Plant GARDEN
How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Species By Keywords Genes By Markers By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only) Sequences Other Tools

Data List

All Markers Trait-Related Loci
Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID

Solyc01g005960.3.1
CDS Infomation

RNA helicase DEAD1
Sequence

ATGTCAATGTCGTGGGCTGATTCTGTTTCTGCAGCCGAGAATCCGGCTGGAGCTCCGTCT
AAGTCAGCATATGTTCCACCACATTTGCGAAACAGACCTTCAACTGATCCTCCTGCACAG
GCTTCGTATGCTGGGGCTGCTGCATCATTAGGTAATGACCATAGTGGTTATGGTGTCCCA
AATATGGTTGGGAGTCGTTGGAGTGGTCAAAGGAATGAATACCAATCTGGTTATGCTGGT
GGAGGAGGACGTGGTGGTGGTTGGAATGGAAGAAGTGGTGGTTGGGATCGTGGGAGGGTT
CGGGAAGTTAACCCCTTTACAAATGATGATAGTGAACCTGTTACTGAACAAGAAAGTTCT
GCGATCAATTTTGATGCATATGAGGATATTCCAGTGGAAACAAGCGGGGATAATGTGCCC
CCTCCTGTGAATACTTTTGCAGAGATTGATTTAGGTGAAGCTGTCAATGAAAATATAAGG
AGGTGCAAGTATGTTAAGCCGACCCCTGTGCAACGGCATGCTATACCTATTTCACTCGCA
GGGAGGGATTTGATGGCTTGTGCTCAGACTGGTTCTGGAAAAACTGCTGCTTTCTGCTTC
CCAATCATAAGTGGGATCATGAGGGGCCAATTTCCTAGACCTCCTCGTCCACGTATGGCA
TTTCCTCTAGCTCTTATTCTCTCCCCGACTAGGGAGCTCTCATGCCAAATTCATGACGAG
GCTAAAAAGTTTTCATATCAAACTGGCGTCAGGGTGGTTGTTGCCTATGGTGGTGCTCCT
ATAAACCAACAGCTTCGTGAGTTAGAGAGAGGTGTGCATATTCTTGTAGCAACCCCTGGA
CGGTTGGTAGATTTACTTGAGAGAGCAAGAGTCTCGTTGCAGATGATAAGGTATTTGGCT
CTAGACGAGGCTGACCGGATGCTTGACATGGGTTTTGAACCTCAAATAAGGAAAATAGTG
CAACAGATGGACATGCCTCCGCCAGGTGTGCGACAGACCATGCTTTTCAGTGCCACTTTT
CCAAAAGAGATTCAGAGACTGGCCTCAGATTTTCTATCCAGTTATATCTTTTTGGCCGTC
GGAAGGGTCGGCTCTAGCACAGATTTGATTGTCCAACGAGTTGAATATGTTCAAGAGACT
GACAAGAGAAGTCACTTGATGGATCTTCTTCATGCGCAGAAGGAAAATGGTGTTCATGGC
AAGCAAGCTCTTACCCTTGTTTTTGTGGAGACTAAGAAGGGAGCTGATGCACTGGAGCAT
TGGCTTTGTATGAATGGTTTCCCTGCTGCTGCTATTCATGGTGATAGAACTCAGCAGGAG
AGAGAGCATGCCCTCAGATCCTTCAAAACTGGTTACACACCAATCTTGGTTGCAACAGAT
GTGGCAGCACGTGGTCTCGATATCCCCCATGTTGCACATGTTGTTAACTTTGATCTGCCA
AATGACATTGATGACTATGTGCACCGTATTGGAAGAACTGGACGAGCAGGAAAAACAGGT
TTAGCTACTGCCTTCTTCAACGAGAACAATTCTTCACTTGCAAGATCACTATCCGACCTG
ATGCAAGAAGCAAACCAAGAAGTACCTGCTTGGCTCTCTCGCTTTGCTGCTCGATCCACT
TATGGAGGCAAGAATCGTCGTGGTGGAGCTCGTTTTGGTGCTCGTGACTTTCGAAGAGAT
TCCTCTTATAACCGAGGTGCTAGTGGTGGTTCTACCGACTATTATGGTGGTGGTGCCAAT
ATGAACAGTGGCTATGCATCTGGGGGGTATAATGCATCGTATGGAACAGCAGGCGTGACC
AGTGCATGGGACTAA

Peptide Sequence

PEP ID

Solyc01g005960.3.1
PEP Infomation

RNA helicase DEAD1
Sequence

MSMSWADSVSAAENPAGAPSKSAYVPPHLRNRPSTDPPAQASYAGAAASLGNDHSGYGVP
NMVGSRWSGQRNEYQSGYAGGGGRGGGWNGRSGGWDRGRVREVNPFTNDDSEPVTEQESS
AINFDAYEDIPVETSGDNVPPPVNTFAEIDLGEAVNENIRRCKYVKPTPVQRHAIPISLA
GRDLMACAQTGSGKTAAFCFPIISGIMRGQFPRPPRPRMAFPLALILSPTRELSCQIHDE
AKKFSYQTGVRVVVAYGGAPINQQLRELERGVHILVATPGRLVDLLERARVSLQMIRYLA
LDEADRMLDMGFEPQIRKIVQQMDMPPPGVRQTMLFSATFPKEIQRLASDFLSSYIFLAV
GRVGSSTDLIVQRVEYVQETDKRSHLMDLLHAQKENGVHGKQALTLVFVETKKGADALEH
WLCMNGFPAAAIHGDRTQQEREHALRSFKTGYTPILVATDVAARGLDIPHVAHVVNFDLP
NDIDDYVHRIGRTGRAGKTGLATAFFNENNSSLARSLSDLMQEANQEVPAWLSRFAARST
YGGKNRRGGARFGARDFRRDSSYNRGASGGSTDYYGGGANMNSGYASGGYNASYGTAGVT
SAWD*

Transcript Sequence

Transcript ID

Solyc01g005960.3.1
Transcript Infomation

RNA helicase DEAD1
Sequence

TAGGCAAAAATTTAGGCTAGCCGCAATCAAGAACTGTGTATACATAACGTACGGAGAAGT
CTCAATTCTCTCCAAGGCTGATTTGAGACTTGGGGAATTTGAATTTGATTTGATGATGAC
GAAAGTTGCTGGGTTTTGATCTGAAATTTTTGTTTTGGGGAGGTTAAGTAGCTTGGATTT
GTAAAATTAGCTGAAATTTTGGTTTTAGGGGTATCTTCTTTGTTTTTTTTTTTTTTTGTT
TTTTTTTTTGGTAACTTGAGGGAAGGTAAAGAGTGTGTGATCTTTGGGTATTTTGACTAT
GTCAATGTCGTGGGCTGATTCTGTTTCTGCAGCCGAGAATCCGGCTGGAGCTCCGTCTAA
GTCAGCATATGTTCCACCACATTTGCGAAACAGACCTTCAACTGATCCTCCTGCACAGGC
TTCGTATGCTGGGGCTGCTGCATCATTAGGTAATGACCATAGTGGTTATGGTGTCCCAAA
TATGGTTGGGAGTCGTTGGAGTGGTCAAAGGAATGAATACCAATCTGGTTATGCTGGTGG
AGGAGGACGTGGTGGTGGTTGGAATGGAAGAAGTGGTGGTTGGGATCGTGGGAGGGTTCG
GGAAGTTAACCCCTTTACAAATGATGATAGTGAACCTGTTACTGAACAAGAAAGTTCTGC
GATCAATTTTGATGCATATGAGGATATTCCAGTGGAAACAAGCGGGGATAATGTGCCCCC
TCCTGTGAATACTTTTGCAGAGATTGATTTAGGTGAAGCTGTCAATGAAAATATAAGGAG
GTGCAAGTATGTTAAGCCGACCCCTGTGCAACGGCATGCTATACCTATTTCACTCGCAGG
GAGGGATTTGATGGCTTGTGCTCAGACTGGTTCTGGAAAAACTGCTGCTTTCTGCTTCCC
AATCATAAGTGGGATCATGAGGGGCCAATTTCCTAGACCTCCTCGTCCACGTATGGCATT
TCCTCTAGCTCTTATTCTCTCCCCGACTAGGGAGCTCTCATGCCAAATTCATGACGAGGC
TAAAAAGTTTTCATATCAAACTGGCGTCAGGGTGGTTGTTGCCTATGGTGGTGCTCCTAT
AAACCAACAGCTTCGTGAGTTAGAGAGAGGTGTGCATATTCTTGTAGCAACCCCTGGACG
GTTGGTAGATTTACTTGAGAGAGCAAGAGTCTCGTTGCAGATGATAAGGTATTTGGCTCT
AGACGAGGCTGACCGGATGCTTGACATGGGTTTTGAACCTCAAATAAGGAAAATAGTGCA
ACAGATGGACATGCCTCCGCCAGGTGTGCGACAGACCATGCTTTTCAGTGCCACTTTTCC
AAAAGAGATTCAGAGACTGGCCTCAGATTTTCTATCCAGTTATATCTTTTTGGCCGTCGG
AAGGGTCGGCTCTAGCACAGATTTGATTGTCCAACGAGTTGAATATGTTCAAGAGACTGA
CAAGAGAAGTCACTTGATGGATCTTCTTCATGCGCAGAAGGAAAATGGTGTTCATGGCAA
GCAAGCTCTTACCCTTGTTTTTGTGGAGACTAAGAAGGGAGCTGATGCACTGGAGCATTG
GCTTTGTATGAATGGTTTCCCTGCTGCTGCTATTCATGGTGATAGAACTCAGCAGGAGAG
AGAGCATGCCCTCAGATCCTTCAAAACTGGTTACACACCAATCTTGGTTGCAACAGATGT
GGCAGCACGTGGTCTCGATATCCCCCATGTTGCACATGTTGTTAACTTTGATCTGCCAAA
TGACATTGATGACTATGTGCACCGTATTGGAAGAACTGGACGAGCAGGAAAAACAGGTTT
AGCTACTGCCTTCTTCAACGAGAACAATTCTTCACTTGCAAGATCACTATCCGACCTGAT
GCAAGAAGCAAACCAAGAAGTACCTGCTTGGCTCTCTCGCTTTGCTGCTCGATCCACTTA
TGGAGGCAAGAATCGTCGTGGTGGAGCTCGTTTTGGTGCTCGTGACTTTCGAAGAGATTC
CTCTTATAACCGAGGTGCTAGTGGTGGTTCTACCGACTATTATGGTGGTGGTGCCAATAT
GAACAGTGGCTATGCATCTGGGGGGTATAATGCATCGTATGGAACAGCAGGCGTGACCAG
TGCATGGGACTAACCAGCCTCATTTCGCCCCACTAGCTAATTCAGTTGTACTTTCAAGTT
CTACTCTAGCAAAACTACTCACTTTAGAGGTTACTCTTGCTATTCCTCACTCTTGTTAGT
TTCTCTTCCGTTGTACTCGAGTTTTTACTTTCCATGGTGGTGTTGTCGTTCGTGACATAT
AGTTCAGGGCTCTAGGGGATGCGTAAATCTTGGCAGGTCCGCGGCAAATAATGACTAACA
CATTAGGAATTTTTTGCCTCATTAGAAATGTGGTTTATACTTCTCTTAACTCAATTTTGT
TGGTTGTAGATCTCTTCTGCAGAGCCCTTTGAACCAAATGTTTGAAGTTATGTTTCTACT
TTAGTCAGTACTGTTGTAATATTCTGAAGTCTTTCTTATTAATCAAATTTTCTATTTTAT
ACATATTAGAGAAAGTCTTTGCTTTTTAGTCATTAGTCCTTC