Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc05g012630.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** A0A061EBM2_THECC)
Sequence	ATGATACAGTATATGCCACTGTTCAGATCATGTACAAGCTCAAGATCAGTAGCACAACTT CATGCACATCTCATCATCAATGGTCTCCGCAAAGATCCACTTGCTTCCACCAAGCTGATA GAGTCTTATTCCCAAATGGGTTCCCTTAAAACTTCAAGACGAGTCTTTGAAACATTCCCG AACCCAGATTCTTTCATGTGGGGTGTAATAATCAAGTGCCATGTTTGGAATAACTTCTTT CAAGAAGCCATTTTTCTTTACCACACTATGCTTTGTCAACTATCTGAAACCAGTAGTTTC ATTTACCCTTCAGTTCTGAGAGCTATTTCTGCAACTGGTGATCTGAATGTTGGTCGGAAA GTTCATGGAAGGATTTTGAAATGCGGGTTTGAGTTTGATTCTGTTGTTGTGACGGCGTTA TTGAGTATGTATGGTGAACTTGGGTGGACAGTTTATGCAAGGAAGTTGTTTGATGAAATG TCTGTGAAGGATGTTGTTTCGTGGAGTTCGATTATTTCGAGCTATGTACGTAATGGGAAA GGTGAGGAAGGATTGGAGATTTTTGGGGATTTGGTTAAGGAGGGTGTTGAAATTGATTCA GTAGCTTTGCTTAGTGCAGTTGAGGGTTGTGGTGAGTTGGGTGTATGGAGAGTAGGGAAA TCTGTTCATGGTTATATATTGAGAAAGAATATTCAGAGTGATGGGTCTTTGATAAACTCG CTTGTTGCAATGTATGGAAAATGTGGCGATATGTGTAGTGCAGAGTTGCTTTTTCGTAAT GCTGTTGATAAGAGTACTTATACTTGGACAGCAATGATGTCCTGCTACAATCAGAATGGT TGCTATCATGAAGCGCTGGCGTTGTTTGTTAAGATGCATGAGTTTGATATGGAATACAAT GAAGTTACTGTTATGGCTGTTTTATGTTCTTGTGCTAGGTTGGGTTGGCTAAACGAAGGG AAGTCTATACATGGTTTTATAGTTAGAAATGCTTTTGATTGTGGCAATGATCTTCTAGGC TCAGCATTGGTTGACTTGTATGCTAACTGTGGCAAGCTAAGTGATTGCCACAAGGTATTT GGTTCGTCTCAAGACAGACATATCGTCTCATGGAATATGCTCATATCAGGTTATGTGCAG GAAGGATTTTCTGATAAGGCATTGACGCTTTTTGTGGATATGGTAAGAAAAGGAATATTG CCAGACTCGTATACTCTGGCAAGTGTCCTCTCAGCTTCTGGTGATATTGGGTTTTCGAAA TTTGGCTGTCAAATTCATAGCCACGTTATCAGGACTGGCTTTTCAACAGAGTTCGTCCAG AATTCACTGATTGACATGTACAGTAAATGTGGACTTGTGGACTATGCGCTCGTGATATTC AAGGATACACAAGAAAGAAGTGTTGTGACTTGGAATTCAATGATGTGTGGACTTACCCAA AATGGTTTATCTCGTGAAGCTATTAGTCTCTTTGATGAGATATACTCAAACTCGAGCGGA ATGGATGAAGTTACCTTCTTAGCTGCAATTCAAGCATGCTCCACTGTAGGATGGCTGGAG AAGGGAAAATGGATTCACCATAAGTTAATCATCTTTGATGTGAGGCATGATATGTATATC GATACTGCTCTGACAGATATGTATGCTAAATGTGGAGATCTCCGGATGGCTCGAAGAGTT TTTGATAGTATGTCTGAAAGGAGCATAATATCTTGGAGTGCCATGATAGGTGGTTATGGA ATGCACGGTCAAATCAATGATGCCATCTCACTCTTTCATGAAATGGTAAATAGTGGAATA AAACCAAATGACATCATTTTAACAAATATTCTATCTGCTTGCAGTCATTCTGGTTATCTG AATGAAGGGAAATATTTCTTTAACTTGATGATTAACTTGAGCATTGAACCCAAACCCGAA CACTTCGCGTGTCTGGTAGATCTTCTGAGTCGAGCTGGTGATATTGATAAAGCCTATGAA GTCATCACTTCAATGCCATTTCCTGTAGATGTTAGCATTTGGGGTGCCCTTATAAATGGA TGTAGAATTCACAAGCGAATGGATATTATCAAGATGATGCAACAAAGGCTTGAAAACATG CAAACAGATGATACTGGATATTATACTCTATTATCCAACATATATGCAGAAGAGGGAGAA TGGAATGAATCTAGAATGGTGAGGTCAAAGATGCGAAGTTTAGGTTTAAAAAAGGTCGAT GGCTATAGTATGATTGAAGTTGAGAAAAGAATACCAGCGTAA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc05g012630.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** A0A061EBM2_THECC)
Sequence	MIQYMPLFRSCTSSRSVAQLHAHLIINGLRKDPLASTKLIESYSQMGSLKTSRRVFETFP NPDSFMWGVIIKCHVWNNFFQEAIFLYHTMLCQLSETSSFIYPSVLRAISATGDLNVGRK VHGRILKCGFEFDSVVVTALLSMYGELGWTVYARKLFDEMSVKDVVSWSSIISSYVRNGK GEEGLEIFGDLVKEGVEIDSVALLSAVEGCGELGVWRVGKSVHGYILRKNIQSDGSLINS LVAMYGKCGDMCSAELLFRNAVDKSTYTWTAMMSCYNQNGCYHEALALFVKMHEFDMEYN EVTVMAVLCSCARLGWLNEGKSIHGFIVRNAFDCGNDLLGSALVDLYANCGKLSDCHKVF GSSQDRHIVSWNMLISGYVQEGFSDKALTLFVDMVRKGILPDSYTLASVLSASGDIGFSK FGCQIHSHVIRTGFSTEFVQNSLIDMYSKCGLVDYALVIFKDTQERSVVTWNSMMCGLTQ NGLSREAISLFDEIYSNSSGMDEVTFLAAIQACSTVGWLEKGKWIHHKLIIFDVRHDMYI DTALTDMYAKCGDLRMARRVFDSMSERSIISWSAMIGGYGMHGQINDAISLFHEMVNSGI KPNDIILTNILSACSHSGYLNEGKYFFNLMINLSIEPKPEHFACLVDLLSRAGDIDKAYE VITSMPFPVDVSIWGALINGCRIHKRMDIIKMMQQRLENMQTDDTGYYTLLSNIYAEEGE WNESRMVRSKMRSLGLKKVDGYSMIEVEKRIPA*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc05g012630.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** A0A061EBM2_THECC)
Sequence	ATGATACAGTATATGCCACTGTTCAGATCATGTACAAGCTCAAGATCAGTAGCACAACTT CATGCACATCTCATCATCAATGGTCTCCGCAAAGATCCACTTGCTTCCACCAAGCTGATA GAGTCTTATTCCCAAATGGGTTCCCTTAAAACTTCAAGACGAGTCTTTGAAACATTCCCG AACCCAGATTCTTTCATGTGGGGTGTAATAATCAAGTGCCATGTTTGGAATAACTTCTTT CAAGAAGCCATTTTTCTTTACCACACTATGCTTTGTCAACTATCTGAAACCAGTAGTTTC ATTTACCCTTCAGTTCTGAGAGCTATTTCTGCAACTGGTGATCTGAATGTTGGTCGGAAA GTTCATGGAAGGATTTTGAAATGCGGGTTTGAGTTTGATTCTGTTGTTGTGACGGCGTTA TTGAGTATGTATGGTGAACTTGGGTGGACAGTTTATGCAAGGAAGTTGTTTGATGAAATG TCTGTGAAGGATGTTGTTTCGTGGAGTTCGATTATTTCGAGCTATGTACGTAATGGGAAA GGTGAGGAAGGATTGGAGATTTTTGGGGATTTGGTTAAGGAGGGTGTTGAAATTGATTCA GTAGCTTTGCTTAGTGCAGTTGAGGGTTGTGGTGAGTTGGGTGTATGGAGAGTAGGGAAA TCTGTTCATGGTTATATATTGAGAAAGAATATTCAGAGTGATGGGTCTTTGATAAACTCG CTTGTTGCAATGTATGGAAAATGTGGCGATATGTGTAGTGCAGAGTTGCTTTTTCGTAAT GCTGTTGATAAGAGTACTTATACTTGGACAGCAATGATGTCCTGCTACAATCAGAATGGT TGCTATCATGAAGCGCTGGCGTTGTTTGTTAAGATGCATGAGTTTGATATGGAATACAAT GAAGTTACTGTTATGGCTGTTTTATGTTCTTGTGCTAGGTTGGGTTGGCTAAACGAAGGG AAGTCTATACATGGTTTTATAGTTAGAAATGCTTTTGATTGTGGCAATGATCTTCTAGGC TCAGCATTGGTTGACTTGTATGCTAACTGTGGCAAGCTAAGTGATTGCCACAAGGTATTT GGTTCGTCTCAAGACAGACATATCGTCTCATGGAATATGCTCATATCAGGTTATGTGCAG GAAGGATTTTCTGATAAGGCATTGACGCTTTTTGTGGATATGGTAAGAAAAGGAATATTG CCAGACTCGTATACTCTGGCAAGTGTCCTCTCAGCTTCTGGTGATATTGGGTTTTCGAAA TTTGGCTGTCAAATTCATAGCCACGTTATCAGGACTGGCTTTTCAACAGAGTTCGTCCAG AATTCACTGATTGACATGTACAGTAAATGTGGACTTGTGGACTATGCGCTCGTGATATTC AAGGATACACAAGAAAGAAGTGTTGTGACTTGGAATTCAATGATGTGTGGACTTACCCAA AATGGTTTATCTCGTGAAGCTATTAGTCTCTTTGATGAGATATACTCAAACTCGAGCGGA ATGGATGAAGTTACCTTCTTAGCTGCAATTCAAGCATGCTCCACTGTAGGATGGCTGGAG AAGGGAAAATGGATTCACCATAAGTTAATCATCTTTGATGTGAGGCATGATATGTATATC GATACTGCTCTGACAGATATGTATGCTAAATGTGGAGATCTCCGGATGGCTCGAAGAGTT TTTGATAGTATGTCTGAAAGGAGCATAATATCTTGGAGTGCCATGATAGGTGGTTATGGA ATGCACGGTCAAATCAATGATGCCATCTCACTCTTTCATGAAATGGTAAATAGTGGAATA AAACCAAATGACATCATTTTAACAAATATTCTATCTGCTTGCAGTCATTCTGGTTATCTG AATGAAGGGAAATATTTCTTTAACTTGATGATTAACTTGAGCATTGAACCCAAACCCGAA CACTTCGCGTGTCTGGTAGATCTTCTGAGTCGAGCTGGTGATATTGATAAAGCCTATGAA GTCATCACTTCAATGCCATTTCCTGTAGATGTTAGCATTTGGGGTGCCCTTATAAATGGA TGTAGAATTCACAAGCGAATGGATATTATCAAGATGATGCAACAAAGGCTTGAAAACATG CAAACAGATGATACTGGATATTATACTCTATTATCCAACATATATGCAGAAGAGGGAGAA TGGAATGAATCTAGAATGGTGAGGTCAAAGATGCGAAGTTTAGGTTTAAAAAAGGTCGAT GGCTATAGTATGATTGAAGTTGAGAAAAGAATACCAGCGTAA