Plant GARDEN
How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Species By Keywords Genes By Markers By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only) Sequences Other Tools

Data List

All Markers Trait-Related Loci
Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID

Solyc02g082160.2.1
CDS Infomation

Pentatricopeptide repeat superfamily protein (AHRD V3.3 *** A0A061F2D9_THECC)
Sequence

ATGGTTCGATTTTCAACCCTAGCGAACAGTTTCACTTGGCGGCAAAATGGAATTCATCCG
AAACTCAAAATTTCTCACATTCCCAATTACTTCAATGTTACTGAGCTATGGGATGCTTCA
ATCTTCCAAAGACTTAAGGAACCAAAACCTATTGAACAAGTGCATGCCCAAATTGTTATT
TCTGGTCTTTCTCAGGATACCCGTCTTTGTAACAGATTGATGAATTCATATGCATCATGT
CGACTTATAACACAAACCCACAAAATATTTTCTGTAATAGAGCACAAAAACTTGGTTTCT
TGGACCATATTGATAAATGGGTTTGCAAAGAATGGCCTTTTTCTTGAAGCTATTGAGTTA
TTTGGTAAGATGGTTAATTGTGGGTTAATGCCTAATGCAATCACAGTTTCAAGTATTTTA
CCTGCTATTGGAAAATTAAGGTTGAACCTGATAGGGAAATCACTTCATTGTTATTGGGTT
AAGCAAGAGTATCAATGTAATGTGTTTGTTCAAAGTGCATTAGTTCATATGTATTCGAAA
CTAGGGTATCCCATTGCTGCCCGATACGTGTTTGATAGTATGCCTGAGAGGAATGTTGTC
TCGTGGAACGCAATTATTTTTGCTTATTCCAATAATGGTATGGTTGAGGAAGCAATTTGG
CTCTTCAATTTAATGAGAAGGAGCTTGTTAATGGATACGTTTACGATAATGAGTTTAGTT
TCTGCTACTTTTGGCGTTGGGGATTTACAAATAGTTACTCAAATACATGGGTTAGTAGTT
AAATCTGGTCATGATAACAACCAACGTGTTGAAACTGGTCTAATAGAGAAGTATATTGGT
GTAAACTTTGTTGATGATGCTTACTGTATATTCTGTGAGATGCCTGTAAAAGATGTAGTT
GCTTGGACATTGATGTTAACGGGGTTTGTGAATAGTGGAAACTGGAGTATGGTGGTGGAA
CATTTCAATCAGATGATGGGAACTGATGAGGTGGAGCTTGATTCGGTGGCACTGATAGGT
ATCCTATCAGGATGCAGCAGTTCAGGAGCTTTGCAACAAGGCAGGATGGTACATGCATTG
GTGATAAAAAATGGTTTTGAAGGTGATACTTTTTTGGGATCATCTATTATAGACATGTAT
GCAAATTGTGCTGAGTTAGGTGATGCCAGAAGATTTTTTGAAGGGATGGCTACGAAAGAT
GCTGCATGCTGGAATGCACTGATTGCTGGTAATGGGATGCTTGGGTACGGTAATGATGCA
ATAGACCTTTTCCTGAAAATGAAGGATCTAGGTTTAGATCCAAATGATTCAACCTTGGTT
TCTGTCTTGAGTGCTTGTAGTCATTCTGGGTTGGTTGATCAAGGATTGTATATTTTTGAT
AATATGGTAGCAAGATGGAACCTTTATCCTAATCAAAAGCACTATGCATGTGTTGTTGAC
CTTCTTGGACGTGCAGGGAGATTAAATGATGCTTACTCAGTAATTACGAGCATGCATTTG
CAACCAGGTGTGGATGTTTATGGTGCTTTGCTTGGTGCTTGTAAAGCTCATGGGAATATT
GAGCTAGGTGTTGAGGTATCACAGAGGCTTTTTGAGCTGAAGCCACATGATGCAGGATAT
TATATACTTCTCTCCAATATTTATGCTTTATCTGGAAATTTGGAGGGTGTAAAGTCTACC
AGATTATTGTTCAAATCAAAAACTTTGGAGAAGGATCCAGGCATGAGCTCAATTGAGATA
AATGGAGCTGTTTACACATTTATGGCGAATGAAAAGGATCATCCCCTATATCTTGAAATT
TCTAGGTTTCTGAAGGACTTAATCTTTAGAATACAAGAAGAAGGATATGTGCCTGATTTC
AAGTCTGTTTATCAGGATGTGGCAGAGGATCTGAAAAAGGATATTCTTTATCACCATAGT
GAGAAGTTGGCCATTGCATTTGGATTGATGAGAACAAAACCAGGAACAATCATACGGGTG
ACAAAAAATCTCCGAGCATGCAATGATTGCCACTCTTCGTGTAAATACATCTCCAAAGTT
TTTGGAAGAACGCTTGTCATCAAGGACAAAAACCGGTTTCATGTTTTCCATGGTGGGAAC
TGCTCATGTGGGGACTATTGGTGA

Peptide Sequence

PEP ID

Solyc02g082160.2.1
PEP Infomation

Pentatricopeptide repeat superfamily protein (AHRD V3.3 *** A0A061F2D9_THECC)
Sequence

MVRFSTLANSFTWRQNGIHPKLKISHIPNYFNVTELWDASIFQRLKEPKPIEQVHAQIVI
SGLSQDTRLCNRLMNSYASCRLITQTHKIFSVIEHKNLVSWTILINGFAKNGLFLEAIEL
FGKMVNCGLMPNAITVSSILPAIGKLRLNLIGKSLHCYWVKQEYQCNVFVQSALVHMYSK
LGYPIAARYVFDSMPERNVVSWNAIIFAYSNNGMVEEAIWLFNLMRRSLLMDTFTIMSLV
SATFGVGDLQIVTQIHGLVVKSGHDNNQRVETGLIEKYIGVNFVDDAYCIFCEMPVKDVV
AWTLMLTGFVNSGNWSMVVEHFNQMMGTDEVELDSVALIGILSGCSSSGALQQGRMVHAL
VIKNGFEGDTFLGSSIIDMYANCAELGDARRFFEGMATKDAACWNALIAGNGMLGYGNDA
IDLFLKMKDLGLDPNDSTLVSVLSACSHSGLVDQGLYIFDNMVARWNLYPNQKHYACVVD
LLGRAGRLNDAYSVITSMHLQPGVDVYGALLGACKAHGNIELGVEVSQRLFELKPHDAGY
YILLSNIYALSGNLEGVKSTRLLFKSKTLEKDPGMSSIEINGAVYTFMANEKDHPLYLEI
SRFLKDLIFRIQEEGYVPDFKSVYQDVAEDLKKDILYHHSEKLAIAFGLMRTKPGTIIRV
TKNLRACNDCHSSCKYISKVFGRTLVIKDKNRFHVFHGGNCSCGDYW*

Transcript Sequence

Transcript ID

Solyc02g082160.2.1
Transcript Infomation

Pentatricopeptide repeat superfamily protein (AHRD V3.3 *** A0A061F2D9_THECC)
Sequence

TGTATTCATATTAAGTCAACTCTTATAGTTTTTAAAAGTTCATGTCATTTAAACATTAAT
CATCTTCTCCAAATTTTCAGAAAGTTATCAAAGTTTTTTGTTTTTATCAGAGGAGTTGTA
ATTGAGATGGTGTCATTGGAAGTGGTAAGTTGAAATGGTTCGATTTTCAACCCTAGCGAA
CAGTTTCACTTGGCGGCAAAATGGAATTCATCCGAAACTCAAAATTTCTCACATTCCCAA
TTACTTCAATGTTACTGAGCTATGGGATGCTTCAATCTTCCAAAGACTTAAGGAACCAAA
ACCTATTGAACAAGTGCATGCCCAAATTGTTATTTCTGGTCTTTCTCAGGATACCCGTCT
TTGTAACAGATTGATGAATTCATATGCATCATGTCGACTTATAACACAAACCCACAAAAT
ATTTTCTGTAATAGAGCACAAAAACTTGGTTTCTTGGACCATATTGATAAATGGGTTTGC
AAAGAATGGCCTTTTTCTTGAAGCTATTGAGTTATTTGGTAAGATGGTTAATTGTGGGTT
AATGCCTAATGCAATCACAGTTTCAAGTATTTTACCTGCTATTGGAAAATTAAGGTTGAA
CCTGATAGGGAAATCACTTCATTGTTATTGGGTTAAGCAAGAGTATCAATGTAATGTGTT
TGTTCAAAGTGCATTAGTTCATATGTATTCGAAACTAGGGTATCCCATTGCTGCCCGATA
CGTGTTTGATAGTATGCCTGAGAGGAATGTTGTCTCGTGGAACGCAATTATTTTTGCTTA
TTCCAATAATGGTATGGTTGAGGAAGCAATTTGGCTCTTCAATTTAATGAGAAGGAGCTT
GTTAATGGATACGTTTACGATAATGAGTTTAGTTTCTGCTACTTTTGGCGTTGGGGATTT
ACAAATAGTTACTCAAATACATGGGTTAGTAGTTAAATCTGGTCATGATAACAACCAACG
TGTTGAAACTGGTCTAATAGAGAAGTATATTGGTGTAAACTTTGTTGATGATGCTTACTG
TATATTCTGTGAGATGCCTGTAAAAGATGTAGTTGCTTGGACATTGATGTTAACGGGGTT
TGTGAATAGTGGAAACTGGAGTATGGTGGTGGAACATTTCAATCAGATGATGGGAACTGA
TGAGGTGGAGCTTGATTCGGTGGCACTGATAGGTATCCTATCAGGATGCAGCAGTTCAGG
AGCTTTGCAACAAGGCAGGATGGTACATGCATTGGTGATAAAAAATGGTTTTGAAGGTGA
TACTTTTTTGGGATCATCTATTATAGACATGTATGCAAATTGTGCTGAGTTAGGTGATGC
CAGAAGATTTTTTGAAGGGATGGCTACGAAAGATGCTGCATGCTGGAATGCACTGATTGC
TGGTAATGGGATGCTTGGGTACGGTAATGATGCAATAGACCTTTTCCTGAAAATGAAGGA
TCTAGGTTTAGATCCAAATGATTCAACCTTGGTTTCTGTCTTGAGTGCTTGTAGTCATTC
TGGGTTGGTTGATCAAGGATTGTATATTTTTGATAATATGGTAGCAAGATGGAACCTTTA
TCCTAATCAAAAGCACTATGCATGTGTTGTTGACCTTCTTGGACGTGCAGGGAGATTAAA
TGATGCTTACTCAGTAATTACGAGCATGCATTTGCAACCAGGTGTGGATGTTTATGGTGC
TTTGCTTGGTGCTTGTAAAGCTCATGGGAATATTGAGCTAGGTGTTGAGGTATCACAGAG
GCTTTTTGAGCTGAAGCCACATGATGCAGGATATTATATACTTCTCTCCAATATTTATGC
TTTATCTGGAAATTTGGAGGGTGTAAAGTCTACCAGATTATTGTTCAAATCAAAAACTTT
GGAGAAGGATCCAGGCATGAGCTCAATTGAGATAAATGGAGCTGTTTACACATTTATGGC
GAATGAAAAGGATCATCCCCTATATCTTGAAATTTCTAGGTTTCTGAAGGACTTAATCTT
TAGAATACAAGAAGAAGGATATGTGCCTGATTTCAAGTCTGTTTATCAGGATGTGGCAGA
GGATCTGAAAAAGGATATTCTTTATCACCATAGTGAGAAGTTGGCCATTGCATTTGGATT
GATGAGAACAAAACCAGGAACAATCATACGGGTGACAAAAAATCTCCGAGCATGCAATGA
TTGCCACTCTTCGTGTAAATACATCTCCAAAGTTTTTGGAAGAACGCTTGTCATCAAGGA
CAAAAACCGGTTTCATGTTTTCCATGGTGGGAACTGCTCATGTGGGGACTATTGGTGA