Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc04g072170.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9H7Z0_POPTR)
Sequence	ATGGCGTACGTTGATTCGTTATTGTCAAAATGTACTTGTTTTTCCAAACTCAAACAACTC CAAGCCCATCTTATTATCACCGGCAATTTTCAATTCTACACTTGCCGCGCCAAATTCTTG GATTTCTGCGCCGTCTCTTCCGCCGGAAACCTCCCTTACGCCACCCATATCTTCCGCCAC ATTACTTCCCCATTCAAGAATGAATGGAACGCCATTATTCGCGGCCTTGCTCAAAGCCAC AAGCCCATTGATGCTCTCACTTTTTATGTCTCAATGTCTCGTTCCCTTTGTAAGCCTGAT GCTCTCACCTGCTCCTTCACTCTCAAAGCATGTGCTCGTGCATTGGCCCGTTCCGAAACC CCACAACTTCATACCCATGTGATTCGATTTGGGTTTGATGCAGATGTGTTGTTGCGGACT ACTTTACTGGATGCGTACTCGAAATCTGGTGATTTGGATTATGCATACAAGGTGTTTGAT GAAATGGGTGTTAGAGATATTGCGAGTTGGAATGCATTAATTGCTGGGTTAGCTCAAGGG AATCGACCCACGGAAGCTTTGTTGCTTTTTAAGAAAATGAGAGAGGAGGATATGGAACCA AATGAGGTTACTGTGCTTGGTGCTCTCTCTGCTTGTTCGCAGTTGGGGGCGAATAAAGAA GGGGAACTTGTTCACGAGTATATCAAAAGTAAGAATCTTGATTGCAAAGTGATTGTCTGT AATGCGGTTATTGATATGTATGCGAAATGTGGTGTTGTTGGAAGAGCTTATGAAGTTTTC AGTGAAATGAAATGCTTGAGGACTCGTGTCACGTGGAATACCATGATTATGGCTCTTGCG ATATATGGAGATGGAGAGCAAGCACTTGAGCTTTTCGAGAGGATGGGCCAAGCTGGGATC GACCCAGATAGTGTGAGTTACTTAGCTGCAATCTGTGCTTGTAACCATGCAGGAATGGTG GAAGAGGGAATGAAATTGTTTGATGACATGGACAGATGTGGAGTGAGTAAGAATGTGAAG CACTATGGTAGTATGGTGGACTTGTTGGGAAGAGCTGGGCGGTTGGAGGCAGCTTATAAA ATTGTACAGTCAATGCCTACATTTCCTGATGTAGTTTTATGGCAAACTCTCTTAGGGGCT TCCAAGACTTATGGTAATGTGGAAATGGCAGAGATAGCATCCAAGAAGCTCGTTGAAATG GGATCAAATCATTGTGGGGATTTCGTGTTGCTATCCAATCTTTATGCAGCACAAGGGAGG TGGCATGATGTGAGAAGAGTAAGGGAAGCCATGAAAGGTCAGGATGTAAAGAAGGTACCA GGCTTTAGCTACATTGAAGTTGGTGGAACGATATACAAATTTATGAATGGTGATAAAAAC CATCCAAAGTGGAATGAGATTTACTGGAAGCTTGATGAGGTTTCGTTGAGAATTAGGGAA TACGGGTATGTGGCAGAAACTAATTATGTGTTTCATGATATTGGACCGGAGGAGAAGGAG AATGCACTGTTTTATCATAGTGAGAAACTGGCAGTAGCTTTTGGTTTGATTAGTACACCT GATAGGACTTGTATAAGTGTGAATAAGAATCTTAGAATATGTGGGGATTGTCATGTTGTC ATTAAGCTCATATCAAAGATATACGAGCGAGAGATTATTGTGAGGGACAGGACTCGTTTT CACAGATTCAAAGATGGGGCTTGTTCTTGTAAAGAATACTGGTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc04g072170.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9H7Z0_POPTR)
Sequence	MAYVDSLLSKCTCFSKLKQLQAHLIITGNFQFYTCRAKFLDFCAVSSAGNLPYATHIFRH ITSPFKNEWNAIIRGLAQSHKPIDALTFYVSMSRSLCKPDALTCSFTLKACARALARSET PQLHTHVIRFGFDADVLLRTTLLDAYSKSGDLDYAYKVFDEMGVRDIASWNALIAGLAQG NRPTEALLLFKKMREEDMEPNEVTVLGALSACSQLGANKEGELVHEYIKSKNLDCKVIVC NAVIDMYAKCGVVGRAYEVFSEMKCLRTRVTWNTMIMALAIYGDGEQALELFERMGQAGI DPDSVSYLAAICACNHAGMVEEGMKLFDDMDRCGVSKNVKHYGSMVDLLGRAGRLEAAYK IVQSMPTFPDVVLWQTLLGASKTYGNVEMAEIASKKLVEMGSNHCGDFVLLSNLYAAQGR WHDVRRVREAMKGQDVKKVPGFSYIEVGGTIYKFMNGDKNHPKWNEIYWKLDEVSLRIRE YGYVAETNYVFHDIGPEEKENALFYHSEKLAVAFGLISTPDRTCISVNKNLRICGDCHVV IKLISKIYEREIIVRDRTRFHRFKDGACSCKEYW*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc04g072170.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9H7Z0_POPTR)
Sequence	ATGGCGTACGTTGATTCGTTATTGTCAAAATGTACTTGTTTTTCCAAACTCAAACAACTC CAAGCCCATCTTATTATCACCGGCAATTTTCAATTCTACACTTGCCGCGCCAAATTCTTG GATTTCTGCGCCGTCTCTTCCGCCGGAAACCTCCCTTACGCCACCCATATCTTCCGCCAC ATTACTTCCCCATTCAAGAATGAATGGAACGCCATTATTCGCGGCCTTGCTCAAAGCCAC AAGCCCATTGATGCTCTCACTTTTTATGTCTCAATGTCTCGTTCCCTTTGTAAGCCTGAT GCTCTCACCTGCTCCTTCACTCTCAAAGCATGTGCTCGTGCATTGGCCCGTTCCGAAACC CCACAACTTCATACCCATGTGATTCGATTTGGGTTTGATGCAGATGTGTTGTTGCGGACT ACTTTACTGGATGCGTACTCGAAATCTGGTGATTTGGATTATGCATACAAGGTGTTTGAT GAAATGGGTGTTAGAGATATTGCGAGTTGGAATGCATTAATTGCTGGGTTAGCTCAAGGG AATCGACCCACGGAAGCTTTGTTGCTTTTTAAGAAAATGAGAGAGGAGGATATGGAACCA AATGAGGTTACTGTGCTTGGTGCTCTCTCTGCTTGTTCGCAGTTGGGGGCGAATAAAGAA GGGGAACTTGTTCACGAGTATATCAAAAGTAAGAATCTTGATTGCAAAGTGATTGTCTGT AATGCGGTTATTGATATGTATGCGAAATGTGGTGTTGTTGGAAGAGCTTATGAAGTTTTC AGTGAAATGAAATGCTTGAGGACTCGTGTCACGTGGAATACCATGATTATGGCTCTTGCG ATATATGGAGATGGAGAGCAAGCACTTGAGCTTTTCGAGAGGATGGGCCAAGCTGGGATC GACCCAGATAGTGTGAGTTACTTAGCTGCAATCTGTGCTTGTAACCATGCAGGAATGGTG GAAGAGGGAATGAAATTGTTTGATGACATGGACAGATGTGGAGTGAGTAAGAATGTGAAG CACTATGGTAGTATGGTGGACTTGTTGGGAAGAGCTGGGCGGTTGGAGGCAGCTTATAAA ATTGTACAGTCAATGCCTACATTTCCTGATGTAGTTTTATGGCAAACTCTCTTAGGGGCT TCCAAGACTTATGGTAATGTGGAAATGGCAGAGATAGCATCCAAGAAGCTCGTTGAAATG GGATCAAATCATTGTGGGGATTTCGTGTTGCTATCCAATCTTTATGCAGCACAAGGGAGG TGGCATGATGTGAGAAGAGTAAGGGAAGCCATGAAAGGTCAGGATGTAAAGAAGGTACCA GGCTTTAGCTACATTGAAGTTGGTGGAACGATATACAAATTTATGAATGGTGATAAAAAC CATCCAAAGTGGAATGAGATTTACTGGAAGCTTGATGAGGTTTCGTTGAGAATTAGGGAA TACGGGTATGTGGCAGAAACTAATTATGTGTTTCATGATATTGGACCGGAGGAGAAGGAG AATGCACTGTTTTATCATAGTGAGAAACTGGCAGTAGCTTTTGGTTTGATTAGTACACCT GATAGGACTTGTATAAGTGTGAATAAGAATCTTAGAATATGTGGGGATTGTCATGTTGTC ATTAAGCTCATATCAAAGATATACGAGCGAGAGATTATTGTGAGGGACAGGACTCGTTTT CACAGATTCAAAGATGGGGCTTGTTCTTGTAAAGAATACTGGTGA