATATTTGTTTATCGGCATTGGAGCAGTTAATGTAATAGT
ATCTTGCTTTGGTTGCATTGGAGCGGCAACAAGGAATGGTGGTTGTATTTGCACGAGTGT
TTTACCTTCATGACTAATTATGTATTTGTGGAAAACCTAAAATATTTTTGAAGAAATTTA
TTTCATGAATATGTTAAAATTATGATGTTGGAGAACTTATAATTTGGATAAATTGGAACA
TTTTCAGTCAGATTTTGAGGTCTTACTTGTATAGCTTCTTCTATTTTGAATTTACTTGGA
TGAGGTTTTGACCATTTTGGGCTTAATCCAGACTTGCTCACGTGTCAG