Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Arabidopsis thaliana ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Arabidopsis thaliana

CDS Sequence

CDS ID	AT3G11960.1
CDS Infomation	\| Cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) A subunit protein \| Chr3:3786431-3793160 FORWARD LENGTH=4140 \| 201606
Sequence	ATGGCGGCTCCGGAGGATGAATCTTCCGCTCAGTCTCAATCATCACCTGCCACGGCGGCT CCTACGCCTCCTCCTTCCTCTTCCCCTTCCTCTGCTGGGGATCACTACCTAGCTAAGTGC ATCCTCCGCCCCAGCGTCGTTCTCCAGGTTGCTTATGGCTACTTCCGCTCCCCTTCCTCC CGCGACATAGTTTTCGGCAAGGAGACCTGCATAGAATTGGTGGTTATTGGTGAAGACGGG ATTGTTGAATCGGTGTGTGAACAGTATGTATTTGGAACAATTAAGGATTTGGCTGTCATA CCTCAGAGTAGCAAGCTTTATTCGAATAGTTTGCAGATGGGAAAAGACCTTCTGGCTGTT CTTTCTGATTCTGGAAAGCTCTCATTTCTCTCATTTAGCAATGAAATGCACAGGTTCTCG CCAATACAACATGTTCAACTTTCTACTCCAGGTAACTCAAGGATTCAACTCGGAAGAATG CTCACAATAGATTCCAGTGGTCTCTTTCTTGCTGTCAGTGCGTATCATGACCGTTTTGCT CTGTTTTCCCTCTCAACATCGTCTATGGGTGATATTATTCATCAGAGGATTTCTTATCCT TCTGAAGACGGAGGGAATGGTAGCTCTATTCAAGCAATATCTGGTACTATTTGGAGCATG TGCTTCATTTCTAAAGATTTTAATGAATCCAAGGAGTATGCTCCTATTCTTGCCATTGTT ATAAATAGGAAAGGGTCCCTCATGAATGAGCTGGCTTTGTTTAGATGGAATGTCAAAGAG GAATCCATATGTTTAATATCAGAGTATGTTGAAACTGGGGCTCTGGCACATAGTATTGTC GAAGTTCCTCACTCCTCTGGATTTGCCTTTCTGTTTAGGATTGGTGATGTTCTCTTAATG GATCTAAGAGATCCTCAAAACCCTTGCTGTCTGTTTAGGACATCCTTAGATTTTGTTCCT GCTTCATTAATGGAAGAGCATTTTGTTGAAGAGTCGTGTAGAGTACAAGATGGAGACGAT GAGGGCTGTAATGTTGTTGTATGTGCTTTGTTAGAGCTCAGGGATCATGAGGTCAGGGAT CATGATCCCATGTTCATAGATACTGAAAGTGACATTGGAAAGTTGAGTTCTAAGAACGTC TCTTCATGGACTTGGGAGCCGGAAAATAATCATAATCCTCGGATGATTATTTGCTTAGAT AATGGTGATTTTTTCATGTTTGAACTCATATATGAAGATGATGGGGTTAAAGTAAATCTA TCAGAGTGTTTATACAAAGGTTTACCATGCAAGGATATTTTATGGATCGAAGGTGGATTC CTTGCTACATTTGCAGAAATGGCAGATGGAACGGTTTTCAAATTGGGAACTGAGAAGCTA CATTGGATGAGTTCCATACAAAATATTGCTCCGATCTTGGATTTTTCGGTTATGGATGAC CAGAATGAAAAACGAGACCAAATATTTGCTTGTTGTGGTGTAACCCCTGAAGGCTCTCTG AGAATTATTCGTAGTGGCATTAATGTAGAAAAACTTCTGAAAACCGCGCCTGTTTATCAA GGAATAACTGGTACTTGGACTGTTAAAATGAAGCTTACTGATGTATACCATTCATTTCTT GTTTTGTCATTTGTTGAGGAGACCAGGGTTTTATCAGTTGGATTAAGTTTTAAAGATGTC ACTGATTCAGTTGGTTTCCAGTCTGATGTTTGCACCTTCGCATGTGGGCTTGTTGCTGAT GGTTTGTTGGTTCAGATTCATCAAGATGCAATTAGGCTGTGCATGCCTACAATGGATGCT CATTCTGATGGTATTCCTGTTTCTTCACCATTTTTCTCATCGTGGTTTCCAGAAAATGTC AGTATCAGCTTGGGGGCAGTTGGTCAAAATTTGATAGTTGTCTCTACGTCTAACCCTTGT TTCTTGTCTATTCTTGGGGTCAAATCAGTATCATCTCAATGCTGTGAAATCTATGAAATT CAACGAGTAACATTGCAGTATGAAGTTTCCTGCATCTCAGTTCCTCAAAAACATATTGGA AAAAAGAGATCCCGTGATTCTTCCCCGGATAATTTTTGCAAAGCTGCGATTCCTTCTGCT ATGGAGCAAGGCTATACATTTTTGATTGGCACACATAAGCCTTCTGTTGAGGTCCTTTCC TTCACAGAAGATGGTGTTGGTGTTCGAGTCCTTGCTTCTGGGTTGGTATCGCTAACAAAT ACAATGGGAACTGTTATTAGTGGGTGCATTCCTCAAGATGTAAGACTCGTGTTAGTTGAT CAACTTTATGTCCTTTCTGGGTTGAGAAATGGGATGCTTCTCCGTTTTGAGTGGGCCCCT TTTTCAAATTCATCCGGGTTGAATTGTCCAGATTATTTTAGTCACTGTAAAGAGGAGATG GACACTGTTGTGGGCAAAAAAGACAATTTACCAGTCAACCTTCTGTTAATTGCTACCCGA CGCATTGGCATCACACCTGTTTTCTTGGTTCCGTTCAGTGATTCACTGGATTCAGACATC ATAGCTCTTAGTGACAGGCCATGGTTGTTACAAACAGCTCGACAAAGCCTTTCCTATACT TCCATCTCATTCCAACCTTCTACTCATGCAACTCCTGTATGCTCGTTTGAATGCCCCCAA GGAATTCTTTTTGTTTCAGAGAACTGTTTACATCTGGTGGAGATGGTGCACAGCAAACGG CGTAATGCGCAAAAGTTTCAGCTTGGAGGCACCCCGCGAAAGGTTATCTACCACAGTGAA AGCAAATTATTGATTGTGATGAGAACTGATCTGTATGATACATGTACGTCTGATATATGC TGTGTAGACCCGCTCAGTGGGTCAGTGTTATCATCCTACAAGCTCAAACCTGGAGAGACT GGAAAGTCAATGGAGCTTGTACGTGTGGGAAATGAACATGTCCTTGTGGTTGGGACGAGT TTGTCTTCTGGTCCTGCTATACTACCCAGTGGTGAAGCTGAAAGTACAAAAGGACGAGTA ATCATCCTCTGCTTAGAACACACTCAAAACTCGGATAGTGGTTCAATGACAATTTGTTCA AAGGCTTGTTCGTCTTCCCAACGTACATCACCTTTCCATGATGTTGTGGGATACACAACA GAAAACCTATCAAGCAGTAGCCTCTGCAGCAGTCCAGATGATTACAGCTATGATGGAATC AAACTTGATGAAGCTGAAACATGGCAGTTAAGATTGGCCTCTTCAACCACTTGGCCGGGT ATGGTACTTGCAATCTGTCCATACCTTGATCATTACTTCCTGGCATCTGCCGGCAATGCT TTCTATGTCTGTGGTTTTCCGAACGATAGTCCTGAGAGAATGAAGAGGTTTGCGGTAGGA AGGACCCGTTTCATGATAACATCTCTGCGCACATACTTCACTAGAATTGTTGTTGGGGAT TGCCGTGATGGTGTTCTATTTTATTCTTATCACGAGGAATCAAAGAAACTTCACCAAATA TATTGTGATCCAGCGCAGAGGTTAGTTGCTGACTGTTTTCTAATGGATGCTAATTCCGTT GCTGTATCTGATCGCAAGGGGAGTATAGCAATCCTGTCTTGCAAAGATCATTCAGACTTT GGTATGAAGCACCTTGAATATTCAAGTCCGGAGTCCAACCTGAATCTAAACTGTGCTTAT TACATGGGAGAGATTGCCATGTCTATAAAAAAGGGTTGCAACATCTACAAACTTCCAGCT GATGATGTACTGCGAAGTTATGGTCTTAGTAAAAGTATTGACACAGCTGATGACACTATC ATAGCAGGCACGCTATTGGGAAGTATATTTGTGTTTGCTCCTATTTCAAGCGAGGAATAT GAGCTCTTAGAAGGTGTCCAAGCAAAGCTTGGGATCCATCCCCTGACTGCTCCTGTACTT GGTAATGATCATAATGAGTTCCGAGGTCGAGAGAATCCGTCCCAAGCGAGAAAGATATTG GATGGTGACATGCTTGCTCAGTTCTTGGAGCTTACAAATAGACAGCAGGAGTCAGTTTTA TCGACACCTCAGCCATCACCAAGCACATCAAAAGCAAGTTCAAAGCAACGTTCTTTCCCG CCTCTCATGCTACACCAAGTTGTACAGTTGCTTGAGCGTGTCCATTACGCTTTGCACTAG

Peptide Sequence

PEP ID	AT3G11960.1
PEP Infomation	\| Cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) A subunit protein \| Chr3:3786431-3793160 FORWARD LENGTH=1379 \| 201606
Sequence	MAAPEDESSAQSQSSPATAAPTPPPSSSPSSAGDHYLAKCILRPSVVLQVAYGYFRSPSS RDIVFGKETCIELVVIGEDGIVESVCEQYVFGTIKDLAVIPQSSKLYSNSLQMGKDLLAV LSDSGKLSFLSFSNEMHRFSPIQHVQLSTPGNSRIQLGRMLTIDSSGLFLAVSAYHDRFA LFSLSTSSMGDIIHQRISYPSEDGGNGSSIQAISGTIWSMCFISKDFNESKEYAPILAIV INRKGSLMNELALFRWNVKEESICLISEYVETGALAHSIVEVPHSSGFAFLFRIGDVLLM DLRDPQNPCCLFRTSLDFVPASLMEEHFVEESCRVQDGDDEGCNVVVCALLELRDHEVRD HDPMFIDTESDIGKLSSKNVSSWTWEPENNHNPRMIICLDNGDFFMFELIYEDDGVKVNL SECLYKGLPCKDILWIEGGFLATFAEMADGTVFKLGTEKLHWMSSIQNIAPILDFSVMDD QNEKRDQIFACCGVTPEGSLRIIRSGINVEKLLKTAPVYQGITGTWTVKMKLTDVYHSFL VLSFVEETRVLSVGLSFKDVTDSVGFQSDVCTFACGLVADGLLVQIHQDAIRLCMPTMDA HSDGIPVSSPFFSSWFPENVSISLGAVGQNLIVVSTSNPCFLSILGVKSVSSQCCEIYEI QRVTLQYEVSCISVPQKHIGKKRSRDSSPDNFCKAAIPSAMEQGYTFLIGTHKPSVEVLS FTEDGVGVRVLASGLVSLTNTMGTVISGCIPQDVRLVLVDQLYVLSGLRNGMLLRFEWAP FSNSSGLNCPDYFSHCKEEMDTVVGKKDNLPVNLLLIATRRIGITPVFLVPFSDSLDSDI IALSDRPWLLQTARQSLSYTSISFQPSTHATPVCSFECPQGILFVSENCLHLVEMVHSKR RNAQKFQLGGTPRKVIYHSESKLLIVMRTDLYDTCTSDICCVDPLSGSVLSSYKLKPGET GKSMELVRVGNEHVLVVGTSLSSGPAILPSGEAESTKGRVIILCLEHTQNSDSGSMTICS KACSSSQRTSPFHDVVGYTTENLSSSSLCSSPDDYSYDGIKLDEAETWQLRLASSTTWPG MVLAICPYLDHYFLASAGNAFYVCGFPNDSPERMKRFAVGRTRFMITSLRTYFTRIVVGD CRDGVLFYSYHEESKKLHQIYCDPAQRLVADCFLMDANSVAVSDRKGSIAILSCKDHSDF GMKHLEYSSPESNLNLNCAYYMGEIAMSIKKGCNIYKLPADDVLRSYGLSKSIDTADDTI IAGTLLGSIFVFAPISSEEYELLEGVQAKLGIHPLTAPVLGNDHNEFRGRENPSQARKIL DGDMLAQFLELTNRQQESVLSTPQPSPSTSKASSKQRSFPPLMLHQVVQLLERVHYALH

Transcript Sequence

Transcript ID	AT3G11960.1
Transcript Infomation	\| Cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) A subunit protein \| Chr3:3786386-3793375 FORWARD LENGTH=4400 \| 201606
Sequence	TAAAGAAGGAAAAGCACGACCTTTGCCGACTTCCTTCTGTTAATCATGGCGGCTCCGGAG GATGAATCTTCCGCTCAGTCTCAATCATCACCTGCCACGGCGGCTCCTACGCCTCCTCCT TCCTCTTCCCCTTCCTCTGCTGGGGATCACTACCTAGCTAAGTGCATCCTCCGCCCCAGC GTCGTTCTCCAGGTTGCTTATGGCTACTTCCGCTCCCCTTCCTCCCGCGACATAGTTTTC GGCAAGGAGACCTGCATAGAATTGGTGGTTATTGGTGAAGACGGGATTGTTGAATCGGTG TGTGAACAGTATGTATTTGGAACAATTAAGGATTTGGCTGTCATACCTCAGAGTAGCAAG CTTTATTCGAATAGTTTGCAGATGGGAAAAGACCTTCTGGCTGTTCTTTCTGATTCTGGA AAGCTCTCATTTCTCTCATTTAGCAATGAAATGCACAGGTTCTCGCCAATACAACATGTT CAACTTTCTACTCCAGGTAACTCAAGGATTCAACTCGGAAGAATGCTCACAATAGATTCC AGTGGTCTCTTTCTTGCTGTCAGTGCGTATCATGACCGTTTTGCTCTGTTTTCCCTCTCA ACATCGTCTATGGGTGATATTATTCATCAGAGGATTTCTTATCCTTCTGAAGACGGAGGG AATGGTAGCTCTATTCAAGCAATATCTGGTACTATTTGGAGCATGTGCTTCATTTCTAAA GATTTTAATGAATCCAAGGAGTATGCTCCTATTCTTGCCATTGTTATAAATAGGAAAGGG TCCCTCATGAATGAGCTGGCTTTGTTTAGATGGAATGTCAAAGAGGAATCCATATGTTTA ATATCAGAGTATGTTGAAACTGGGGCTCTGGCACATAGTATTGTCGAAGTTCCTCACTCC TCTGGATTTGCCTTTCTGTTTAGGATTGGTGATGTTCTCTTAATGGATCTAAGAGATCCT CAAAACCCTTGCTGTCTGTTTAGGACATCCTTAGATTTTGTTCCTGCTTCATTAATGGAA GAGCATTTTGTTGAAGAGTCGTGTAGAGTACAAGATGGAGACGATGAGGGCTGTAATGTT GTTGTATGTGCTTTGTTAGAGCTCAGGGATCATGAGGTCAGGGATCATGATCCCATGTTC ATAGATACTGAAAGTGACATTGGAAAGTTGAGTTCTAAGAACGTCTCTTCATGGACTTGG GAGCCGGAAAATAATCATAATCCTCGGATGATTATTTGCTTAGATAATGGTGATTTTTTC ATGTTTGAACTCATATATGAAGATGATGGGGTTAAAGTAAATCTATCAGAGTGTTTATAC AAAGGTTTACCATGCAAGGATATTTTATGGATCGAAGGTGGATTCCTTGCTACATTTGCA GAAATGGCAGATGGAACGGTTTTCAAATTGGGAACTGAGAAGCTACATTGGATGAGTTCC ATACAAAATATTGCTCCGATCTTGGATTTTTCGGTTATGGATGACCAGAATGAAAAACGA GACCAAATATTTGCTTGTTGTGGTGTAACCCCTGAAGGCTCTCTGAGAATTATTCGTAGT GGCATTAATGTAGAAAAACTTCTGAAAACCGCGCCTGTTTATCAAGGAATAACTGGTACT TGGACTGTTAAAATGAAGCTTACTGATGTATACCATTCATTTCTTGTTTTGTCATTTGTT GAGGAGACCAGGGTTTTATCAGTTGGATTAAGTTTTAAAGATGTCACTGATTCAGTTGGT TTCCAGTCTGATGTTTGCACCTTCGCATGTGGGCTTGTTGCTGATGGTTTGTTGGTTCAG ATTCATCAAGATGCAATTAGGCTGTGCATGCCTACAATGGATGCTCATTCTGATGGTATT CCTGTTTCTTCACCATTTTTCTCATCGTGGTTTCCAGAAAATGTCAGTATCAGCTTGGGG GCAGTTGGTCAAAATTTGATAGTTGTCTCTACGTCTAACCCTTGTTTCTTGTCTATTCTT GGGGTCAAATCAGTATCATCTCAATGCTGTGAAATCTATGAAATTCAACGAGTAACATTG CAGTATGAAGTTTCCTGCATCTCAGTTCCTCAAAAACATATTGGAAAAAAGAGATCCCGT GATTCTTCCCCGGATAATTTTTGCAAAGCTGCGATTCCTTCTGCTATGGAGCAAGGCTAT ACATTTTTGATTGGCACACATAAGCCTTCTGTTGAGGTCCTTTCCTTCACAGAAGATGGT GTTGGTGTTCGAGTCCTTGCTTCTGGGTTGGTATCGCTAACAAATACAATGGGAACTGTT ATTAGTGGGTGCATTCCTCAAGATGTAAGACTCGTGTTAGTTGATCAACTTTATGTCCTT TCTGGGTTGAGAAATGGGATGCTTCTCCGTTTTGAGTGGGCCCCTTTTTCAAATTCATCC GGGTTGAATTGTCCAGATTATTTTAGTCACTGTAAAGAGGAGATGGACACTGTTGTGGGC AAAAAAGACAATTTACCAGTCAACCTTCTGTTAATTGCTACCCGACGCATTGGCATCACA CCTGTTTTCTTGGTTCCGTTCAGTGATTCACTGGATTCAGACATCATAGCTCTTAGTGAC AGGCCATGGTTGTTACAAACAGCTCGACAAAGCCTTTCCTATACTTCCATCTCATTCCAA CCTTCTACTCATGCAACTCCTGTATGCTCGTTTGAATGCCCCCAAGGAATTCTTTTTGTT TCAGAGAACTGTTTACATCTGGTGGAGATGGTGCACAGCAAACGGCGTAATGCGCAAAAG TTTCAGCTTGGAGGCACCCCGCGAAAGGTTATCTACCACAGTGAAAGCAAATTATTGATT GTGATGAGAACTGATCTGTATGATACATGTACGTCTGATATATGCTGTGTAGACCCGCTC AGTGGGTCAGTGTTATCATCCTACAAGCTCAAACCTGGAGAGACTGGAAAGTCAATGGAG CTTGTACGTGTGGGAAATGAACATGTCCTTGTGGTTGGGACGAGTTTGTCTTCTGGTCCT GCTATACTACCCAGTGGTGAAGCTGAAAGTACAAAAGGACGAGTAATCATCCTCTGCTTA GAACACACTCAAAACTCGGATAGTGGTTCAATGACAATTTGTTCAAAGGCTTGTTCGTCT TCCCAACGTACATCACCTTTCCATGATGTTGTGGGATACACAACAGAAAACCTATCAAGC AGTAGCCTCTGCAGCAGTCCAGATGATTACAGCTATGATGGAATCAAACTTGATGAAGCT GAAACATGGCAGTTAAGATTGGCCTCTTCAACCACTTGGCCGGGTATGGTACTTGCAATC TGTCCATACCTTGATCATTACTTCCTGGCATCTGCCGGCAATGCTTTCTATGTCTGTGGT TTTCCGAACGATAGTCCTGAGAGAATGAAGAGGTTTGCGGTAGGAAGGACCCGTTTCATG ATAACATCTCTGCGCACATACTTCACTAGAATTGTTGTTGGGGATTGCCGTGATGGTGTT CTATTTTATTCTTATCACGAGGAATCAAAGAAACTTCACCAAATATATTGTGATCCAGCG CAGAGGTTAGTTGCTGACTGTTTTCTAATGGATGCTAATTCCGTTGCTGTATCTGATCGC AAGGGGAGTATAGCAATCCTGTCTTGCAAAGATCATTCAGACTTTGGTATGAAGCACCTT GAATATTCAAGTCCGGAGTCCAACCTGAATCTAAACTGTGCTTATTACATGGGAGAGATT GCCATGTCTATAAAAAAGGGTTGCAACATCTACAAACTTCCAGCTGATGATGTACTGCGA AGTTATGGTCTTAGTAAAAGTATTGACACAGCTGATGACACTATCATAGCAGGCACGCTA TTGGGAAGTATATTTGTGTTTGCTCCTATTTCAAGCGAGGAATATGAGCTCTTAGAAGGT GTCCAAGCAAAGCTTGGGATCCATCCCCTGACTGCTCCTGTACTTGGTAATGATCATAAT GAGTTCCGAGGTCGAGAGAATCCGTCCCAAGCGAGAAAGATATTGGATGGTGACATGCTT GCTCAGTTCTTGGAGCTTACAAATAGACAGCAGGAGTCAGTTTTATCGACACCTCAGCCA TCACCAAGCACATCAAAAGCAAGTTCAAAGCAACGTTCTTTCCCGCCTCTCATGCTACAC CAAGTTGTACAGTTGCTTGAGCGTGTCCATTACGCTTTGCACTAGGTCATCCTCTTCCGA GCCCGCTTTCTTACCAAGGCTTGCAACTTAAAGGACGGCAGTTTCATGGTTAACGAATTC ACTAATTTGATCTGGTGCGTAACTGAGTCCAAAGTAGTTTTAGTTGGAAAATGTATATGG AATTTATTAAATAACTGGTAGTGAATATTGGATGTTTACAAGCTTATTGACACTATTGCG TATAGGATGCAAAGAGTTGG