Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc01g081020.1.1
CDS Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** D7MAN3_ARALL)
Sequence	ATGTCGGGAACTTCCTTTTTCTCCAGTCCACCACTATACACTACTAGTACTACCACCAAC TACAGCCATAGCCCGTCACCTGACAGACTTAAATTCTTGATAGACAAATCAAAAAACATC AGACAGCTTCTACAGATTCATGCATTTCTTATTCGCAATGGTCTGGAGAGTGACCCAGTA TTGAATTTTAGGCTCCAGCAATCATACTCTTCCCTTGGACACCTCCAACATTCTGTGAAG GTATTTAAACGCACTCATAGTCCGACTGTGTTCTCTTACACTGCCATTATCCATAATCAT GTGATCAATGATCTCTATGAACAAGCCTTTGTCTTATATATCCAAATGCTAACACACAAT ATTGAGCCTAATGCATTTACATTTTCTTCCATGCTTAAAACTTGCCCACTTGAATCAGGA AAAGCCCTTCATTGTCAAGCCCTAAAACTCGGATATGAATCTGACACATATGTTCGAACT GCTCTCGTAGATGTCTATGCAAGAGGCAGTGACATTGTGTCAGCTTGCAAACTTTTTGAC ACTATGACTGAAAGGTCCTTGGTGTCTTTGACAACAATGATTACTGGATATGCAAAGAAT GGGCACATCCAAGAAGCAGGAGTGTTGTTCGAAGGGATGGAAGACAGGGATGTCGTTTGT TGGAATGCCATGATTGATGGGTATAGCCAACATGGTAGACCTAATGAAGCTTTGGTTCTT TTTAGGAAGATGTTACTGTCAAAAGTTAAACCTAATGAAGTAACCGTGGTGGCTGCTCTT TCTGCTTGTGCGCAAATGGGAGTACTGGAATCAGGTCGGTGGATTCATGCTTATGTGAAA AGTAACAGAATTCAAATAAATAAACATGTAGGTACTGCTTTTATTGACATGTACAGCAAG TCTGGGAGTTTAGAGGATGCAAGAATGGTGTTTGATCAGATGAGAGATAAGGATGTCATA ACATGGAATTCGATGATTGTAGGATATGCAATGCATGGATTTAGCCTTGAAGCTTTGCAG TTGTTCAATGAGATGTGTAAGTTGGGTCTCCAACCTACAGATATAACGTTTATTGGTATT TTAAGTGCTTGTGCTAATGCTGGATTGCTCTCTGAAGGGTGGACTTATTTTCAGTTAATG GAGAAGTATTTAATTGAGCCAAAGATTGAGCACTATGGTTGCATGGTGAATCTTCTTGGA CGAGCAGGACAGCTAGAAAAAGCTTATGAATTTGTCAAAAGTATGAAGATTGATTCGGAT CCTATTTTATGGGGAACTCTACTGACTGCTTGTAGGATTCATGGGGATGTAAGGCTTGCG GAGAAAATTATGGAGTTCCTAGTCGAACAGGATCTTGCTACTTCAGGAACTTATGTTCTG CTATCCAACATATATGCTGCTTCTGGTGATTGGGATGGAGTGGCAAAGGTGAGGGCATTG ATGAAAAGAAGTGGGGTTGACAAGGAACCTGGCTGTAGCTCCATTGAGGTAAACAATAAA GTGCACGAGTTCCTTGCGGGTGATATGAAGCATCCCAAAAGCAAAGAAATTTACATAATG CTGGAGGAGGTGAACAAGTTGCTCGAGGCTCATGGGTACTTGCCGCAGACTGATATAGTC TTGCATAATCTTGGGGAAGTAGAGAAACAGCAAGCACTTGCGGTTCATAGTGAAAGGCTA GCAATTGCTTATGGACTAATTAGTACTCAGGCAGGAACTACAATCAAGATTGTCAAGAAT CTACGTGTTTGTCCAGATTGTCATGCTGTCACAAAGCTCATTTCAAAAATCACAGGACGC AAAATCATTGTTAGGGACCGGAATCGCTTTCATCATTTTGTAGACGGTTCATGTTCTTGT GGTGATTTCTGGTAG

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc01g081020.1.1
PEP Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** D7MAN3_ARALL)
Sequence	MSGTSFFSSPPLYTTSTTTNYSHSPSPDRLKFLIDKSKNIRQLLQIHAFLIRNGLESDPV LNFRLQQSYSSLGHLQHSVKVFKRTHSPTVFSYTAIIHNHVINDLYEQAFVLYIQMLTHN IEPNAFTFSSMLKTCPLESGKALHCQALKLGYESDTYVRTALVDVYARGSDIVSACKLFD TMTERSLVSLTTMITGYAKNGHIQEAGVLFEGMEDRDVVCWNAMIDGYSQHGRPNEALVL FRKMLLSKVKPNEVTVVAALSACAQMGVLESGRWIHAYVKSNRIQINKHVGTAFIDMYSK SGSLEDARMVFDQMRDKDVITWNSMIVGYAMHGFSLEALQLFNEMCKLGLQPTDITFIGI LSACANAGLLSEGWTYFQLMEKYLIEPKIEHYGCMVNLLGRAGQLEKAYEFVKSMKIDSD PILWGTLLTACRIHGDVRLAEKIMEFLVEQDLATSGTYVLLSNIYAASGDWDGVAKVRAL MKRSGVDKEPGCSSIEVNNKVHEFLAGDMKHPKSKEIYIMLEEVNKLLEAHGYLPQTDIV LHNLGEVEKQQALAVHSERLAIAYGLISTQAGTTIKIVKNLRVCPDCHAVTKLISKITGR KIIVRDRNRFHHFVDGSCSCGDFW*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc01g081020.1.1
Transcript Infomation	Pentatricopeptide repeat-containing protein (AHRD V3.3 *** D7MAN3_ARALL)
Sequence	ATGTCGGGAACTTCCTTTTTCTCCAGTCCACCACTATACACTACTAGTACTACCACCAAC TACAGCCATAGCCCGTCACCTGACAGACTTAAATTCTTGATAGACAAATCAAAAAACATC AGACAGCTTCTACAGATTCATGCATTTCTTATTCGCAATGGTCTGGAGAGTGACCCAGTA TTGAATTTTAGGCTCCAGCAATCATACTCTTCCCTTGGACACCTCCAACATTCTGTGAAG GTATTTAAACGCACTCATAGTCCGACTGTGTTCTCTTACACTGCCATTATCCATAATCAT GTGATCAATGATCTCTATGAACAAGCCTTTGTCTTATATATCCAAATGCTAACACACAAT ATTGAGCCTAATGCATTTACATTTTCTTCCATGCTTAAAACTTGCCCACTTGAATCAGGA AAAGCCCTTCATTGTCAAGCCCTAAAACTCGGATATGAATCTGACACATATGTTCGAACT GCTCTCGTAGATGTCTATGCAAGAGGCAGTGACATTGTGTCAGCTTGCAAACTTTTTGAC ACTATGACTGAAAGGTCCTTGGTGTCTTTGACAACAATGATTACTGGATATGCAAAGAAT GGGCACATCCAAGAAGCAGGAGTGTTGTTCGAAGGGATGGAAGACAGGGATGTCGTTTGT TGGAATGCCATGATTGATGGGTATAGCCAACATGGTAGACCTAATGAAGCTTTGGTTCTT TTTAGGAAGATGTTACTGTCAAAAGTTAAACCTAATGAAGTAACCGTGGTGGCTGCTCTT TCTGCTTGTGCGCAAATGGGAGTACTGGAATCAGGTCGGTGGATTCATGCTTATGTGAAA AGTAACAGAATTCAAATAAATAAACATGTAGGTACTGCTTTTATTGACATGTACAGCAAG TCTGGGAGTTTAGAGGATGCAAGAATGGTGTTTGATCAGATGAGAGATAAGGATGTCATA ACATGGAATTCGATGATTGTAGGATATGCAATGCATGGATTTAGCCTTGAAGCTTTGCAG TTGTTCAATGAGATGTGTAAGTTGGGTCTCCAACCTACAGATATAACGTTTATTGGTATT TTAAGTGCTTGTGCTAATGCTGGATTGCTCTCTGAAGGGTGGACTTATTTTCAGTTAATG GAGAAGTATTTAATTGAGCCAAAGATTGAGCACTATGGTTGCATGGTGAATCTTCTTGGA CGAGCAGGACAGCTAGAAAAAGCTTATGAATTTGTCAAAAGTATGAAGATTGATTCGGAT CCTATTTTATGGGGAACTCTACTGACTGCTTGTAGGATTCATGGGGATGTAAGGCTTGCG GAGAAAATTATGGAGTTCCTAGTCGAACAGGATCTTGCTACTTCAGGAACTTATGTTCTG CTATCCAACATATATGCTGCTTCTGGTGATTGGGATGGAGTGGCAAAGGTGAGGGCATTG ATGAAAAGAAGTGGGGTTGACAAGGAACCTGGCTGTAGCTCCATTGAGGTAAACAATAAA GTGCACGAGTTCCTTGCGGGTGATATGAAGCATCCCAAAAGCAAAGAAATTTACATAATG CTGGAGGAGGTGAACAAGTTGCTCGAGGCTCATGGGTACTTGCCGCAGACTGATATAGTC TTGCATAATCTTGGGGAAGTAGAGAAACAGCAAGCACTTGCGGTTCATAGTGAAAGGCTA GCAATTGCTTATGGACTAATTAGTACTCAGGCAGGAACTACAATCAAGATTGTCAAGAAT CTACGTGTTTGTCCAGATTGTCATGCTGTCACAAAGCTCATTTCAAAAATCACAGGACGC AAAATCATTGTTAGGGACCGGAATCGCTTTCATCATTTTGTAGACGGTTCATGTTCTTGT GGTGATTTCTGGTAG