Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc04g005460.1.1
CDS Infomation	LOW QUALITY:Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A061E9T8_THECC)
Sequence	ATGTTAATATGCACAAGAAGGTGCCTTTTCCTACTAGAAAAATGCAAAAATATGAAGCAA CTCAAGCAAGCACATGGACAAGTAATCACATGTGGACTTGGGGAAAACAGTTTTGCTTTA AGCAGACTGTTAGCTTTCTGTTCACATCCTAATCTTGGTAGCCCAGTTTATGGCTTTAAA ATCTTTGAACAAATACAAGAACCCACAATTTGCATATTCAATACAATGATCAAATCATTC TTACTCAAAGGTGATGATGAGGTCAACAGAATCACAGAGATATACAGAAACATGTTGAAA ATTGGGATGTACCCTGATAACTACACACTCCCTTATGTCTTAAAAGCTTGTGGAAGGATG AAAAGTTTACATCTTGGTGAATTGGTTCATGGGCAAATCTTGAAATTAGGGTTCTTGATT GATACTTTTGTGGGTAATAGTTTAATTGGTTTCTACACTTGTTTTGACAATGTGGAAGCT GCAAGATCTGTTTTTTATGAGATTCCTTGTAATTGTGTTGTTTCTTGGACTGTTTTGATT TGTGGGTATGCAAAAAGAGGGGATGTTTATGAAGCAAGATTGGTTTTTGATGAATGCTTA GTGAAGGATAGAGGAGTTTGGGGGTGTATGATATCTTGTTATGTACAAAATAATTGCTTC AAAGAAGGGTTACAATTGTTTAGACAAATGCAAATGAGTGGAATTGAACCAGATGAGGCT ATTCTTGTTAGTGTACTTTCTGCTTGTGCTCATTTGGGTTGTGCTGATATTGGGGTATGG ATTCATAGATATGTGAAGAAGTTGAAAATGGGATCGAGTATTAAGTTAGGAACTGCTCTT ATTGATATGTATGGGAAATGTGGTTGTTTAGATATAGCAGAGAAGGTGTTTGATGAAATG CCGATAAGAGATCTCATTTGTTGGAATGCTATGATATCAGGATTTGCTGTGAATGGGAAT GGTTTAAAGGCCTTAAAGTTGTTCAATGAGATGCAAAAATTCAGGATTAGGCCGGATGAC GTTACGTTTCTTTCGATGTTTACTGCTTGTAGTTATGCAGGTATGGCGAACGAAGGTTTA AATTTGTTGAATCTAATGTGTAATGTGTATCATATTGAGCCTAAAGGTGAACACTATGGA TGCATAATCGACGTTCTAAGTAGAGCCGGGCTGCTTGAGGAAGCAAGAAAGATAGTACAA AACATGCCTAATTCGAGTGCTCCTTCCGAAGAGGCTATAGCTTGGAGAGCATTACTAAGT GCCTCGGGGAATCACGGAGTTGTTGATTTGGCTGAGGCTGCTGCTGAGAGAATTGTGCAG TTGGAAAGGCATAGCGGAGCATACGTTCTACTCTCGAATATCTATGTTGCAGCAGGTAAA CATGACAATGCTAGAAGGATAAGGAAGAAGATGAAAAGCCAATATATAGGCAAAGTACCA GGATGCAGCTCACTTGAGATCAATGGTGTTGTTCATGAACTCATTGCAGGAGAGAAAACT CATCCTCAATTGGTTCAAATCCATCAAGTTTTGGAGACTATTAACAATCATTTAGATAAT AGTACGCACATCTTACATGGTTATGATCATTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc04g005460.1.1
PEP Infomation	LOW QUALITY:Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A061E9T8_THECC)
Sequence	MLICTRRCLFLLEKCKNMKQLKQAHGQVITCGLGENSFALSRLLAFCSHPNLGSPVYGFK IFEQIQEPTICIFNTMIKSFLLKGDDEVNRITEIYRNMLKIGMYPDNYTLPYVLKACGRM KSLHLGELVHGQILKLGFLIDTFVGNSLIGFYTCFDNVEAARSVFYEIPCNCVVSWTVLI CGYAKRGDVYEARLVFDECLVKDRGVWGCMISCYVQNNCFKEGLQLFRQMQMSGIEPDEA ILVSVLSACAHLGCADIGVWIHRYVKKLKMGSSIKLGTALIDMYGKCGCLDIAEKVFDEM PIRDLICWNAMISGFAVNGNGLKALKLFNEMQKFRIRPDDVTFLSMFTACSYAGMANEGL NLLNLMCNVYHIEPKGEHYGCIIDVLSRAGLLEEARKIVQNMPNSSAPSEEAIAWRALLS ASGNHGVVDLAEAAAERIVQLERHSGAYVLLSNIYVAAGKHDNARRIRKKMKSQYIGKVP GCSSLEINGVVHELIAGEKTHPQLVQIHQVLETINNHLDNSTHILHGYDH*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc04g005460.1.1
Transcript Infomation	LOW QUALITY:Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A061E9T8_THECC)
Sequence	ATGTTAATATGCACAAGAAGGTGCCTTTTCCTACTAGAAAAATGCAAAAATATGAAGCAA CTCAAGCAAGCACATGGACAAGTAATCACATGTGGACTTGGGGAAAACAGTTTTGCTTTA AGCAGACTGTTAGCTTTCTGTTCACATCCTAATCTTGGTAGCCCAGTTTATGGCTTTAAA ATCTTTGAACAAATACAAGAACCCACAATTTGCATATTCAATACAATGATCAAATCATTC TTACTCAAAGGTGATGATGAGGTCAACAGAATCACAGAGATATACAGAAACATGTTGAAA ATTGGGATGTACCCTGATAACTACACACTCCCTTATGTCTTAAAAGCTTGTGGAAGGATG AAAAGTTTACATCTTGGTGAATTGGTTCATGGGCAAATCTTGAAATTAGGGTTCTTGATT GATACTTTTGTGGGTAATAGTTTAATTGGTTTCTACACTTGTTTTGACAATGTGGAAGCT GCAAGATCTGTTTTTTATGAGATTCCTTGTAATTGTGTTGTTTCTTGGACTGTTTTGATT TGTGGGTATGCAAAAAGAGGGGATGTTTATGAAGCAAGATTGGTTTTTGATGAATGCTTA GTGAAGGATAGAGGAGTTTGGGGGTGTATGATATCTTGTTATGTACAAAATAATTGCTTC AAAGAAGGGTTACAATTGTTTAGACAAATGCAAATGAGTGGAATTGAACCAGATGAGGCT ATTCTTGTTAGTGTACTTTCTGCTTGTGCTCATTTGGGTTGTGCTGATATTGGGGTATGG ATTCATAGATATGTGAAGAAGTTGAAAATGGGATCGAGTATTAAGTTAGGAACTGCTCTT ATTGATATGTATGGGAAATGTGGTTGTTTAGATATAGCAGAGAAGGTGTTTGATGAAATG CCGATAAGAGATCTCATTTGTTGGAATGCTATGATATCAGGATTTGCTGTGAATGGGAAT GGTTTAAAGGCCTTAAAGTTGTTCAATGAGATGCAAAAATTCAGGATTAGGCCGGATGAC GTTACGTTTCTTTCGATGTTTACTGCTTGTAGTTATGCAGGTATGGCGAACGAAGGTTTA AATTTGTTGAATCTAATGTGTAATGTGTATCATATTGAGCCTAAAGGTGAACACTATGGA TGCATAATCGACGTTCTAAGTAGAGCCGGGCTGCTTGAGGAAGCAAGAAAGATAGTACAA AACATGCCTAATTCGAGTGCTCCTTCCGAAGAGGCTATAGCTTGGAGAGCATTACTAAGT GCCTCGGGGAATCACGGAGTTGTTGATTTGGCTGAGGCTGCTGCTGAGAGAATTGTGCAG TTGGAAAGGCATAGCGGAGCATACGTTCTACTCTCGAATATCTATGTTGCAGCAGGTAAA CATGACAATGCTAGAAGGATAAGGAAGAAGATGAAAAGCCAATATATAGGCAAAGTACCA GGATGCAGCTCACTTGAGATCAATGGTGTTGTTCATGAACTCATTGCAGGAGAGAAAACT CATCCTCAATTGGTTCAAATCCATCAAGTTTTGGAGACTATTAACAATCATTTAGATAAT AGTACGCACATCTTACATGGTTATGATCATTGA