Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Zea mays ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Zea mays

CDS Sequence

CDS ID	Zm00001d039096_T002
CDS Infomation	cds chromosome:B73_RefGen_v4:6:169961237:169964660:1 gene:Zm00001d039096 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat-containing protein chloroplastic
Sequence	ATGCCGCTGCTGCCCACTAAGCCCGCACCCGCACTCAATCCGTTCCTCCTCCCACTCGCC TCCCTTGCCTTGCCGCGCGCCCTCCCGCCCATCCGCCTCCACGCAAAGAAGCGCCTACGC GGTCTCAGCTCGGCCGCCGTCTCGGCTGCGGCGTCCACCTCCTCTTCCGCGGACCCGAGC ACGGAGCTGCGAGCGCTCTGCTCCCATGGCCAGCTCGCGCAGGCGCTCTGGCTCCTCGAG TCCTCGGCGGAGCCGCCCGACGAGGACGCCTACGTCGCGCTGTTCCGCCTCTGCGAGTGG CGCCGCGCAGTGGAACCGGGGCTGCGCGCGTGCGCGCACGCAGACGACCGGCACGCCTGG TTCGGTCTCCGCCTCGGGAACGCCATGCTCAGCATGCTCGTCAGGTTCGGGGAGACGTGG CACGCGTGGAGGGTGTTTGCCAAAATGCCTGAACGGGATGTCTTCTCCTGGAACGTCATG GTGGGCGGGTACGGGAAGTCCGGTTTGCTGGATGAGGCGCTGGACCTGTACCACAGGATG ATGTGGGCAGGTGTGAGACCGGACGTGTACACGTTCCCCTGTGTTCTGCGGAGCTGTGGG GGCGTCCCAGACTGGAGGATGGGGAGGGAGGTGCATGCACATGTTCTTCGGTTTGGGTTT GGGGAGGAGGTCGATGTCCTGAATGCACTCATGACCATGTACGCCAAATGTGGGGACGTT ATGGCTGCACGGAAGGTGTTTGACAGTATGACCGTCATGGATTGTATCTCATGGAATGCG ATGATTGCTGGGCATTTTGAGAATGGTGAATGCAATGCAGGGTTGGAGTTGTTTCTTACC ATGCTACATGATGAGGTTCAGCCTAACCTCATGACAATAACTAGTGTTACTGTTGCATCA GGCTTGTTATCTGACGTAACCTTTGCAAAGGAAATGCATGGACTTGCAGTGAAGAGGGGT TTTGCCGGTGATGTTGCATTCTGTAACTCTTTGATTCAGATGTATGCGAGTCTTGGTATG ATGAGGCAAGCAAGAACAGTGTTCTCAAGAATGGATACTAGAGATGCCATGACATGGACA GCTATGATATCTGGGTATGAGAAAAACGGCTTCCCAGATAAAGCTCTTGAAGTGTATGCA CTTATGGAAGTGAACAATGTAAGTCCTGATGATATTACTATTGCAAGTGCCCTTGCTGCT TGTGCTTGCTTGGGGAGTTTGGATGTTGGTGTCAAGTTGCACGAACTTGCTGAGAGCAAG GGATTCATAAGCTACATCGTAGTTACAAATGCAATCCTTGAAATGTATGCAAAGTCCAAG CGTATTGATAAGGCTATTGAAGTTTTTAAGTGCATGCATGAGAAGGACGTAGTGTCATGG AGTTCAATGATCGCAGGATTTTGCTTCAACCATAGGAACTTTGAGGCTCTTTACTATTTC AGGCATATGCTTGCAGATGTTAAGCCCAATTCTGTCACTTTTATTGCTGCGCTTGCTGCT TGTGCTGCTACTGGGGCTTTGAGGAGTGGTAAGGAGATCCATGCACATGTTTTAAGGTGT GGTATTGAATATGAAGGTTATTTGCCCAATGCCCTTATCGACTTGTATGTAAAATGTGGC CAGACAGGCTATGCTTGGGCACAGTTCTGTGCACATGGTGCAAAGGATGTTGTGTCGTGG AATATCATGATTGCAGGTTTTGTTGCTCATGGTCATGGGGATACCGCTTTATCGTTCTTC AATCAAATGGTGAAAATAGGAGAATGCCCAGATGAAGTTACATTTGTCGCTCTGCTATGT GCTTGTAGTAGGGGTGGAATGGTCAGCGAAGGTTGGGAGCTTTTCCACAGCATGACTGAG AAATACTCTATCGTTCCAAATCTCAAGCACTATGCATGCATGGTGGATCTTCTAAGTCGT GCTGGGCAGCTGACAGAAGCTTACAACTTCATAAATGAAATGCCTATCACACCAGATGCT GCTGTTTGGGGAGCCTTGCTAAATGGATGCCGAATACACCGGCATGTTGAACTTGGGGAG CTTGCTGCAAAATATGTCCTTGCATTGGAGCCTAATGATGCCGGATATCATGTCCTATTG TGTGATCTGTATGCTGATGCTTGTTTATGGGATAAATTGGCTAGGGTGAGGAAAACCATG CGGGAGAAAGGACTGGATCATGATTCTGGATGTAGCTGGGTTGAGGTTAAAGGAGTGGTC CATGCATTTCTTACAGATGATGAGTCGCATCCACAAATCAGAGAAATAAATACTGTTCTT GAAGGAATATATGAGCGGATGAAAGCATCTGGTTATGCTCCTGTTGAATCTCATTGTCCT GAAGATGAAGTATTGAAGGATGACATCTTTTGTGGTCATAGCGAAAGACTTGCTGTTGCT TTTGGTTTGATCAATACCACACCTGGCACCTCAATTTCTGTCACCAAAAACCAATACACA TGTCAGAGTTGTCACAGGATATTGAAGATGATTTCTAATATAGTACGAAGAGATATAATT GTTAGGGACATCTCTTTAAGAATTGATTCTTGGAGCTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Zm00001d039096_P002
PEP Infomation	pep chromosome:B73_RefGen_v4:6:169961237:169964660:1 gene:Zm00001d039096 transcript:Zm00001d039096_T002 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat-containing protein chloroplastic
Sequence	MPLLPTKPAPALNPFLLPLASLALPRALPPIRLHAKKRLRGLSSAAVSAAASTSSSADPS TELRALCSHGQLAQALWLLESSAEPPDEDAYVALFRLCEWRRAVEPGLRACAHADDRHAW FGLRLGNAMLSMLVRFGETWHAWRVFAKMPERDVFSWNVMVGGYGKSGLLDEALDLYHRM MWAGVRPDVYTFPCVLRSCGGVPDWRMGREVHAHVLRFGFGEEVDVLNALMTMYAKCGDV MAARKVFDSMTVMDCISWNAMIAGHFENGECNAGLELFLTMLHDEVQPNLMTITSVTVAS GLLSDVTFAKEMHGLAVKRGFAGDVAFCNSLIQMYASLGMMRQARTVFSRMDTRDAMTWT AMISGYEKNGFPDKALEVYALMEVNNVSPDDITIASALAACACLGSLDVGVKLHELAESK GFISYIVVTNAILEMYAKSKRIDKAIEVFKCMHEKDVVSWSSMIAGFCFNHRNFEALYYF RHMLADVKPNSVTFIAALAACAATGALRSGKEIHAHVLRCGIEYEGYLPNALIDLYVKCG QTGYAWAQFCAHGAKDVVSWNIMIAGFVAHGHGDTALSFFNQMVKIGECPDEVTFVALLC ACSRGGMVSEGWELFHSMTEKYSIVPNLKHYACMVDLLSRAGQLTEAYNFINEMPITPDA AVWGALLNGCRIHRHVELGELAAKYVLALEPNDAGYHVLLCDLYADACLWDKLARVRKTM REKGLDHDSGCSWVEVKGVVHAFLTDDESHPQIREINTVLEGIYERMKASGYAPVESHCP EDEVLKDDIFCGHSERLAVAFGLINTTPGTSISVTKNQYTCQSCHRILKMISNIVRRDII VRDISLRIDSWS

Transcript Sequence

Transcript ID	Zm00001d039096_T002
Transcript Infomation	cdna chromosome:B73_RefGen_v4:6:169961237:169964660:1 gene:Zm00001d039096 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Pentatricopeptide repeat-containing protein chloroplastic
Sequence	ATGCCGCTGCTGCCCACTAAGCCCGCACCCGCACTCAATCCGTTCCTCCTCCCACTCGCC TCCCTTGCCTTGCCGCGCGCCCTCCCGCCCATCCGCCTCCACGCAAAGAAGCGCCTACGC GGTCTCAGCTCGGCCGCCGTCTCGGCTGCGGCGTCCACCTCCTCTTCCGCGGACCCGAGC ACGGAGCTGCGAGCGCTCTGCTCCCATGGCCAGCTCGCGCAGGCGCTCTGGCTCCTCGAG TCCTCGGCGGAGCCGCCCGACGAGGACGCCTACGTCGCGCTGTTCCGCCTCTGCGAGTGG CGCCGCGCAGTGGAACCGGGGCTGCGCGCGTGCGCGCACGCAGACGACCGGCACGCCTGG TTCGGTCTCCGCCTCGGGAACGCCATGCTCAGCATGCTCGTCAGGTTCGGGGAGACGTGG CACGCGTGGAGGGTGTTTGCCAAAATGCCTGAACGGGATGTCTTCTCCTGGAACGTCATG GTGGGCGGGTACGGGAAGTCCGGTTTGCTGGATGAGGCGCTGGACCTGTACCACAGGATG ATGTGGGCAGGTGTGAGACCGGACGTGTACACGTTCCCCTGTGTTCTGCGGAGCTGTGGG GGCGTCCCAGACTGGAGGATGGGGAGGGAGGTGCATGCACATGTTCTTCGGTTTGGGTTT GGGGAGGAGGTCGATGTCCTGAATGCACTCATGACCATGTACGCCAAATGTGGGGACGTT ATGGCTGCACGGAAGGTGTTTGACAGTATGACCGTCATGGATTGTATCTCATGGAATGCG ATGATTGCTGGGCATTTTGAGAATGGTGAATGCAATGCAGGGTTGGAGTTGTTTCTTACC ATGCTACATGATGAGGTTCAGCCTAACCTCATGACAATAACTAGTGTTACTGTTGCATCA GGCTTGTTATCTGACGTAACCTTTGCAAAGGAAATGCATGGACTTGCAGTGAAGAGGGGT TTTGCCGGTGATGTTGCATTCTGTAACTCTTTGATTCAGATGTATGCGAGTCTTGGTATG ATGAGGCAAGCAAGAACAGTGTTCTCAAGAATGGATACTAGAGATGCCATGACATGGACA GCTATGATATCTGGGTATGAGAAAAACGGCTTCCCAGATAAAGCTCTTGAAGTGTATGCA CTTATGGAAGTGAACAATGTAAGTCCTGATGATATTACTATTGCAAGTGCCCTTGCTGCT TGTGCTTGCTTGGGGAGTTTGGATGTTGGTGTCAAGTTGCACGAACTTGCTGAGAGCAAG GGATTCATAAGCTACATCGTAGTTACAAATGCAATCCTTGAAATGTATGCAAAGTCCAAG CGTATTGATAAGGCTATTGAAGTTTTTAAGTGCATGCATGAGAAGGACGTAGTGTCATGG AGTTCAATGATCGCAGGATTTTGCTTCAACCATAGGAACTTTGAGGCTCTTTACTATTTC AGGCATATGCTTGCAGATGTTAAGCCCAATTCTGTCACTTTTATTGCTGCGCTTGCTGCT TGTGCTGCTACTGGGGCTTTGAGGAGTGGTAAGGAGATCCATGCACATGTTTTAAGGTGT GGTATTGAATATGAAGGTTATTTGCCCAATGCCCTTATCGACTTGTATGTAAAATGTGGC CAGACAGGCTATGCTTGGGCACAGTTCTGTGCACATGGTGCAAAGGATGTTGTGTCGTGG AATATCATGATTGCAGGTTTTGTTGCTCATGGTCATGGGGATACCGCTTTATCGTTCTTC AATCAAATGGTGAAAATAGGAGAATGCCCAGATGAAGTTACATTTGTCGCTCTGCTATGT GCTTGTAGTAGGGGTGGAATGGTCAGCGAAGGTTGGGAGCTTTTCCACAGCATGACTGAG AAATACTCTATCGTTCCAAATCTCAAGCACTATGCATGCATGGTGGATCTTCTAAGTCGT GCTGGGCAGCTGACAGAAGCTTACAACTTCATAAATGAAATGCCTATCACACCAGATGCT GCTGTTTGGGGAGCCTTGCTAAATGGATGCCGAATACACCGGCATGTTGAACTTGGGGAG CTTGCTGCAAAATATGTCCTTGCATTGGAGCCTAATGATGCCGGATATCATGTCCTATTG TGTGATCTGTATGCTGATGCTTGTTTATGGGATAAATTGGCTAGGGTGAGGAAAACCATG CGGGAGAAAGGACTGGATCATGATTCTGGATGTAGCTGGGTTGAGGTTAAAGGAGTGGTC CATGCATTTCTTACAGATGATGAGTCGCATCCACAAATCAGAGAAATAAATACTGTTCTT GAAGGAATATATGAGCGGATGAAAGCATCTGGTTATGCTCCTGTTGAATCTCATTGTCCT GAAGATGAAGTATTGAAGGATGACATCTTTTGTGGTCATAGCGAAAGACTTGCTGTTGCT TTTGGTTTGATCAATACCACACCTGGCACCTCAATTTCTGTCACCAAAAACCAATACACA TGTCAGAGTTGTCACAGGATATTGAAGATGATTTCTAATATAGTACGAAGAGATATAATT GTTAGGGACATCTCTTTAAGAATTGATTCTTGGAGCTGATCTTTGCTTGCAACAACTTGC CAAAAAAGAAACAACCAAGTAAGCTTGAGCTATACAGGATAGTCTAGTTGGTGTCTAATG TTGTGTTGAATAGGCTTTATTTAGTCTTAATGTTACAGTAGTGCGCATCAACTATTTTGA GATCGACTCCGAAATGATTCATATGTTGAGATCGGAGCTGATCTCTTCTTGTATGGCCAT AAACCTAACACAACAGGACTAATTGGGCTGCACCAAGAAGTTTGCTATAGGTAAAGGAAA AGTGTCTCATTTGAAGTTTGGTATGTTGAGCAGCTTCGGAGGAACTGGTCCAGAAAACAT ATTATTCTCGACATTTCTGTTTAGAGGTACATAAAGTATTAGAAAGAGCCAAAGAGTCAC GAATATTGTATGCATGACAGAACATTTATGACAATAAATTATTTGAGGTGTGAATTTAAC ATCATTTGGATTTATACTAAATAAAATTATATGCC