Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc04g016540.2.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A0B2Q1K7_GLYSO)
Sequence	ATGATCTCACTTCTCTGCCATCAGCGGCTTCTCTCTTCCTGCAAAGATCTCACCTTTCTT CTCCAAATTCATGCTCGTATAATCACCTCAGGCTTTAGTTTCAACATTTCCACCACAACC CATCTCATAAATTTATACTCTTCCTTCGAAAAATGCAATTTTTCTCGCACCCTTTTCGAT TCTACACCAAACCCACCTGTAATCTTGTGGAATTCAATGATCAGAGCATATATCAGAACA AATCGACATCAAGAAGCTCTGAAAATGTACAGTTTAATGTTGGAAGAAAAGGGTATTCAC CCGGATAAGTATACATTCACTTTTGTGCTGAAAGCTTGTACTTTAATGTCTGATTTTGAA AAGGGTATCAAGATTCATGAAGAGATAGTGAATAGGAGTCTTGAAAATGATGTCTTTATT GGGACTGGGATTATTGATATGTATAGTAAAATGGGTGATTTGGAGAGTGCAAGGAAGGTG TTTGATAAAATGCCTGATAAGGATGTTGTAGTTTGGAATGCAATGCTTTCTGGGGTTGCA CAGAGTGAAGAGCCGGTTAAGGCTGTTGATCTTTTCAAGAAGATGCAATTTATATGTCAG ATTAATCCTAGTTCAGTGACGTTATTGAATTTGCTTCCTGCAGTTTGTAAATTAATGGAT ATGAGGGTGTGTAGGTGTATACATGGTTATGTGTATAGGAGAGTGTTTCCAGTTTCGGTT TATAATGCGTTGATCGATACGTACTCCAAATGTAATTATTCTAATGTTGCTCGTCAAGTA TTTAACACGTTGAGGGGGAAAGATGATGTTTCATGGGGTACAATGATGGCAGGTTATGCA TATAATGGGAACTTTTATGAAGTTTTGGAATTGTTTGATTGCATGAAGAGGATAGGCTTG AAGATGAGCAAAGTAGCAGCTGTAAGTGCATTGCTTGGTGCTGGTGAAATGAGCGATTTA GAGAGAGGGATAAAAATTCATGAATGGTCAATTCAAGAAATGATTGATTCTGACGTTATG ATTGCTACTTCTTTGATGACAATGTATGCAAAGTGTGGAGTGCTAGACAAGGCTAGAGAT CTGTTTTGGGGAATTGGTGAAAGAGATTTGGTTGCTTGGTCCGCAGCAATAGCTGCTTTC TCACAATCAGGATATCCTCAAGAGGCGATATCTCTGTTTCGAGATATGCAGAATGAGTAT TCACAGCCAAACAATGTTACTCTGGTGAGCGTAATCCCAGCCTGTGCTGAGCTAAGGGAA GTGAGATTAGGAAAGAGTGTCCACTGTCATGCCATCAAAGCCAGTATGGATTCTGATATT TCAATGGGAACTGCCTTGGTTTCCATGTATGCTAAGTGCAACCTGTTTACTTCTGCACTT CATATTTTCAATAAGATGCCACTAACTGAGGTAGTGACATGGAATGCTCTAATTAACGGG TATGCCCAAATTGGTGACTGCTATAATGCATTAGAAATGTTTTGCCAATTAAGGTTATCT GGATTATACCCAGACCCTGGGACAATGGTTGGTGTACTTCCAGCTTGCGCCTCCCTTGGT GATGTACGCTTGGGGACATGCCTTCATTGTCAAATTATCAGATACGGATTTGAGTCAGAC TGTCATGTGAAAAATGCTCTAATTGACTTGTATGCCAAATGTGGAAATTTATCTTTGGCT GAGTTCATGTTCAACAAAACTGAGTTCTCTAAGGATGAGGTGTCCTGGAACACTATGATT GCAGGATACATGCATAATGGACTTGCAAAAGAAGCCCTTTCCGCATTCCATTCCATGAAA TTTGAATCATTTCAGCCCAATGTGGTCACGCTTGTGAGCATCCTGCCTGCGGTGTCACAT TTAACATACTTGAGAGAGGGCATGACTATACATGCCTACATAATCAAGAGTGGCTTTCAG GCCCATAAGCTTGTAGGGAATAGTCTTATCGATATGTATGCCAAATGTGGTCAACTTGAC CTATCCGAGCGTATATTTGAGGAGATGAAGAACATTGACAGTGTTTCTTGGAATGCTTTA CTTACAGCATATTCTATGCATGGGGAAGGTGATCGTGCTCTTTCTGTTTTCTCTCTAATG GAAGAGAGAGACATCGTAGTTGATTCTATATCATTCCTTAGTGTCTTGTCTGCCTGCAGA CATTCAGGCTTGGTTGAAGAAGGAAGGAAAATATTCCACTGCATGCGTGACAAATATCAC ATCGAACCAGATGTGGAACACTATGCCTGTCTGGTAGACATGTTAGGACGTGCTGGCTTG TTTAATGAAATTATGGATCTACTCAACACTATGCCTATGGAACCAGATGGTGGAGTTTGG GGGGCCTTGTTGGATGCATCTAGAATGCATTCTAATATTGAGATAGCAGAAGTTGCTTTG AAGCATCTTGTCAAAATTGAGCGAGGAAATCCAGCTCATTATGTGGTATTATCAAGTTTA TATTCTCAATCTGGTAGGTGGAATGATGCAGTTCATACTAGAGTAAAAATGAATGAAATT GGGTTGAGAAAGAATCCAGGCTGTAGTTGGGTTGAGGTGAAGTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc04g016540.2.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A0B2Q1K7_GLYSO)
Sequence	MISLLCHQRLLSSCKDLTFLLQIHARIITSGFSFNISTTTHLINLYSSFEKCNFSRTLFD STPNPPVILWNSMIRAYIRTNRHQEALKMYSLMLEEKGIHPDKYTFTFVLKACTLMSDFE KGIKIHEEIVNRSLENDVFIGTGIIDMYSKMGDLESARKVFDKMPDKDVVVWNAMLSGVA QSEEPVKAVDLFKKMQFICQINPSSVTLLNLLPAVCKLMDMRVCRCIHGYVYRRVFPVSV YNALIDTYSKCNYSNVARQVFNTLRGKDDVSWGTMMAGYAYNGNFYEVLELFDCMKRIGL KMSKVAAVSALLGAGEMSDLERGIKIHEWSIQEMIDSDVMIATSLMTMYAKCGVLDKARD LFWGIGERDLVAWSAAIAAFSQSGYPQEAISLFRDMQNEYSQPNNVTLVSVIPACAELRE VRLGKSVHCHAIKASMDSDISMGTALVSMYAKCNLFTSALHIFNKMPLTEVVTWNALING YAQIGDCYNALEMFCQLRLSGLYPDPGTMVGVLPACASLGDVRLGTCLHCQIIRYGFESD CHVKNALIDLYAKCGNLSLAEFMFNKTEFSKDEVSWNTMIAGYMHNGLAKEALSAFHSMK FESFQPNVVTLVSILPAVSHLTYLREGMTIHAYIIKSGFQAHKLVGNSLIDMYAKCGQLD LSERIFEEMKNIDSVSWNALLTAYSMHGEGDRALSVFSLMEERDIVVDSISFLSVLSACR HSGLVEEGRKIFHCMRDKYHIEPDVEHYACLVDMLGRAGLFNEIMDLLNTMPMEPDGGVW GALLDASRMHSNIEIAEVALKHLVKIERGNPAHYVVLSSLYSQSGRWNDAVHTRVKMNEI GLRKNPGCSWVEVK*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc04g016540.2.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A0B2Q1K7_GLYSO)
Sequence	TGTTAGAAATCAAACACACACATTTGAGTATAGTCTCATTGATGAAAAACTATGAATGAA ATAGACGGAACATAGTACAAGAGTAAAAGAGAATTTTCGTAAGCAAAATTGGAAGAAAAA TGGATTCTTGAAATAGAAAAGGTTCGGTTCAGTTACAGTTAAACGTCTCAACTACTAATG ATCTCACTTCTCTGCCATCAGCGGCTTCTCTCTTCCTGCAAAGATCTCACCTTTCTTCTC CAAATTCATGCTCGTATAATCACCTCAGGCTTTAGTTTCAACATTTCCACCACAACCCAT CTCATAAATTTATACTCTTCCTTCGAAAAATGCAATTTTTCTCGCACCCTTTTCGATTCT ACACCAAACCCACCTGTAATCTTGTGGAATTCAATGATCAGAGCATATATCAGAACAAAT CGACATCAAGAAGCTCTGAAAATGTACAGTTTAATGTTGGAAGAAAAGGGTATTCACCCG GATAAGTATACATTCACTTTTGTGCTGAAAGCTTGTACTTTAATGTCTGATTTTGAAAAG GGTATCAAGATTCATGAAGAGATAGTGAATAGGAGTCTTGAAAATGATGTCTTTATTGGG ACTGGGATTATTGATATGTATAGTAAAATGGGTGATTTGGAGAGTGCAAGGAAGGTGTTT GATAAAATGCCTGATAAGGATGTTGTAGTTTGGAATGCAATGCTTTCTGGGGTTGCACAG AGTGAAGAGCCGGTTAAGGCTGTTGATCTTTTCAAGAAGATGCAATTTATATGTCAGATT AATCCTAGTTCAGTGACGTTATTGAATTTGCTTCCTGCAGTTTGTAAATTAATGGATATG AGGGTGTGTAGGTGTATACATGGTTATGTGTATAGGAGAGTGTTTCCAGTTTCGGTTTAT AATGCGTTGATCGATACGTACTCCAAATGTAATTATTCTAATGTTGCTCGTCAAGTATTT AACACGTTGAGGGGGAAAGATGATGTTTCATGGGGTACAATGATGGCAGGTTATGCATAT AATGGGAACTTTTATGAAGTTTTGGAATTGTTTGATTGCATGAAGAGGATAGGCTTGAAG ATGAGCAAAGTAGCAGCTGTAAGTGCATTGCTTGGTGCTGGTGAAATGAGCGATTTAGAG AGAGGGATAAAAATTCATGAATGGTCAATTCAAGAAATGATTGATTCTGACGTTATGATT GCTACTTCTTTGATGACAATGTATGCAAAGTGTGGAGTGCTAGACAAGGCTAGAGATCTG TTTTGGGGAATTGGTGAAAGAGATTTGGTTGCTTGGTCCGCAGCAATAGCTGCTTTCTCA CAATCAGGATATCCTCAAGAGGCGATATCTCTGTTTCGAGATATGCAGAATGAGTATTCA CAGCCAAACAATGTTACTCTGGTGAGCGTAATCCCAGCCTGTGCTGAGCTAAGGGAAGTG AGATTAGGAAAGAGTGTCCACTGTCATGCCATCAAAGCCAGTATGGATTCTGATATTTCA ATGGGAACTGCCTTGGTTTCCATGTATGCTAAGTGCAACCTGTTTACTTCTGCACTTCAT ATTTTCAATAAGATGCCACTAACTGAGGTAGTGACATGGAATGCTCTAATTAACGGGTAT GCCCAAATTGGTGACTGCTATAATGCATTAGAAATGTTTTGCCAATTAAGGTTATCTGGA TTATACCCAGACCCTGGGACAATGGTTGGTGTACTTCCAGCTTGCGCCTCCCTTGGTGAT GTACGCTTGGGGACATGCCTTCATTGTCAAATTATCAGATACGGATTTGAGTCAGACTGT CATGTGAAAAATGCTCTAATTGACTTGTATGCCAAATGTGGAAATTTATCTTTGGCTGAG TTCATGTTCAACAAAACTGAGTTCTCTAAGGATGAGGTGTCCTGGAACACTATGATTGCA GGATACATGCATAATGGACTTGCAAAAGAAGCCCTTTCCGCATTCCATTCCATGAAATTT GAATCATTTCAGCCCAATGTGGTCACGCTTGTGAGCATCCTGCCTGCGGTGTCACATTTA ACATACTTGAGAGAGGGCATGACTATACATGCCTACATAATCAAGAGTGGCTTTCAGGCC CATAAGCTTGTAGGGAATAGTCTTATCGATATGTATGCCAAATGTGGTCAACTTGACCTA TCCGAGCGTATATTTGAGGAGATGAAGAACATTGACAGTGTTTCTTGGAATGCTTTACTT ACAGCATATTCTATGCATGGGGAAGGTGATCGTGCTCTTTCTGTTTTCTCTCTAATGGAA GAGAGAGACATCGTAGTTGATTCTATATCATTCCTTAGTGTCTTGTCTGCCTGCAGACAT TCAGGCTTGGTTGAAGAAGGAAGGAAAATATTCCACTGCATGCGTGACAAATATCACATC GAACCAGATGTGGAACACTATGCCTGTCTGGTAGACATGTTAGGACGTGCTGGCTTGTTT AATGAAATTATGGATCTACTCAACACTATGCCTATGGAACCAGATGGTGGAGTTTGGGGG GCCTTGTTGGATGCATCTAGAATGCATTCTAATATTGAGATAGCAGAAGTTGCTTTGAAG CATCTTGTCAAAATTGAGCGAGGAAATCCAGCTCATTATGTGGTATTATCAAGTTTATAT TCTCAATCTGGTAGGTGGAATGATGCAGTTCATACTAGAGTAAAAATGAATGAAATTGGG TTGAGAAAGAATCCAGGCTGTAGTTGGGTTGAGGTGAAGTAGGGAACATTAAATTTTGTG CAAGTGCAATAGAGATTGCCATTGGTATTACTCTTTGTTGACCTGGGCTGATGGTGGCAA TCCAACTGGTGAAGAATCTCCATGATTTTACAGGGATGGGAATCTTTCCCTAATCGTGAT GGCGTTGAGGGCTTATTTGAAGCTCCAACTTATAGGCAACATTTTCTGTATTTCCAGCGA CAACATAAGTTGGAAATGAAGTAGTTTGGGCTGTTTAAAGTTCTGGTGCCGAAATACACC CAGTTCTCCACATTTCTTTGCTCAACAAGTGCTCAGGAATGCCCTACCAACAAGTTACCC TACTGTAGTTACAGGATGATAGTCAACAGGAAAAATCTGTGAACCTTGCGACACAAGGTT CTTATCGGTGAAGGAGGTAATGTTATGACCATGTCAGTTGGGGGCCTCCAGTCCGCAGCC AGGTCATTATTCCTTCAGAAGCTGAAAATGTGAGGCACACAAGTAGTGAATTAGGAGTAA GGTGATGAGACCAACAA