Plant GARDEN
How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Species By Keywords Genes By Markers By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only) Sequences Other Tools

Data List

All Markers Trait-Related Loci
Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID

Solyc04g009210.1.1
CDS Infomation

Pentatricopeptide repeat superfamily protein (AHRD V3.3 *** A0A061E2B0_THECC)
Sequence

ATGTTGAATGTTACAGTATCTTCAAATTCCGCCACTCTAACACAAAAATTCATCACCTTT
ATCGAAAAATGCAAATCAATTTCAGAGTTAAAGAAACTCCATGCCTTGTTAATCACCTGT
GGCATTTCCAAAGAAACTCAATTCAGTTCAAGAATCCTCTGTTTCACAGCATTATCTGAT
TCCTCAAGTATAGACTATGCTCATCGTGTTTTTCTACAAATTAAAACCCCAACAATCTTT
GATTACAATGCTCTTATAAGGGGTTATTCTAGCAGCAAAAACCCATGTAAATCTTTGTCC
TTATTTGTTGAAATGTTGCAAAATGAGGTTTTTCCGAACTATTTTACGTACCCTTTTGTT
GTTAAGTGTTTGGCTAAGTTGTCTGAGGTTAGAATTGGTAGGAGTGTTCATGGAGGGGTA
TTGAAAAATGGGTTTGATGTGGATTTGTATGTTTCTAATTCTTTGATTCATATGTATGGT
TCTTGTGGTGATGTCTTGTGTGCGAGGAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGTGAGGAATTTG
GTGTCGTGGAATTCGATGATGGATGGGTATGGGAAATGTGGGGATGTTGTTTTGATGAGG
GAGGTGTTTGATTCGATGATTGAGAGGGATGTTGTGTCGTGGAGCTCGTTGATTGATGGG
TATGTTAAGGATGGGGAATATGCTGAGGCGTTGGCGATGTTTGAAAAAATGAGAGTGGAA
GGGCCGAAAGCGAATGAGGTGACCATAGTGAGTGTTTTGGGTGCTTGTGCTCACTTGGGT
GCGCTTGAGCAAGGGAGGGTAATGCATGAGTACGTAGTTGAGAATAAGTTGCCTATGACT
TTAGTGTTGAGGACGTCGCTTGTTGATATGTATGCTAAGTGTGGTGCAGTAGAGGAGGCA
TTAGTTGTGTTTCGAGAGGCTTTAGGGAGAAAAACCGATGTCTTGATTTGGAATGCCATG
ATTGGAGGTTTGGCAACACATGGCCTGGTTACTGAGTCTTTGGAGTTGTACAAGGAAATG
CACGTTTTGAAGGTGAGACCAGATGAGATTACGTACTTGTGTCTTTTATGTGCTTGTGCT
CATGGAGGATTAGTTAAGGAGGCTTGGTGTTTCTTTGATTCTCTTGGTAAAGATGGCATG
ACAGCAAAGTGTGAGCATTATGCCTGCATGATGGATGTACTAGCACGTGCAGGTCGTTTA
ACAGAAGCCTACAGGTTTCTATGTGAAATGCCTATGGAACCGACTGCTTCCATGTTAGGT
GCACTACTTAGTGGCTGCATCAACCATGGAAGGTTGGATCTTGCAGAAATAGTAGGGAAA
AAACTTATCGACTTGGAGCCATTTCATGATGGTAGATATGTTGGGTTATCAAATGTATAT
GCACTTAAAAAGCGTTGGGATGAAGCAAAAGCCATGAGAGAAGCTATGGATACTCGGGGA
GTGAAGAAATTGCCTGGTTTCAGTGTTGTGGAGATCTTTGGGGCTCTTCACAGATTCATA
GCACATGATAAAGCACACCCTGAATCGGATCAAATCTACACAATTCTAGATTTTGTTTTG
TGGCAAATGAAGCTAGATAAAGATTGTGAAGAGCCAGAACAATTGTCATGTGATATCAAT
GGAGGACTCAGTAATGGAGTTGATAGCAGTGCCTTGCAGATGAACGATTTTTCGCTATAA

Peptide Sequence

PEP ID

Solyc04g009210.1.1
PEP Infomation

Pentatricopeptide repeat superfamily protein (AHRD V3.3 *** A0A061E2B0_THECC)
Sequence

MLNVTVSSNSATLTQKFITFIEKCKSISELKKLHALLITCGISKETQFSSRILCFTALSD
SSSIDYAHRVFLQIKTPTIFDYNALIRGYSSSKNPCKSLSLFVEMLQNEVFPNYFTYPFV
VKCLAKLSEVRIGRSVHGGVLKNGFDVDLYVSNSLIHMYGSCGDVLCARKVFDEMPVRNL
VSWNSMMDGYGKCGDVVLMREVFDSMIERDVVSWSSLIDGYVKDGEYAEALAMFEKMRVE
GPKANEVTIVSVLGACAHLGALEQGRVMHEYVVENKLPMTLVLRTSLVDMYAKCGAVEEA
LVVFREALGRKTDVLIWNAMIGGLATHGLVTESLELYKEMHVLKVRPDEITYLCLLCACA
HGGLVKEAWCFFDSLGKDGMTAKCEHYACMMDVLARAGRLTEAYRFLCEMPMEPTASMLG
ALLSGCINHGRLDLAEIVGKKLIDLEPFHDGRYVGLSNVYALKKRWDEAKAMREAMDTRG
VKKLPGFSVVEIFGALHRFIAHDKAHPESDQIYTILDFVLWQMKLDKDCEEPEQLSCDIN
GGLSNGVDSSALQMNDFSL*

Transcript Sequence

Transcript ID

Solyc04g009210.1.1
Transcript Infomation

Pentatricopeptide repeat superfamily protein (AHRD V3.3 *** A0A061E2B0_THECC)
Sequence

ATGTTGAATGTTACAGTATCTTCAAATTCCGCCACTCTAACACAAAAATTCATCACCTTT
ATCGAAAAATGCAAATCAATTTCAGAGTTAAAGAAACTCCATGCCTTGTTAATCACCTGT
GGCATTTCCAAAGAAACTCAATTCAGTTCAAGAATCCTCTGTTTCACAGCATTATCTGAT
TCCTCAAGTATAGACTATGCTCATCGTGTTTTTCTACAAATTAAAACCCCAACAATCTTT
GATTACAATGCTCTTATAAGGGGTTATTCTAGCAGCAAAAACCCATGTAAATCTTTGTCC
TTATTTGTTGAAATGTTGCAAAATGAGGTTTTTCCGAACTATTTTACGTACCCTTTTGTT
GTTAAGTGTTTGGCTAAGTTGTCTGAGGTTAGAATTGGTAGGAGTGTTCATGGAGGGGTA
TTGAAAAATGGGTTTGATGTGGATTTGTATGTTTCTAATTCTTTGATTCATATGTATGGT
TCTTGTGGTGATGTCTTGTGTGCGAGGAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGTGAGGAATTTG
GTGTCGTGGAATTCGATGATGGATGGGTATGGGAAATGTGGGGATGTTGTTTTGATGAGG
GAGGTGTTTGATTCGATGATTGAGAGGGATGTTGTGTCGTGGAGCTCGTTGATTGATGGG
TATGTTAAGGATGGGGAATATGCTGAGGCGTTGGCGATGTTTGAAAAAATGAGAGTGGAA
GGGCCGAAAGCGAATGAGGTGACCATAGTGAGTGTTTTGGGTGCTTGTGCTCACTTGGGT
GCGCTTGAGCAAGGGAGGGTAATGCATGAGTACGTAGTTGAGAATAAGTTGCCTATGACT
TTAGTGTTGAGGACGTCGCTTGTTGATATGTATGCTAAGTGTGGTGCAGTAGAGGAGGCA
TTAGTTGTGTTTCGAGAGGCTTTAGGGAGAAAAACCGATGTCTTGATTTGGAATGCCATG
ATTGGAGGTTTGGCAACACATGGCCTGGTTACTGAGTCTTTGGAGTTGTACAAGGAAATG
CACGTTTTGAAGGTGAGACCAGATGAGATTACGTACTTGTGTCTTTTATGTGCTTGTGCT
CATGGAGGATTAGTTAAGGAGGCTTGGTGTTTCTTTGATTCTCTTGGTAAAGATGGCATG
ACAGCAAAGTGTGAGCATTATGCCTGCATGATGGATGTACTAGCACGTGCAGGTCGTTTA
ACAGAAGCCTACAGGTTTCTATGTGAAATGCCTATGGAACCGACTGCTTCCATGTTAGGT
GCACTACTTAGTGGCTGCATCAACCATGGAAGGTTGGATCTTGCAGAAATAGTAGGGAAA
AAACTTATCGACTTGGAGCCATTTCATGATGGTAGATATGTTGGGTTATCAAATGTATAT
GCACTTAAAAAGCGTTGGGATGAAGCAAAAGCCATGAGAGAAGCTATGGATACTCGGGGA
GTGAAGAAATTGCCTGGTTTCAGTGTTGTGGAGATCTTTGGGGCTCTTCACAGATTCATA
GCACATGATAAAGCACACCCTGAATCGGATCAAATCTACACAATTCTAGATTTTGTTTTG
TGGCAAATGAAGCTAGATAAAGATTGTGAAGAGCCAGAACAATTGTCATGTGATATCAAT
GGAGGACTCAGTAATGGAGTTGATAGCAGTGCCTTGCAGATGAACGATTTTTCGCTATAA