Arachis hypogaea| ゲノム配列名 | Bio Sample | アセンブリレベル | アノテーション (gff / gff3) |
遺伝子 (cds / gene) |
Hayai Annotation ZEN |
トランスクリプト (cDNA / mRNA) |
タンパク (pep / aa) |
ダウンロード | JBrowse | コメント |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
cv. Tifrunner |
Pseudomolecules |
● |
● |
● |
● |
● |
|
|
Arachis hypogaea cv. Tifrunner is a runner-type peanut (registration number CV-93, PI 644011) with resistance to several peanut diseases like the leaf spot and TSWV/spotted wilt. |
|
cv. Tifrunner |
Pseudomolecule |
● |
● |
● |
● |
|
|
The detail of the changes from version 1 to version 2 is described in README.J5K5.yml file and https://peanutbase.org/peanut_genome_v1_v2. Arachis hypogaea cv. Tifrunner is a runner-type peanut (registration number CV-93, PI 644011) with resistance to several peanut diseases like the leaf spot and TSWV/spotted wilt. |
||
Fuhuasheng |
Chromosome |
● |
● |
● |
● |
|
They used BioNano map and linkage map |
配列の種類 |
Bio Sample | 配列名 | Accession | JBrowse | コメント | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Tifrunner.gnm1.KYV3 |
||||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
DER |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
VL 1 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
110 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
110(S) |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICGV 86855 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
VG 9514 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
WGS-HIFNIL-bulkR |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
WGS-HIFNIL-bulkS |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
zhonghua16 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
zhonghua16 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
zhonghua16 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
zhonghua16 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
var. hypogaea |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Virginia |
|
subsp. hypogaea |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Virginia |
|
subsp. hypogaea |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Uncertain |
|
var. hypogaea |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Exotic |
|
var. peruviana |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Exotic |
|
var. hirsuta |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Virginia |
|
subsp. hypogaea |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Virginia |
|
subsp. Hypogaea |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
var. hypogaea |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
subsp. hypogaea |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Exotic |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Exotic |
|
var. hirsuta |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Valencia |
|
subsp. fastigiata |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Spanish |
|
var. vulgaris |
|||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Runner |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
GP-NCWS-17 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Florida07 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
SAMN08477750 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG11515 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG15232 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG11651 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG4998 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG14985 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG4729 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG334 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG5662 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG10701 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
ICG5663 |
|
||||||
全ゲノムシーケンス (ショートリード) |
Tifrunner PI 644011 |
|
||||||
