Plant GARDEN
How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Species By Keywords Genes By Markers By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only) Sequences Other Tools

Data List

All Markers Trait-Related Loci
Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID

Solyc02g088170.2.1
CDS Infomation

Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XL04_CYNCS)
Sequence

ATGATCAAAAAGACAATAGCAAGCAGGAGTTCAAATCTTCACCGACAATCATCACTATGG
AGCAAATGCAAAGATCTCCAATCCCTAAAGCAAATTCATGCTTTGATGATCATCAATGGC
TTCAACTCCAATCGCATTGCTCTCAGGGAGCTCATATATGCTTCTGCTGTTACTTTTTCT
GCATCTATACACTATGCCCACAAGCTGTTTGCTCAAATTACTCAACCAGATCTCTTCATG
TGGAACACTATGCTTAGAGGCTCAGCTCAGAGTCACAGACCTTCTCTTGCTGTTTCCGTT
TATACCCACATGGAAAAACGTTCCATACGTCCGGATAGTTATACTTTTCCGTTTCTACTC
AAGGCATGTACCAAGCTTTCTTGGCTTGTTTCTGGCCTTGTTGTACATGGGAAAATTGTG
AAACACGGGTTTGAATCTAATAAGTTTGCGAGGAATACCCTTATATATTTTCACGCTAAT
GTTGGAGATATAAGAATAGCAGGCCAACTTTTTGATGGTTCTGCTAAGAGGGACGTTGTT
GCTTGGTCTGCTTTGACGGCTGGATATGCGAGAAGAGGGAAATTGGATGCGGCAAGGAGG
CTTTTTGATGATATGCCGGTTAAAGACTTGGTTTCTTGGAATGTGATGATCACTGGGTAT
GTGAAGCAAGGGAAGATGGATAATGCGAGGGAGTTGTTTGATATTGTGCCAAAGAGGGAT
GTTGTGACTTGGAATGCCATGATTTCCGGATATGTGCTTTGTGGAGAAAATGAGAAGGCT
TTGAAAATGTATGAAGAGATGAGAGGTGCAGGGGAATACCCTGATGAAGTCACCATGTTG
CACCTTTTATCCGCTTGCACGGATTCAGCATTCTTGGATGTTGGCGAGCTGATACATCGA
TCAATTATTGAGATGGGTGCAGGCGAGTTAAGCGTATTTCTTGGTAATGCACTTGTAGAC
ATGTATGCTAGGTGTGGCAGCATTAGGAAGGCACTTGAAGTGTTTCAAGGCATGAAAGAG
AAGGACGTGTCGTCTTGGAACATAATTATATTAGGATTAGCTTTCCATGGTCATTCTGAA
GAATGTATCTCTCTTTTTGAAGATATGAGGAGAATGAAGTATATCCCTAATGAAATTACT
TTTGTTGGTGTATTAGTTGCTTGTAGTCACGCTGGTAAAGTTGATGATGGCCGAGAATAT
TTCAGCATGATGAGAACTGACTACAATATTGAGACAAACATAAGGCACTATGGTTGTATG
GTGGATATGCTAGCGCGTGCAGGACTATTGAATGAAGCGTTTGAGTTCATAAACACGATG
GACATTAAACCTAATGCTATTATATGGAGAACACTGCTAGGAGCTTGTAAAGTTCATTCC
AATGTCAAGCTGGGAAGGTATGCGAATAAGCAGTTGCTTAAATTGGGAAGGGAAGACAGT
GGGGACTATGTCTTGCTGTCTAATATCTATGCATCGAGGGATGAATGGGATGGTGTTGAA
AGGGTGAGGAAGTTGATGGATGACAATGGGGTTTGGAAAGAACCTGGTTGTACTTTAATT
GAGGCTGATGATTATGATCTCAAGAATTTTTATTTCGATTCCAAGTGTAAACACTCTTGA

Peptide Sequence

PEP ID

Solyc02g088170.2.1
PEP Infomation

Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XL04_CYNCS)
Sequence

MIKKTIASRSSNLHRQSSLWSKCKDLQSLKQIHALMIINGFNSNRIALRELIYASAVTFS
ASIHYAHKLFAQITQPDLFMWNTMLRGSAQSHRPSLAVSVYTHMEKRSIRPDSYTFPFLL
KACTKLSWLVSGLVVHGKIVKHGFESNKFARNTLIYFHANVGDIRIAGQLFDGSAKRDVV
AWSALTAGYARRGKLDAARRLFDDMPVKDLVSWNVMITGYVKQGKMDNARELFDIVPKRD
VVTWNAMISGYVLCGENEKALKMYEEMRGAGEYPDEVTMLHLLSACTDSAFLDVGELIHR
SIIEMGAGELSVFLGNALVDMYARCGSIRKALEVFQGMKEKDVSSWNIIILGLAFHGHSE
ECISLFEDMRRMKYIPNEITFVGVLVACSHAGKVDDGREYFSMMRTDYNIETNIRHYGCM
VDMLARAGLLNEAFEFINTMDIKPNAIIWRTLLGACKVHSNVKLGRYANKQLLKLGREDS
GDYVLLSNIYASRDEWDGVERVRKLMDDNGVWKEPGCTLIEADDYDLKNFYFDSKCKHS*

Transcript Sequence

Transcript ID

Solyc02g088170.2.1
Transcript Infomation

Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** A0A103XL04_CYNCS)
Sequence

AGTGAGTGGGCCAATGTTTCTTGTAGTGAATATCTGAACCTAAAATAAAGATAAAGCCCA
TGAGAAAGAACAGGCCAGGCCCAATATTAGTTGATGAATCGGTAGGAGCAAATCTCTGTG
TAGGAGATAAATGATCAAAAAGACAATAGCAAGCAGGAGTTCAAATCTTCACCGACAATC
ATCACTATGGAGCAAATGCAAAGATCTCCAATCCCTAAAGCAAATTCATGCTTTGATGAT
CATCAATGGCTTCAACTCCAATCGCATTGCTCTCAGGGAGCTCATATATGCTTCTGCTGT
TACTTTTTCTGCATCTATACACTATGCCCACAAGCTGTTTGCTCAAATTACTCAACCAGA
TCTCTTCATGTGGAACACTATGCTTAGAGGCTCAGCTCAGAGTCACAGACCTTCTCTTGC
TGTTTCCGTTTATACCCACATGGAAAAACGTTCCATACGTCCGGATAGTTATACTTTTCC
GTTTCTACTCAAGGCATGTACCAAGCTTTCTTGGCTTGTTTCTGGCCTTGTTGTACATGG
GAAAATTGTGAAACACGGGTTTGAATCTAATAAGTTTGCGAGGAATACCCTTATATATTT
TCACGCTAATGTTGGAGATATAAGAATAGCAGGCCAACTTTTTGATGGTTCTGCTAAGAG
GGACGTTGTTGCTTGGTCTGCTTTGACGGCTGGATATGCGAGAAGAGGGAAATTGGATGC
GGCAAGGAGGCTTTTTGATGATATGCCGGTTAAAGACTTGGTTTCTTGGAATGTGATGAT
CACTGGGTATGTGAAGCAAGGGAAGATGGATAATGCGAGGGAGTTGTTTGATATTGTGCC
AAAGAGGGATGTTGTGACTTGGAATGCCATGATTTCCGGATATGTGCTTTGTGGAGAAAA
TGAGAAGGCTTTGAAAATGTATGAAGAGATGAGAGGTGCAGGGGAATACCCTGATGAAGT
CACCATGTTGCACCTTTTATCCGCTTGCACGGATTCAGCATTCTTGGATGTTGGCGAGCT
GATACATCGATCAATTATTGAGATGGGTGCAGGCGAGTTAAGCGTATTTCTTGGTAATGC
ACTTGTAGACATGTATGCTAGGTGTGGCAGCATTAGGAAGGCACTTGAAGTGTTTCAAGG
CATGAAAGAGAAGGACGTGTCGTCTTGGAACATAATTATATTAGGATTAGCTTTCCATGG
TCATTCTGAAGAATGTATCTCTCTTTTTGAAGATATGAGGAGAATGAAGTATATCCCTAA
TGAAATTACTTTTGTTGGTGTATTAGTTGCTTGTAGTCACGCTGGTAAAGTTGATGATGG
CCGAGAATATTTCAGCATGATGAGAACTGACTACAATATTGAGACAAACATAAGGCACTA
TGGTTGTATGGTGGATATGCTAGCGCGTGCAGGACTATTGAATGAAGCGTTTGAGTTCAT
AAACACGATGGACATTAAACCTAATGCTATTATATGGAGAACACTGCTAGGAGCTTGTAA
AGTTCATTCCAATGTCAAGCTGGGAAGGTATGCGAATAAGCAGTTGCTTAAATTGGGAAG
GGAAGACAGTGGGGACTATGTCTTGCTGTCTAATATCTATGCATCGAGGGATGAATGGGA
TGGTGTTGAAAGGGTGAGGAAGTTGATGGATGACAATGGGGTTTGGAAAGAACCTGGTTG
TACTTTAATTGAGGCTGATGATTATGATCTCAAGAATTTTTATTTCGATTCCAAGTGTAA
ACACTCTTGA