Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc05g023900.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103YG29_CYNCS)
Sequence	ATGCTGAGATACGTACTGGCCAGAACACAGCCATGGAAGAGGTTTGCAACCTTCCCAGCA TCCCATTGTTGGGCTCTTTGGCACAGGCAATTCTCATCCCAGTCCCTCTACTTGTCGAAA GGGCAATACACGAATTTGGAAATTTCATCTTTCAATTCATCTACATACGCCAATGTGCTT CAGAATTGCATAAAGAACAGGGATTTCATTGTTGGAAAGGCACTCCATTGCGATGTTTTA AAGAGAGGAGGATGTTTAGACCTATTTGGCCAGAACATTTTGCTCAATTTATATGTTAAG TCTGAGTTATTACATGATGCAGTTCAGCTGTTCGATGAAATATCTACGAAAAATGTGGTT TCATTTGTAACATTACTTCAGGGACATTTGCAGGCAGAGGAGTATATTACAGCTGTTGAA TTGTTTAATAGATTGCATAGAGAAGGTCATGAGCTGAACCCATTTGTATTCACAACAATC TTGAAAGTGCTTGTGGGTATGGATGAAGCGGAGATGGGTTGGAACATTCATGCGTGTATT TATAAGCTTGGATTTGACTCTAATCCTTTTGTCAGCACTTCCCTTATTGATGCTTACTCT GTTTCTGGGCTTGTTGATTTTTCCAGGGATGTTTTTAATGGCATTATTGACAAGGACATG GTTTCTTGGACAGGGATTATTACTTGCTATGCGGAAAATGATTACTTTGAAGAAGCACTG GGATGCTTCTCCCAAATGAGGCTGGCAGGTTGGATGCCAAACAACTACACATTTACGAGT GTCATAAAGGCTTGCCTTAGTCTACTGGCCATTGATGTGGGCAAGAGTGTTCATGGATGT GTACTGAAAACTAGGTATGAGATGGATCCTTCTGTTGGTATTTCGTTGCTTGACCTATAC TGTAAATCTGGAGATTTGAATGATGCTGCGTGTGTTTTTCAAGAGATACCTGAGCGTGAT GTAGTTCATTGGAGTTTTATTATAGCACGATATTCACAGAGTGACCGCTGTGATGAGGCA TTGAAGTTCTTTTCCCAAATGAGGAGAGCATTAATTGTTCCAAACCAGTTTACTTTTGCT AGTGTGCTGCAGGCATGTGCATCTGTGGAGGCTTTAGACCTTGGGATGCAAATCCACTGC TATGTGACCAAGTTTGGGCTTGATTCAGATGTGTTTGTAAGAAATGCCCTCATGGATGTA TATGCTAAGTGTGGAAAGGTGGAAAATACAGTAGACATGTTTCTGGAGACTGAAAACATA AATGATGTGTCATGGAACACTATTATTGTTGGCCATGTACAATGTGGAGATGGAGAGAAG GCACTAGCTCTGTTTATTGATATGCATGAAGCTCAAGGGCGAGCTTCATCGGTGACATAT TCGTCTCTGCTGCGTGCTTGTGCAACCCTGGCTGCATTGGAGCCAGGTCTTCAAATTCAC TCGTTTACTATAAAAACCATTTACGATCAAGATCTTGCAGTTGGAAATGCTTTAGTGGAT ATGTATGCAAAATGTGGGAGTATTAAGGATGCTCGGTTGGTGTTTGAAATGATGATTGAG CGAGATGTTGTATCATGGAATGCTATGGTTTCAGCATATTCCATGCATGGTCTTGGGAAT GAAGCTCTCAGTATCTTTGAGAGAATGCGCAGAACGCATGTCAAACCTAATCAATTAACA TTTCTTGGTGTCCTTTCAGCATGTAGCAATTCAGGATCTTTGAATCATGGATATGCCTAT CTCTCTTTGATGCTGGATGATTATGGTATTGAGCCTTGCGTTGAACATTATACATGCATG GTATCACTTTTGGGGCGCTTAGGTCACTTTGATAAGGCTCGTAAGTTGATCGAAGACATC CCATTTGAGCCAAGTGTCATGGTATGGCGTGCTTTGCTTGGTGCCTGTGTTCTTCATAAT GAAGTTGATCTTGGGAAAACAGCTGCTCAGTGTGTGCTTGAATTGGAACCACAAGATGAA ACAACGTATGTGTTGTTATCAAATATGTATGCCACTTCGAAAAGGTGGAATAATGTAGCT TTTGTCCGGAAAACTATGAAGAAAAAACGACTAAAGAAGGAACCAGGACTTAGTTGGGTT GAAAACCAGGGCAGTGTTCATTATTTCTCTGTTGGTGATGCTTCACATCCTGATATCAAA CTTATACACGGAATGTTGGAATGGCTCAACTTGAAAAGTAAGGGGGGAGGCTATGTTCCT AATTCTGATGTTATTCTACTTGATGTGGACGATGATGAAAAGATACGCCTCCTATGGTTA CATAGTGAGAGATTAGCTTTAGCCTTTGCTTTAGTAAGAATGCCGCCTGGAAGCCCAATT CGGATTATTAAAAATCTACGAATATGTTTGGACTGTCATGCAGCAATCAAATTTATATCA ACTCTTGTGCAGCGAGAAATTGTTATAAGAGATATAAATAGGTTTCACCACTTCCAAAGT GGAGCTTGTTCATGTGGTGATTACTGGTAA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc05g023900.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103YG29_CYNCS)
Sequence	MLRYVLARTQPWKRFATFPASHCWALWHRQFSSQSLYLSKGQYTNLEISSFNSSTYANVL QNCIKNRDFIVGKALHCDVLKRGGCLDLFGQNILLNLYVKSELLHDAVQLFDEISTKNVV SFVTLLQGHLQAEEYITAVELFNRLHREGHELNPFVFTTILKVLVGMDEAEMGWNIHACI YKLGFDSNPFVSTSLIDAYSVSGLVDFSRDVFNGIIDKDMVSWTGIITCYAENDYFEEAL GCFSQMRLAGWMPNNYTFTSVIKACLSLLAIDVGKSVHGCVLKTRYEMDPSVGISLLDLY CKSGDLNDAACVFQEIPERDVVHWSFIIARYSQSDRCDEALKFFSQMRRALIVPNQFTFA SVLQACASVEALDLGMQIHCYVTKFGLDSDVFVRNALMDVYAKCGKVENTVDMFLETENI NDVSWNTIIVGHVQCGDGEKALALFIDMHEAQGRASSVTYSSLLRACATLAALEPGLQIH SFTIKTIYDQDLAVGNALVDMYAKCGSIKDARLVFEMMIERDVVSWNAMVSAYSMHGLGN EALSIFERMRRTHVKPNQLTFLGVLSACSNSGSLNHGYAYLSLMLDDYGIEPCVEHYTCM VSLLGRLGHFDKARKLIEDIPFEPSVMVWRALLGACVLHNEVDLGKTAAQCVLELEPQDE TTYVLLSNMYATSKRWNNVAFVRKTMKKKRLKKEPGLSWVENQGSVHYFSVGDASHPDIK LIHGMLEWLNLKSKGGGYVPNSDVILLDVDDDEKIRLLWLHSERLALAFALVRMPPGSPI RIIKNLRICLDCHAAIKFISTLVQREIVIRDINRFHHFQSGACSCGDYW*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc05g023900.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103YG29_CYNCS)
Sequence	ATGCTGAGATACGTACTGGCCAGAACACAGCCATGGAAGAGGTTTGCAACCTTCCCAGCA TCCCATTGTTGGGCTCTTTGGCACAGGCAATTCTCATCCCAGTCCCTCTACTTGTCGAAA GGGCAATACACGAATTTGGAAATTTCATCTTTCAATTCATCTACATACGCCAATGTGCTT CAGAATTGCATAAAGAACAGGGATTTCATTGTTGGAAAGGCACTCCATTGCGATGTTTTA AAGAGAGGAGGATGTTTAGACCTATTTGGCCAGAACATTTTGCTCAATTTATATGTTAAG TCTGAGTTATTACATGATGCAGTTCAGCTGTTCGATGAAATATCTACGAAAAATGTGGTT TCATTTGTAACATTACTTCAGGGACATTTGCAGGCAGAGGAGTATATTACAGCTGTTGAA TTGTTTAATAGATTGCATAGAGAAGGTCATGAGCTGAACCCATTTGTATTCACAACAATC TTGAAAGTGCTTGTGGGTATGGATGAAGCGGAGATGGGTTGGAACATTCATGCGTGTATT TATAAGCTTGGATTTGACTCTAATCCTTTTGTCAGCACTTCCCTTATTGATGCTTACTCT GTTTCTGGGCTTGTTGATTTTTCCAGGGATGTTTTTAATGGCATTATTGACAAGGACATG GTTTCTTGGACAGGGATTATTACTTGCTATGCGGAAAATGATTACTTTGAAGAAGCACTG GGATGCTTCTCCCAAATGAGGCTGGCAGGTTGGATGCCAAACAACTACACATTTACGAGT GTCATAAAGGCTTGCCTTAGTCTACTGGCCATTGATGTGGGCAAGAGTGTTCATGGATGT GTACTGAAAACTAGGTATGAGATGGATCCTTCTGTTGGTATTTCGTTGCTTGACCTATAC TGTAAATCTGGAGATTTGAATGATGCTGCGTGTGTTTTTCAAGAGATACCTGAGCGTGAT GTAGTTCATTGGAGTTTTATTATAGCACGATATTCACAGAGTGACCGCTGTGATGAGGCA TTGAAGTTCTTTTCCCAAATGAGGAGAGCATTAATTGTTCCAAACCAGTTTACTTTTGCT AGTGTGCTGCAGGCATGTGCATCTGTGGAGGCTTTAGACCTTGGGATGCAAATCCACTGC TATGTGACCAAGTTTGGGCTTGATTCAGATGTGTTTGTAAGAAATGCCCTCATGGATGTA TATGCTAAGTGTGGAAAGGTGGAAAATACAGTAGACATGTTTCTGGAGACTGAAAACATA AATGATGTGTCATGGAACACTATTATTGTTGGCCATGTACAATGTGGAGATGGAGAGAAG GCACTAGCTCTGTTTATTGATATGCATGAAGCTCAAGGGCGAGCTTCATCGGTGACATAT TCGTCTCTGCTGCGTGCTTGTGCAACCCTGGCTGCATTGGAGCCAGGTCTTCAAATTCAC TCGTTTACTATAAAAACCATTTACGATCAAGATCTTGCAGTTGGAAATGCTTTAGTGGAT ATGTATGCAAAATGTGGGAGTATTAAGGATGCTCGGTTGGTGTTTGAAATGATGATTGAG CGAGATGTTGTATCATGGAATGCTATGGTTTCAGCATATTCCATGCATGGTCTTGGGAAT GAAGCTCTCAGTATCTTTGAGAGAATGCGCAGAACGCATGTCAAACCTAATCAATTAACA TTTCTTGGTGTCCTTTCAGCATGTAGCAATTCAGGATCTTTGAATCATGGATATGCCTAT CTCTCTTTGATGCTGGATGATTATGGTATTGAGCCTTGCGTTGAACATTATACATGCATG GTATCACTTTTGGGGCGCTTAGGTCACTTTGATAAGGCTCGTAAGTTGATCGAAGACATC CCATTTGAGCCAAGTGTCATGGTATGGCGTGCTTTGCTTGGTGCCTGTGTTCTTCATAAT GAAGTTGATCTTGGGAAAACAGCTGCTCAGTGTGTGCTTGAATTGGAACCACAAGATGAA ACAACGTATGTGTTGTTATCAAATATGTATGCCACTTCGAAAAGGTGGAATAATGTAGCT TTTGTCCGGAAAACTATGAAGAAAAAACGACTAAAGAAGGAACCAGGACTTAGTTGGGTT GAAAACCAGGGCAGTGTTCATTATTTCTCTGTTGGTGATGCTTCACATCCTGATATCAAA CTTATACACGGAATGTTGGAATGGCTCAACTTGAAAAGTAAGGGGGGAGGCTATGTTCCT AATTCTGATGTTATTCTACTTGATGTGGACGATGATGAAAAGATACGCCTCCTATGGTTA CATAGTGAGAGATTAGCTTTAGCCTTTGCTTTAGTAAGAATGCCGCCTGGAAGCCCAATT CGGATTATTAAAAATCTACGAATATGTTTGGACTGTCATGCAGCAATCAAATTTATATCA ACTCTTGTGCAGCGAGAAATTGTTATAAGAGATATAAATAGGTTTCACCACTTCCAAAGT GGAGCTTGTTCATGTGGTGATTACTGGTAA