Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc02g068630.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9HF38_POPTR)
Sequence	ATGATATCAACAAGGCTTAGACTCAGAAGACTTTCTGCAATATCAAGATTTGCCTATGCT GGATGGGGAGACTTTTTGGCTATGGAGAAGAGAATCTATCATTTAATGCAGGAGTACCAT GAATTTCCTCCACAGAACATGCTAGCAATCAATTCCCAGTTGAAGGAATTGGTTAAAAAT GGTGAGCTAGAAAATGCACGCCAGATGTTTGACAAAATGACTCAAAGGGATGAGGTCTCA TGGACAAATATGATTTCTGGTTACGTTAATAACTCTAGTTCGTTACAAGCGTTGTCTTTA TTCTTAGAAATGCGGCGTGATCCTACTATCAAAATGGACCCTTTTGCTCTTAGCCTCGCG GTGAAGGCATGTGGGCTTAGTGTGAATTTGAAGTGTGGTGAGTTATTACATGGGTATTCG ATGAAAGCTAATTTTGTTAGTTCTGTTTTTGTGGGTAGTTCACTTGTTGACATGTACATG AAAGCTGGTAAAGTGATTGAGGGTTGTGGAGTTTTTGATGAAATGCCTCTTAGGAATGTA GTTTCTTGGACCGCTGTTATAACTGGGCTTGTCCGAGCAGGTTACAATGAGGAAGGGTTG GTATATTTTTCTGAAATGTGGAGAGATGGTGTAGAGTGTGATTCGTATGCTTATGCGATT GTGTTAAAAGCGTGTGCTGATATTGGGTGTTTGAATTACGGGAGGGAAATGCATACTAGG ATAGTGAAGAAAGGCTTGGATGTGAGCTCTTATGTCGCTAATAGTCTTGCTACTATGTAC AATAAATGTGGGAAACTAAATTATGGTATGTGCTTGTTTGGAAGAATGAAGTCGCGAGAT GTTGTCTCGTGGACTACAGTAATCACAACATATGTTCAAATTGGTCAAGATCAATATGGT ATACAAGCATTCTTGAGAATGAAAGAGTCGAATGTGACTCCTAATGAATATACATTTGCT GCAGTTGTTGCTGCTTGTGCAAATCTTTCAAAACTAGACTGGGGTGTACAACTGCATGCA AATGTTTTACGTGTAGGTTTTGCTGATTCTCTGTCTGTGTCAAATTCAATTGTCACAATG TACTCCAAATGTGGACAATTGGATTCAGCCTCACTTATATTTCATGAAATGAGTAAAAGA GACATTGTTTCTTGGAGCACAATTATTGCTGGGTATGCTCAGGGTGGTTGTGGTGAGGAA GCTTTCGAGCTGCTAACATGGATGAGAAAGGAAGGACCAAAGCCAACGGAATTTGCTCTT GCAAGTGTACTTAGTGCGTGTGGTAGTACGGCAATCCTTGACAAGGGGAAGCAACTTCAT GCTCATGTTCTTATTATTGGATTAGATCATACGCCTTTAGTACTGAGTGCTTTGATCAAC ATGTATTCAAAATGTGGAAGTATTGCAGAAGCCGCAAAGATATATAATTCAGCACAAAAT AATGACGTTGTATCATGGACAGCCATGATTCACGGGTATGCTGAACATGGATACAGCCAA GATGCTATAAGTTTATTTGAAAGGATTTGTTATGCTGGTCTAAGACCAGATTCTGTGACC TTCGTTGGTGTTCTAATCGCTTGTAGTCATGCTGGCCTTGTTGATCTAGCTTTTCACTAT TTTAGATTGATGAAAGAGGAGTACAAAATAAGTTACTCAAAAGAACATTATGGTTGTATG ATTGATCTTCTCTGTCGTGCTGGACGAATAACGGATGCTGAGACCATGATCAAGAATATG CCATTTGAAAAGGATGATGTTGCTTGGTCAATCTTGCTTAGAGGCTGCAGGTTACATGGT GATGTTGAATGTGGAAGCCGTGCGGCTGAGCAAATTCTTAAACTTGCTCCAAATTGTGCT GTGACTCACACTGCTTTGTCAAACATGTATGCGTCAAAGGGGAAGTGGGGTGAAGTAGCG GAACTGAGGAAGTTGATGAGATTGAAAGGCGTCATGAAGGAGCCTGGATGGTCTTGGATT AAGGTGAAGGATCAAGTTTCTGCATTCGTTGCTGGGGACAAAAATCATTCACAAAATGAA GATATTTATTATATTTTGGATCTGATATCCTCAAAAGCAGAATCTTCTCTTCAGAATGTT ACTTTTCTTTTGGAGTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc02g068630.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9HF38_POPTR)
Sequence	MISTRLRLRRLSAISRFAYAGWGDFLAMEKRIYHLMQEYHEFPPQNMLAINSQLKELVKN GELENARQMFDKMTQRDEVSWTNMISGYVNNSSSLQALSLFLEMRRDPTIKMDPFALSLA VKACGLSVNLKCGELLHGYSMKANFVSSVFVGSSLVDMYMKAGKVIEGCGVFDEMPLRNV VSWTAVITGLVRAGYNEEGLVYFSEMWRDGVECDSYAYAIVLKACADIGCLNYGREMHTR IVKKGLDVSSYVANSLATMYNKCGKLNYGMCLFGRMKSRDVVSWTTVITTYVQIGQDQYG IQAFLRMKESNVTPNEYTFAAVVAACANLSKLDWGVQLHANVLRVGFADSLSVSNSIVTM YSKCGQLDSASLIFHEMSKRDIVSWSTIIAGYAQGGCGEEAFELLTWMRKEGPKPTEFAL ASVLSACGSTAILDKGKQLHAHVLIIGLDHTPLVLSALINMYSKCGSIAEAAKIYNSAQN NDVVSWTAMIHGYAEHGYSQDAISLFERICYAGLRPDSVTFVGVLIACSHAGLVDLAFHY FRLMKEEYKISYSKEHYGCMIDLLCRAGRITDAETMIKNMPFEKDDVAWSILLRGCRLHG DVECGSRAAEQILKLAPNCAVTHTALSNMYASKGKWGEVAELRKLMRLKGVMKEPGWSWI KVKDQVSAFVAGDKNHSQNEDIYYILDLISSKAESSLQNVTFLLE*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc02g068630.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing family protein (AHRD V3.3 *** B9HF38_POPTR)
Sequence	ATGATATCAACAAGGCTTAGACTCAGAAGACTTTCTGCAATATCAAGATTTGCCTATGCT GGATGGGGAGACTTTTTGGCTATGGAGAAGAGAATCTATCATTTAATGCAGGAGTACCAT GAATTTCCTCCACAGAACATGCTAGCAATCAATTCCCAGTTGAAGGAATTGGTTAAAAAT GGTGAGCTAGAAAATGCACGCCAGATGTTTGACAAAATGACTCAAAGGGATGAGGTCTCA TGGACAAATATGATTTCTGGTTACGTTAATAACTCTAGTTCGTTACAAGCGTTGTCTTTA TTCTTAGAAATGCGGCGTGATCCTACTATCAAAATGGACCCTTTTGCTCTTAGCCTCGCG GTGAAGGCATGTGGGCTTAGTGTGAATTTGAAGTGTGGTGAGTTATTACATGGGTATTCG ATGAAAGCTAATTTTGTTAGTTCTGTTTTTGTGGGTAGTTCACTTGTTGACATGTACATG AAAGCTGGTAAAGTGATTGAGGGTTGTGGAGTTTTTGATGAAATGCCTCTTAGGAATGTA GTTTCTTGGACCGCTGTTATAACTGGGCTTGTCCGAGCAGGTTACAATGAGGAAGGGTTG GTATATTTTTCTGAAATGTGGAGAGATGGTGTAGAGTGTGATTCGTATGCTTATGCGATT GTGTTAAAAGCGTGTGCTGATATTGGGTGTTTGAATTACGGGAGGGAAATGCATACTAGG ATAGTGAAGAAAGGCTTGGATGTGAGCTCTTATGTCGCTAATAGTCTTGCTACTATGTAC AATAAATGTGGGAAACTAAATTATGGTATGTGCTTGTTTGGAAGAATGAAGTCGCGAGAT GTTGTCTCGTGGACTACAGTAATCACAACATATGTTCAAATTGGTCAAGATCAATATGGT ATACAAGCATTCTTGAGAATGAAAGAGTCGAATGTGACTCCTAATGAATATACATTTGCT GCAGTTGTTGCTGCTTGTGCAAATCTTTCAAAACTAGACTGGGGTGTACAACTGCATGCA AATGTTTTACGTGTAGGTTTTGCTGATTCTCTGTCTGTGTCAAATTCAATTGTCACAATG TACTCCAAATGTGGACAATTGGATTCAGCCTCACTTATATTTCATGAAATGAGTAAAAGA GACATTGTTTCTTGGAGCACAATTATTGCTGGGTATGCTCAGGGTGGTTGTGGTGAGGAA GCTTTCGAGCTGCTAACATGGATGAGAAAGGAAGGACCAAAGCCAACGGAATTTGCTCTT GCAAGTGTACTTAGTGCGTGTGGTAGTACGGCAATCCTTGACAAGGGGAAGCAACTTCAT GCTCATGTTCTTATTATTGGATTAGATCATACGCCTTTAGTACTGAGTGCTTTGATCAAC ATGTATTCAAAATGTGGAAGTATTGCAGAAGCCGCAAAGATATATAATTCAGCACAAAAT AATGACGTTGTATCATGGACAGCCATGATTCACGGGTATGCTGAACATGGATACAGCCAA GATGCTATAAGTTTATTTGAAAGGATTTGTTATGCTGGTCTAAGACCAGATTCTGTGACC TTCGTTGGTGTTCTAATCGCTTGTAGTCATGCTGGCCTTGTTGATCTAGCTTTTCACTAT TTTAGATTGATGAAAGAGGAGTACAAAATAAGTTACTCAAAAGAACATTATGGTTGTATG ATTGATCTTCTCTGTCGTGCTGGACGAATAACGGATGCTGAGACCATGATCAAGAATATG CCATTTGAAAAGGATGATGTTGCTTGGTCAATCTTGCTTAGAGGCTGCAGGTTACATGGT GATGTTGAATGTGGAAGCCGTGCGGCTGAGCAAATTCTTAAACTTGCTCCAAATTGTGCT GTGACTCACACTGCTTTGTCAAACATGTATGCGTCAAAGGGGAAGTGGGGTGAAGTAGCG GAACTGAGGAAGTTGATGAGATTGAAAGGCGTCATGAAGGAGCCTGGATGGTCTTGGATT AAGGTGAAGGATCAAGTTTCTGCATTCGTTGCTGGGGACAAAAATCATTCACAAAATGAA GATATTTATTATATTTTGGATCTGATATCCTCAAAAGCAGAATCTTCTCTTCAGAATGTT ACTTTTCTTTTGGAGTAG