Plant GARDEN
How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Zea mays ) > genome data >Gene sequences

Search

By Species By Keywords Genes By Markers By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only) Sequences Other Tools

Data List

All Markers Trait-Related Loci
Zea mays

CDS Sequence

CDS ID

Zm00001d052308_T199
CDS Infomation

cds chromosome:B73_RefGen_v4:4:186721371:186725132:1 gene:Zm00001d052308 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Clathrin heavy chain 2
Sequence

ATGGATGGTGATCTGTGGGATAAAGTTCTTCAGCCTGAGAATGAATATAGAAGGCAACTC
ATTGACCAAGTGGTTTCGACTGCGTTGCCTGAGAGCAAGAGCCCTGAGCAAGTGTCTGCT
GCTGTTAAGGCTTTCATGACTGCTGACCTGCCTCATGAACTGATTGAGCTTCTTGAAAAG
ATTGTTCTTCAGAATTCCGCTTTCAGTGGAAATTTCAATCTGCAGAACCTGCTCATCTTG
ACTGCTATAAAGGCAGATCCATCCAGAGTCATGGACTATGTCAACAGACTTGATAACTTT
GATGGGCCTGCTGTTGGAGAAGTTGCTGTTGAAGCACAACTGTATGAGGAGGCTTTTGCT
ATATTCAAGAAATTCAACTTAAATGTGCAGGCTGTCGATGTTCTCTTGGACAACATCCGG
AGCATAGAAAGAGCAGAGGAATTTGCTTTCCGTGTTGAAGAAGATGCTGTTTGGAGCCAG
GTTGCCAAAGCCCAGTTACGTGAAGGTCTGGTCAGTGAAGCAATTGAGTCCTTCATTCGT
GCAGATGATGCTGCACACTTTCTTGATGTCATCCGTGCTGCCGAGGAAGCTAATGTGTAC
AATGATTTAGTGAAGTACCTTCTGATGGTAAGGCAAAAGGCACGGGAACCCAAAGTCGAT
GGAGAACTCATCTTTGCATATGCAAAGATTGACAGGCTCAGTGACATTGAGGAATTCATT
CTTATGCCGAATGTTGCCAACCTTCAAAATGTTGGTGACCGTCTTTTTGAGGAAGAACTA
TATGAAGCTGCAAAGATCATCTATGCTTTCATCTCAAACTGGGCTAAGCTGGCTGTTACC
CTTGTTAAGCTGAAGCAGTTCCAAGGTGCTGTGGATGCTGCTCGCAAGGCTAACAGTGCT
AAAACATGGAAGGAGGTCTGCTTTGCTTGTGTTGACGCTGAGGAGTTCCGTCTTGCACAA
ATATGTGGTCTCAATATTATTGTTCAGGTTGATGACTTGGAAGAAGTCAGTGAGTACTAC
CAGAACAGAGGATGCTTCAGTGAACTTATTGCTCTCATGGAGAGTGGTCTTGGACTTGAA
CGTGCACACATGGGTATCTTCACAGAATTGGGAGTTCTATATGCTAGATACCGCTCTGAG
AAGCTTATGGAGCACATCAAACTTTTCTCCACCCGTCTGAATATTCCTAAGCTTATTCGA
GCTTGTGATGAACAACAGCACTGGAAAGAACTTACCTACCTGTACATACAGTATGATGAA
TTTGACAATGCTGCCACCACAATTATGAACCACTCTCCAGATGCATGGGATCATATGCAG
TTCAAGGATGTCTGCGTTAAAGTTGCAAATGTCGAGCTATATTATAAGGCAGTTCACTTC
TATTTGCAAGAGCATCCTGATCTCATCAATGATATGCTAAATGTGCTTGCACTTCGTTTA
GATCATACCAGAGTTGTAGACATAATGCGCAAGGCTGGTCAGTTGCATCTTGTGAAACCA
TATATGGTTGCAGTTCAGAGTAACAATGTCTCTGCTGTGAATGAAGCCTTGAATGAGCTT
TATGTTGAAGAGGAGGACTATGAGAGACTCCGTGAATCAGTTGACATGCATGACAACTTT
GACCAGATATGTCTTGCCCAGAAGCTTGAGAAGCATGAATTGCTGGAGATGAGGAGGATT
GCCGCCTACATTTACAAGAAGGCTGGCAGGTGGAAGCAATCGATAGCTCTATCGAAGAAA
GACAACATGTACAAGGATTGCATGGAGACATGCTCACAATCTGGTGACCGCGAATTGTCA
GAGGACTTGCTTGTCTATTTCATTGAGCAGGGTAAGAAAGAATGCTTCGCTTCTTGCCTC
TTCATTTGCTACGACCTGATCCGACCAGATGTCGCTCTTGAGCTTGCATGGATGAACAAC
ATGATGGACTTTGCCTTCCCGTACCTGTTGCAGTTCATTCGTGAATACACTAGCAAGGTG
GATGATTTAGTGAAGGACAAGATTGAGTCGCAGAAGGAAGAAAGAGCCAAAGAGAAGGAG
GAGAAAGACCTTGTGGCTCAGCAGGTAAACATAAAACCGATCTCGGGCTCTCGCATAACA
TGTATGCGCAGCTGCTTCCTCTCGCTTTGCCCGCCCCGCCAATGCCTGGCATGGGTGGCC
CTCCACCTCCGATGGGCGGAATGGGCATGCCTCCGATGGGTATGCCGCCGATGCCAGCAT
TTGGGATGCCACCGATGGGAAGCTACTGATTTGGTTTTGCAGCATAAGTGGAACTTCATT
GGAGTTGTAGATGGTTGA

Peptide Sequence

PEP ID

Zm00001d052308_P199
PEP Infomation

pep chromosome:B73_RefGen_v4:4:186721371:186725132:1 gene:Zm00001d052308 transcript:Zm00001d052308_T199 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Clathrin heavy chain 2
Sequence

MDGDLWDKVLQPENEYRRQLIDQVVSTALPESKSPEQVSAAVKAFMTADLPHELIELLEK
IVLQNSAFSGNFNLQNLLILTAIKADPSRVMDYVNRLDNFDGPAVGEVAVEAQLYEEAFA
IFKKFNLNVQAVDVLLDNIRSIERAEEFAFRVEEDAVWSQVAKAQLREGLVSEAIESFIR
ADDAAHFLDVIRAAEEANVYNDLVKYLLMVRQKAREPKVDGELIFAYAKIDRLSDIEEFI
LMPNVANLQNVGDRLFEEELYEAAKIIYAFISNWAKLAVTLVKLKQFQGAVDAARKANSA
KTWKEVCFACVDAEEFRLAQICGLNIIVQVDDLEEVSEYYQNRGCFSELIALMESGLGLE
RAHMGIFTELGVLYARYRSEKLMEHIKLFSTRLNIPKLIRACDEQQHWKELTYLYIQYDE
FDNAATTIMNHSPDAWDHMQFKDVCVKVANVELYYKAVHFYLQEHPDLINDMLNVLALRL
DHTRVVDIMRKAGQLHLVKPYMVAVQSNNVSAVNEALNELYVEEEDYERLRESVDMHDNF
DQICLAQKLEKHELLEMRRIAAYIYKKAGRWKQSIALSKKDNMYKDCMETCSQSGDRELS
EDLLVYFIEQGKKECFASCLFICYDLIRPDVALELAWMNNMMDFAFPYLLQFIREYTSKV
DDLVKDKIESQKEERAKEKEEKDLVAQQVNIKPISGSRITCMRSCFLSLCPPRQCLAWVA
LHLRWAEWACLRWVCRRCQHLGCHRWEATDLVLQHKWNFIGVVDG

Transcript Sequence

Transcript ID

Zm00001d052308_T199
Transcript Infomation

cdna chromosome:B73_RefGen_v4:4:186721371:186725132:1 gene:Zm00001d052308 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Clathrin heavy chain 2
Sequence

AGGTGAATCCTGGGAATGCTCCATTGGTAGTGGGGCAACTACTTGATGATGAGTGTCCTG
AAGATTTTATCAAGGGTTTGATTCTCTCTGTCCGTTCTCTCCTTCCTGTTGAGCCACTGG
TTGATGAATGTGAGAAGAGGAACCGCTTACGTTTGCTCACTCAATTCTTGGAGCACTTAG
TGAGTGAAGGTAGCCAAGACGTGCATGTCCATAATGCTCTTGGAAAAATCATCATCGACA
GCAACAACAATCCTGAGCATTTCCTTACTACCAACCCATTTTACGACTCTCGTGTTGTGG
GTAAATATTGTGAAAAGCGGGATCCTACACTTGCTGTTGTTGCTTACAGACGTGGGCAGT
GTGATGATGAACTTATTAATGTCACTAACAAAAACTCATTATTCAAGCTACAAGCTAGGT
ATGTGGTTGAGAGAATGGATGGTGATCTGTGGGATAAAGTTCTTCAGCCTGAGAATGAAT
ATAGAAGGCAACTCATTGACCAAGTGGTTTCGACTGCGTTGCCTGAGAGCAAGAGCCCTG
AGCAAGTGTCTGCTGCTGTTAAGGCTTTCATGACTGCTGACCTGCCTCATGAACTGATTG
AGCTTCTTGAAAAGATTGTTCTTCAGAATTCCGCTTTCAGTGGAAATTTCAATCTGCAGA
ACCTGCTCATCTTGACTGCTATAAAGGCAGATCCATCCAGAGTCATGGACTATGTCAACA
GACTTGATAACTTTGATGGGCCTGCTGTTGGAGAAGTTGCTGTTGAAGCACAACTGTATG
AGGAGGCTTTTGCTATATTCAAGAAATTCAACTTAAATGTGCAGGCTGTCGATGTTCTCT
TGGACAACATCCGGAGCATAGAAAGAGCAGAGGAATTTGCTTTCCGTGTTGAAGAAGATG
CTGTTTGGAGCCAGGTTGCCAAAGCCCAGTTACGTGAAGGTCTGGTCAGTGAAGCAATTG
AGTCCTTCATTCGTGCAGATGATGCTGCACACTTTCTTGATGTCATCCGTGCTGCCGAGG
AAGCTAATGTGTACAATGATTTAGTGAAGTACCTTCTGATGGTAAGGCAAAAGGCACGGG
AACCCAAAGTCGATGGAGAACTCATCTTTGCATATGCAAAGATTGACAGGCTCAGTGACA
TTGAGGAATTCATTCTTATGCCGAATGTTGCCAACCTTCAAAATGTTGGTGACCGTCTTT
TTGAGGAAGAACTATATGAAGCTGCAAAGATCATCTATGCTTTCATCTCAAACTGGGCTA
AGCTGGCTGTTACCCTTGTTAAGCTGAAGCAGTTCCAAGGTGCTGTGGATGCTGCTCGCA
AGGCTAACAGTGCTAAAACATGGAAGGAGGTCTGCTTTGCTTGTGTTGACGCTGAGGAGT
TCCGTCTTGCACAAATATGTGGTCTCAATATTATTGTTCAGGTTGATGACTTGGAAGAAG
TCAGTGAGTACTACCAGAACAGAGGATGCTTCAGTGAACTTATTGCTCTCATGGAGAGTG
GTCTTGGACTTGAACGTGCACACATGGGTATCTTCACAGAATTGGGAGTTCTATATGCTA
GATACCGCTCTGAGAAGCTTATGGAGCACATCAAACTTTTCTCCACCCGTCTGAATATTC
CTAAGCTTATTCGAGCTTGTGATGAACAACAGCACTGGAAAGAACTTACCTACCTGTACA
TACAGTATGATGAATTTGACAATGCTGCCACCACAATTATGAACCACTCTCCAGATGCAT
GGGATCATATGCAGTTCAAGGATGTCTGCGTTAAAGTTGCAAATGTCGAGCTATATTATA
AGGCAGTTCACTTCTATTTGCAAGAGCATCCTGATCTCATCAATGATATGCTAAATGTGC
TTGCACTTCGTTTAGATCATACCAGAGTTGTAGACATAATGCGCAAGGCTGGTCAGTTGC
ATCTTGTGAAACCATATATGGTTGCAGTTCAGAGTAACAATGTCTCTGCTGTGAATGAAG
CCTTGAATGAGCTTTATGTTGAAGAGGAGGACTATGAGAGACTCCGTGAATCAGTTGACA
TGCATGACAACTTTGACCAGATATGTCTTGCCCAGAAGCTTGAGAAGCATGAATTGCTGG
AGATGAGGAGGATTGCCGCCTACATTTACAAGAAGGCTGGCAGGTGGAAGCAATCGATAG
CTCTATCGAAGAAAGACAACATGTACAAGGATTGCATGGAGACATGCTCACAATCTGGTG
ACCGCGAATTGTCAGAGGACTTGCTTGTCTATTTCATTGAGCAGGGTAAGAAAGAATGCT
TCGCTTCTTGCCTCTTCATTTGCTACGACCTGATCCGACCAGATGTCGCTCTTGAGCTTG
CATGGATGAACAACATGATGGACTTTGCCTTCCCGTACCTGTTGCAGTTCATTCGTGAAT
ACACTAGCAAGGTGGATGATTTAGTGAAGGACAAGATTGAGTCGCAGAAGGAAGAAAGAG
CCAAAGAGAAGGAGGAGAAAGACCTTGTGGCTCAGCAGGTAAACATAAAACCGATCTCGG
GCTCTCGCATAACATGTATGCGCAGCTGCTTCCTCTCGCTTTGCCCGCCCCGCCAATGCC
TGGCATGGGTGGCCCTCCACCTCCGATGGGCGGAATGGGCATGCCTCCGATGGGTATGCC
GCCGATGCCAGCATTTGGGATGCCACCGATGGGAAGCTACTGATTTGGTTTTGCAGCATA
AGTGGAACTTCATTGGAGTTGTAGATGGTTGACAGTTTGGAATCAATATTCTTCATTGTA
CCAGGAAACTTTTTGGCGAGTGAGTGAAATCAGTCTTACCCGTAGTTTGAGAAGTGCAAC
CTGTGATATGTTTACGATGGGATCGGAAATAGGATGATTAGGTTGTTTCAGCATGAGCTG
TTGAAAGCTGGTACCATATGTATAGTGTGATAAAATCTTTGTAGACATTTTTCTTGTATG
ATACTTGTCGGCACAGTTATATATATATATATATAT