Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc04g009000.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XCD9_CYNCS)
Sequence	ATGACAAAAGACACTTCTTTATTCAAAAAACTCATCACTTGGGACCTTTTCACCCTCTCA AACTCAACTCCCTTTGCCAAGATTCTAGATTCTTACATCAATACCAAGTCCCAGTATGTC ATACAAACTGTCCATTGCCGAGTTCTCAAGACCCATTTTAGCTCCGAGGTTTTCATAAAC AACAAGCTAATAGATACTTACGGTAAATCCGGGGTGTTAAAGTATGCCAAGAATGTGTTT GATAAAATGCCTGAGAGAAATACCTTTACTTGGAATTCCATGATGAATGCATATACAGCA TCAAGATTGGTTTTTGAGGCTGAGGAACTGTTTTACATGATGCCTGAGCCTGATCAGTGT TCGTGGAACTTGATGGTGTCGAGCTTTGCTCAATGTGAATTGTTTGATTCGTCGATAGAG TTTCTTGTGAGAATGCACAAAGAAGATTTTGTTTTGAATGAGTACGGTTATGGAAGTGGT TTAAGTGCTTGTGCAGGCTTAAGGGACTCGAGAATGGGAACTCAACTTCATGCCTCGGTT GCTAAATCGAGATATTCGAGAAGTGTTTACATGGGTTCTGCGCTTATTGACATGTACTCG AAAACGGGTGATGTGGATTGTGCAGCAAAGGTGTTTAATGGGATGTGTGAACGTAATGTG GTGTCGTGGAATAGTTTACTTTCTTGTTATGAGCAAAATGGGCCAGTGAAGGAGGCACTT GTGGTATTCGCTAGGATGATGGAGTTTGGGTTTAAACCAGATGAGAAGACATTGGCAAGT GTAGTAAGTGCTTGTGCAAGTTTGTGTGCGATAAGAGAAGGTAAGGAAATTCATGCCCAA ATTGTGAAGTCGGATAAGCTTAGGGATGATCTTATTATATGCAATGCGTTGGTTGATATG TACGCAAAGTCTGGGAGAATTGCTGAAGCTAGATGGATTTTTGATAGGATGCCAGTTAGA AGTGTGGTGTCCGACACCTGTTTGGTAAGTGGTTATGCGAGAGTTGCAAGTGTGAAGACT GCAAGAGCTGTGTTTTCGGGGATGATTGAAAGGAATGTTGTGTCTTGGAATGCTCTTATT GCTGGATATACACAGAACGGGAACAATGAAGAGGCACTAAATCTCTTTCTTATGCTAAAG CGGGAATCTGTTTGGCCAACACACTATACGTTTGGGAATCTACTTAACGCTTGTGCAAAT TTAGCTGATCTGAAACTTGGTAGGCAGGCTCATACACATATTTTGAAGCATGGATTTCGT TTCCAGAATGGACCTGAGCCTGATGTTTTCGTGGGAAATGCTCTCATAGACATGTATATG AAATGTGGATCAGTTGAAGATGGTAGTTGTGTTTTCACAAAAATGCTGGACAGGGACTGG GTTTCGTGGAATGCCGTTATAGTTGGATATGCACAAAATGGCCATGCTATGGAAGCTCTT GAAACTTTCAACGCTATGTTAGTATACGGAGAGAAGCCAGATCACGTGACTATGATTGGA GTTCTATGTGCATGTAGTCATGCAGGATTGGTTGAGGAGGGGCGTCGATATTTCTATTCC ATGGACAGAGACTATGGGTTGACACCTTTTAAAGACCACTATACATGCATGGTCGATTTA CTTGGCAAGGCTGGTTGCTTAGAAGAGGCAAAGGATTTGATTGAATCTATGCCGATGCCA CCAGATAGTGTGGTATGGGGGTCTTTGCTCGCTGCATGTAAAATTCACAGGGAAATTGAG CTGGGTAAGTATGTAGCTGAGAAGCTTTTGGAGATTGATCCTACAAATTCTGGCCCTTAT GTTCTTCTATCAAACATGTATGCTGAACAAGGGAGATGGCAAGATGTCAAAATGATCCGA AAACTTATGAGACAACGAGGCGTTGTTAAACAGCCTGGTTGTAGTTGGATTGAAATACAA AGCCAGGTTCATGTTTTCATGGTAAAAGACAAGAGACACACGCAGAAAAAAGAGATATAT TTGATATTGAATACACTAACTAAATTGATGAAGCTTTCTGGCTATGTCCCAAATGCTGGT CATTTGGATGGTGATGAGGAGCAAACCATGCTGGATTTTAACTCATCTGAAGAGTTTGAA GAACCTGTAACAGCTGCCATTGCATGCTAA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc04g009000.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XCD9_CYNCS)
Sequence	MTKDTSLFKKLITWDLFTLSNSTPFAKILDSYINTKSQYVIQTVHCRVLKTHFSSEVFIN NKLIDTYGKSGVLKYAKNVFDKMPERNTFTWNSMMNAYTASRLVFEAEELFYMMPEPDQC SWNLMVSSFAQCELFDSSIEFLVRMHKEDFVLNEYGYGSGLSACAGLRDSRMGTQLHASV AKSRYSRSVYMGSALIDMYSKTGDVDCAAKVFNGMCERNVVSWNSLLSCYEQNGPVKEAL VVFARMMEFGFKPDEKTLASVVSACASLCAIREGKEIHAQIVKSDKLRDDLIICNALVDM YAKSGRIAEARWIFDRMPVRSVVSDTCLVSGYARVASVKTARAVFSGMIERNVVSWNALI AGYTQNGNNEEALNLFLMLKRESVWPTHYTFGNLLNACANLADLKLGRQAHTHILKHGFR FQNGPEPDVFVGNALIDMYMKCGSVEDGSCVFTKMLDRDWVSWNAVIVGYAQNGHAMEAL ETFNAMLVYGEKPDHVTMIGVLCACSHAGLVEEGRRYFYSMDRDYGLTPFKDHYTCMVDL LGKAGCLEEAKDLIESMPMPPDSVVWGSLLAACKIHREIELGKYVAEKLLEIDPTNSGPY VLLSNMYAEQGRWQDVKMIRKLMRQRGVVKQPGCSWIEIQSQVHVFMVKDKRHTQKKEIY LILNTLTKLMKLSGYVPNAGHLDGDEEQTMLDFNSSEEFEEPVTAAIAC*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc04g009000.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XCD9_CYNCS)
Sequence	ATGACAAAAGACACTTCTTTATTCAAAAAACTCATCACTTGGGACCTTTTCACCCTCTCA AACTCAACTCCCTTTGCCAAGATTCTAGATTCTTACATCAATACCAAGTCCCAGTATGTC ATACAAACTGTCCATTGCCGAGTTCTCAAGACCCATTTTAGCTCCGAGGTTTTCATAAAC AACAAGCTAATAGATACTTACGGTAAATCCGGGGTGTTAAAGTATGCCAAGAATGTGTTT GATAAAATGCCTGAGAGAAATACCTTTACTTGGAATTCCATGATGAATGCATATACAGCA TCAAGATTGGTTTTTGAGGCTGAGGAACTGTTTTACATGATGCCTGAGCCTGATCAGTGT TCGTGGAACTTGATGGTGTCGAGCTTTGCTCAATGTGAATTGTTTGATTCGTCGATAGAG TTTCTTGTGAGAATGCACAAAGAAGATTTTGTTTTGAATGAGTACGGTTATGGAAGTGGT TTAAGTGCTTGTGCAGGCTTAAGGGACTCGAGAATGGGAACTCAACTTCATGCCTCGGTT GCTAAATCGAGATATTCGAGAAGTGTTTACATGGGTTCTGCGCTTATTGACATGTACTCG AAAACGGGTGATGTGGATTGTGCAGCAAAGGTGTTTAATGGGATGTGTGAACGTAATGTG GTGTCGTGGAATAGTTTACTTTCTTGTTATGAGCAAAATGGGCCAGTGAAGGAGGCACTT GTGGTATTCGCTAGGATGATGGAGTTTGGGTTTAAACCAGATGAGAAGACATTGGCAAGT GTAGTAAGTGCTTGTGCAAGTTTGTGTGCGATAAGAGAAGGTAAGGAAATTCATGCCCAA ATTGTGAAGTCGGATAAGCTTAGGGATGATCTTATTATATGCAATGCGTTGGTTGATATG TACGCAAAGTCTGGGAGAATTGCTGAAGCTAGATGGATTTTTGATAGGATGCCAGTTAGA AGTGTGGTGTCCGACACCTGTTTGGTAAGTGGTTATGCGAGAGTTGCAAGTGTGAAGACT GCAAGAGCTGTGTTTTCGGGGATGATTGAAAGGAATGTTGTGTCTTGGAATGCTCTTATT GCTGGATATACACAGAACGGGAACAATGAAGAGGCACTAAATCTCTTTCTTATGCTAAAG CGGGAATCTGTTTGGCCAACACACTATACGTTTGGGAATCTACTTAACGCTTGTGCAAAT TTAGCTGATCTGAAACTTGGTAGGCAGGCTCATACACATATTTTGAAGCATGGATTTCGT TTCCAGAATGGACCTGAGCCTGATGTTTTCGTGGGAAATGCTCTCATAGACATGTATATG AAATGTGGATCAGTTGAAGATGGTAGTTGTGTTTTCACAAAAATGCTGGACAGGGACTGG GTTTCGTGGAATGCCGTTATAGTTGGATATGCACAAAATGGCCATGCTATGGAAGCTCTT GAAACTTTCAACGCTATGTTAGTATACGGAGAGAAGCCAGATCACGTGACTATGATTGGA GTTCTATGTGCATGTAGTCATGCAGGATTGGTTGAGGAGGGGCGTCGATATTTCTATTCC ATGGACAGAGACTATGGGTTGACACCTTTTAAAGACCACTATACATGCATGGTCGATTTA CTTGGCAAGGCTGGTTGCTTAGAAGAGGCAAAGGATTTGATTGAATCTATGCCGATGCCA CCAGATAGTGTGGTATGGGGGTCTTTGCTCGCTGCATGTAAAATTCACAGGGAAATTGAG CTGGGTAAGTATGTAGCTGAGAAGCTTTTGGAGATTGATCCTACAAATTCTGGCCCTTAT GTTCTTCTATCAAACATGTATGCTGAACAAGGGAGATGGCAAGATGTCAAAATGATCCGA AAACTTATGAGACAACGAGGCGTTGTTAAACAGCCTGGTTGTAGTTGGATTGAAATACAA AGCCAGGTTCATGTTTTCATGGTAAAAGACAAGAGACACACGCAGAAAAAAGAGATATAT TTGATATTGAATACACTAACTAAATTGATGAAGCTTTCTGGCTATGTCCCAAATGCTGGT CATTTGGATGGTGATGAGGAGCAAACCATGCTGGATTTTAACTCATCTGAAGAGTTTGAA GAACCTGTAACAGCTGCCATTGCATGCTAA