Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Zea mays ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Zea mays

CDS Sequence

CDS ID	Zm00001d037254_T001
CDS Infomation	cds chromosome:B73_RefGen_v4:6:118321373:118323844:1 gene:Zm00001d037254 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Putative pentatricopeptide repeat family protein
Sequence	ATGATCCGCAGCCGCAGCCTCCTCCCAACCTTCTCACAAATCAATGGTCTGCTCAGCCGT AACCTGGCTGCCAACGAGGCGCTGCAGTGGCTGGACGACGAACTCGCGTCGCTCGCGCTC CCCAAGCTCGACTCCTACGCGTGCGCAAGGTTCCTTCAGCGCTGCATCGCTCGTGGTGAC GCCCGCGCCGGTCGCGCCGTGCACGCGCGCGTCGTGCAGCGCGGAGGGGTGGCGCAGCTG GACACCTTCTGCGCCAACGTCCTGCTCAACTTCTACGCGAAGCTCGGTCCACTAGCCACC GCGCGTAGGTTGTTCGACGGAATGCCAGAGCGGAATAGGGTGTCCTTCGTCACGCTCATG CAGGGCTACGCTCTGCGTGGGGAGTTTGAGGAGGCGCTGGAGCTGTTCCGAAGGCTGCAG AGGGAAGGCCACGAGGTGAACCATTTCGTGCTCACCACGATCCTGAAGGTGCTGGTCACC ATGGATGCTCCTGGGCTTGCCTGCGGCATCCACGCCTGTGCGTGCAAGTTGGGCCACGAC AGGAACGCCTTTGTGGGGACAGCACTGATTGATGCCTACTCGCTTTGTGGGGCCGTCTGT CATGCGAGGTGCGTGTTCGACGGGATCGTCGGGAAGGATGCTGTCACTTGGACAGCTATG GTTTCTTGCTACTCTGAGAATGACATTCCAGAGTATGCACTTAATACTTTCTCCAAAATG AGGATGACAGGTTTTAAGCCTAATCCTTTTGTGCTTACCAGTGCGCTCAAGGCCGCAGTT TGCCTGTCATCTGCCTTGCTAGGCAAGGGCATCCATGGTTGCTCAGTCAAAACACTCTAT GATACTGAACCTCATGTTGGTGGTGCCTTGCTTGACATGTATGCCAAATGTGGAGACATT GAGGATGCCCACGCCATTTTTGAGATGATTCCCCATGATGATGTCATACTCTGGAGCTTT CTGATCTCCCGTTATGCTCAGAGCTGTCAGAATGAACAGGCATTTGAGATGTTCCTCAGA ATGATGCGGTCTTTCGTTGTGCCTAACGAGTTTAGTTTGTCCGGTGTTCTCCAGGCTTGT GCTAATATTGCCTTTTTGGAGCTGGGCGAGCAAATTCATAACCTTGCTATAAAGTTAGGC TATGAGTCTGAATTATTTGTTGGCAATGCACTCATGGATATGTATGCGAAATGCAGAAAT ATGGAAAATTCGCTTGAGATCTTCTCGTCATTACAGGATGCCAATGAGGTGAGCTGGAAC ACAATTATTGTTGGCTACTGTCAGTCTGGTTTTGCAGAAGATGCTTTGAGTGTGTTCCAT GAAATGCGTGCTGCACATATGCTCTCAACTCAAGTTACATTCTCTAGTGTGCTCCGGGCT TGTGCAAATACATCATCCATCAAACATGCTGTCCAAATTCACAGCTTGATTGAAAAATCC ACATTCAATAATGACACAATCGTTTGCAATTCACTGATTGATACATATGCCAAGTGTGGA TTCATTAGGGACGCTTTGAAGGTATTTGAATCTATAGTGGAATGCGATGTGGTTTCATGG AATTCCATAATCTCAGCATATGCTCTCCATGGACGAGCCACAAATGCTTTGGAACTTTTC GACAGGATGAATAAAAGTGATATTAAAGCAAATGATGTCACCTTTGTGTCTCTCCTGTCT GTCTGCGGTAGCACAGGCTTAGTCAATCAAGGACTCTGGCTGTTTAACTCTATGATGATG GATCATAGAATCAAACCATCTATGGAGCATTACACGTGCATTGTTAGGCTTCTGGGACGT GCTGGCCGTCTAACTGACGCTCTAAAGTTTATTGGGGATATTCCTTCAACACCATCTCCT ATGGTTTGGCGAGCCTTACTTAGCTCATGTGTAGTCCATAAGAATGTAGCTCTGGGAAGA TATGCTGCAGAGAAGGTGCTTGACATTGAACCACATGATGAGACCACCTATGTCTTACTG TCAAATATGTATGCTGCAGCTGGAATTTTGGATGAAGTTGCTCTTTGGAGGAAATCAATG AGAAACGTCGGTGTAAAGAAAGAGGCTGGCCTTAGTTGGGTTGAGATCAAGGGGGAAGTT CATGCCTTTTCAGTGGGATCAGCAGACCATCCAGATATGCGGATAATAAATGCAATGCTG GAATGGTTAAACCTGAAGGCTAGTAGAGAAGGTTATGTTCCAGACATAAACGTAGTGTTG CATGACGTGGATGAGGAAGAAAAAGCTCGCATGCTATGGGTGCATAGTGAGAGGCTGGCT TTAGCATATGGCCTTTCTATGACACCTCCTGGCCATCCAATACGGATAATGAAGAATTTG CGTTCCTGCTTGGACTGCCATACCATGTTTAAAGTTATATCTAAAATAGTTCAACGGGAA ATCATTGTTAGAGATATCAATCGCTTTCATCATTTTGAGGAAGGAATATGCTCCTGTGGT GATTATTGGTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Zm00001d037254_P001
PEP Infomation	pep chromosome:B73_RefGen_v4:6:118321373:118323844:1 gene:Zm00001d037254 transcript:Zm00001d037254_T001 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Putative pentatricopeptide repeat family protein
Sequence	MIRSRSLLPTFSQINGLLSRNLAANEALQWLDDELASLALPKLDSYACARFLQRCIARGD ARAGRAVHARVVQRGGVAQLDTFCANVLLNFYAKLGPLATARRLFDGMPERNRVSFVTLM QGYALRGEFEEALELFRRLQREGHEVNHFVLTTILKVLVTMDAPGLACGIHACACKLGHD RNAFVGTALIDAYSLCGAVCHARCVFDGIVGKDAVTWTAMVSCYSENDIPEYALNTFSKM RMTGFKPNPFVLTSALKAAVCLSSALLGKGIHGCSVKTLYDTEPHVGGALLDMYAKCGDI EDAHAIFEMIPHDDVILWSFLISRYAQSCQNEQAFEMFLRMMRSFVVPNEFSLSGVLQAC ANIAFLELGEQIHNLAIKLGYESELFVGNALMDMYAKCRNMENSLEIFSSLQDANEVSWN TIIVGYCQSGFAEDALSVFHEMRAAHMLSTQVTFSSVLRACANTSSIKHAVQIHSLIEKS TFNNDTIVCNSLIDTYAKCGFIRDALKVFESIVECDVVSWNSIISAYALHGRATNALELF DRMNKSDIKANDVTFVSLLSVCGSTGLVNQGLWLFNSMMMDHRIKPSMEHYTCIVRLLGR AGRLTDALKFIGDIPSTPSPMVWRALLSSCVVHKNVALGRYAAEKVLDIEPHDETTYVLL SNMYAAAGILDEVALWRKSMRNVGVKKEAGLSWVEIKGEVHAFSVGSADHPDMRIINAML EWLNLKASREGYVPDINVVLHDVDEEEKARMLWVHSERLALAYGLSMTPPGHPIRIMKNL RSCLDCHTMFKVISKIVQREIIVRDINRFHHFEEGICSCGDYW

Transcript Sequence

Transcript ID	Zm00001d037254_T001
Transcript Infomation	cdna chromosome:B73_RefGen_v4:6:118321373:118323844:1 gene:Zm00001d037254 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Putative pentatricopeptide repeat family protein
Sequence	ATGATCCGCAGCCGCAGCCTCCTCCCAACCTTCTCACAAATCAATGGTCTGCTCAGCCGT AACCTGGCTGCCAACGAGGCGCTGCAGTGGCTGGACGACGAACTCGCGTCGCTCGCGCTC CCCAAGCTCGACTCCTACGCGTGCGCAAGGTTCCTTCAGCGCTGCATCGCTCGTGGTGAC GCCCGCGCCGGTCGCGCCGTGCACGCGCGCGTCGTGCAGCGCGGAGGGGTGGCGCAGCTG GACACCTTCTGCGCCAACGTCCTGCTCAACTTCTACGCGAAGCTCGGTCCACTAGCCACC GCGCGTAGGTTGTTCGACGGAATGCCAGAGCGGAATAGGGTGTCCTTCGTCACGCTCATG CAGGGCTACGCTCTGCGTGGGGAGTTTGAGGAGGCGCTGGAGCTGTTCCGAAGGCTGCAG AGGGAAGGCCACGAGGTGAACCATTTCGTGCTCACCACGATCCTGAAGGTGCTGGTCACC ATGGATGCTCCTGGGCTTGCCTGCGGCATCCACGCCTGTGCGTGCAAGTTGGGCCACGAC AGGAACGCCTTTGTGGGGACAGCACTGATTGATGCCTACTCGCTTTGTGGGGCCGTCTGT CATGCGAGGTGCGTGTTCGACGGGATCGTCGGGAAGGATGCTGTCACTTGGACAGCTATG GTTTCTTGCTACTCTGAGAATGACATTCCAGAGTATGCACTTAATACTTTCTCCAAAATG AGGATGACAGGTTTTAAGCCTAATCCTTTTGTGCTTACCAGTGCGCTCAAGGCCGCAGTT TGCCTGTCATCTGCCTTGCTAGGCAAGGGCATCCATGGTTGCTCAGTCAAAACACTCTAT GATACTGAACCTCATGTTGGTGGTGCCTTGCTTGACATGTATGCCAAATGTGGAGACATT GAGGATGCCCACGCCATTTTTGAGATGATTCCCCATGATGATGTCATACTCTGGAGCTTT CTGATCTCCCGTTATGCTCAGAGCTGTCAGAATGAACAGGCATTTGAGATGTTCCTCAGA ATGATGCGGTCTTTCGTTGTGCCTAACGAGTTTAGTTTGTCCGGTGTTCTCCAGGCTTGT GCTAATATTGCCTTTTTGGAGCTGGGCGAGCAAATTCATAACCTTGCTATAAAGTTAGGC TATGAGTCTGAATTATTTGTTGGCAATGCACTCATGGATATGTATGCGAAATGCAGAAAT ATGGAAAATTCGCTTGAGATCTTCTCGTCATTACAGGATGCCAATGAGGTGAGCTGGAAC ACAATTATTGTTGGCTACTGTCAGTCTGGTTTTGCAGAAGATGCTTTGAGTGTGTTCCAT GAAATGCGTGCTGCACATATGCTCTCAACTCAAGTTACATTCTCTAGTGTGCTCCGGGCT TGTGCAAATACATCATCCATCAAACATGCTGTCCAAATTCACAGCTTGATTGAAAAATCC ACATTCAATAATGACACAATCGTTTGCAATTCACTGATTGATACATATGCCAAGTGTGGA TTCATTAGGGACGCTTTGAAGGTATTTGAATCTATAGTGGAATGCGATGTGGTTTCATGG AATTCCATAATCTCAGCATATGCTCTCCATGGACGAGCCACAAATGCTTTGGAACTTTTC GACAGGATGAATAAAAGTGATATTAAAGCAAATGATGTCACCTTTGTGTCTCTCCTGTCT GTCTGCGGTAGCACAGGCTTAGTCAATCAAGGACTCTGGCTGTTTAACTCTATGATGATG GATCATAGAATCAAACCATCTATGGAGCATTACACGTGCATTGTTAGGCTTCTGGGACGT GCTGGCCGTCTAACTGACGCTCTAAAGTTTATTGGGGATATTCCTTCAACACCATCTCCT ATGGTTTGGCGAGCCTTACTTAGCTCATGTGTAGTCCATAAGAATGTAGCTCTGGGAAGA TATGCTGCAGAGAAGGTGCTTGACATTGAACCACATGATGAGACCACCTATGTCTTACTG TCAAATATGTATGCTGCAGCTGGAATTTTGGATGAAGTTGCTCTTTGGAGGAAATCAATG AGAAACGTCGGTGTAAAGAAAGAGGCTGGCCTTAGTTGGGTTGAGATCAAGGGGGAAGTT CATGCCTTTTCAGTGGGATCAGCAGACCATCCAGATATGCGGATAATAAATGCAATGCTG GAATGGTTAAACCTGAAGGCTAGTAGAGAAGGTTATGTTCCAGACATAAACGTAGTGTTG CATGACGTGGATGAGGAAGAAAAAGCTCGCATGCTATGGGTGCATAGTGAGAGGCTGGCT TTAGCATATGGCCTTTCTATGACACCTCCTGGCCATCCAATACGGATAATGAAGAATTTG CGTTCCTGCTTGGACTGCCATACCATGTTTAAAGTTATATCTAAAATAGTTCAACGGGAA ATCATTGTTAGAGATATCAATCGCTTTCATCATTTTGAGGAAGGAATATGCTCCTGTGGT GATTATTGGTGA