Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc04g063300.2.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9SVS3_RICCO)
Sequence	ATGAACAACACAATTCAGAAATATTTAACTCAAACTCATAACTTCAATAATGAATTTATC ATCCAAGCAATTCACTGTTATTTGGTTCATTTGCTTGTTAGTTTGATGAGATCCAATTAC AGTTTCAATGGCGAACCCACCACCCCTTGCAGCTCCAAAGGGGCAACATCTTCACAAGCG AAAGCCTTAACCACCACAATAATCAACCATCTTCGTTTGGGTCGACTTGGAAAAGCTGTC TCTGTTTTGTTCTCAGCTCCGGTTCCTGTCCATTTTGCTCTCTATGCTCATCTCTTCAGA ATCTGTGCATCAAACAAGGCCATTGTTGAAGTCCGTAAAGTCGAGTCGCATTTGGTTAGT TTTGCACCAACCCCGCCTGTGTTCTTGCTTAATCGAGCGATTGAGGCTTATGGTAAATGC GGGTGTTTGGTTGATGCAAGAGAGCTGTTTGATGAAATGCCTCAAAGAGATGGTGGGTCT TGGAATGCTATGGTTACTGCTTATTCACAAAATGGGTATGCTGGGAAGGCGTTGGCTGTG TTTTCTGATATGCATAAGTCTGGGGTTTTTGCTGCTGAGGTTACTTTTGCGGGTGTTCTT GCTTCCTGTGCTTCTACCTTGGCGCTTTGGCTTTCTAGACAGGTGCATGCCCTTGTTTTG AAATATGGTTTTGGTGGTAATGTGATTTTAGGGAGTTCGCTTGTGGATGTGTATGGGAAG TGTAGGAGAATGGGGGATGCACGGAGAATGTTTGATGAAATTGAGAGGCCAAATGCCGTT ACTTGGAATGTGATTGTTAGGAGGAATCTTGAGATGGGTAATGGAAAAGAGTCTGTTTTT CTGTTTTTCAAAATGATTTGTCTTAATGCGAGGCCGCTGACATTTACTGTCTCAAATGCT CTAGTTGCTTGTTCTAGTTTTAGAGGATTTCGTGAAGGAATTCAAATTCATGGATTAATT ATCAAGATTAATTTTGAAGAGGACGAGGTGGTCTCGTGCTCTCTAATTGATGTGTATGCC AAATGTGGGGATTTAGTATGTGCTCGAACAATTTTTGACCTGCTATCCACTAAAAACTTG ATTCATTGGACTTCTATGGTGTCAGGATATGCCATGAGCGGTAAAACCAGGCAAGCAAGG GAGATTTTTGATAGGATGCCTGAACGTAGTGTAGTTTCATGGAATGCAATGCTAGCAGGA TATGCACATAATTCACAATGGGATGAAGCAATGGAGTTAATCAATTTAATGTGCAATAAT ATGAGGGACACTGATCGTGTGACTGTAAGTTTGATCCTGAATGTTTCTGCAGGGCTCTCA GATCTTGAATTGGGGAAGCAGGTTCATGGATACATGTATAGGCACGGTTTCTACTCCGAC TTGAGTGTTGCGAATGCGCTTCTTGATATGTATGGGAAATGTGGGAACTTGAGAAAGGCT AGAGCATGGTTTTACGAAATGAGTTATTTCCGAGATATGGTTTCTTGGAATGCTTTGTTG AGTAGCTATGCTCGTCATAAGATGAGTGAAGAAGCTTTAGTAATTTTCTGGGAAATGCAA CAAGAGGTGACACCTAGTAAATTCACTTTCGCTACTCTCTTGGCAGTTTGTGCAAATATT TTTGCTTGTGAACAAGGTAAACAAATCCATGGGTTTTTGATTAGAAATGGTTATGATTTG GACATCGTTATCAGAGGAGCTTTGGTTGATATGTATTCCAAATGTCGTTTACTTGAGTAT TCACTGAATGTTTTCATTGGGACTTCTGTGAAAGATGTTGTTCTCTGGAATTCGCTGATG CTTGGATGTTATCATAACAAACAAAGTGAAGCAATATTAAAATTGTTTGAGTTGATGAAG GAGGATGGAGTGAAGCCAGATAGTACAACCTTCCAAGCTGTACTGCTTGCATGTATTTCT CAGGGTTGTGTGAAATTGGGTAGACAGTATTTCAATTCACTGAGTCAAGATTATTTTATT ATACCACAATTGGAGCATTACGAATCCATGATAAAGCTATATGGTCTGCATGGATTCTTT GATGAGCTTGAAGATTTTGTTGAGAAGATGCCATTTCAACCCACAGCCCCTATGTTAGGA AGAGTTTTTGACTCTTCCAAAGAATACAATAACACAAGGTTAGGAAAATGGGCTTCCGTT CTGCTTCAAAGTTTCGGACAAGTGGACACAAGCCTGCTTGTGGACTTCGGAACTTTTTTA GTGAGCCAAATTGCTGAATATTGCTCTGACACAAAATATTTTACCAGAGCCAAATACTGC AGAGAAGTAGATCTCCTGAAAGTGCTTGAACTTATGAATACATACATAATTCGAGCACAC CAATTTTTTGAACTGTAA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc04g063300.2.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9SVS3_RICCO)
Sequence	MNNTIQKYLTQTHNFNNEFIIQAIHCYLVHLLVSLMRSNYSFNGEPTTPCSSKGATSSQA KALTTTIINHLRLGRLGKAVSVLFSAPVPVHFALYAHLFRICASNKAIVEVRKVESHLVS FAPTPPVFLLNRAIEAYGKCGCLVDARELFDEMPQRDGGSWNAMVTAYSQNGYAGKALAV FSDMHKSGVFAAEVTFAGVLASCASTLALWLSRQVHALVLKYGFGGNVILGSSLVDVYGK CRRMGDARRMFDEIERPNAVTWNVIVRRNLEMGNGKESVFLFFKMICLNARPLTFTVSNA LVACSSFRGFREGIQIHGLIIKINFEEDEVVSCSLIDVYAKCGDLVCARTIFDLLSTKNL IHWTSMVSGYAMSGKTRQAREIFDRMPERSVVSWNAMLAGYAHNSQWDEAMELINLMCNN MRDTDRVTVSLILNVSAGLSDLELGKQVHGYMYRHGFYSDLSVANALLDMYGKCGNLRKA RAWFYEMSYFRDMVSWNALLSSYARHKMSEEALVIFWEMQQEVTPSKFTFATLLAVCANI FACEQGKQIHGFLIRNGYDLDIVIRGALVDMYSKCRLLEYSLNVFIGTSVKDVVLWNSLM LGCYHNKQSEAILKLFELMKEDGVKPDSTTFQAVLLACISQGCVKLGRQYFNSLSQDYFI IPQLEHYESMIKLYGLHGFFDELEDFVEKMPFQPTAPMLGRVFDSSKEYNNTRLGKWASV LLQSFGQVDTSLLVDFGTFLVSQIAEYCSDTKYFTRAKYCREVDLLKVLELMNTYIIRAH QFFEL*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc04g063300.2.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein, putative (AHRD V3.3 *** B9SVS3_RICCO)
Sequence	ATGAACAACACAATTCAGAAATATTTAACTCAAACTCATAACTTCAATAATGAATTTATC ATCCAAGCAATTCACTGTTATTTGGTTCATTTGCTTGTTAGTTTGATGAGATCCAATTAC AGTTTCAATGGCGAACCCACCACCCCTTGCAGCTCCAAAGGGGCAACATCTTCACAAGCG AAAGCCTTAACCACCACAATAATCAACCATCTTCGTTTGGGTCGACTTGGAAAAGCTGTC TCTGTTTTGTTCTCAGCTCCGGTTCCTGTCCATTTTGCTCTCTATGCTCATCTCTTCAGA ATCTGTGCATCAAACAAGGCCATTGTTGAAGTCCGTAAAGTCGAGTCGCATTTGGTTAGT TTTGCACCAACCCCGCCTGTGTTCTTGCTTAATCGAGCGATTGAGGCTTATGGTAAATGC GGGTGTTTGGTTGATGCAAGAGAGCTGTTTGATGAAATGCCTCAAAGAGATGGTGGGTCT TGGAATGCTATGGTTACTGCTTATTCACAAAATGGGTATGCTGGGAAGGCGTTGGCTGTG TTTTCTGATATGCATAAGTCTGGGGTTTTTGCTGCTGAGGTTACTTTTGCGGGTGTTCTT GCTTCCTGTGCTTCTACCTTGGCGCTTTGGCTTTCTAGACAGGTGCATGCCCTTGTTTTG AAATATGGTTTTGGTGGTAATGTGATTTTAGGGAGTTCGCTTGTGGATGTGTATGGGAAG TGTAGGAGAATGGGGGATGCACGGAGAATGTTTGATGAAATTGAGAGGCCAAATGCCGTT ACTTGGAATGTGATTGTTAGGAGGAATCTTGAGATGGGTAATGGAAAAGAGTCTGTTTTT CTGTTTTTCAAAATGATTTGTCTTAATGCGAGGCCGCTGACATTTACTGTCTCAAATGCT CTAGTTGCTTGTTCTAGTTTTAGAGGATTTCGTGAAGGAATTCAAATTCATGGATTAATT ATCAAGATTAATTTTGAAGAGGACGAGGTGGTCTCGTGCTCTCTAATTGATGTGTATGCC AAATGTGGGGATTTAGTATGTGCTCGAACAATTTTTGACCTGCTATCCACTAAAAACTTG ATTCATTGGACTTCTATGGTGTCAGGATATGCCATGAGCGGTAAAACCAGGCAAGCAAGG GAGATTTTTGATAGGATGCCTGAACGTAGTGTAGTTTCATGGAATGCAATGCTAGCAGGA TATGCACATAATTCACAATGGGATGAAGCAATGGAGTTAATCAATTTAATGTGCAATAAT ATGAGGGACACTGATCGTGTGACTGTAAGTTTGATCCTGAATGTTTCTGCAGGGCTCTCA GATCTTGAATTGGGGAAGCAGGTTCATGGATACATGTATAGGCACGGTTTCTACTCCGAC TTGAGTGTTGCGAATGCGCTTCTTGATATGTATGGGAAATGTGGGAACTTGAGAAAGGCT AGAGCATGGTTTTACGAAATGAGTTATTTCCGAGATATGGTTTCTTGGAATGCTTTGTTG AGTAGCTATGCTCGTCATAAGATGAGTGAAGAAGCTTTAGTAATTTTCTGGGAAATGCAA CAAGAGGTGACACCTAGTAAATTCACTTTCGCTACTCTCTTGGCAGTTTGTGCAAATATT TTTGCTTGTGAACAAGGTAAACAAATCCATGGGTTTTTGATTAGAAATGGTTATGATTTG GACATCGTTATCAGAGGAGCTTTGGTTGATATGTATTCCAAATGTCGTTTACTTGAGTAT TCACTGAATGTTTTCATTGGGACTTCTGTGAAAGATGTTGTTCTCTGGAATTCGCTGATG CTTGGATGTTATCATAACAAACAAAGTGAAGCAATATTAAAATTGTTTGAGTTGATGAAG GAGGATGGAGTGAAGCCAGATAGTACAACCTTCCAAGCTGTACTGCTTGCATGTATTTCT CAGGGTTGTGTGAAATTGGGTAGACAGTATTTCAATTCACTGAGTCAAGATTATTTTATT ATACCACAATTGGAGCATTACGAATCCATGATAAAGCTATATGGTCTGCATGGATTCTTT GATGAGCTTGAAGATTTTGTTGAGAAGATGCCATTTCAACCCACAGCCCCTATGTTAGGA AGAGTTTTTGACTCTTCCAAAGAATACAATAACACAAGGTTAGGAAAATGGGCTTCCGTT CTGCTTCAAAGTTTCGGACAAGTGGACACAAGCCTGCTTGTGGACTTCGGAACTTTTTTA GTGAGCCAAATTGCTGAATATTGCTCTGACACAAAATATTTTACCAGAGCCAAATACTGC AGAGAAGTAGATCTCCTGAAAGTGCTTGAACTTATGAATACATACATAATTCGAGCACAC CAATTTTTTGAACTGTAACGCAAAGAAGTTGATGTTTAGGTGGCCTGGTTTCTAACAGAT AAATAGGGAGCAGATCTTCCTTCTCCTGGTATCCATCCGGGCAGAAGCTGATCGTGACCA GTGAAGAAAGGAAAGCTAATTATCAAACAATCGATTGAGGTTCTGACAAAGTTGCTTCAG ACACATCAGGCTTTTCACCTGAGCATGGTAGAGCGATCATGGGTGAAGAAGTTGGTTCTT GATTAAGACGTGATATAAGTTGTGTGTGTGAAAGAGCCATTGTATGTGGATTGTACTCTA GTTGCTACCATCAAGCCAGGTAACATGACAAGTCAGACAGATGGGTGAAAAATGTGATAC TGGATTGGGATAAGCTGAGTTGAGGATTTTCACAGAGTGAGTCTAGTTCTAGGTCATTTC AGAAGGTACAGAAGAGCAAATGCTAGGGATCCTGGAACTACAAATCTGCTAGAGGTATTA ATGTTGGATTGGTGAAGGCCTAAGCCCCTAAAGGATGGCTTTGCTTGGTCATTGTGAGTG TGACTAGCGGTACAAAATGAAAATGATGGAAGAATACGCCATATGATCTTTGGATTCGAG TTGTTGCACTT