Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc01g091240.3.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat protein (AHRD V3.3 *** A0A0D5ZZN7_NICSY)
Sequence	ATGCTTCTTGTAGCAAATTCAAGTCAATCATGGAACTTAGCACACCCAACACTGACTTTC TCCCAGAAATGCAAAACACAACAGGACATTGATCAAATTCATGCTCAATTGATAACCACA GGACTTGTAAAATATCCATTTCTGACCACAAAACTTATCTTGAAGTTATCTTCTTCCCCT CACACACCCATCGTTGAATTTGCCCGGTTTCTCTTCTTTTCGGCCGATTTCTGTTGTTCA AAGCGAAATATAAAAGACCCATTTCTCTGGAATGTGATAATGAAGTCATTTTCACATGGA AATGACCCACATAAGGCTTTTCAAATGTTCTGTTTGATGCTTGAAAATGGGGTTTTTGTG GATGAGTATTCTATATCTATAGTTTTGAAAGCGTGTTCCAAAATGGGTTTTATAACGCGA GGAATGCAGGTTCATGGGTTATTGAGGAAAATAGGATTTGGGTCTGATGTGTTTTTGCAA AATTGTTTGATTTCCATGTATGTAAGGTGTGGGTTTGTTGAATATGGTCACCGCGTGTTT GATAGAATGTGTATGAGAGACTCTGTTTCGTATAATACAATCATTGATGGGTATGTGAAA TGTGGAATGCTTGATGTTGCTTGTCGTTTGTTTGATTTTATGCCAATAGAGATGAGGAAT TTGGTTTCTTGGAATGCTTTGCTGACTGGGTACGTCAAATTGGATCAAGGGTTTGATGTT GCTTGGGAGCTGTTTGATAGAATGCCCCAAAGGGATTTGGTTTCTTGGAATTTGATGCTT TATTGTTGTGTTAAAAGTGGAAATGCTGAAAAGGCTACTGCTTTGTTTGACATGATACCG AAGAAGGATGTTGTTAGCTGGGCAATAATGGTTGACGGGTATGCAAAAATCGGCAAGATT GATATTGCCAGACGTTATTTTGATGACATGCCTGTAAGAGATGTGATTTCTTGCAATGCT ATTATGGCTGGGTATGTCAAGAATGGCCACTGCCTTGAAGCATTAAAAGTGTTTCATGAT ATGTTAAGTGACAGTAGTCCTGCTCCTGATAGTACCACCGCGTTGCTTGCGCTTTCTGCA GTTTCAGAGTTAGGTTATATTGACGAAGGGATTGCACTGCACTGTTATATAGAGGAGAAT GGGTTTCCTGTGGCTGGAAAGCTTGGTGTAGCTTTGATAGACATGTATGCAAAATGTGGC AGTGTAGATAGTGCAATGGGTGTGTTCAATGACATCCAAGAAAAAAACGTCGATCACTGG AATGCTATGATTGGTGGTTTGGCTATTCATGGCTTTGGGGACCTAGCTTTTGAATTGTTC ATGGAGATGGAAAGACTTTCACTAGATATAGATGATATCACATTTATCGCGGTTTTGAAT GCTTGTGGTCATTCTGGACTGGTTAAGGAAGGCATGATCTGTTTTGAGATTATGAGAAGG GCACATCATATGGAACCTAAGCTCCAGCATTATGGATGCATGGTTGACGTCCTTAGTCGA GCAGGGCATGTAGAAGAGGCCATAAAATTTGTCGATGAAATGCCCATCCATCCTAATGAT GTAGTTTGGCGAACATTGCTAAGTTCATGTAGGAATCAAGAAAACGTCCACATTGGAGAC CCAATGGATAAGCAATTAGTTGGACTAAATTCTCATAATTCAAGTTCCTACGTGCTTTTG TCTAACATATATGCTCAATTTGGTAAGTGGGACTATGTTAGAAGGGTTCGAACAATAATG AAAGAAAAGGACCTGAAGAAAACTGTTGGCAGCAGTAGGATTGAGCTCCAAGGAATTGTC CATGAGTTCTCTGTGGGAGACAAGTCGCATGATCAAGTTGAGGAAATCTATTCCACATTA CAGATGGTTTGTGTATATCAGGAATCCAAATTTAACTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc01g091240.3.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat protein (AHRD V3.3 *** A0A0D5ZZN7_NICSY)
Sequence	MLLVANSSQSWNLAHPTLTFSQKCKTQQDIDQIHAQLITTGLVKYPFLTTKLILKLSSSP HTPIVEFARFLFFSADFCCSKRNIKDPFLWNVIMKSFSHGNDPHKAFQMFCLMLENGVFV DEYSISIVLKACSKMGFITRGMQVHGLLRKIGFGSDVFLQNCLISMYVRCGFVEYGHRVF DRMCMRDSVSYNTIIDGYVKCGMLDVACRLFDFMPIEMRNLVSWNALLTGYVKLDQGFDV AWELFDRMPQRDLVSWNLMLYCCVKSGNAEKATALFDMIPKKDVVSWAIMVDGYAKIGKI DIARRYFDDMPVRDVISCNAIMAGYVKNGHCLEALKVFHDMLSDSSPAPDSTTALLALSA VSELGYIDEGIALHCYIEENGFPVAGKLGVALIDMYAKCGSVDSAMGVFNDIQEKNVDHW NAMIGGLAIHGFGDLAFELFMEMERLSLDIDDITFIAVLNACGHSGLVKEGMICFEIMRR AHHMEPKLQHYGCMVDVLSRAGHVEEAIKFVDEMPIHPNDVVWRTLLSSCRNQENVHIGD PMDKQLVGLNSHNSSSYVLLSNIYAQFGKWDYVRRVRTIMKEKDLKKTVGSSRIELQGIV HEFSVGDKSHDQVEEIYSTLQMVCVYQESKFN*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc01g091240.3.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat protein (AHRD V3.3 *** A0A0D5ZZN7_NICSY)
Sequence	GAATTCAAAGCACCAAAACTGATGCTTCTTGTAGCAAATTCAAGTCAATCATGGAACTTA GCACACCCAACACTGACTTTCTCCCAGAAATGCAAAACACAACAGGACATTGATCAAATT CATGCTCAATTGATAACCACAGGACTTGTAAAATATCCATTTCTGACCACAAAACTTATC TTGAAGTTATCTTCTTCCCCTCACACACCCATCGTTGAATTTGCCCGGTTTCTCTTCTTT TCGGCCGATTTCTGTTGTTCAAAGCGAAATATAAAAGACCCATTTCTCTGGAATGTGATA ATGAAGTCATTTTCACATGGAAATGACCCACATAAGGCTTTTCAAATGTTCTGTTTGATG CTTGAAAATGGGGTTTTTGTGGATGAGTATTCTATATCTATAGTTTTGAAAGCGTGTTCC AAAATGGGTTTTATAACGCGAGGAATGCAGGTTCATGGGTTATTGAGGAAAATAGGATTT GGGTCTGATGTGTTTTTGCAAAATTGTTTGATTTCCATGTATGTAAGGTGTGGGTTTGTT GAATATGGTCACCGCGTGTTTGATAGAATGTGTATGAGAGACTCTGTTTCGTATAATACA ATCATTGATGGGTATGTGAAATGTGGAATGCTTGATGTTGCTTGTCGTTTGTTTGATTTT ATGCCAATAGAGATGAGGAATTTGGTTTCTTGGAATGCTTTGCTGACTGGGTACGTCAAA TTGGATCAAGGGTTTGATGTTGCTTGGGAGCTGTTTGATAGAATGCCCCAAAGGGATTTG GTTTCTTGGAATTTGATGCTTTATTGTTGTGTTAAAAGTGGAAATGCTGAAAAGGCTACT GCTTTGTTTGACATGATACCGAAGAAGGATGTTGTTAGCTGGGCAATAATGGTTGACGGG TATGCAAAAATCGGCAAGATTGATATTGCCAGACGTTATTTTGATGACATGCCTGTAAGA GATGTGATTTCTTGCAATGCTATTATGGCTGGGTATGTCAAGAATGGCCACTGCCTTGAA GCATTAAAAGTGTTTCATGATATGTTAAGTGACAGTAGTCCTGCTCCTGATAGTACCACC GCGTTGCTTGCGCTTTCTGCAGTTTCAGAGTTAGGTTATATTGACGAAGGGATTGCACTG CACTGTTATATAGAGGAGAATGGGTTTCCTGTGGCTGGAAAGCTTGGTGTAGCTTTGATA GACATGTATGCAAAATGTGGCAGTGTAGATAGTGCAATGGGTGTGTTCAATGACATCCAA GAAAAAAACGTCGATCACTGGAATGCTATGATTGGTGGTTTGGCTATTCATGGCTTTGGG GACCTAGCTTTTGAATTGTTCATGGAGATGGAAAGACTTTCACTAGATATAGATGATATC ACATTTATCGCGGTTTTGAATGCTTGTGGTCATTCTGGACTGGTTAAGGAAGGCATGATC TGTTTTGAGATTATGAGAAGGGCACATCATATGGAACCTAAGCTCCAGCATTATGGATGC ATGGTTGACGTCCTTAGTCGAGCAGGGCATGTAGAAGAGGCCATAAAATTTGTCGATGAA ATGCCCATCCATCCTAATGATGTAGTTTGGCGAACATTGCTAAGTTCATGTAGGAATCAA GAAAACGTCCACATTGGAGACCCAATGGATAAGCAATTAGTTGGACTAAATTCTCATAAT TCAAGTTCCTACGTGCTTTTGTCTAACATATATGCTCAATTTGGTAAGTGGGACTATGTT AGAAGGGTTCGAACAATAATGAAAGAAAAGGACCTGAAGAAAACTGTTGGCAGCAGTAGG ATTGAGCTCCAAGGAATTGTCCATGAGTTCTCTGTGGGAGACAAGTCGCATGATCAAGTT GAGGAAATCTATTCCACATTACAGATGGTTTGTGTATATCAGGAATCCAAATTTAACTAG TCATTAGCATCTTTTAGCTCTGG